UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1col-141T15B7.52e-53chrV 6,830,181C. elegans COL-141 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
2T01G1.3T01G1.3n/achrIV 11,368,676contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR000694 (Proline-rich region), IPR002110 (Ankyrin), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
3cid-1K10D2.3n/achrIII 5,177,184cid-1 (also known as pup-1) encodes a template-independent poly(U) polymerase with 3'' end RNA substrates, orthologous to human ZCCHC6 and ZCCHC11, and paralogous to PUP-2; CID-1 prevents larvae from growing to adulthood in media containing hydroxyurea (HU, a drug that stalls replication forks) and represses HSP-4 expression; CID-1 is required for gonadogenesis, embryonic and vulval development, normally rapid growth, and normally short lifespan; CID-1, like HSP-4, is expressed in postmitotic intestinal cells; by orthology with Cid1p in fission yeast, CID-1 is predicted to act in a DNA synthesis-to-mitosis checkpoint; in cid-1(rf35::Tc4) mutants or cid-1(RNAi) animals grow from L1 larvae to adulthood despite the presence of HU, are abnormally resistant to lethal heat shock, overexpress hsp-4::GFP, have protruding vulvae, have abnormally short and thick gonads with fewer germ cells than normal, produce disorganized embryos, grow slowly, and have abnormally long lifespans; CID-1 and its eukaryotic homologs are distantly related to the GLD-2 family of poly(A) polymerases.
4ZK1193.2ZK1193.2n/achrX 411,499contains similarity to Pfam domains PF00092 (von Willebrand factor type A domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR001304 (C-type lectin), IPR006582 (Region of unknown fuction MD, Caenorhabditis elegans), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
5F52B5.3F52B5.3n/achrI 8,321,160The F52B5.3 gene encodes a DEAH helicase orthologous to the Drosophila SpindleE protein.
6C18E9.4C18E9.4n/achrII 8,964,490C18E9.4 encodes the C. elegans ortholog of the NDUFB3/B12 subunit of the mitochondrial NADH dehydrogenase (ubiquinone) complex (complex I).
7B0024.4B0024.4n/achrV 10,298,103contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
8CD4.8CD4.8n/achrV 5,600,286contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
9K02B2.1K02B2.1n/achrIV 5,942,943contains similarity to Pfam domains PF01591 (6-phosphofructo-2-kinase) , PF00300 (Phosphoglycerate mutase family) contains similarity to Interpro domains IPR016260 (Bifunctional 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2, 6-bisphosphate 2-phosphatase), IPR001345 (Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase), IPR003094 (Fructose-2,6-bisphosphatase), IPR013079 (6-phosphofructo-2-kinase), IPR013078 (Phosphoglycerate mutase)
10Y54G11A.2Y54G11A.2n/achrII 14,253,902contains similarity to Pfam domain PF05670 Domain of unknown function (DUF814) contains similarity to Interpro domain IPR008532 (Protein of unknown function DUF814)
11C03B8.2C03B8.2n/achrIII 7,716,234
12msh-2H26D21.2n/achrI 3,695,931The msh-2 gene encodes a DNA mismatch repair protein homolog that is orthologous to human MSH2 (OMIM:120435); mutation of the human MSH2 gene leads to hereditary non-polyposis colon cancer (OMIM:120436).
13cyn-7Y75B12B.2n/achrV 15,186,997cyn-7 encodes a cyclophilin A isoform; while not tested for peptidyl-prolyl isomerase activity in vitro, it is very similar to CYN-3 and closely resembles the prototypical CypA, and is therefore likely to be a member of the cytosolic CsA-binding cyclophilin subfamily; CYN-7 was required for embryonic viability in one set of mass RNAi assays.
14F10F2.2F10F2.2n/achrIII 4,631,042contains similarity to Pfam domains PF02769 (AIR synthase related protein, C-terminal domain) (2), PF00586 (AIR synthase related protein, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR016188 (PurM, N-terminal-like), IPR001220 (Legume lectin, beta domain), IPR000728 (AIR synthase related protein), IPR010073 (Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, eukaryotes and proteobacteria), IPR010918 (AIR synthase related protein, C-terminal), IPR002016 (Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial)
15C29F4.2C29F4.2n/achrIV 11,228,390contains similarity to Pfam domain PF01062 Bestrophin contains similarity to Interpro domain IPR000615 (Bestrophin)
16ddb-1M18.5n/achrIV 12,117,957M18.5 is orthologous to the human gene DAMAGE-SPECIFIC DNA BINDING PROTEIN 1 (127KD) (DDB1; OMIM:600045), which when mutated leads to disease.
