UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1B0250.5B0250.51.9999999999999999e-168chrV 20,491,021contains similarity to Pfam domain PF03446 NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR006115 (6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding), IPR013328 (Dehydrogenase, multihelical), IPR015815 (3-hydroxyacid dehydrogenase/reductase), IPR011548 (3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase), IPR006183 (6-phosphogluconate dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR002204 (3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related, conserved site)
2Y17G7B.3Y17G7B.3n/achrII 11,990,838Y17G7B.3 is orthologous to the human gene HYDROXYACYLGLUTATHIONE HYDROLASE (HAGH; OMIM:138760), which when mutated leads to disease.
3srv-17C06E7.7n/achrIV 5,868,915C. elegans SRV-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
4nas-8C34D4.9n/achrIV 7,117,415nas-8 encodes an astacin-like metalloprotease.
5F25B4.7F25B4.7n/achrV 5,686,614contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR002030 (Mitochondrial brown fat uncoupling protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
6C27B7.2C27B7.2n/achrIV 8,893,280contains similarity to Arabidopsis thaliana F3O9.12 protein (At1g16320/F3O9_12).; TR:Q9SA31
7ddl-2Y48E1B.1n/achrII 13,545,140C. elegans DDL-2 protein; contains similarity to Interpro domains IPR006077 (Vinculin/alpha-catenin), IPR000381 (Inhibin, beta B subunit), IPR000694 (Proline-rich region), IPR003882 (Pistil-specific extensin-like protein)
8C04G6.4C04G6.4n/achrII 5,082,452contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
9fbxa-200T07D3.1n/achrII 905,248C. elegans FBXA-200 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
10B0334.6B0334.6n/achrII 11,512,193contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
11C34C12.2C34C12.2n/achrIII 3,458,263contains similarity to Homo sapiens Putative protein TPRXL; ENSEMBL:ENSP00000322097
12M28.2M28.2n/achrII 10,636,216contains similarity to Phytophthora infestans NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L (EC 1.6.5.3).; SW:NULM_PHYIN
13str-78Y40H7A.1n/achrIV 15,145,449C. elegans STR-78 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
14R04B5.5R04B5.5n/achrV 10,088,214contains similarity to Pfam domains PF00107 (Zinc-binding dehydrogenase) , PF08240 (Alcohol dehydrogenase GroES-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR013149 (Alcohol dehydrogenase, zinc-binding), IPR011032 (GroES-like), IPR013154 (Alcohol dehydrogenase GroES-like), IPR002085 (Alcohol dehydrogenase superfamily, zinc-containing), IPR011597 (GroES-related), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR002328 (Alcohol dehydrogenase, zinc-containing, conserved site)
15T26C5.4T26C5.4n/achrII 9,249,704contains similarity to Encephalitozoon cuniculi SER/THR protein phosphatase 2-A (EC 3.1.3.16) (Serine/threoninesprotein phosphatase).; TR:Q8SS50
16ZK596.3ZK596.3n/achrIV 10,903,190contains similarity to Mus musculus DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (EC 2.7.1.37) (DNA-sPKcs) (P460).; SW:PRKD_MOUSE
17sra-29F18C5.8n/achrII 6,575,011C. elegans SRA-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
18pqn-51K11D12.2n/achrV 5,050,974The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
19F21G4.5F21G4.5n/achrX 9,906,914contains similarity to Interpro domain IPR007087 (Zn-finger, C2H2 type)
20sru-8R07B5.7n/achrV 9,844,985C. elegans SRU-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domains IPR001463 (Sodium:alanine symporter), IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
21tag-179T24D1.4n/achrI 9,961,143C. elegans TAG-179 protein; contains similarity to Pfam domain PF04922 DIE2/ALG10 family contains similarity to Interpro domains IPR016900 (Alpha-1, 2 glucosyltransferase Alg10), IPR007006 (DIE2/ALG10)
22W10G6.1W10G6.1n/achrX 16,245,293contains similarity to Babesia bovis Merozoite surface antigen-2a2.; TR:Q95UH0
23his-32F17E9.10n/achrIV 8,334,513his-32 encodes an H3 histone; by homology, HIS-32 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-32 is a replication-dependent histone locus that resides in the HIS5 cluster on chromosome IV.
24srt-7C50H11.4n/achrV 3,082,398C. elegans SRT-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000408 (Regulator of chromosome condensation, RCC1)
25his-62F55G1.3n/achrIV 7,486,714his-62 encodes an H2B histone.
26kin-4C10C6.1n/achrIV 11,441,819C. elegans KIN-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF08926 (Domain of unknown function (DUF1908)) , PF00595 (PDZ domain (Also known as DHR or GLGF)) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR015022 (Region of unknown function DUF1908), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000961 (Protein kinase, C-terminal)
27F02C12.3F02C12.3n/achrX 13,397,291
28F12A10.1F12A10.1n/achrII 5,497,839contains similarity to Oryza sativa subsp indica Putative uncharacterized protein.; TR:A2YC95
29T14B4.9T14B4.9n/achrII 6,731,934contains similarity to Pfam domain PF02485 Core-2/I-Branching enzyme contains similarity to Interpro domain IPR003406 (Glycosyl transferase, family 14)
30M02G9.3M02G9.3n/achrII 10,319,023contains similarity to Pfam domain PF02363 Cysteine rich repeat contains similarity to Interpro domains IPR003341 (Cysteine rich repeat, tripleX), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
31F31D5.4F31D5.4n/achrII 4,179,466contains similarity to Pfam domain PF01825 Latrophilin/CL-1-like GPS domain contains similarity to Interpro domain IPR000203 (GPS)
32T26A5.8T26A5.8n/achrIII 6,462,478contains similarity to Pfam domain PF00808 Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR003958 (Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone)
33cul-5ZK856.1n/achrV 10,181,305cul-5 encodes a cullin, orthologous to vasopressin-activated calcium-mobilizing receptor-1 in mammals, that is thought to regulate the cell cycle by virtue of its paralogy to cul-1 and cul-2; however, CUL-5 is dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens, and does not appear to interact with any of 17 Skp1-related proteins (SKR-1 through SKR-21).
