UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1Y54E5A.7Y54E5A.70chrI 14,713,042contains similarity to Pfam domain PF00622 SPRY domain contains similarity to Interpro domains IPR001870 (B302, (SPRY)-like), IPR006594 (LisH dimerisation motif), IPR006595 (CTLH, C-terminal to LisH motif), IPR003877 (SPla/RYanodine receptor SPRY)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3cogc-5C43E11.1n/achrI 4,272,014cogc-5 encodes an ortholog of mammalian COG-5, a subunit of lobe B of the conserved oligomeric Golgi complex (COGC); COGC-5 is also orthologous to Drosophila FOUR WAY STOP (required for fly spermatogenesis); COGC-5 is weakly required for normal gonadal distal tip cell migration, a process that also requires seven other orthologs of COGC subunits; like other lobe B subunits in both C. elegans and S. cerevisiae, COGC-5 is only partially required for normal function, while lobe A subunits are strongly required in either worms or yeast.
4F23A7.4F23A7.4n/achrX 16,212,627contains similarity to Mus musculus MKIAA0554 protein (Fragment).; TR:Q80TY0
5ath-1K04G2.5n/achrI 8,037,923C. elegans ATH-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02230 Phospholipase/Carboxylesterase contains similarity to Interpro domains IPR003140 (Phospholipase/carboxylesterase), IPR003089 (Alpha/beta hydrolase)
6ZK686.4ZK686.4n/achrIII 7,769,518contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
7rnp-3K08D10.3n/achrIV 4,175,171rnp-3 encodes the small nuclear ribonucleoprotein (snRNP)-associated protein RNP-3/U2B''; genetically, rnp-3 appears to function redundantly with rnp-2/U1A: loss of rnp-3 activity alone results in low levels of embryonic and total lethality, while animals doubly mutant for rnp-3 and rnp-2/U1A show much higher levels of embryonic and total lethality; in addition, animals doubly mutant for SAP-1/U2A' and RNP-3/U2B'', display a much more severe phenotype than either single mutation, indicating that in vivo, these proteins have some independent functions; immunoprecipitation experiments indicate that RNP-3 associates with U2 RNA in vivo and that this association does not require the presence of SAP-1/U2A'.
8abu-3F31A3.1n/achrX 17,553,848abu-3 encodes a transmembrane protein with a predicted signal sequence, a glutamine/asparagine-rich domain and multiple cysteine-rich repeats (DUF139); abu-3 expression is induced by blockage of the unfolded-protein response in the endoplasmic reticulum (ER), and ABU-3 may function within the ER to protect the organism from damage by improperly folded nascent protein; abu-3 expression is enhanced in ER-stressed animals in which the unfolded protein response (UPR) is blocked by mutations in xbp-1, a bZIP transcription factor.
9kle-2C29E4.2n/achrIII 7,943,584C. elegans KLE-2 protein ; contains similarity to Homo sapiens Isoform 4 of Condensin-2 complex subunit H2; ENSEMBL:ENSP00000355052
10T01D3.5T01D3.5n/achrV 13,714,119contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
11T03G11.6T03G11.6n/achrX 5,178,330contains similarity to Pfam domains PF05219 (DREV methyltransferase) , PF08242 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR007884 (DREV methyltransferase)
12K05C4.7K05C4.7n/achrI 14,738,206contains similarity to Interpro domains IPR016617 (Uncharacterised conserved protein UCP013899, metal binding), IPR016024 (Armadillo-type fold)
13bub-1R06C7.8n/achrI 7,253,581bub-1 encodes a serine/threonine kinase orthologous to Saccharomyces cerevisiae BUB1 which is required for proper function of the mitotic spindle assembly checkpoint and human BUB1 (OMIM:602452) which is mutated in some colorectal cancers; BUB-1 activity is required at several stages of development, including embryogenesis; BUB-1 is expressed predominantly in the anterior of the embryo and in hypodermal seam cells during the L1 and L2 larval stages.
