UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F39B1.1F39B1.10chrX 15,240,527contains similarity to Pfam domains PF00454 (Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase) , PF00168 (C2 domain) , PF00787 (PX domain) , PF02809 (Ubiquitin interaction motif) , PF00613 (Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain)) , PF00792 (Phosphoinositide 3-kinase C2) contains similarity to Interpro domains IPR001263 (Phosphoinositide 3-kinase accessory region PIK), IPR002420 (Phosphoinositide 3-kinase, C2), IPR001683 (Phox-like), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000694 (Proline-rich region), IPR003903 (Ubiquitin interacting motif), IPR000403 (Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase, catalytic), IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR015433 (Phosphatidylinositol Kinase), IPR016024 (Armadillo-type fold), IPR000341 (Phosphoinositide 3-kinase, ras-binding), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3C01F1.2C01F1.2n/achrII 4,300,243C01F1.2 is orthologous to the human gene SCO (CYTOCHROME OXIDASE DEFICIENT, YEAST) HOMOLOG 1 (SCO1; OMIM:603644), which when mutated leads to early-onset hepatic failure; the C01F1.2 protein is predicted to be mitochondrial with 68% accuracy.
4ZK742.3ZK742.3n/achrV 7,809,120contains similarity to Pfam domain PF00724 NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001155 (NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal)
5mep-1M04B2.1n/achrIV 11,526,270mep-1 is required for repression by the fem-3 3' UTR in vivo, and for maintenance of somatic (versus germline) differentiation; MEP-1 protein has zinc-finger domains and a glutamine/asparagine-rich domain.
6xrn-2Y48B6A.3n/achrII 14,160,796C. elegans XRN-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03159 XRN 5'-3' exonuclease N-terminus contains similarity to Interpro domains IPR017151 (5'-3' exoribonuclease 2), IPR004859 (Putative 5-3 exonuclease), IPR002952 (Eggshell protein), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
7F35C11.4F35C11.4n/achrII 8,250,751contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein C9orf125; ENSEMBL:ENSP00000363980
8C18B12.6C18B12.6n/achrX 15,005,608contains similarity to Pfam domain PF07970 Protein of unknown function (DUF1692) contains similarity to Interpro domain IPR012936 (Protein of unknown function DUF1692)
9T10D4.6T10D4.6n/achrII 3,121,247contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR009057 (Homeodomain-like)
10F22E12.1F22E12.1n/achrV 10,455,572contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR000694 (Proline-rich region)
11C06H5.6C06H5.6n/achrV 17,884,381contains similarity to Pfam domains PF00083 (Sugar (and other) transporter) , PF07690 (Major Facilitator Superfamily) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
12D2021.8D2021.8n/achrX 8,552,722contains similarity to Pfam domain PF00023 Ankyrin repeat contains similarity to Interpro domain IPR002110 (Ankyrin)
13C07A9.5C07A9.5n/achrIII 9,682,077contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
14T10F2.4T10F2.4n/achrIII 5,171,158contains similarity to Pfam domains PF08606 (Prp19/Pso4-like) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) (6)contains similarity to Interpro domains IPR003613 (U box), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR009053 (Prefoldin), IPR001680 (WD40 repeat), IPR013915 (Pre-mRNA-splicing factor 19), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
15F44D12.2F44D12.2n/achrIV 10,015,214contains similarity to Pfam domain PF01064 Activin types I and II receptor domain contains similarity to Interpro domain IPR000472 (TGF-beta receptor/activin receptor, type I/II)
16W08F4.7W08F4.7n/achrII 576,333
17kin-3B0205.7n/achrI 10,735,304kin-3 encodes an ortholog of the catalytic subunit of casein kinase II alpha, which in Drosophila and mammals is required for normal circadian rhythms, and which directly phosphorylates the Drosophila PERIOD protein (which itself regulates circadian rhythms); by analogy, KIN-3 might be expected to help regulate heterochronic functions dependent on such proteins as LIN-42.
