UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T26G10.1T26G10.10chrIII 9,405,416contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3taf-12Y56A3A.4n/achrIII 11,865,724taf-12 encodes a homolog of transcription initiation factor TFIID 20/15 kDa subunits (TAFII-20/TAFII-15) with a glutamine/asparagine-rich N-terminal domain and a a TFIID-like C-terminal domain.
4C34C6.2C34C6.2n/achrII 8,681,696contains similarity to Homo sapiens KIAA1219; ENSEMBL:ENSP00000302059
5srx-42C06B3.11n/achrV 13,921,696C. elegans SRX-42 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
6Y48B6A.1Y48B6A.1n/achrII 14,152,681Y48B6A.1 encodes an ortholog of human BOP1 (OMIM:610596, overexpressed in colon cancer) and S. cerevisiae ERB1; Y48B6A.1 may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, Y48B6A.1 is probably required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline; however, BOP1 is also a phosphoprotein in mitotic spindles and required for normal chromosomal segregation, raising the possibility that Y48B6A.1 is multifunctional.
7str-209F26G5.5n/achrV 4,949,965C. elegans STR-209 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
8srg-61C24B9.11n/achrV 2,739,518C. elegans SRG-61 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000175 (Sodium:neurotransmitter symporter), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
9C47F8.3C47F8.3n/achrI 12,315,930contains similarity to Pfam domain PF01762 Galactosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002659 (Glycosyl transferase, family 31)
10srg-25T09D3.5n/achrV 5,343,042C. elegans SRG-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
11spp-19K04A8.9n/achrV 6,559,648C. elegans SPP-19 protein; contains similarity to Interpro domains IPR011001 (Saposin-like), IPR008139 (Saposin B)
12D1005.1D1005.1n/achrX 1,481,966contains similarity to Pfam domains PF08442 (ATP-grasp domain) , PF00549 (CoA-ligase) , PF02629 (CoA binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR013650 (ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type), IPR014608 (ATP-citrate synthase), IPR016142 (Citrate synthase-like, large alpha subdomain), IPR005811 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase), IPR016141 (Citrate synthase-like, core), IPR005809 (Succinyl-CoA synthetase, beta subunit), IPR016143 (Citrate synthase-like, small alpha subdomain), IPR005810 (Succinyl-CoA ligase, alpha subunit), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2), IPR017440 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site), IPR003781 (CoA-binding), IPR016102 (Succinyl-CoA synthetase-like)
13F31A9.4F31A9.4n/achrX 1,779,978
14vha-1R10E11.8n/achrIII 9,781,407vha-1 encodes an ortholog of subunit c of the membrane-bound (V0) domain of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase); VHA-1 is a predicted V-ATPase transmembrane rotor component; VHA-1 and VHA-2/3 comprise a closely related family of subunit c co-orthologs, predicted to carry protons from the cytosol to a-subunits (VHA-5, VHA-6, VHA-7, or UNC-32) for transmembrane export; VHA-1, like VHA-12 and VHA-17, antagonizes EFF-1-mediated cell fusion in hypodermal cells; VHA-1 is required for ovulation and embryogenesis, since vha-1(RNAi) animals are sterile with polyploid, unmatured oocytes and dead progeny; VHA-1 is required for alae formation, like the V0 subunits VHA-4 and VHA-5, but not like the V1 subunits VHA-8 or VHA-13; vha-1 shares an operon with vha-2 and R10E11.6; both vha-1 and vha-2 are expressed in the excretory cell, the rectum, and a pair of cells near the anus.
15C04F1.1C04F1.1n/achrI 5,727,848contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
16K08F4.5K08F4.5n/achrIV 10,135,380contains similarity to Paramecium tetraurelia Chromosome undetermined scaffold_96, whole genome shotgun sequence.; TR:A0EH68
17F23B2.8F23B2.8n/achrIV 9,152,242contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
18C40H5.2C40H5.2n/achrX 11,754,976contains similarity to Bifidobacterium longum Possible magnesium and cobalt transport protein.; TR:Q8G4E0
19T16A9.4T16A9.4n/achrV 14,218,017T16A9.4 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; while T16A9.4 has no clear orthologs in other organisms, it falls into a group of proteins that includes the classical neprilysins found in mammals (e.g., PEX [OMIM:307800] and the enkephalin cleaving enzymes).
20nhr-125R02D1.1n/achrV 4,322,934C. elegans NHR-125 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
21mrt-2Y41C4A.14n/achrIII 11,748,489mrt-2 encodes a highly conserved DNA-damage checkpoint protein homologous to the RAD1 protein found in S. pombe, Drosophila, and mammals; MRT-2 interacts with HUS-1 and HPR-9, also conserved DNA-damage checkpoint proteins, and is required in the germline for maintaining chromosomal integrity; mrt-2 mutations result in a failure to induce apoptosis in response to DNA damage, progressive telomere loss, chromosome fusion, and aneuploidy, all leading eventually to germline immortality.
