UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1W07E6.3W07E6.30chrII 496,617contains similarity to Interpro domain IPR000326 (Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3T03G6.3T03G6.3n/achrX 2,613,474contains similarity to Pfam domain PF01663 Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase contains similarity to Interpro domains IPR017849 (Alkaline phosphatase-like, alpha/beta/alpha), IPR002591 (Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
4vha-1R10E11.8n/achrIII 9,781,407vha-1 encodes an ortholog of subunit c of the membrane-bound (V0) domain of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase); VHA-1 is a predicted V-ATPase transmembrane rotor component; VHA-1 and VHA-2/3 comprise a closely related family of subunit c co-orthologs, predicted to carry protons from the cytosol to a-subunits (VHA-5, VHA-6, VHA-7, or UNC-32) for transmembrane export; VHA-1, like VHA-12 and VHA-17, antagonizes EFF-1-mediated cell fusion in hypodermal cells; VHA-1 is required for ovulation and embryogenesis, since vha-1(RNAi) animals are sterile with polyploid, unmatured oocytes and dead progeny; VHA-1 is required for alae formation, like the V0 subunits VHA-4 and VHA-5, but not like the V1 subunits VHA-8 or VHA-13; vha-1 shares an operon with vha-2 and R10E11.6; both vha-1 and vha-2 are expressed in the excretory cell, the rectum, and a pair of cells near the anus.
5srt-1C13B7.1n/achrV 2,436,754C. elegans SRT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
6B0412.3B0412.3n/achrIII 802,243contains similarity to Pfam domain PF07919 Protein of unknown function (DUF1683) contains similarity to Interpro domain IPR012880 (Protein of unknown function DUF1683, C-terminal)
7hsp-6C37H5.8n/achrV 4,825,414hsp-6 encodes a mitochondrial-specific chaperone that is a member of the DnaK/Hsp70 superfamily of molecular chaperones; hsp-6 is believed to be involved in the mitochondrial unfolded protein response, as hsp-6 expression, normally broadly detected from the L1 larval through adult stages of development, is greatly increased in response to treatments that disrupt mitochondrial protein handling; loss of hsp-6 activity via RNAi results in severe growth defects with arrest at embryonic and early larval stages of development.
8T07D1.5T07D1.5n/achrX 2,419,146
9C29G2.3C29G2.3n/achrV 2,581,907
10C06E1.9C06E1.9n/achrIII 8,608,051contains similarity to Interpro domain IPR001680 (WD40 repeat)
11T14B4.2T14B4.2n/achrII 6,736,402contains similarity to Pfam domain PF01084 Ribosomal protein S18 contains similarity to Interpro domain IPR001648 (Ribosomal protein S18)
12C11D9.1C11D9.1n/achrI 4,424,085contains similarity to Pfam domain PF00621 RhoGEF domain contains similarity to Interpro domains IPR000219 (Dbl homology (DH) domain), IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
13F41G3.2F41G3.2n/achrII 6,759,863
14clec-187ZK896.6n/achrIV 12,870,360C. elegans CLEC-187 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR003990 (Pancreatitis-associated protein), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
15C07H6.2C07H6.2n/achrIII 7,521,145contains similarity to Pfam domain PF07491 Protein phosphatase inhibitor contains similarity to Interpro domain IPR011107 (Protein phosphatase inhibitor)
16C40A11.3C40A11.3n/achrII 2,142,086contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
17T07D3.3T07D3.3n/achrII 895,627contains similarity to Homo sapiens CGI16-iso; ENSEMBL:ENSP00000368599
18T22F7.1T22F7.1n/achrIII 544,286contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR006655 (Molybdopterin oxidoreductase, prokaryotic, conserved site), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
19F40G12.7F40G12.7n/achrV 14,275,984contains similarity to Pfam domain PF06887 Protein of unknown function (DUF1265) contains similarity to Interpro domain IPR009676 (Protein of unknown function DUF1265)
20W09G10.3W09G10.3n/achrII 3,526,838contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
21nhr-125R02D1.1n/achrV 4,322,934C. elegans NHR-125 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
22nhr-166C49D10.2n/achrII 3,881,165C. elegans NHR-166 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
23irk-2M02A10.2n/achrX 706,700irk-2 encodes an inwardly rectifying potassium channel based on sequence homology to the the human potassium channel genes KCNJ1/KCNJ2.
24pqn-27E01G4.4n/achrII 13,454,655The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
25T21B4.3T21B4.3n/achrII 12,495,897contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
26mrt-2Y41C4A.14n/achrIII 11,748,489mrt-2 encodes a highly conserved DNA-damage checkpoint protein homologous to the RAD1 protein found in S. pombe, Drosophila, and mammals; MRT-2 interacts with HUS-1 and HPR-9, also conserved DNA-damage checkpoint proteins, and is required in the germline for maintaining chromosomal integrity; mrt-2 mutations result in a failure to induce apoptosis in response to DNA damage, progressive telomere loss, chromosome fusion, and aneuploidy, all leading eventually to germline immortality.