18C11E4.6C11E4.6n/achrX 9,613,728contains similarity to Pfam domains PF07647 (SAM domain (Sterile alpha motif)) , PF00640 (Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID)) , PF00023 (Ankyrin repeat) (5), PF00536 (SAM domain (Sterile alpha motif)) contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR002110 (Ankyrin), IPR013761 (Sterile alpha motif-type), IPR001660 (Sterile alpha motif SAM), IPR011510 (Sterile alpha motif homology 2), IPR006020 (Phosphotyrosine interaction region)
19lgc-21C33G3.3n/achrX 14,065,977C. elegans LGC-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
20Y6B3B.9Y6B3B.9n/achrI 13,743,033contains similarity to Pfam domain PF04031 Las1-like contains similarity to Interpro domain IPR007174 (Las1-like)
21mec-5E03G2.3n/achrX 15,946,401mec-5 encodes a collagen unique in the number of Gly-X-Y repeats and in the composition of amino acids surrounding these repeats; MEC-5 is required for normal mechanosensory response to gentle touch and for the proper functioning of the touch receptor neurons; mec-5 interacts genetically with mec-4 and mec-10 which encode degenerins (ion channels) expressed in the touch neurons, mec-9, which encodes a protein containing EGF-like and Kunitz/protease inhibitor domains secreted by the touch neurons, and mec-12, which encodes an alpha-tubulin expressed in the touch neurons; these genetic interactions suggest that MEC-5 may play a role in anchoring the degenerin complex to the extracellular matrix; MEC-5 is produced and secreted by hypodermal cells.
22C01F1.1C01F1.1n/achrII 4,303,435contains similarity to Pfam domain PF05793 Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) contains similarity to Interpro domains IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR008851 (Transcription initiation factor IIF, alpha subunit), IPR011039 (Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction)
23sre-27Y57A10C.3n/achrII 12,416,469C. elegans SRE-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
24T20H4.5T20H4.5n/achrIII 7,233,493T20H4.5 gene encodes a 23 kDa subunit of mitochondrial complex I that is required for oxidative phosphorylation and for resistance to volatile anesthetics; T20H4.5 is orthologous to human NDUFS8 (OMIM:602141, mutated in Leigh syndrome).
25Y45F10D.7Y45F10D.7n/achrIV 13,792,547Y45F10D.7 encodes a WD40 repeat-containing protein that is the C. elegans ortholog of human WDR36, mutations in which cause primary open angle glaucoma type 1G (GLC1G, OMIM:609887); large-scale RNAi experiments indicate that Y45F10D.7 activity is required for embryonic and larval development; the Saccharomyces cerevisiae homolog of WDR36, Utp21, is a component of the small-subunit (SSU) processome required for formation of 18S rRNA.
26lst-2R160.7n/achrX 4,380,673C. elegans LST-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01363 FYVE zinc finger contains similarity to Interpro domains IPR000306 (Zinc finger, FYVE-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR017455 (Zinc finger, FYVE-related), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
27T24D11.1T24D11.1n/achrX 16,409,674contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domain IPR000195 (RabGAP/TBC)
28xrn-1Y39G8C.1n/achrII 14,076,171xrn-1 encodes a 5'-3' exoribonuclease that is orthologous to Saccharomyces cerevisiae Xrnp1, a key component of the yeast 5'-3' mRNA degradation pathway; in C. elegans, XRN-1 activity is required during embryogenesis for completion of ventral enclosure, the morphogenetic process whereby the ventral epithelial cells cover and seal the interior cells of the embryo; in addition, XRN-1 also plays a role in facilitating RNA interference (RNAi), likely acting in the same pathway as the DCR-1/Dicer ribonuclease; to date, XRN-1 expression has been reported in adult hypodermal and rectal cells.
29R13A5.10R13A5.10n/achrIII 7,582,468contains similarity to Pfam domain PF00383 Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region contains similarity to Interpro domains IPR002125 (CMP/dCMP deaminase, zinc-binding), IPR016193 (Cytidine deaminase-like)
30goa-1C26C6.2n/achrI 7,524,411goa-1 encodes an ortholog of the heterotrimeric G protein alpha subunit Go (Go/Gi class) that affects normal locomotion, egg-laying, and male mating; it genetically interacts with the egl-30 pathway, and is expressed in all neurons and sex-specific muscles.
