UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1B0507.2B0507.20chrV 8,775,382contains similarity to Interpro domain IPR004328 (BRO1)
2bath-26T07H3.6n/achrII 1,600,097C. elegans BATH-26 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
3nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
4F35C11.6F35C11.6n/achrII 8,258,607contains similarity to Homo sapiens Oxysterol binding protein-related protein 11; ENSEMBL:ENSP00000296220
5F40A3.1F40A3.1n/achrV 7,893,499
6R06A10.1R06A10.1n/achrI 1,087,211contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
7T18D3.8T18D3.8n/achrX 12,437,812
8pph-1C05A2.1n/achrV 10,703,698C. elegans PPH-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domains IPR004843 (Metallophosphoesterase), IPR006186 (Serine/threonine-specific protein phosphatase and bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase)
9pah-1K08F8.4n/achrII 8,763,866pah-1 encodes a biochemically active phenylalanine-4-hydroxylase orthologous to human PAH (OMIM:261600, mutated in phenylketonuria); recombinant PAH-1 has hydroxylase activity on phenylalanine and tryptophan substrates in vitro; pah-1 is expressed in seam cells, tail hypodermal cells, and ventral hypodermis, with stronger posterior than anterior expression; PAH-1 might help provide tyrosine for cross-linking in the cuticle, and is partially required for the tyrosinemic phenotype of K10C2.4(RNAi) animals.
10H32K16.1H32K16.1n/achrI 9,151,388contains similarity to Pfam domain PF01490 Transmembrane amino acid transporter protein contains similarity to Interpro domain IPR013057 (Amino acid transporter, transmembrane)
11haf-1C30H6.6n/achrIV 17,377,825haf-1 encodes a predicted transmembrane protein of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; by homology, HAF-1 is proposed to function in ATP-dependent transport of molecules across plasma and intracellular membranes; however, as loss of HAF-1 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of HAF-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
12F20D6.5F20D6.5n/achrV 8,163,572contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
13nhr-246ZK1037.4n/achrV 15,317,437C. elegans NHR-246 protein; contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
14C05D11.5C05D11.5n/achrIII 6,410,742contains similarity to Pfam domain PF01261 Xylose isomerase-like TIM barrel contains similarity to Interpro domains IPR013279 (Apoptosis regulator, Bcl-X), IPR012307 (Xylose isomerase-type TIM barrel), IPR013022 (Xylose isomerase-like, TIM barrel)
15C04E6.7C04E6.7n/achrV 5,894,251contains similarity to Pfam domain PF00702 haloacid dehalogenase-like hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR011945 (Predicted HAD-superfamily phosphatase, subfamily IA/Epoxide hydrolase, N-terminal), IPR005833 (Haloacid dehydrogenase/epoxide hydrolase), IPR006402 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3), IPR016059 (ATP-dependent DNA ligase, conserved site), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
16C01B12.3C01B12.3n/achrII 14,491C01B12.3 is orthologous to the human gene VITELLIFORM MACULAR DYSTROPHY PROTEIN (VMD2; OMIM:153700), which when mutated leads to disease.
17Y41C4A.6Y41C4A.6n/achrIII 11,697,361contains similarity to Methanococcus jannaschii Hypothetical protein MJ0951.; SW:Y951_METJA
18F15E6.9F15E6.9n/achrIV 4,296,304
19srr-9T05B11.2n/achrV 7,738,784C. elegans SRR-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF03268 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF267 contains similarity to Interpro domain IPR004950 (Protein of unknown function DUF267, Caenorhabditis species)
20F37C4.8F37C4.8n/achrIV 3,880,246
21snb-2F23H12.1n/achrV 12,345,050C. elegans SNB-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00957 Synaptobrevin contains similarity to Interpro domains IPR016444 (Synaptobrevin, metazoa/fungi), IPR001388 (Synaptobrevin)
22R05C11.1R05C11.1n/achrIV 2,070,210contains similarity to Interpro domain IPR014756 (Immunoglobulin E-set)
23F35C5.12F35C5.12n/achrII 12,912,321contains similarity to Interpro domain IPR003614 (Knottin)
24T23F4.2T23F4.2n/achrII 1,164,528
25F48G7.10F48G7.10n/achrV 634,518contains similarity to Pfam domain PF00130 Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) contains similarity to Interpro domains IPR015727 (Protein kinase C mu-related), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
26frm-3H05G16.1n/achrX 11,578,915frm-3 encodes a protein containing a FERM domain (Band 4.1 family); expressed in a few cells in the head.