34srz-90C18D4.9n/achrV 17,528,936C. elegans SRZ-90 protein
35lim-6K03E6.1n/achrX 1,076,785lim-6 encodes a LIM class homeodomain protein that contains two Zinc-finger-like LIM domains N-terminal to a predicted DNA-binding homeodomain; LIM-6 is predicted to function as a transcription factor whose activity is required for regulating uterine morphogenesis and specific aspects of terminal neuronal differentiation, including normal axonal morphology, full expression of UNC-25/glutamic acid decarboxylase in select GABAergic neurons, and repression of sensory receptor gene expression in the ASEL chemosensory neuron; LIM-6 is expressed in a group of nine chemosensory-, inter-, and motorneurons, uterine toroid cells, spermathecal junction cells, and the binucleate excretory gland cell.
36sru-38R07B5.4n/achrV 9,835,226C. elegans SRU-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
37cdk-8F39H11.3n/achrI 8,704,132cdk-8 encodes a member of the cyclin-dependent serine/threonine protein kinase family orthologous to human CDK8 (OMIM:603184) which functions in transcriptional regulation with the positive regulatory factor cyclin C, is associated with the RNA polymerase II holoenzyme, and may regulate gene-specific activators; CDK-8 also contains a glutamine/asparagine-rich domain; loss of cdk-8 function via RNA-mediated interference (RNAi) results in sterility in the injected hermaphrodite, suggesting that in C. elegans, CDK-8 may play a role in germ-line development.
38tag-189T04A8.12n/achrIII 4,706,131C. elegans TAG-189 protein ; contains similarity to Cricetulus griseus Post-GPI-attachment to proteins 2.; TR:Q2ABP2
39Y44E3A.4Y44E3A.4n/achrI 3,325,798contains similarity to Pfam domains PF07653 (Variant SH3 domain) (2), PF00018 (SH3 domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR001452 (Src homology-3), IPR000108 (Neutrophil cytosol factor 2), IPR000694 (Proline-rich region), IPR011511 (Variant SH3), IPR003071 (Orphan nuclear receptor, HMR type)
40K10D11.2K10D11.2n/achrIV 12,980,447contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
41K04G11.1K04G11.1n/achrX 14,335,998contains similarity to Interpro domain IPR000345 (Cytochrome c heme-binding site)
42math-21C40D2.3n/achrII 1,994,852C. elegans MATH-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
43ubc-12R09B3.4n/achrI 11,911,676The ubc-12 gene encodes a ubiquitin-conjugating enzyme whose substrate is NED-8, and which is required for both embryogenesis and terminal hypodermal differentiation; ubc-12(RNAi) mutants either arrest during embryonic development or show pleotropic defects (e.g., vulval eversion during the L4 stage), as well as defective alae.
44Y45G12C.6Y45G12C.6n/achrV 2,541,544contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
45W02A11.1W02A11.1n/achrI 12,731,353contains similarity to Pfam domain PF08704 tRNA methyltransferase complex GCD14 subunit contains similarity to Interpro domain IPR014816 (tRNA methyltransferase complex GCD14 subunit)
46rib-2K01G5.6n/achrIII 10,744,609The rib-2 gene encodes an ortholog of human EXT2, which when mutated leads to hereditary multiple exostoses, type II (OMIM:133701).
47F53H1.3F53H1.3n/achrIV 1,334,268contains similarity to Pfam domain PF07792 Protein of unknown function (DUF1630) contains similarity to Interpro domain IPR012860 (Protein of unknown function DUF1630)
48F53G12.3F53G12.3n/achrI 141,205F53G12.3 encodes a large partial homolog of dual oxidase ('Ce-Duox2'), with an N-terminal peroxidase domain, two central calmodulin-binding EF hands, and a C-terminal superoxide-generating NADPH-oxidase domain; F53G12.3 may be required for dityrosine cross-linking of collagen, and thus for cuticular integrity; F53G12.3 may use cytosolic NADPH to generate reactive oxygen, which then may drive the peroxidase ectodomain to cross-link free tyrosine in collagen; F53G12.3 has no visible expression pattern detectable by antibodies, implying very low or rare expression.
49nhr-256ZK697.2n/achrV 1,745,848C. elegans NHR-256 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
50Y43F4B.7Y43F4B.7n/achrIII 13,310,326contains similarity to Pfam domain PF01490 Transmembrane amino acid transporter protein contains similarity to Interpro domains IPR013057 (Amino acid transporter, transmembrane), IPR003568 (Cytochrome c-type biogenesis protein CcmF)