22nsh-1F20H11.2n/achrIII 6,595,590C. elegans NSH-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00271 Helicase conserved C-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
23srx-8C14C6.9n/achrV 555,265C. elegans SRX-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
24fbxa-199T06E6.3n/achrV 15,398,082srx-40 encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
25irk-2M02A10.2n/achrX 706,700irk-2 encodes an inwardly rectifying potassium channel based on sequence homology to the the human potassium channel genes KCNJ1/KCNJ2.
26mig-17F57B7.4n/achrV 11,447,925mig-17 encodes a secreted metalloprotease that is a member of the ADAM (A Disintegrin And Metalloprotease) protein family; MIG-17 activity is required for proper migration of gonadal leader cells, namely the hermaphrodite distal tip cells (DTCs) and the male linker cell (MLC); a MIG-17::GFP translational fusion protein is first detected in late embryos with expression continuing through adulthood; expression is initially seen on the pseudocoelomic face of body wall muscles and then on the surface of the gonad, when the DTCs migrate on the lateral hypodermis towards the dorsal muscles; proper MIG-17 localization and glycosylation requires activity of MIG-23, a membrane-bound nucleoside diphosphatase, as well as activity of COGC-3 and COGC-1, two members of the conserved oligomeric Golgi complex; expression studies with MIG-17 deletion derivatives indicate that MIG-17 is expressed by the body wall muscles and then localizes to the DTCs where its activity is sufficient for guiding DTC migration.
27E02C12.9E02C12.9n/achrV 9,374,371contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
28H14E04.1H14E04.1n/achrIII 2,404,160contains similarity to Pfam domains PF02353 (Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase) , PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) , PF01209 (ubiE/COQ5 methyltransferase family) contains similarity to Interpro domains IPR004033 (UbiE/COQ5 methyltransferase), IPR003333 (Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase), IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
29C23H5.7C23H5.7n/achrIV 2,107,829contains similarity to Pfam domains PF00027 (Cyclic nucleotide-binding domain) , PF00520 (Ion transport protein) contains similarity to Interpro domains IPR005821 (Ion transport), IPR000595 (Cyclic nucleotide-binding), IPR014710 (RmlC-like jelly roll fold)
30K10C2.6K10C2.6n/achrX 6,451,568
31C06C3.3C06C3.3n/achrII 9,370,697contains similarity to Pfam domain PF03607 Doublecortin contains similarity to Interpro domain IPR003533 (Doublecortin)
32ZK402.3ZK402.3n/achrX 1,402,534contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
33C11D9.1C11D9.1n/achrI 4,424,085contains similarity to Pfam domain PF00621 RhoGEF domain contains similarity to Interpro domains IPR000219 (Dbl homology (DH) domain), IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
34F13A2.1F13A2.1n/achrV 4,381,556
35nhr-215T07C5.4n/achrX 12,699,419C. elegans NHR-215 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
36srxa-10R10E11.7n/achrIII 9,795,820C. elegans SRXA-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF03383 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein, class xa contains similarity to Interpro domain IPR005047 (Protein of unknown function DUF286, G protein-coupled receptor-like putative Caenorhabditis species)
37srw-60T11F1.1n/achrII 2,960,240C. elegans SRW-60 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
38B0496.4B0496.4n/achrIV 7,428,290contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core)
39F09A5.2F09A5.2n/achrX 13,137,360contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
40Y75B12B.8Y75B12B.8n/achrV 15,201,905contains similarity to Homo sapiens Xylosyltransferase I; ENSEMBL:ENSP00000261381
41cyp-14A4R04D3.1n/achrX 13,283,058C. elegans CYP-14A4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
42srx-59T07H8.3n/achrV 6,972,490C. elegans SRX-59 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
43Y17D7C.1Y17D7C.1n/achrV 18,709,792contains similarity to Trypanosoma brucei Hypothetical protein.; TR:Q7YVJ9
44tbx-32ZK380.1n/achrX 1,656,225C. elegans TBX-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF00907 T-box contains similarity to Interpro domains IPR008967 (p53-like transcription factor, DNA-binding), IPR001699 (Transcription factor, T-box)
45scrm-2ZK1053.5n/achrI 13,235,906scrm-2 encodes a putative phospholipid scramblase homologous to human PLSCR1-5, and paralogous to other C. elegans SCRMs (e.g., SCRM-1); in apoptotic germline cells, SCRM-2 is fully dispensable for normally rapid engulfment and largely dispensable for phosphatidylserine exposure; SCRM-2 does not bind WAH-1 in vitro, and scrm-2(tm650) mutants have no obvious phenotype.
46C55A1.1C55A1.1n/achrV 15,622,421contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
47T07D1.5T07D1.5n/achrX 2,419,146
48F58H7.1F58H7.1n/achrIV 933,095contains similarity to Homo sapiens Isoform 8 of Collagen alpha-2(XI) chain precursor; ENSEMBL:ENSP00000355123
49F10E7.6F10E7.6n/achrII 7,113,277
50srh-220F47C12.5n/achrIV 3,977,216C. elegans SRH-220 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)