UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C06H2.3C06H2.30chrV 11,128,767contains similarity to Pfam domains PF02373 (JmjC domain) , PF00583 (Acetyltransferase (GNAT) family) contains similarity to Interpro domains IPR013129 (Transcription factor jumonji), IPR003347 (Transcription factor jumonji/aspartyl beta-hydroxylase), IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
2K10E9.1K10E9.1n/achrI 196,071
3cpf-1F28C6.3n/achrII 8,601,385C. elegans CPF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR001632 (G-protein, beta subunit), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
4prp-17F49D11.1n/achrI 10,938,676C. elegans PRP-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
5skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
6scpl-2F45E12.1n/achrII 7,312,591scpl-2 encodes a putative serine/threonine phosphatase, orthologous to budding yeast Nem1p and human DULLARD; SCPL-2 is expressed in pharynx and intestine; SCPL-2 is distantly similar to FCP-1 and SCPL-1, -3, and -4; by orthology, SCPL-2 is expected to localize to the nuclear envelope, to regulate nuclear membrane biogenesis, and to dephosphorylate the phosphatidic acid phosphatase ortholog H37A05.1.
7sec-3F52E4.7n/achrX 3,097,634C. elegans SEC-3 protein ; contains similarity to Danio rerio Exocyst complex component 1.; TR:Q7T2A6
8dnj-15K08D10.2n/achrIV 4,177,547This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
9ucp-4K07B1.3n/achrV 9,335,690C. elegans UCP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR002030 (Mitochondrial brown fat uncoupling protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
10K08F4.1K08F4.1n/achrIV 10,124,631contains similarity to Pfam domain PF00004 ATPase family associated with various cellular activities (AAA) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR001199 (Cytochrome b5), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
11npp-5F07A11.3n/achrII 11,598,202C. elegans NPP-5 protein; contains similarity to Interpro domain IPR007252 (Nuclear pore protein 84/107)
12T03G11.6T03G11.6n/achrX 5,178,330contains similarity to Pfam domains PF05219 (DREV methyltransferase) , PF08242 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR007884 (DREV methyltransferase)
13C14A4.3C14A4.3n/achrII 10,586,058contains similarity to Pfam domain PF03901 Alg9-like mannosyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR005599 (Alg9-like mannosyltransferase)
14F25H5.5F25H5.5n/achrI 9,161,573F25H5.5 encodes the C. elegans homologue of Claspin, an S-phase checkpoint component that interacts with Chk1 and negatively regulates cell cycle progression; in wild-type animals, loss of F25H5.5 activity results in some embryonic lethality; loss of F25H5.5 activity in a lin-35 mutant background, however, results in sterility, as well as smaller than normal body size, uncoordinated locomotion, and a protruding vulva; weaker F25H5.5 RNAi phenotypes are seen in lin-15B and eri-1; lin-15B backgrounds.
15mtr-4W08D2.7n/achrIV 9,828,133C. elegans MTR-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF08148 (DSHCT (NUC185) domain) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR016438 (RNA helicase, ATP-dependent, SK12/DOB1), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR012961 (DSH, C-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
16C25A11.2C25A11.2n/achrX 9,115,559contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
17C24G6.3C24G6.3n/achrV 5,517,383contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
18npp-4Y54E5A.4n/achrI 14,703,902C. elegans NPP-4 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR007758 (Nucleoporin, Nsp1-like, C-terminal)
19W02D3.4W02D3.4n/achrI 6,720,208contains similarity to Pfam domain PF07857 CEO family (DUF1632) contains similarity to Interpro domain IPR012435 (Protein of unknown function DUF1632)
20R06F6.2R06F6.2n/achrII 10,790,634contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR016528 (Vacuolar protein sorting-associated protein 11), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR000547 (Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat), IPR016024 (Armadillo-type fold), IPR011044 (Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like)
21F32B6.3F32B6.3n/achrIV 9,883,182contains similarity to Pfam domains PF02840 (Prp18 domain) , PF08799 (pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like) contains similarity to Interpro domains IPR014906 (Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like), IPR003648 (Splicing factor motif), IPR004098 (Prp18)
22srz-94F49H6.11n/achrV 17,034,553C. elegans SRZ-94 protein ;
23wrm-1B0336.1n/achrIII 5,724,932wrm-1 encodes, along with bar-1 and hmp-2, one of three C. elegans beta-catenin-like proteins; during development, wrm-1 functions in noncanonical Wnt signaling pathways that specify cell fates in the early embryo, the somatic gonad, and postembryonic hypodermal lineages.