27egg-4T21E3.1n/achrI 3,933,502C. elegans EGG-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
28R02E12.4R02E12.4n/achrX 4,005,562contains similarity to Pfam domains PF03148 (Tektin family) , PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000435 (Tektin), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
29D1037.1D1037.1n/achrI 3,687,476contains similarity to Pfam domains PF00035 (Double-stranded RNA binding motif) , PF01585 (G-patch domain) contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR000694 (Proline-rich region), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like), IPR000467 (D111/G-patch)
30K08F4.5K08F4.5n/achrIV 10,135,380contains similarity to Paramecium tetraurelia Chromosome undetermined scaffold_96, whole genome shotgun sequence.; TR:A0EH68
31tag-50M176.1n/achrII 9,413,277tag-50 encodes a predicted member of the arrestin family.
32eif-3.HC41D11.2n/achrI 4,445,653C. elegans EIF-3.H protein; contains similarity to Pfam domain PF01398 Mov34/MPN/PAD-1 family contains similarity to Interpro domains IPR000555 (Mov34/MPN/PAD-1), IPR003639 (Mov34-1)
33tsp-3Y39E4B.4n/achrIII 13,213,403C. elegans TSP-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00335 Tetraspanin family contains similarity to Interpro domain IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen)
34T07F12.1T07F12.1n/achrX 4,895,096T07F12.1 encodes a member of the histidine phosphatase superfamily orthologous to Bombyx mori ecdysteroid phosphate phosphatase (EPP), human STS1 (OMIM:609201) and human UBASH3A (OMIM:605736); in cell culture, recombinant T07F12.1 is a cytosolic enzyme with steroid phosphatase activity on ecdysone 22-phosphate (E22P), 3-epiecdysone 22-phosphate, 3-epiecdysone 2-phosphate substrates, and prednisolone 21-phosphate substrates, with E22P being preferred; T07F12.1 has no activity against 3-epiecdysone 3(alpha)-phosphate or 1-dehydrotestosterone sodium sulphate; unlike its Bombyx or mammalian orthologs, T07F12.1 lacks non-catalytic SH3 and UBA domains; T07F12.1 is paralogous to C. elegans C52E4.7, F09C12.8, F53B6.7, and F55A11.11.
35Y57G11A.4Y57G11A.4n/achrIV 14,484,352contains similarity to Interpro domain IPR005018 (DOMON related)
36pgp-7T21E8.2n/achrX 10,867,530pgp-7 encodes an ATP-binding protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; PGP-7 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, but as loss of pgp-7 activity via RNAi results in no obvious defects, the precise role of PGP-7 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; pgp-7 promoter-gfp fusion proteins are expressed in the rays of the adult male tail.
37C46A5.2C46A5.2n/achrIV 7,761,432contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
38C05E7.4C05E7.4n/achrX 12,966,891contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
39srw-60T11F1.1n/achrII 2,960,240C. elegans SRW-60 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
40inx-7K02B2.4n/achrIV 5,945,314C. elegans INX-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF00876 Innexin contains similarity to Interpro domain IPR000990 (Innexin)
41Y51H1A.2Y51H1A.2n/achrII 13,867,372contains similarity to Pfam domain PF02759 RUN domain contains similarity to Interpro domain IPR004012 (RUN)
42Y39F10C.1Y39F10C.1n/achrII 675,733contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
43srxa-10R10E11.7n/achrIII 9,795,820C. elegans SRXA-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF03383 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein, class xa contains similarity to Interpro domain IPR005047 (Protein of unknown function DUF286, G protein-coupled receptor-like putative Caenorhabditis species)
44set-6C49F5.2n/achrX 11,972,276set-6 encodes a putative histone H3 lysine-9 methyltransferase; SET-6 has no non-nematode orthologs, but several paralogs (SET-13, SET-15, SET-19, SET-20, SET-21, and SET-32); neither set-6(tm1611) nor set-6(RNAi) have any obvious phenotypes.
45F25B4.2F25B4.2n/achrV 5,710,856contains similarity to Pfam domain PF04710 Pellino contains similarity to Interpro domain IPR006800 (Pellino)
46M142.5M142.5n/achrIII 10,931,599contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Protein LSM12 homolog; ENSEMBL:ENSP00000293406
47T07G12.8T07G12.8n/achrIV 10,553,796contains similarity to Thermoplasma volcanium ABC transport system permease protein P1P2A1A2.; TR:Q978R0
48lgc-49K10D6.1n/achrV 11,192,427C. elegans LGC-49 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR001390 (Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit), IPR002289 (Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit), IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
49rpb-4F43E2.2n/achrII 7,374,771C. elegans RPB-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF03874 RNA polymerase Rpb4 contains similarity to Interpro domains IPR010997 (HRDC-like), IPR005574 (RNA polymerase II, Rpb4), IPR006590 (RNA polymerase II, Rpb4, core)
50F23B2.8F23B2.8n/achrIV 9,152,242contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)