UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K03H1.11K03H1.112e-167chrIII 9,951,334contains similarity to Pfam domain PF00646 (F-box domain)
2ZK822.1ZK822.1n/achrIV 11,920,082contains similarity to Homo sapiens myosin, heavy polypeptide 7B, cardiac muscle, beta; ENSEMBL:ENSP00000262873
3srx-65K07C6.8n/achrV 3,922,434C. elegans SRX-65 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
4C42C1.9C42C1.9n/achrIV 12,290,184contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core)
5fbxb-5F45C12.14n/achrII 1,721,873This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
6C42D4.13C42D4.13n/achrIV 7,187,729contains similarity to Interpro domain IPR004052 (Potassium channel, voltage dependent, Kv1.5)
7his-5F45F2.3n/achrV 8,535,370his-5 encodes an H4 histone.
8F28C6.9F28C6.9n/achrII 8,609,707contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein KIAA0562; ENSEMBL:ENSP00000263739
9sri-24C41G6.11n/achrV 15,212,913C. elegans SRI-24 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
10ZK112.4ZK112.4n/achrIII 7,729,788
11ZK673.3ZK673.3n/achrII 10,451,229ZK673.3 encodes a protein with a THAP or THAP-like domain required for embryonic development; other proteins with THAP or THAP-like domains include LIN-15A, LIN-15B, LIN-36, and HIM-17 (which all interact with LIN-35/Rb), as well as CDC-14B, CTB-1, GON-14, and ~100 other proteins such as Drosophila P element transposase and human nuclear proapoptotic factor THAP1.
12mdt-4ZK546.13n/achrII 4,943,020C. elegans MDT-4 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is MED4-PA;; FLYBASE:CG8609
13his-15ZK131.9n/achrII 13,818,464his-15 encodes an H2B histone.
14T05D4.3T05D4.3n/achrIII 13,568,545contains similarity to Interpro domain IPR005838 (Type III secretion system inner membrane P protein)
15K07E8.10K07E8.10n/achrII 666,102
16W05H12.2W05H12.2n/achrI 13,412,326contains similarity to Pfam domain PF01612 3'-5' exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR002562 (3'-5' exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
17B0034.1B0034.1n/achrII 5,971,250contains similarity to Interpro domain IPR003951 (Peptidase C58, Yersinia/Haemophilus virulence surface antigen)
18cdh-3ZK112.7n/achrIII 7,747,815cdh-3 encodes a member of the cadherin superfamily that affects morphogenesis of tail epithelia and excretory function; expressed predominantly in developing epithelial cells, and also expressed in the AC, excretory cell, various neurons, and vulval cells during different stages of development.
19C29F9.12C29F9.12n/achrIII 121,876
20aat-8F28F9.4n/achrIV 3,863,573aat-8 encodes a predicted amino acid transporter catalytic subunit; unlike catalytic subunits in other organisms, however, AAT-8 does not contain the highly conserved cysteine residue known to facilitate covalent interaction with a glycoprotein subunit, suggesting that AAT-8 does not require this residue for heterodimer formation or alternatively, does not require the glycoprotein subunit for function.
21asm-1B0252.2n/achrII 6,911,299asm-1 encodes a protein similar to human acid sphingomyelinase (ASM) or sphingomyelin phosphodiesterase; the ASM-1 protein has a putative secretory signal peptide at the N-terminus, saposin-like and proline-rich domains and putative N-linked glycosylation sites; asm-1 shows phosphodiesterase activity when expressed in COS-7 cells; while mammalian ASM is detected as both intracellular and secreted forms, asm-1 was detected exclusively in the secreted form; northern blot analysis indicates that asm-1 is expressed at higher levels in the embryo compared with other stages.
22M18.3M18.3n/achrIV 12,107,094contains similarity to Pfam domain PF00733 Asparagine synthase contains similarity to Interpro domains IPR001962 (Asparagine synthase), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold)
23his-11ZK131.5n/achrII 13,821,955his-11 encodes an H2B histone; by homology, HIS-11 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-11 is a replication-dependent histone locus that resides in the HIS3 cluster on chromosome II.
24F52G3.3F52G3.3n/achrX 16,946,368contains similarity to Medicago truncatula Putative uncharacterized protein.; TR:A2Q378
25lgc-14T01H10.2n/achrX 12,112,417C. elegans LGC-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
26K03A11.1K03A11.1n/achrX 13,053,489contains similarity to Interpro domain IPR001130 (Deoxyribonuclease, TatD-related)
27srg-3C18F10.6n/achrIII 6,269,673C. elegans SRG-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
28sri-1F36G9.8n/achrV 15,966,916C. elegans SRI-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002208 (SecY protein)
29ugt-32F47C10.6n/achrV 3,842,918C. elegans UGT-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
30ZK1055.4ZK1055.4n/achrV 6,586,468contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
31srt-17F48G7.6n/achrV 624,474C. elegans SRT-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
32C40C9.3C40C9.3n/achrX 13,647,897contains similarity to Conus textile Conotoxin scaffold VI/VII.; TR:Q9U653
33acr-18F28F8.1n/achrV 15,555,125acr-18 encodes an alpha subunit of nicotinic acetylcholine receptor (nAChR), predicted to be a ligand-gated ion channel regulating fast action of acetylcholine at neuromuscular junctions and in the nervous system; ACR-18 falls into the 'DEG-3' class of nAChR subunits, apparently unique to nematodes, which includes DEG-3, DES-2, ACR-5, ACR-17, ACR-20, and ACR-23.
34math-36R52.8n/achrII 2,118,724C. elegans MATH-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
35C41G6.6C41G6.6n/achrV 15,222,374contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
36W06A11.2W06A11.2n/achrII 4,060,321
37T05E7.4T05E7.4n/achrI 6,193,727
38C49D10.4C49D10.4n/achrII 3,871,448contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
39F58E1.4F58E1.4n/achrII 1,680,715contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
40F53F4.12F53F4.12n/achrV 13,626,710contains similarity to Plasmodium falciparum Histidine-rich protein.; SW:HRP3_PLAFS
41fbxb-40M01D1.9n/achrII 1,049,413This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
42C09G9.7C09G9.7n/achrIV 8,878,734contains similarity to Pfam domain PF00292 'Paired box' domain contains similarity to Interpro domains IPR001523 (Paired box protein, N-terminal), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like)
43K06A5.1K06A5.1n/achrI 6,475,395contains similarity to Xenopus laevis MGC52985 protein.; TR:Q7ZWX1
44C08A9.9C08A9.9n/achrX 17,107,104contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
45F33E11.3F33E11.3n/achrV 302,371contains similarity to Interpro domain IPR015988 (STAT transcription factor, coiled coil)
46R13.3R13.3n/achrIV 10,830,875contains similarity to Pfam domain PF01062 Bestrophin contains similarity to Interpro domain IPR000615 (Bestrophin)
47hil-8T05E8.2n/achrI 5,467,787C. elegans HIL-8 protein; contains similarity to Interpro domain IPR005818 (Histone H1/H5)
48T22C1.11T22C1.11n/achrI 7,967,828contains similarity to Oryctolagus cuniculus Trichohyalin.; SW:P37709
49knl-2K06A5.4n/achrI 6,462,350C. elegans KNL-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF09133 SANTA (SANT Associated) contains similarity to Interpro domain IPR015216 (SANT associated)
50F36D3.1F36D3.1n/achrV 16,501,082contains similarity to Interpro domain IPR008928 ()