UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F28D1.9F28D1.90chrIV 12,395,382contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
2ugt-32F47C10.6n/achrV 3,842,918C. elegans UGT-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
3nhr-55T01G6.7n/achrV 479,428nhr-55 encodes a member of the superfamily of nuclear receptors, which is one of the most abundant class of transcriptional regulators; nuclear receptors have a well conserved DNA binding domain and a less conserved C-terminal ligand binding domain.
4lgc-14T01H10.2n/achrX 12,112,417C. elegans LGC-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
5ZK643.5ZK643.5n/achrIII 8,954,457contains similarity to Homo sapiens RNA binding motif protein 25; ENSEMBL:ENSP00000261973
6ers-1Y41E3.4n/achrIV 15,010,805ers-1 encodes a glutaminyl (Q) tRNA synthetase that affects growth and embryonic and larval viability in large-scale RNAi screens; it is predicted to be mitochondrial.
7asp-4R12H7.2n/achrX 13,220,146asp-4 encodes an aspartyl protease homolog that is required, in parallel with ASP-3 but downstream of CLP-1 and TRA-3, for degenerative (necrotic-like) cell death in neurons induced by mutations such as mec-4(d), deg-3(d), or gsa-1(gf).
8Y23H5A.3Y23H5A.3n/achrI 2,621,258
9nhr-133F44C8.8n/achrV 2,211,309C. elegans NHR-133 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
10T06C12.8T06C12.8n/achrV 15,883,366contains similarity to Interpro domain IPR016054 (Ly-6 antigen / uPA receptor -like)
11srh-68T21B4.5n/achrII 12,507,810C. elegans SRH-68 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002379 (ATPase, F0/V0 complex, subunit C)
12R05D3.2R05D3.2n/achrIII 8,373,629R05D3.2 is orthologous to the human gene UNKNOWN (PROTEIN FOR MGC:16889) (C7orf2; OMIM:605522), which when mutated leads to disease.
13ZK669.4ZK669.4n/achrII 7,943,957ZK669.4 is orthologous to the human gene DIHYDROLIPOAMIDE BRANCHED CHAIN TRANSACYLASE (E2 COMPONENT OF BRANCHED CHAIN KETO ACID DEHYDROGENASE COMPLEX; (DBT), which when mutated leads to maple syrup urine disease, type II (OMIM:248610); the ZK669.4 protein is predicted to be mitochondrial with 68% accuracy.
14T07F10.3T07F10.3n/achrV 12,869,009contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
15F16A11.1F16A11.1n/achrI 9,398,979contains similarity to Pfam domain PF00622 SPRY domain contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR001870 (B302, (SPRY)-like), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR003877 (SPla/RYanodine receptor SPRY)
16wee-1.3Y53C12A.1n/achrII 9,715,024C. elegans WEE-1.3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
17T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
18nth-1R10E4.5n/achrIII 4,292,462C. elegans NTH-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00633 (Helix-hairpin-helix motif) , PF00730 (HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein) contains similarity to Interpro domains IPR011257 (DNA glycosylase), IPR003651 (Iron-sulphur cluster loop), IPR000445 (Helix-hairpin-helix motif), IPR004035 (Endonuclease III, iron-sulphur binding, conserved site-1), IPR004036 (Endonuclease III, conserved site-2), IPR003265 (HhH-GPD)
19nhr-232Y22F5A.1n/achrV 10,257,478C. elegans NHR-232 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
20mrp-2F57C12.4n/achrX 568,214mrp-2 encodes a predicted multidomain transmembrane protein that is a member of the ATP-binding cassette (ABC) superfamily of transport proteins and is homologous to the human multidrug resistance-associated protein 1 (MRP1, OMIM:158343); by homology, MRP-2 is predicted to function as a membrane pump that couples the energy of ATP hydrolysis to membrane transport; as loss of MRP-2 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of MRP-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; mrp-2 expression is, however, upregulated early in the exit from the alternative dauer stage and then remains induced, suggesting that MRP-2 activity is required for the transition to, and maintenance of, a more active metabolic state.
21emb-5T04A8.14n/achrIII 4,717,943emb-5 encodes the C. elegans ortholog of the Spt6 family of RNA polymerase II transcription elongation factors; first identified in screens for temperature-sensitive embryonic lethal mutations, emb-5 is required for the correct timing of the second E (endoderm)-cell division in the early embryo and thus, for normal embryonic gastrulation; in addition, emb-5 activity is required postembryonically for proper gonad development; in yeast two-hybrid studies, EMB-5 interacts with the intracellular domains of LIN-12 and GLP-1, suggesting that EMB-5 functions as a positive downstream effector in Notch-like signaling pathways during C. elegans development; emb-5 mRNA is most abundant during embryonic stages, with lower levels apparent during the L1-L3 larval stages, and even lower levels observed during L4.
