UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1tsg-101C09G12.90chrIV 3,512,510C09G12.9 encodes the C. elegans ortholog of S. cerevisiae vacuolar protein sorting protein Vps23p and human TUMOR SUSCEPTIBILITY GENE 101 (TSG101; OMIM:601387), mutations in which are associated with several types of cancer and with varying responses to HIV infection; the product of C09G12.9 is predicted to be a component of C. elegans ESCRT-1 (Endosomal Sorting Complex Required for Transport), and RNAi experiments indicate that its activity is essential for embryonic and larval development.
2srw-122H27D07.5n/achrV 2,951,456C. elegans SRW-122 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
3srg-33F21F8.1n/achrV 8,292,769C. elegans SRG-33 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
4F56H6.9F56H6.9n/achrI 12,305,199contains similarity to Pfam domain PF03385 Protein of unknown function, DUF288 contains similarity to Interpro domain IPR005049 (Protein of unknown function DUF288)
5ZK112.6ZK112.6n/achrIII 7,740,126contains similarity to Leptospira interrogans serogroup Icterohaemorrhagiae serovar copenhageni Acetyl-coenzyme A synthetase (EC 6.2.1.1) (Acetate--CoA ligase) (Acyl-sactivating enzyme).; SW:Q72LY9
6lrp-2T21E3.3n/achrI 3,939,445C. elegans LRP-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (6), PF07974 (EGF-like domain) , PF00057 (Low-density lipoprotein receptor domain class A) (14), PF00058 (Low-density lipoprotein receptor repeat class B) (7)contains similarity to Interpro domains IPR000033 (), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006209 (EGF-like), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
7nhr-4F32B6.1n/achrIV 9,880,614nhr-4 is predicted to encode a nuclear hormone receptor (NHR); expression may peak during the late larval stages, based on mRNA expression analysis.
8F59D12.1F59D12.1n/achrX 15,669,484contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
9xbx-1F02D8.3n/achrV 14,981,466C. elegans XBX-1 protein ; contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Cytoplasmic dynein 2 light intermediate chain 1; ENSEMBL:ENSP00000260605
10Y102A5C.27Y102A5C.27n/achrV 16,988,446contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
11F55H12.3F55H12.3n/achrI 8,884,703contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (5), PF07645 (Calcium binding EGF domain) , PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF07974 (EGF-like domain) (5), PF00057 (Low-density lipoprotein receptor domain class A) , PF02494 (HYR domain) , PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR001304 (C-type lectin), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding), IPR008985 (Concanavalin A-like lectin/glucanase)
12T02B11.6T02B11.6n/achrV 887,079contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
13srx-63K07C6.6n/achrV 3,932,495C. elegans SRX-63 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
14srh-23C02E7.5n/achrV 4,921,905C. elegans SRH-23 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
15srd-69H04J21.2n/achrIII 2,364,601C. elegans SRD-69 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
16C07A9.12C07A9.12n/achrIII 9,726,313contains similarity to Pfam domain PF01705 CX module contains similarity to Interpro domain IPR002619 (Protein of unknown function CX)
17C24A3.1C24A3.1n/achrX 9,003,584contains similarity to Aedes aegypti Condensin, SMC5-subunit, putative (Fragment).; TR:Q16IF0
18dsl-4F16B12.2n/achrX 14,091,441dsl-4 encodes a putative secreted protein with a single DSL domain and three EGF domains in series, somewhat like Delta/LAG-2; unlike the nematode-specific family of Delta/LAG-2-like proteins (including DSL-1, -2, -3, -5, -6, and -7), DSL-4 is evolutionarily divergent, with perhaps a distant affinity to APX-1, ARG-1, and LAG-2.
19srsx-1F40D4.5n/achrV 17,177,360C. elegans SRSX-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
20F26H9.2F26H9.2n/achrI 9,292,112contains similarity to Pfam domain PF02755 RPEL repeat contains similarity to Interpro domain IPR004018 (RPEL repeat)
21clec-120F29A7.7n/achrII 2,756,519C. elegans CLEC-120 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold)
22exc-9F20D12.5n/achrIV 7,940,302exc-9 encodes a LIM domain-containing protein; exc-9 activity is required for proper development and morphogenesis of the excretory cell canal.
23smf-2K11G12.3n/achrX 6,717,366C. elegans SMF-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01566 Natural resistance-associated macrophage protein contains similarity to Interpro domain IPR001046 (Natural resistance-associated macrophage protein)
24acr-5K03F8.2n/achrIII 6,512,172acr-5 encodes a predicted member of the alpha subunit family of nicotinic acetylcholine receptors that is expressed in the nervous system.
