UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1mdt-4ZK546.130chrII 4,943,020C. elegans MDT-4 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is MED4-PA;; FLYBASE:CG8609
2fbxa-184F45C12.8n/achrII 1,710,841This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
3aat-8F28F9.4n/achrIV 3,863,573aat-8 encodes a predicted amino acid transporter catalytic subunit; unlike catalytic subunits in other organisms, however, AAT-8 does not contain the highly conserved cysteine residue known to facilitate covalent interaction with a glycoprotein subunit, suggesting that AAT-8 does not require this residue for heterodimer formation or alternatively, does not require the glycoprotein subunit for function.
4C40C9.3C40C9.3n/achrX 13,647,897contains similarity to Conus textile Conotoxin scaffold VI/VII.; TR:Q9U653
5C09G9.7C09G9.7n/achrIV 8,878,734contains similarity to Pfam domain PF00292 'Paired box' domain contains similarity to Interpro domains IPR001523 (Paired box protein, N-terminal), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like)
6R09D1.11R09D1.11n/achrII 9,467,636contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
7W05H12.2W05H12.2n/achrI 13,412,326contains similarity to Pfam domain PF01612 3'-5' exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR002562 (3'-5' exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
8ZK673.3ZK673.3n/achrII 10,451,229ZK673.3 encodes a protein with a THAP or THAP-like domain required for embryonic development; other proteins with THAP or THAP-like domains include LIN-15A, LIN-15B, LIN-36, and HIM-17 (which all interact with LIN-35/Rb), as well as CDC-14B, CTB-1, GON-14, and ~100 other proteins such as Drosophila P element transposase and human nuclear proapoptotic factor THAP1.
9F53F4.12F53F4.12n/achrV 13,626,710contains similarity to Plasmodium falciparum Histidine-rich protein.; SW:HRP3_PLAFS
10ZK822.1ZK822.1n/achrIV 11,920,082contains similarity to Homo sapiens myosin, heavy polypeptide 7B, cardiac muscle, beta; ENSEMBL:ENSP00000262873
11W06B4.2W06B4.2n/achrII 4,469,593contains similarity to Pfam domain PF01869 BadF/BadG/BcrA/BcrD ATPase family contains similarity to Interpro domain IPR002731 (ATPase, BadF/BadG/BcrA/BcrD type)
12math-36R52.8n/achrII 2,118,724C. elegans MATH-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
13srh-187F10G2.8n/achrV 7,339,214C. elegans SRH-187 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
14C42C1.9C42C1.9n/achrIV 12,290,184contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core)
15acbp-5T12D8.3n/achrIII 13,640,695C. elegans ACBP-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF00023 (Ankyrin repeat) (2), PF00887 (Acyl CoA binding protein) contains similarity to Interpro domains IPR014352 (FERM/acyl-CoA-binding protein, 3-helical bundle), IPR002110 (Ankyrin), IPR000582 (Acyl-CoA-binding protein, ACBP)
16K03H1.11K03H1.11n/achrIII 9,951,334contains similarity to Pfam domain PF00646 (F-box domain)
17sgo-1C33H5.15n/achrIV 7,795,579C. elegans SGO-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF07557 Shugoshin C terminus contains similarity to Interpro domain IPR011515 (Shugoshin, C-terminal)
18bath-24B0047.3n/achrII 2,045,144C. elegans BATH-24 protein; contains similarity to Pfam domains PF00917 (MATH domain) , PF00651 (BTB/POZ domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ), IPR000210 (BTB/POZ-like)
19ZK1248.13ZK1248.13n/achrII 5,830,927
20F43C1.3F43C1.3n/achrIII 4,244,006F43C1.3 encodes a protein containing an HIT-type zinc finger domain and a coiled-coil region; loss of F43C1.3 activity via RNAi results in slower than normal growth rates.
21C35D10.6C35D10.6n/achrIII 4,859,975contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
22F48E8.3F48E8.3n/achrIII 5,462,687contains similarity to Pfam domains PF00890 (FAD binding domain) , PF01266 (FAD dependent oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR010960 (Flavocytochrome c), IPR006076 (FAD dependent oxidoreductase), IPR003953 (Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein, N-terminal), IPR016040 (NAD(P)-binding)
23srx-65K07C6.8n/achrV 3,922,434C. elegans SRX-65 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
24ZK792.5ZK792.5n/achrIV 11,686,516contains similarity to Pfam domain PF00806 Pumilio-family RNA binding repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR002952 (Eggshell protein), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
25sri-24C41G6.11n/achrV 15,212,913C. elegans SRI-24 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
26F23F1.6F23F1.6n/achrII 36,279contains similarity to Pfam domain PF00324 Amino acid permease contains similarity to Interpro domains IPR004755 (Cationic amino acid transport permease), IPR004841 (Amino acid permease-associated region), IPR002293 (Amino acid/polyamine transporter I)
27R144.5R144.5n/achrIII 5,000,320contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Smith-Magenis syndrome chromosomal region candidate gene 8 protein; ENSEMBL:ENSP00000379048
28nas-22T11F9.6n/achrV 11,475,004nas-22 encodes an astacin-like metalloprotease; large-scale expression studies reveal that a nas-22::GFP promoter fusion is expressed in the uterus, uterine and vulval muscles, and uterine seam cell.
