UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K07A12.1K07A12.10chrI 8,668,182contains similarity to Pfam domain PF04910 Protein of unknown function, DUF654 contains similarity to Interpro domains IPR006994 (Basic helix-loop-helix, Nulp1-type), IPR000294 (Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic region)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3M02F4.2M02F4.2n/achrX 3,033,806
4nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
5C06A5.4C06A5.4n/achrI 5,981,191contains similarity to Interpro domain IPR006578 (MADF)
6bch-1F25H2.13n/achrI 10,574,565C. elegans BCH-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF06733 DEAD_2 contains similarity to Interpro domains IPR014013 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding, DinG/Rad3-type), IPR010614 (DEAD2), IPR002464 (DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site), IPR006554 (Helicase-like, DEXD box c2 type), IPR006555 (Helicase, ATP-dependent, c2 type), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR013020 (DNA helicase (DNA repair), Rad3 type)
7uev-1F39B2.2n/achrI 14,790,521uev-1 encodes a ubiquitin-conjugating enzyme (UBC or E2) variant that contains the characteristic UBC motif, but lacks the critical active-site cysteine residue necessary for catalytic activity; as loss of UEV-1 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of UEV-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; UEV-1 does, however, interact with a number of proteins, such as UBC-13, that are likely involved in the response to DNA damage; thus, UEV-1 may play a role in ubiquitination and protein turnover in conjunction with DNA repair or the DNA damage checkpoint pathway.
8ugt-19K08B4.3n/achrIV 6,078,341C. elegans UGT-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
9cka-1C28D4.2n/achrIV 9,734,654cka-1 encodes an isoform of choline kinase whose activity has been verified in vitro, and that has a strong preference for choline over ethanolamine; CKA-1 and CKA-2 comprise a related group ('A') of choline kinases.
10C53D6.7C53D6.7n/achrIV 9,035,988contains similarity to Pfam domain PF00337 Galactoside-binding lectin contains similarity to Interpro domains IPR001079 (Galectin, galactose-binding lectin), IPR013320 (Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup), IPR008985 (Concanavalin A-like lectin/glucanase)
11clec-7F10G2.3n/achrV 7,329,181C. elegans CLEC-7 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
12F13G3.6F13G3.6n/achrI 7,304,082contains similarity to Pfam domain PF00535 Glycosyl transferase family 2 contains similarity to Interpro domains IPR001173 (Glycosyl transferase, family 2), IPR016040 (NAD(P)-binding)
13C41A3.1C41A3.1n/achrX 5,427,831contains similarity to Pfam domains PF02801 (Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain) (5), PF01370 (NAD dependent epimerase/dehydratase family) , PF08659 (KR domain) (2), PF00501 (AMP-binding enzyme) , PF00668 (Condensation domain) , PF00106 (short chain dehydrogenase) , PF00109 (Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain) (5), PF00550 (Phosphopantetheine attachment site) (8), PF00698 (Acyl transferase domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR016035 (Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase), IPR006163 (Phosphopantetheine-binding), IPR001242 (Condensation domain), IPR016038 (Thiolase-like, subgroup), IPR013968 (Polyketide synthase, KR), IPR000794 (Beta-ketoacyl synthase), IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR014031 (Beta-ketoacyl synthase, C-terminal), IPR014043 (Acyl transferase), IPR014030 (Beta-ketoacyl synthase, N-terminal), IPR008262 (Lipase, active site), IPR006162 (Phosphopantetheine attachment site), IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016039 (Thiolase-like), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR009081 (Acyl carrier protein-like), IPR001227 (Acyl transferase region)
14math-37R52.9n/achrII 2,121,460C. elegans MATH-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
15C06A12.3C06A12.3n/achrIV 17,428,622contains similarity to Pfam domain PF05303 Protein of unknown function (DUF727) contains similarity to Interpro domain IPR007967 (Protein of unknown function DUF727)
16F44A2.3F44A2.3n/achrV 9,308,144contains similarity to Pfam domain PF02886 LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
17W03H9.2W03H9.2n/achrII 14,144,403contains similarity to Homo sapiens Conserved hypothetical protein; HI:HIT000046554
18srbc-70F30B5.6n/achrIV 4,227,430C. elegans SRBC-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
19C29F7.7C29F7.7n/achrX 13,442,218contains similarity to Peromyscus maniculatus Alcohol dehydrogenase 2 (EC 1.1.1.1).; SW:ADH2_PERMA
20srt-33F40G12.8n/achrV 14,279,072C. elegans SRT-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
21K08C7.7K08C7.7n/achrIV 10,665,006This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
22secs-1D1054.13n/achrV 10,803,314C. elegans SECS-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF05889 Soluble liver antigen/liver pancreas antigen (SLA/LP autoantigen) contains similarity to Interpro domains IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR008829 (Soluble liver antigen/liver pancreas antigen)
23hsf-1Y53C10A.12n/achrI 11,957,869hsf-1 encodes the C. elegans heat-shock transcription factor ortholog; HSF-1 functions as a transcriptional regulator of stress-induced gene expression whose activity is required for heat-shock and proteotoxicity response, larval development, innate immunity, and regulation of adult lifespan.