25C39D10.1C39D10.1n/achrX 7,906,986
26Y75B8A.19Y75B8A.19n/achrIII 12,229,214contains similarity to Lactococcus lactis Signal peptidase I (EC 3.4.21.89).; TR:Q9CDG2
27col-148C12D8.8n/achrV 10,242,222C. elegans COL-148 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR003979 (Tropoelastin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
28nhr-116F09C6.9n/achrV 16,913,761C. elegans NHR-116 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
29T21E12.3T21E12.3n/achrI 4,403,989contains similarity to Pfam domain PF03761 Domain of unknown function (DUF316) contains similarity to Interpro domains IPR005514 (Protein of unknown function DUF316), IPR009003 (Peptidase, trypsin-like serine and cysteine)
30F47F2.2F47F2.2n/achrX 3,886,480
31str-46C31B8.6n/achrV 2,899,200C. elegans STR-46 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
32W04D2.5W04D2.5n/achrV 12,493,975contains similarity to Pfam domain PF00411 Ribosomal protein S11 contains similarity to Interpro domain IPR001971 (Ribosomal protein S11)
33clec-178T19E7.1n/achrIV 5,654,480C. elegans CLEC-178 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
34ceh-1F16H11.4n/achrX 4,653,768ceh-1 encodes a protein that contains a homeobox domain.
35fpn-1.3R08F11.6n/achrV 3,796,213C. elegans FPN-1.3 protein; contains similarity to Pfam domain PF06963 Ferroportin1 (FPN1) contains similarity to Interpro domains IPR009716 (Ferroportin1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
36C37E2.3C37E2.3n/achrX 14,180,268contains similarity to Pfam domain PF04750 FAR-17a/AIG1-like protein contains similarity to Interpro domains IPR006838 (FAR-17a/AIG1-like protein), IPR002208 (SecY protein)
37C32B5.5C32B5.5n/achrII 974,906contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain
38sas-5F35B12.5n/achrV 11,611,859sas-5 encodes a coiled-coil protein whose activity is required, paternally, maternally, and in a dose-dependent manner, for daughter centriole formation; SAS-5 localizes to both the cytoplasm and to centrioles, and photobleaching experiments reveal rapid SAS-5 cycling between these two cellular components throughout the cell cycle; SAS-5 localization to centrioles depends upon the ZYG-1 kinase and the SAS-6 coiled-coil protein, two proteins also required for centriole duplication; in turn, SAS-5 activity is required for SAS-6 centriolar localization, as SAS-6 fails to localize properly in sas-5 mutant embryos.
39ZC53.4ZC53.4n/achrX 1,931,714contains similarity to Tetrahymena thermophila SB210 Putative uncharacterized protein.; TR:Q227Y0
40C02E7.8C02E7.8n/achrV 4,920,552
41srd-56E04F6.14n/achrII 7,202,553C. elegans SRD-56 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
42sma-3R13F6.9n/achrIII 6,862,404sma-3 encodes a Smad protein; during development, SMA-3 functions as part of a DBL-1/SMA-6 TGF-beta-related signaling pathway that controls body size and male tail sensory ray and spicule formation; sma-3 is widely expressed at all developmental stages, beginning during embryogenesis, continuing through all larval stages, and seen very strongly in adult hermaphrodites and males; a SMA-3::GFP is detected in the pharynx, intestine, and hypodermis and localizes to the nucleus; sma-3 expression in the hypodermis is necessary and sufficient for normal body size; SMA-3 can physically interact with the LIN-31 forkhead transcription factor.
43srm-1T28H11.2n/achrIV 5,013,566C. elegans SRM-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
44srx-34T01C4.4n/achrV 7,119,646C. elegans SRX-34 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
45F59E12.8F59E12.8n/achrII 5,635,699contains similarity to Interpro domain IPR015683 (Glutamate receptor-related)
46srx-137F09F3.13n/achrV 13,863,436C. elegans SRX-137 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR002229 (Blood group Rhesus C/E and D polypeptide), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
47Y51B9A.6Y51B9A.6n/achrII 9,401,875contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
48fbxb-59Y113G7B.8n/achrV 20,200,762This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
49Y76A2B.2Y76A2B.2n/achrIII 13,533,575contains similarity to Homo sapiens Reticulon-4 receptor precursor; ENSEMBL:ENSP00000043402
50fbxa-23T12B5.13n/achrIII 948,457C. elegans FBXA-23 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)