14T24G10.2T24G10.2n/achrIII 5,441,718contains similarity to Pfam domain PF02201 SWIB/MDM2 domain contains similarity to Interpro domain IPR003121 (SWIB/MDM2)
15K08F11.2K08F11.2n/achrIV 4,718,190contains similarity to Pfam domain PF06918 Protein of unknown function (DUF1280) contains similarity to Interpro domain IPR009689 (Protein of unknown function DUF1280)
16T10C6.5T10C6.5n/achrV 16,023,741contains similarity to Pfam domain PF04889 Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein contains similarity to Interpro domain IPR006973 (Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein)
17C03H5.2C03H5.2n/achrII 390,779C03H5.2 encodes a transporter of UDP-N-acetylglucosamine (UDP-GlcNAc) and UDP-N-acetylgalactosamine (UDP-GalNAc), orthologous to human SLC35A3 (OMIM:605632); CO3H5.2 is redundantly required, with its paralog SRF-3, for normal progression of oocytes through proximal gonads and for normal gonad morphology; C03H5.2 is expressed in many tissues, including pharynx, intestine, pharyngeal gland cells, seam cells, spermatheca, vulva, various muscles, hypodermis, and neurons; C03H5.2 transports both UDP-GlcNAc and UDP-GalNAc independently and simultaneously, with these two molecules neither competing with one another nor being transported as a heterodimer; C03H5.2's two transport activities are genetically separable, since an internally deleted version of C03H5.2 (lacking only 16 residues) retains normal levels of UDP-GlcNAc transport while losing 85-90% of its UDP-GalNAc transport activity; C03H5.2's activity has been experimentally validated through heterologous expression in budding yeast Golgi apparatus, and mutation of C03H5.2 in conserved residues greatly reduces this activity.
18tac-1Y54E2A.3n/achrII 14,753,292tac-1 encodes the sole C. elegans member of the transforming acidic coiled-coil (TACC) protein family whose members contain highly conserved C-terminal coiled-coil domains; during early embryogenesis, TAC-1 activity is essential for such microtubule-based processes as pronuclear migration and mitotic spindle elongation; TAC-1 interacts in vivo with, and mutually stabilizes, ZYG-9, a microtubule-associated protein (MAP) also required for pronuclear migration; TAC-1 also interacts with ZYG-8, a kinase domain-containing MAP required for proper spindle positioning during anaphase of the first embryonic cell division; TAC-1 is a core component of centrosomes, and also localizes to the meiotic spindle poles, the mitotic spindle, and the cytoplasm.
19cdk-8F39H11.3n/achrI 8,704,132cdk-8 encodes a member of the cyclin-dependent serine/threonine protein kinase family orthologous to human CDK8 (OMIM:603184) which functions in transcriptional regulation with the positive regulatory factor cyclin C, is associated with the RNA polymerase II holoenzyme, and may regulate gene-specific activators; CDK-8 also contains a glutamine/asparagine-rich domain; loss of cdk-8 function via RNA-mediated interference (RNAi) results in sterility in the injected hermaphrodite, suggesting that in C. elegans, CDK-8 may play a role in germ-line development.
20pqn-20C37A2.2n/achrI 6,794,248The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
21psa-4F01G4.1n/achrIV 11,128,568The psa-4 (phasmid socket absent) gene encodes an ortholog of SWI2/SNF2, a component of the SWI/SNF complex that is conserved from yeast to mammals and that is involved in chromatin remodeling; psa-4 is probably required during mitosis of the T cells for asymmetric cell division.
22F45C12.2F45C12.2n/achrII 1,732,740contains similarity to Interpro domains IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
23Y48E1B.4Y48E1B.4n/achrII 13,562,596contains similarity to Buchnera aphidicola Flagellar hook-length control protein.; SW:FLIK_BUCAP
24Y18D10A.1Y18D10A.1n/achrI 12,797,263contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domains IPR000116 (High mobility group proteins HMG-I and HMG-Y), IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding)
25C41H7.3C41H7.3n/achrII 3,006,666contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
26T22C1.6T22C1.6n/achrI 7,944,147contains similarity to Homo sapiens Alpha-taxilin; ENSEMBL:ENSP00000362711
27K08D10.1K08D10.1n/achrIV 4,182,875contains similarity to Pfam domain PF06918 Protein of unknown function (DUF1280) contains similarity to Interpro domain IPR009689 (Protein of unknown function DUF1280)
28ubc-18R01H2.6n/achrIII 7,068,071ubc-18 encodes an E2 ubiquitin-conjugating enzyme related to human UBCH7 (OMIM:603731); UBC-18 activity is required for normal growth and reproduction, and UBC-18 functions redundantly with LIN-35/Rb and other class B synthetic multivulval (SynMuv) gene products to regulate pharyngeal morphogenesis during embryonic development; ubc-18 transcripts are detected in the germline, embryos, late larval stages, and adults, suggesting that UBC-18 may function maternally to regulate several aspects of C. elegans development; the substrates of UBC-18 are not yet known.
29aspm-1C45G3.1n/achrI 9,224,107The C45G3.1 gene encodes a protein, with one N-terminal calponin-like actin-binding domain and two IQ calmodulin-binding domains, that is likely to be required for spindle structure and function, and (indirectly) for neural function, based on its orthology to Drosophila ABNORMAL SPINDLE and on its joint sterile and uncoordinated RNAi phenotypes; C45G3.1 is also orthologous to human ASPM (OMIM:605481), which when mutated leads to primary microcephaly; C45G3.1 is required for embryonic and larval viability, germline maintenance, vulval morphogenesis, meiosis, and locomotion.