24F25B5.5F25B5.5n/achrIII 5,944,924contains similarity to Pfam domains PF00919 (Uncharacterized protein family UPF0004) , PF04055 (Radical SAM superfamily) , PF01938 (TRAM domain) contains similarity to Interpro domains IPR005839 (Protein of unknown function UPF0004), IPR013848 (Protein of unknown function UPF0004, N-terminal), IPR007197 (Radical SAM), IPR006638 (Elongator protein 3/MiaB/NifB), IPR002792 (Deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM)
25H25P19.1H25P19.1n/achrV 688,859
26spd-3H34C03.1n/achrIV 6,763,933C. elegans SPD-3 protein ;
27srx-86F38B7.7n/achrV 11,563,703C. elegans SRX-86 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
28T27E9.6T27E9.6n/achrIII 13,475,636contains similarity to Bradyrhizobium japonicum Bsl1006 protein.; TR:Q89VN9
29ZK550.2ZK550.2n/achrIV 17,247,626contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
30R10E8.2R10E8.2n/achrV 18,254,063contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
31C09G5.2C09G5.2n/achrII 10,708,359C09G5.2 encodes an ortholog of S. cerevisiae DPH2/YKL191W and human DPH2L2 (OMIM:603456); C09G5.2 is a putative protein component of diphtamide synthesis; C09G5.2 has no obvious function in mass RNAi assays.
32str-187F26D10.8n/achrIV 17,266,207C. elegans STR-187 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000539 (Frizzled protein)
33srd-2R05H5.1n/achrII 10,186,817C. elegans SRD-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
34W07G4.1W07G4.1n/achrV 13,033,814contains similarity to Interpro domain IPR009050 ()
35ilys-2C45G7.2n/achrIV 2,468,243C. elegans ILYS-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF05497 Destabilase contains similarity to Interpro domain IPR008597 (Destabilase)
36nhr-264F14A5.1n/achrIV 9,293,087C. elegans NHR-264 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
37K11D2.1K11D2.1n/achrI 12,504,510contains similarity to Interpro domains IPR009091 (Regulator of chromosome condensation/beta-lactamase-inhibitor protein II), IPR000408 (Regulator of chromosome condensation, RCC1)
38nhr-257C17A2.1n/achrII 3,853,795C. elegans NHR-257 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
39R07B7.5R07B7.5n/achrV 12,069,626contains similarity to Pfam domain PF01494 FAD binding domain contains similarity to Interpro domains IPR003042 (Aromatic-ring hydroxylase), IPR002938 (Monooxygenase, FAD-binding)
40C17F3.1C17F3.1n/achrI 6,669,389
41ZK829.7ZK829.7n/achrIV 11,960,692contains similarity to Pfam domains PF00107 (Zinc-binding dehydrogenase) , PF08240 (Alcohol dehydrogenase GroES-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR013149 (Alcohol dehydrogenase, zinc-binding), IPR011032 (GroES-like), IPR013154 (Alcohol dehydrogenase GroES-like), IPR002085 (Alcohol dehydrogenase superfamily, zinc-containing), IPR016040 (NAD(P)-binding)
42C10A4.2C10A4.2n/achrX 7,412,571
43srw-121K12D9.3n/achrV 2,990,948C. elegans SRW-121 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
44R105.1R105.1n/achrIV 4,635,811contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
45sri-42T10D4.9n/achrII 3,141,931C. elegans SRI-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46ulp-4C41C4.6n/achrII 8,132,271C. elegans ULP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR003653 (Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1)
47srw-31K03D7.2n/achrV 17,507,514C. elegans SRW-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300), IPR000832 (GPCR, family 2, secretin-like), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
48C04G6.7C04G6.7n/achrII 5,101,080contains similarity to Interpro domains IPR006081 (Alpha defensin), IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR001008 (Mollusc metallothionein, family 2)
49glc-2F25F8.2n/achrI 4,886,565glc-2 encodes the beta subunit of a glutamate-gated chloride channel; in vivo, GLC-2 is capable of forming homomeric glutamate-activated channels, as well as heteromeric channels with GLC-1 that can be activated by glutamate and avermectins, antihelmintics that inhibit pharyngeal pumping; as loss of glc-2 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of GLC-2 in development and/or behavior is not yet known; however, GLC-2 expression is generally restricted to the pm4 pharyngeal muscles of larvae and adults, suggesting a role for GLC-2 in regulation of glutamatergic inhibition of pharyngeal pumping.
50fbxa-98C08F11.5n/achrIV 13,634,329This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.