17spd-5F56A3.4n/achrI 5,173,414C. elegans SPD-5 protein; contains similarity to Interpro domains IPR002017 (Spectrin repeat), IPR000533 (Tropomyosin), IPR009053 (Prefoldin)
18C18H2.2C18H2.2n/achrIII 7,679,866contains similarity to Interpro domain IPR008962 (PapD-like)
19C38C10.2C38C10.2n/achrIII 9,388,833C38C10.2 is orthologous to the human gene SOLUTE CARRIER FAMILY 17 (ANION/SUGAR TRANSPORTER), MEMBER 5 (SLC17A5; OMIM:604322), which when mutated leads to disease.
20T12E12.2T12E12.2n/achrIV 5,546,641contains similarity to Pfam domain PF00385 'chromo' (CHRromatin Organisation MOdifier) domain contains similarity to Interpro domains IPR000953 (Chromo domain), IPR016197 (Chromo domain-like)
21vps-54T21C9.2n/achrV 10,571,379The vps-54 gene encodes an ortholog of VPS54 in S. cerevisiae, a protein involved in vacuolar trafficking.
22C26E6.6C26E6.6n/achrIII 4,936,354contains similarity to Pfam domain PF00297 Ribosomal protein L3 contains similarity to Interpro domains IPR009000 (Translation elongation and initiation factors/Ribosomal, beta-barrel), IPR000597 (Ribosomal protein L3)
23rabn-5F01F1.4n/achrIII 5,865,475C. elegans RABN-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF09311 (Rab5 binding) , PF01363 (FYVE zinc finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000306 (Zinc finger, FYVE-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type), IPR015390 (Rabaptin, GTPase-Rab5 binding), IPR017455 (Zinc finger, FYVE-related), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
24Y106G6H.8Y106G6H.8n/achrI 10,452,513contains similarity to Pfam domain PF04241 Protein of unknown function (DUF423) contains similarity to Interpro domain IPR006696 (Protein of unknown function DUF423)
25stl-1F30A10.5n/achrI 9,487,412C. elegans STL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01145 SPFH domain / Band 7 family contains similarity to Interpro domains IPR001107 (Band 7 protein), IPR001972 (Stomatin)
26K09F6.3K09F6.3n/achrII 2,258,704contains similarity to Pfam domains PF02206 (Domain of unknown function) , PF00102 (Protein-tyrosine phosphatase) contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
27apc-2K06H7.6n/achrIII 8,082,080apc-2 encodes an ortholog of subunit 2 of anaphase-promoting complex (APC, a cyclin-specific E3 RING ubiquitin ligase); APC-2 and S. cerevisiae's Apc2p have 32% identity in their cullin domains (considered crucial for function), but otherwise share no obvious similarity; inactivating apc-2 with RNAi causes embryos to arrest at the meiotic one-cell stage, implying that APC-2 is required for the metaphase-to-anaphase transition of meiosis I; this RNAi phenotype of apc-2 is shared by apc-1, apc-4, apc-11, cdc-16, cdc-23, and cdc-27; by analogy with other APC subunits with hypomorphic alleles, APC-2 is likely to be required for asymmetrical segregation of cell fate determinants in two-cell embryos.
28F25G6.9F25G6.9n/achrV 8,567,613contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
29F20A1.9F20A1.9n/achrV 7,050,345contains similarity to Pfam domains PF04326 (Divergent AAA domain) , PF00622 (SPRY domain) contains similarity to Interpro domains IPR001870 (B302, (SPRY)-like), IPR003877 (SPla/RYanodine receptor SPRY), IPR007421 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-4)
30C34B2.5C34B2.5n/achrI 10,675,986contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
31M01E11.2M01E11.2n/achrI 5,580,733contains similarity to Pfam domain PF08216 Eukaryotic domain of unknown function (DUF1716) contains similarity to Interpro domains IPR013180 (Protein of unknown function DUF1716, eukaryotic), IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000225 (Armadillo), IPR016024 (Armadillo-type fold)
32cua-1Y76A2A.2n/achrIII 13,447,397The cua-1 gene encodes a putative E1-E2 ATPase orthologous to the human gene KIAA1347 (ATP7A; OMIM:604384), which when mutated leads to Hailey-Hailey disease.
33lap-1ZK353.6n/achrIII 8,400,522The lap-1 gene encodes a homolog of the zinc metalloprotease leucine aminopeptidase LAP that is predicted to be mitochondrial.