31slt-1F40E10.4n/achrX 14,678,771slt-1 encodes the sole C. elegans homolog of Drosophila Split, a secreted extracellular protein containing leucine-rich and EGF-like repeats that functions as a ligand for the Robo receptor; during C. elegans larval development, slt-1 acts via the SAX-3/Robo receptor, and in parallel with UNC-6/Netrin, to direct ventral axon guidance and guidance at the midline; during embryonic development, slt-1 also functions to regulate anterior-posterior migrations of the CAN neurons; slt-1::gfp reporters are initially expressed at high levels in the anterior part of the embryo, with more moderate levels seen in dorsal tail muscles and lower levels seen in cells in the center of the body; in L1 larvae, slt-1::gfp is expressed in both dorsal and ventral muscles, with higher levels seen in dorsal muscle cells; slt-1::gfp is also expressed in a number of additional cells including some neurons, pharyngeal cells, and the anal sphincter muscle.
32pac-1C04D8.1n/achrIII 8,508,167C. elegans PAC-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00620 (RhoGAP domain) , PF00169 (PH domain) contains similarity to Interpro domains IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR000198 (RhoGAP)
33Y43F8C.8Y43F8C.8n/achrV 19,644,963contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mRpS28-PA;; FLYBASE:CG5497
34F23F1.4F23F1.4n/achrII 26,912
35H25P06.1H25P06.1n/achrI 11,317,448contains similarity to Pfam domains PF00349 (Hexokinase) , PF03727 (Hexokinase) contains similarity to Interpro domain IPR001312 (Hexokinase)
36lam-2C54D1.5n/achrX 7,147,481lam-2 encodes a laminin gamma subunit; lam-2 activity is required for embryonic development and for regulation of muscle arm extension; loss of lam-2 function via large-scale RNAi screens results in embryonic, larval, and adult lethality, sterility, body morphology defects, and abnormal locomotion.
37eif-3.GF22B5.2n/achrII 8,443,436eif-3.G encodes a homolog of eukaryotic translation initiation factor 3, subunit 4 that affects embryonic viability, fertility, and growth.
38cdr-6K01D12.12n/achrV 12,413,079C. elegans CDR-6 protein; contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
39F58F9.4F58F9.4n/achrIV 6,231,716contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
40cdd-1C47D2.2n/achrX 8,209,904cdd-1 encodes a cytidine deaminase that contains a zinc-binding region; expressed in the intestine.
41T13F2.4T13F2.4n/achrIV 9,790,151contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IIE7
42W10G11.19W10G11.19n/achrII 3,552,038contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR000886 (Endoplasmic reticulum, targeting sequence)
43VT23B5.2VT23B5.2n/achrIV 12,671,338VT23B5.2 encodes a BEACH-WD40 domain-containing protein that is orthologous to human WDFY3 (WD repeat and FYVE domain containing 3); loss of VT23B5.2 activity via mutation or large-scale RNAi screens in a wild-type background results in no obvious abnormalities.
44F16G10.7F16G10.7n/achrII 2,379,927contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
45Y45G12B.3Y45G12B.3n/achrV 2,691,488contains similarity to Pfam domain PF01266 FAD dependent oxidoreductase contains similarity to Interpro domains IPR006076 (FAD dependent oxidoreductase), IPR000447 (FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
46T13H5.4T13H5.4n/achrII 8,524,376contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR000690 (Zinc finger, C2H2-type matrin)
47math-40T08E11.3n/achrII 1,831,237C. elegans MATH-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
48F54E2.5F54E2.5n/achrV 2,814,230contains similarity to Pfam domain PF04789 Protein of unknown function (DUF621) contains similarity to Interpro domains IPR006874 (Protein of unknown function DUF621), IPR003091 (Voltage-dependent potassium channel)
49abts-1F52B5.1n/achrI 8,302,240abts-1 encodes an anion transporter; when expressed in Xenopus oocytes, ABTS-1 exhibits robust chloride transport, as well as chloride/bicarbonate exchange activity; abts-1 promoter gfp fusions are expressed primarily in neurons and hypodermis, with weak fluorescence also seen in the pharynx and body wall muscle cells.
50F39H12.1F39H12.1n/achrX 836,268contains similarity to Homo sapiens nuclear pore complex-associated protein TPR; ENSEMBL:ENSP00000356448