27F25E5.4F25E5.4n/achrV 7,450,232contains similarity to Pfam domain PF03761 Domain of unknown function (DUF316) contains similarity to Interpro domains IPR001254 (Peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap), IPR005514 (Protein of unknown function DUF316), IPR009003 (Peptidase, trypsin-like serine and cysteine)
28twk-14K01D12.4n/achrV 12,388,845C. elegans TWK-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR005410 (Potassium channel, two pore-domain, THIK), IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
29srp-8F20D6.3n/achrV 8,184,913srp-8 encodes a predicted serpin (serine protease inhibitor)
30T07C12.10T07C12.10n/achrV 9,960,139contains similarity to Rattus norvegicus Trans-Golgi network integral membrane protein TGN38 precursor.; SW:TGN3_RAT
31C46E1.1C46E1.1n/achrX 15,469,830contains similarity to Staphylococcus aureus Surface protein SasB (Fragment).; TR:Q84GB4
32cal-1C13C12.1n/achrV 12,515,481cal-1 encodes one of five predicted C. elegans calcium-binding calmodulin homologs (the others being CAL-2, CAL-3, CAL-4, and CMD-1); as loss of cal-1 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of CAL-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
33F40F8.4F40F8.4n/achrII 11,139,746contains similarity to Interpro domain IPR001680 (WD40 repeat)
34Y37D8A.6Y37D8A.6n/achrIII 12,857,304contains similarity to Interpro domains IPR006629 (LPS-induced tumor necrosis factor alpha factor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
35T13C5.5T13C5.5n/achrX 6,203,287n/a
36clec-40T20B3.13n/achrV 16,840,047C. elegans CLEC-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
37ZC374.2ZC374.2n/achrX 10,041,531contains similarity to Pfam domain PF00041 Fibronectin type III domain contains similarity to Interpro domains IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III)
38F28G4.3F28G4.3n/achrV 16,286,908contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
39nhr-132R11G11.1n/achrV 535,310C. elegans NHR-132 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
40R05A10.8R05A10.8n/achrIV 14,156,627contains similarity to Pfam domain PF05050 Protein of unknown function (DUF672) contains similarity to Interpro domain IPR007744 (Protein of unknown function DUF672)
41C24A11.6C24A11.6n/achrI 5,396,389
42F22E5.7F22E5.7n/achrII 2,642,443
43ttr-24Y51A2D.9n/achrV 18,555,981C. elegans TTR-24 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domain IPR001534 (Transthyretin-like)
44hgo-1W06D4.1n/achrI 9,052,445hgo-1 encodes a putative homogentisate 1,2-dioxygenase, orthologous to human HGD (OMIM:607474, mutated in alkaptonuria), that is required for normal resistance to hypertonic stress; HGO-1 is expressed in larval and adult hypodermis and intestine, and in larval pharynx; HGO-1 is required for the tyrosinemic phenotype of K10C2.4(RNAi) animals.
45srab-12C47A10.6n/achrV 17,782,010C. elegans SRAB-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
46F47A4.5F47A4.5n/achrX 9,835,643contains similarity to Pfam domains PF01734 (Patatin-like phospholipase) , PF00023 (Ankyrin repeat) (5)contains similarity to Interpro domains IPR016035 (Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase), IPR001638 (Bacterial extracellular solute-binding protein, family 3), IPR002641 (Patatin), IPR002110 (Ankyrin), IPR001680 (WD40 repeat)
47T02E1.8T02E1.8n/achrI 8,236,518
48K11E4.1K11E4.1n/achrX 13,715,160contains similarity to Pfam domain PF01764 (Lipase (class 3))
49F28A12.1F28A12.1n/achrV 8,639,396contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
50srsx-32F20A1.3n/achrV 7,018,087C. elegans SRSX-32 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)