24B0035.11B0035.11n/achrIV 11,328,468contains similarity to Pfam domain PF04004 Leo1-like protein contains similarity to Interpro domain IPR007149 (Leo1-like protein)
25C25G6.5C25G6.5n/achrX 1,253,316contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002232 (5-Hydroxytryptamine 6 receptor), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
26C07A4.1C07A4.1n/achrX 10,169,900contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
27F29B9.5F29B9.5n/achrIV 4,652,758contains similarity to Pfam domains PF00085 (Thioredoxin) , PF00578 (AhpC/TSA family) contains similarity to Interpro domains IPR011594 (Thioredoxin-like), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR000866 (Alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related)
28T12G3.5T12G3.5n/achrIV 12,031,705contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mRpL51-PA;; FLYBASE:CG13098
29C07H6.4C07H6.4n/achrIII 7,501,398contains similarity to Pfam domains PF01805 (Surp module) , PF00076 (RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)) contains similarity to Interpro domains IPR006569 (Regulation of nuclear pre-mRNA protein), IPR000061 (SWAP/Surp), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR008942 (ENTH/VHS), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
30ZK1236.5ZK1236.5n/achrIII 8,431,825ZK1236.5 encodes a protein with no obvious non-nematode homologs; either ZK1236.9, or ZK1236.5, or both proteins weakly inhibit DHC-1 in vivo; likewise, either ZK1236.5, or ZK1236.9, or both proteins are required in mass RNAi assays for normal osmoregulation and normally rapid growth.
31C41H7.3C41H7.3n/achrII 3,006,666contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
32cir-1F55F8.4n/achrI 5,654,871C. elegans CIR-1 protein ; contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of CBF1-interacting corepressor; ENSEMBL:ENSP00000339723
33K08F11.2K08F11.2n/achrIV 4,718,190contains similarity to Pfam domain PF06918 Protein of unknown function (DUF1280) contains similarity to Interpro domain IPR009689 (Protein of unknown function DUF1280)
34spr-5Y40B1B.6n/achrI 13,443,987spr-5 encodes the C. elegans ortholog of the human histone demethylase LSD1 (lysine-specific demethylase 1) that functions to mediate chromatin remodeling and transcriptional regulation; loss of spr-5 activity can suppress the egg-laying defective (Egl) phenotype of mutations in sel-12/presenilin and derepresses expression of hop-1, which encodes the second C. elegans presenilin, by 20- to 30-fold; in binding assays and yeast two-hybrid experiments, SPR-5 interacts with SPR-1, the C. elegans ortholog of CoREST.
35F28D1.1F28D1.1n/achrIV 12,373,435contains similarity to Pfam domains PF08149 (BING4CT (NUC141) domain) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR012952 (BING4, C-terminal), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
36C56A3.5C56A3.5n/achrV 13,552,624contains similarity to Ureaplasma parvum Hypothetical protein UU346.; TR:Q9PQE5
37C25G4.3C25G4.3n/achrIV 12,445,137contains similarity to Pfam domain PF02033 Ribosome-binding factor A contains similarity to Interpro domains IPR000238 (Ribosome-binding factor A), IPR015946 (K homology-like, alpha/beta)
38C45G9.5C45G9.5n/achrIII 5,049,097
39K07C5.3K07C5.3n/achrV 10,344,230contains similarity to Pfam domain PF00645 Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region contains similarity to Interpro domain IPR001510 (Zinc finger, PARP-type)
40srh-239T26H5.3n/achrV 15,446,542C. elegans SRH-239 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
41F31C3.4F31C3.4n/achrI 15,051,595contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
42ZK1010.3ZK1010.3n/achrIII 12,979,542contains similarity to Pfam domain PF06229 FRG1-like family contains similarity to Interpro domains IPR010414 (FRG1-like), IPR008999 (Actin-crosslinking proteins)
43F45G2.9F45G2.9n/achrIII 13,436,244contains similarity to Pfam domain PF01728 FtsJ-like methyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR016448 (23S ribosomal RNA methyltransferase), IPR015507 (Ribosomal RNA methyltransferase J), IPR002877 (Ribosomal RNA methyltransferase RrmJ/FtsJ)
44K11E4.2K11E4.2n/achrX 13,718,299contains similarity to Pfam domain PF00017 SH2 domain contains similarity to Interpro domains IPR006020 (Phosphotyrosine interaction region), IPR000980 (SH2 motif)
45qdpr-1T03F6.1n/achrIII 13,394,312The T03F6.1 gene encodes an ortholog of the human gene QUINOID DIHYDROPTERIDINE REDUCTASE (QDPR; DHPR), which when mutated leads to phenylketonuria II (OMIM:261630).
46F55A3.2F55A3.2n/achrI 10,795,710contains similarity to Interpro domains IPR000209 (Peptidase S8 and S53, subtilisin, kexin, sedolisin), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like)
47Y47H9C.8Y47H9C.8n/achrI 11,895,073contains similarity to Streptococcus pneumoniae Magnesium transporter, CorA family.; TR:Q97SX8
48F31E3.4F31E3.4n/achrIII 6,965,804contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR006055 (Exonuclease), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
49srsx-37M01B2.7n/achrV 15,258,341C. elegans SRSX-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
50eif-3.FD2013.7n/achrII 9,332,730C. elegans EIF-3.F protein; contains similarity to Pfam domain PF01398 Mov34/MPN/PAD-1 family contains similarity to Interpro domains IPR000555 (Mov34/MPN/PAD-1), IPR003639 (Mov34-1)