30elb-1Y41C4A.10n/achrIII 11,719,034elb-1 encodes an Elongin B ortholog required for chromosome condensation and segregation during mitosis and meiotic division II, and also for cell proliferation (probably through degradation of CKI-1); elb-1(RNAi) animals tend to arrest at the second meiotic cell division, with escapers showing many other defects in chromosomal dynamics and cell cycle control such as abnormal pronuclear rotation and cortical protrusion, aberrant chromosomal structures in the intestine, and deficient germ cell proliferation; ELB-1 interacts with ELC-1 and ELC-2 in bacterial two-hybrid experiments.
31fbxb-74R08C7.9n/achrIV 4,438,735This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
32bub-3Y54G9A.6n/achrII 13,727,744C. elegans BUB-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
33mat-3F10C5.1n/achrIII 478,879mat-3 encodes a tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein that is the C. elegans ortholog of CDC23/APC8, a conserved regulatory subunit of the anaphase-promoting complex; mat-3 activity is required for progression through metaphase of oocyte meiosis I, germline proliferation, and vulval development.
34ZC395.11ZC395.11n/achrIII 5,286,154
35set-32C41G7.4n/achrI 9,520,403set-32 encodes a divergent histone H3 lysine-9 (H3K9) methyltransferase homolog with a SET domain; SET-32 has no obvious non-nematode orthologs, but several paralogs (SET-6, SET-13, SET-15, SET-19, SET-20, and SET-21); set-32(ok1457) has no obvious mutant phenotype, and SET-32 has no obvious function in mass RNAi assays.
36efl-1Y102A5C.18n/achrV 16,962,099efl-1 encodes a homolog of mammalian E2F that is required for embryonic asymmetry and that functions as a transcriptional repressor; during vulval development, efl-1, a class B synMuv gene, acts with class B synMuv genes dpl-1 and lin-35/Rb to antagonize receptor tyrosine kinase and Ras-mediated signaling; EFL-1 also negatively regulates the G1 to S phase cell cycle transition.
37cash-1K07C5.8n/achrV 10,364,141cash-1 encodes an ortholog of Drosophila CKA and the human striatins STRN, STRN3, and STRN4 that is required for vulval development; CASH-1 has an N-terminal region which may bind caveolin or calmodulin, and a C-terminal region with five tandem WD domains; by its orthology with CKA and striatins, CASH-1 is predicted to act as a scaffold linking signal transduction proteins (such as JKK-1 and JNK-1) to transcription factors (such as JUN-1 or FOS-1); CASH-1 is expressed broadly, in both larval and adult pharynx, intestine, rectal epithelium, hypodermis, and neurons, as well as the developing vulva and the adult reproductive system.
38C27A12.9C27A12.9n/achrI 6,064,908contains similarity to Pfam domain PF01663 Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase contains similarity to Interpro domains IPR017849 (Alkaline phosphatase-like, alpha/beta/alpha), IPR002591 (Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
39Y38C9A.1Y38C9A.1n/achrV 112,782contains similarity to Leishmania major strain Friedlin Proteophosphoglycan ppg4.; TR:Q4FX63
40C17E4.6C17E4.6n/achrI 9,426,826contains similarity to Pfam domains PF05764 (YL1 nuclear protein) , PF08265 (YL1 nuclear protein C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR013272 (YL1 nuclear, C-terminal), IPR008895 (YL1 nuclear)
41ZK632.5ZK632.5n/achrIII 9,810,489contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:O97236
42C07A4.1C07A4.1n/achrX 10,169,900contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
43F31D4.2F31D4.2n/achrV 20,838,947contains similarity to Pfam domain PF01937 Protein of unknown function DUF89 contains similarity to Interpro domains IPR000408 (Regulator of chromosome condensation, RCC1), IPR002791 (Protein of unknown function DUF89)
44H04M03.1H04M03.1n/achrIV 5,897,858contains similarity to Pfam domain PF00821 Phosphoenolpyruvate carboxykinase contains similarity to Interpro domains IPR013035 (Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal), IPR008210 (Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal), IPR008209 (Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising)
45F52C9.7F52C9.7n/achrIII 5,309,798contains similarity to Interpro domain IPR002226 (Catalase)
46C24D10.4C24D10.4n/achrIV 5,160,919
47Y48A6C.3Y48A6C.3n/achrIII 11,118,099contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR013026 (Tetratricopeptide region), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
48R04A9.2R04A9.2n/achrX 374,567contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
49F20D1.2F20D1.2n/achrX 14,972,677contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domains IPR001763 (Rhodanese-like), IPR000195 (RabGAP/TBC)
50fbxb-31M151.5n/achrII 3,638,541C. elegans FBXB-31 protein; contains similarity to Pfam domains PF07735 (F-box associated) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR012885 (F-box associated type 2)