22T02B5.3T02B5.3n/achrV 14,159,248contains similarity to Pfam domain PF00135 (Carboxylesterases)
23C47D12.4C47D12.4n/achrII 11,682,106This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
24str-226C07G3.4n/achrV 3,513,510C. elegans STR-226 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25F11E6.4F11E6.4n/achrIV 17,469,873contains similarity to Onchocerca volvulus Novel immunogenic protein NIP-3.; TR:Q9NJD7
26T09E11.4T09E11.4n/achrI 12,361,669contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
27T10E9.2T10E9.2n/achrI 6,543,527
28C01G8.6C01G8.6n/achrI 5,299,557contains similarity to Staphylococcus aureus Serine-rich adhesin for platelets precursor (Staphylococcus aureusssurface protein A).; SW:Q7A362
29R07B7.2R07B7.2n/achrV 12,058,156contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Protein required for accurate chromosomal segregation at meiosis II and for mitotic chromosome stability; protects centromeric Spo69p; SGD:YOR073W
30T09F5.1T09F5.1n/achrV 15,149,875contains similarity to Pfam domain PF01762 Galactosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002659 (Glycosyl transferase, family 31)
31str-73F26D2.1n/achrV 16,431,023C. elegans STR-73 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
32F29C4.6F29C4.6n/achrIV 120,551contains similarity to Pfam domain PF01171 PP-loop family contains similarity to Interpro domains IPR011063 (PP-loop), IPR012089 (PP-loop ATPase, YdaO-related), IPR000541 (Protein of unknown function UPF0021), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold)
33T13B5.3T13B5.3n/achrII 1,099,395contains similarity to Pfam domain PF00328 Histidine acid phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR000560 (Histidine acid phosphatase), IPR002016 (Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial)
34C31E10.8C31E10.8n/achrX 14,007,275contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domains IPR000195 (RabGAP/TBC), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR002011 (Receptor tyrosine kinase, class II, conserved site)
35F15H10.7F15H10.7n/achrV 10,404,755contains similarity to Pfam domain PF02995 Protein of unknown function (DUF229) contains similarity to Interpro domains IPR004245 (Protein of unknown function DUF229), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
36acr-18F28F8.1n/achrV 15,555,125acr-18 encodes an alpha subunit of nicotinic acetylcholine receptor (nAChR), predicted to be a ligand-gated ion channel regulating fast action of acetylcholine at neuromuscular junctions and in the nervous system; ACR-18 falls into the 'DEG-3' class of nAChR subunits, apparently unique to nematodes, which includes DEG-3, DES-2, ACR-5, ACR-17, ACR-20, and ACR-23.
37C05C8.5C05C8.5n/achrV 7,233,733contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR006055 (Exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
38F29G6.2F29G6.2n/achrX 11,510,328contains similarity to Homo sapiens cDNA FLJ43363 fis, clone NT2RP7017474; ENSEMBL:ENSP00000374260
39C47D12.2C47D12.2n/achrII 11,677,666C47D12.2 encodes an ortholog of human FLJ20071/FLJ90130 (dymeclin, OMIM:607461, mutated in Dyggve-Melchior-Clausen dysplasia and Smith-McCort dysplasia), which has no obvious function in mass RNAi assays
40tag-296F49D11.9n/achrI 10,934,755C. elegans TAG-296 protein; contains similarity to Pfam domain PF08718 Glycolipid transfer protein (GLTP) contains similarity to Interpro domain IPR014830 (Glycolipid transfer protein, GLTP)
41C32D5.3C32D5.3n/achrII 6,319,574C32D5.3 encodes an ortholog of ROLLING BLACKOUT (RBO; also called CMP44E or STAMPHA), a eukaryotic protein required for sustained phospholipase C activity during Drosophila phototransduction; RBO homologs have two predicted transmembrane helices, are significantly similar to several acylglycerol lipases, and share motifs characteristic of carboxyesterases and lipases.
42T10B11.4T10B11.4n/achrI 6,938,560
43T01C3.9T01C3.9n/achrV 15,005,731contains similarity to Foot-and-mouth disease virus O Polyprotein.; TR:Q80B22
44T19B4.5T19B4.5n/achrI 5,675,326
45F11A10.5F11A10.5n/achrIV 12,095,498contains similarity to Pfam domain PF04184 ST7 protein contains similarity to Interpro domain IPR007311 (ST7)
46nhr-211T01G6.5n/achrV 488,034C. elegans NHR-211 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
47lgc-45W10G11.16n/achrII 3,566,681C. elegans LGC-45 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
48F46F11.6F46F11.6n/achrI 5,617,576contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
49tag-256ZK637.3n/achrIII 8,892,125C. elegans TAG-256 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG7739-PA;; FLYBASE:CG7739
50math-36R52.8n/achrII 2,118,724C. elegans MATH-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)