34D1043.1D1043.1n/achrII 11,585,601contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
35C07D8.6C07D8.6n/achrX 7,342,092contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
36col-98F14F7.1n/achrIII 13,019,448C. elegans COL-98 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR009143 (Wnt-6 protein), IPR008160 (Collagen triple helix repeat), IPR013286 (Annexin, type VII)
37R08D7.1R08D7.1n/achrIII 8,966,795contains similarity to Drosophila pseudoobscura GA12417-PA (Fragment).; TR:Q293H8
38F33H2.2F33H2.2n/achrI 15,025,433contains similarity to Homo sapiens Protein FAM91A1; ENSEMBL:ENSP00000335082
39C48B4.10C48B4.10n/achrIII 9,563,945contains similarity to Homo sapiens Transmembrane 9 superfamily protein member 2 precursor; ENSEMBL:ENSP00000245361
40spr-1D1014.8n/achrV 8,128,020spr-1 encodes the C. elegans ortholog of the human corepressor CoREST that functions in HDAC-containing complexes to mediate transcriptional repression; in C. elegans, spr-1 was first identified in screens for genetic suppressors of the egg-laying defective phenotype of sel-12/presenilin mutants; subsequent genetic analyses showed that spr-1 likely functions as a negative regulator of LIN-12/Notch signaling in multiple cells, including those of the somatic gonad, vulva, and early embryo; spr-1 also interacts genetically with sem-5 to regulate postembryonic growth rates and lin-35Rb to regulate vulval morphogenesis and germline proliferation; in binding assays and yeast two-hybrid experiments, SPR-1 interacts with SPR-5, the C. elegans ortholog of the LSD1 histone demethylase; an SPR-1::MYC fusion protein expressed under the control of the cog-2 promoter localizes to the nucleus and shows increased staining in nuclear speckles and what appears to be the nucleolus.
41vps-33.2C56C10.1n/achrII 6,602,269C. elegans VPS-33.2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00995 Sec1 family contains similarity to Interpro domain IPR001619 (Sec1-like protein)
426R55.26R55.2n/achrX 17,713,765
43F17A9.2F17A9.2n/achrV 6,111,285contains similarity to Pfam domains PF04676 (Protein similar to CwfJ C-terminus 2) , PF04677 (Protein similar to CwfJ C-terminus 1) contains similarity to Interpro domains IPR006768 (Protein similar to CwfJ, C-terminal 1), IPR006767 (Protein similar to CwfJ, C-terminal 2), IPR011146 (Histidine triad-like motif)
44C24F3.4C24F3.4n/achrIV 10,217,118contains similarity to Pfam domains PF00795 (Carbon-nitrogen hydrolase) , PF02540 (NAD synthase) contains similarity to Interpro domains IPR003010 (Nitrilase/cyanide hydratase and apolipoprotein N-acyltransferase), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold), IPR003694 (NAD+ synthase), IPR014445 (Glutamine-dependent NAD(+) synthetase, GAT region)
45B0273.3B0273.3n/achrIV 5,485,115contains similarity to Tetraodon nigroviridis Chromosome 18 SCAF15038, whole genome shotgun sequence. (Fragment).; TR:Q4RJG8
46npp-14C03D6.4n/achrI 9,662,535npp-14 is orthologous to the human gene NUCLEOPORIN, 214-KD (NUP214; OMIM:114350), which encodes part of the nucleopore complex mediating nucleocytoplasmic transport; NUP214, as a fusion gene with DEK (OMIM:125264), is found in a subset of acute myeloid leukemia.
47C32D5.3C32D5.3n/achrII 6,319,574C32D5.3 encodes an ortholog of ROLLING BLACKOUT (RBO; also called CMP44E or STAMPHA), a eukaryotic protein required for sustained phospholipase C activity during Drosophila phototransduction; RBO homologs have two predicted transmembrane helices, are significantly similar to several acylglycerol lipases, and share motifs characteristic of carboxyesterases and lipases.
48dog-1F33H2.1n/achrI 15,020,116dog-1 encodes a predicted DEAH helicase, orthologous to the human BRCA1-binding protein BACH1 (OMIM:605882, mutated in early-onset breast cancer); DOG-1 is required for maintenance of polyguanine tracts of germline and somatic DNA, and is proposed to resolve the secondary structure that can occur in guanine-rich DNA during lagging-strand DNA synthesis.
49drs-2F10C2.6n/achrV 12,050,440drs-2 encodes a putative aspartyl-tRNA synthetase.
50F26E4.6F26E4.6n/achrI 9,773,519contains similarity to Pfam domain PF02935 Cytochrome c oxidase subunit VIIc contains similarity to Interpro domain IPR004202 (Cytochrome c oxidase subunit VIIc)