29C49D10.4C49D10.4n/achrII 3,871,448contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
30W03G11.2W03G11.2n/achrX 12,107,432contains similarity to Pfam domain PF03381 LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family contains similarity to Interpro domain IPR005045 (Protein of unknown function DUF284, transmembrane eukaryotic)
31his-5F45F2.3n/achrV 8,535,370his-5 encodes an H4 histone.
32ccdc-55C16C10.6n/achrIII 4,167,827C. elegans CCDC-55 protein ; contains similarity to Mus musculus Coiled-coil domain-containing protein 55.; SW:Q5NCR9
33K06A5.1K06A5.1n/achrI 6,475,395contains similarity to Xenopus laevis MGC52985 protein.; TR:Q7ZWX1
34F14H12.8F14H12.8n/achrX 4,363,765
35W02D9.4W02D9.4n/achrI 12,538,320contains similarity to Oryza sativa Hypothetical protein.; TR:Q8H7L3
36puf-12ZK945.3n/achrII 10,101,606C. elegans PUF-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF08144 CPL (NUC119) domain contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR012959 (CPL), IPR016024 (Armadillo-type fold)
37taf-3C11G6.1n/achrX 16,334,113taf-3 encodes the C. elegans ortholog of mammalian TAF3(TAFII140), a component of the RNA polymerase II TFIID transcription complex; TAF-3 contains a histone fold-like domain in its N-terminus and by homology, is predicted to function in transcriptional regulation; however, as loss of taf-3 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of taf-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
38K08D9.5K08D9.5n/achrV 3,225,335contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
39F25H9.7F25H9.7n/achrV 13,468,733contains similarity to Pfam domain PF05882 ACN9 family contains similarity to Interpro domain IPR008381 (ACN9)
40Y52B11A.7Y52B11A.7n/achrI 11,022,105contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR011050 (Pectin lyase fold/virulence factor), IPR002394 (Nicotinic acetylcholine receptor, N-terminal), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
41T10B11.2T10B11.2n/achrI 6,934,027contains similarity to Pfam domain PF00781 Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) contains similarity to Interpro domain IPR001206 (Diacylglycerol kinase, catalytic region)
42Y38A10A.6Y38A10A.6n/achrV 6,098,058contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF04851 (Type III restriction enzyme, res subunit) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR006935 (Restriction endonuclease, type I, R subunit/Type III, Res subunit), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
43C29F9.12C29F9.12n/achrIII 121,876
44F27D9.7F27D9.7n/achrX 7,667,592contains similarity to Pfam domain PF01421 Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease contains similarity to Interpro domain IPR001590 (Peptidase M12B, ADAM/reprolysin)
45F33E11.3F33E11.3n/achrV 302,371contains similarity to Interpro domain IPR015988 (STAT transcription factor, coiled coil)
46ZC443.1ZC443.1n/achrV 12,809,256contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
47snx-3W06D4.5n/achrI 9,064,058C. elegans SNX-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00787 PX domain contains similarity to Interpro domain IPR001683 (Phox-like)
48glh-2C55B7.1n/achrI 6,515,665glh-2 encodes a putative DEAD-box RNA helicase that contains six CCHC zinc fingers and is homologous to Drosophila VASA, a germ-line-specific, ATP-dependent, RNA helicase; at non-permissive temperatures, GLH-2 plays a role in germ-line development and fertility, specifically in regulating the normal extent of germ-line proliferation, oogenesis, and the production of functional sperm; GLH-2 activity may also be required for the wild-type morphology of P granules and for localization of several protein components, but not accumulation of P granule mRNA components; GLH-2 interacts in vitro with itself and with KGB-1, a JNK-like MAP kinase; GLH-2 is a constitutive P granule component and thus, with the exception of mature sperm, is expressed in germ cells at all stages of development; GLH-2 is cytoplasmic in oocytes and the early embryo, while perinuclear in all later developmental stages as well as in the distal and medial regions of the hermaphrodite gonad; GLH-2 is expressed at barely detectable levels in males.
49sri-70Y61B8B.1n/achrV 17,303,714C. elegans SRI-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000883 (Cytochrome c oxidase, subunit I)
50C10G8.3C10G8.3n/achrV 5,313,573contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domain IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa)