UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C18D11.3C18D11.38e-55chrIII 11,823,825contains similarity to Homo sapiens Transcription factor MLL UPN95022; TR:Q86YN8
2pfd-1C08F8.1n/achrIV 11,150,492pfd-1 encodes a putative prefoldin subunit 1, orthologous to human PFDN1 (OMIM:604897), that is required for normal microtubule nucleation and growth, embryonic viability, distal tip cell (DTC) migration, and locomotion; PFD-1 is expressed cytoplasmically in most, if not all, tissues; pfd-1(RNAi) animals have sterile progeny and are uncoordinated, and pfd-1(RNAi) embryos show a reduced microtubule growth rate; pfd-1(gk526) or escaper pfd-1(RNAi) hermaphrodites exhibit detective DTC migration.
3C45B2.6C45B2.6n/achrX 6,055,182contains similarity to Pfam domains PF01734 (Patatin-like phospholipase) , PF00023 (Ankyrin repeat) (3)contains similarity to Interpro domains IPR016035 (Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase), IPR002641 (Patatin), IPR002110 (Ankyrin)
4ZK1127.5ZK1127.5n/achrII 7,051,269contains similarity to Pfam domains PF01137 (RNA 3'-terminal phosphate cyclase) , PF05189 (RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain) contains similarity to Interpro domains IPR016443 (RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, eukaryotic), IPR013796 (RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert region), IPR000228 (RNA 3'-terminal phosphate cyclase), IPR013792 (RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta)
5T20B12.3T20B12.3n/achrIII 7,382,935contains similarity to Pfam domain PF03914 CBF/Mak21 family contains similarity to Interpro domain IPR005612 (CBF)
6T23B12.2T23B12.2n/achrV 8,468,082contains similarity to Pfam domain PF00573 Ribosomal protein L4/L1 family contains similarity to Interpro domains IPR013005 (Ribosomal protein L4/L1e, bacterial-type), IPR002136 (Ribosomal protein L4/L1e)
7R05D11.4R05D11.4n/achrI 8,599,872contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
8mel-46T06A10.1n/achrIV 16,859,204C. elegans MEL-46 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
9K07F5.14K07F5.14n/achrIV 9,863,121contains similarity to Danio rerio Novel protein.; TR:Q1LV47
10tag-267W06E11.2n/achrIII 641,164C. elegans TAG-267 protein ;
11F10E9.4F10E9.4n/achrIII 8,309,032contains similarity to Homo sapiens 14 kDa protein; VG:OTTHUMP00000024648
12F59A3.3F59A3.3n/achrI 5,506,231contains similarity to Pfam domain PF00467 KOW motif contains similarity to Interpro domains IPR005825 (Ribosomal protein L24/L26, conserved site), IPR008991 (Translation protein SH3-like), IPR005824 (KOW), IPR003256 (Ribosomal protein L24)
13sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
14math-18C40A11.1n/achrII 2,154,617C. elegans MATH-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
15cyp-13A11F14F7.2n/achrIII 13,022,359C. elegans CYP-13A11 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
16E02H1.6E02H1.6n/achrII 9,597,035E02H1.6 encodes an ortholog of human TAF9 (OMIM:600822; also known as AK6, adrenal gland protein AD-004 like protein, ADLP) and of S. cerevisiae Fap7p; like its human ortholog, E02H1.6 is nuclear, and is predicted to likewise be a TATA box binding protein (TBP)-associated factor mediating activation of RNA polymerase II; E02H1.6 prefers ATP and dATP as phosphate donors; E02H1.6's biochemical activity is unusual, since it also prefers AMP and dAMP as substrates, and tolerates CMP, TMP and shikimate acid as substrates as well; since yeast Fap7p promotes pre-rRNA cleavage, E02H1.6 may be multifunctional; in RNAi assays, E02H1.6 is required for normally fast growth; E02H1.6 is coexpressed with pme-2 in an operon, and thus, like PME-2, may function in DNA repair.
17F25G6.8F25G6.8n/achrV 8,564,846contains similarity to Pfam domain PF02290 Signal recognition particle 14kD protein contains similarity to Interpro domains IPR009018 (Signal recognition particle, SRP9/SRP14 subunit), IPR003210 (Signal recognition particle, SRP14 subunit)
18ZK795.3ZK795.3n/achrIV 12,559,996contains similarity to Pfam domain PF04427 Brix domain contains similarity to Interpro domain IPR007109 (Brix)
19gst-7F11G11.2n/achrII 4,882,703gst-7 encodes a predicted glutathione S-transferase.
20ZK1098.7ZK1098.7n/achrIII 9,523,311contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mRpS23-PA;; FLYBASE:CG31842
21E04A4.5E04A4.5n/achrIV 4,744,928contains similarity to Pfam domain PF02466 Tim17/Tim22/Tim23 family contains similarity to Interpro domains IPR005678 (Mitochondrial import inner membrane translocase, subunit Tim17), IPR003397 (Mitochondrial import inner membrane translocase, subunit Tim17/22)
22tin-13DY3.1n/achrI 8,759,490C. elegans TIN-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF02953 Tim10/DDP family zinc finger contains similarity to Interpro domain IPR004217 (Zinc finger, Tim10/DDP-type)
23nol-10F32E10.1n/achrIV 7,582,143C. elegans NOL-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF08159 NUC153 domain contains similarity to Interpro domains IPR012580 (NUC153), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
24ers-3T07A9.2n/achrIV 389,575ers-3 encodes a a glutamine (E)/glutaminyl (Q) tRNA synthetase.
25C05C8.2C05C8.2n/achrV 7,231,951contains similarity to Interpro domain IPR004087 (K Homology)
26M03C11.8M03C11.8n/achrIII 10,432,042contains similarity to Pfam domains PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF00176 (SNF2 family N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR000330 (SNF2-related), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
27C01A2.3C01A2.3n/achrI 13,389,622contains similarity to Pfam domain PF02096 60Kd inner membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR001708 (60 kDa inner membrane insertion protein)
28B0280.9B0280.9n/achrIII 7,121,829contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR001680 (WD40 repeat), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
29F11A10.2F11A10.2n/achrIV 12,084,859contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR000690 (Zinc finger, C2H2-type matrin)
30oxi-1Y39A1C.2n/achrIII 10,862,495C. elegans OXI-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00632 HECT-domain (ubiquitin-transferase) contains similarity to Interpro domain IPR000569 (HECT)
31F11C1.3F11C1.3n/achrX 12,983,754contains similarity to Pfam domain PF01130 CD36 family contains similarity to Interpro domain IPR002159 (CD36 antigen)
32T04A8.6T04A8.6n/achrIII 4,692,695T04A8.6 encodes an ortholog of S. cerevisiae NOP15 that may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, T04A8.6 is probably required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline.
33gex-3F28D1.10n/achrIV 12,406,527The gex-3 gene encodes a homolog of NAP1/NCKAP1, a mammalian protein ligand of the small GTPase Rac1, and of Drosophila HEM2/NAP1/KETTE; gex-3 is required for tissue morphogenesis and cell migrations; in gex-3 mutants, cells differentiate properly but fail to become organized.
34B0035.11B0035.11n/achrIV 11,328,468contains similarity to Pfam domain PF04004 Leo1-like protein contains similarity to Interpro domain IPR007149 (Leo1-like protein)
35K12H4.3K12H4.3n/achrIII 8,046,749contains similarity to Pfam domain PF04427 Brix domain contains similarity to Interpro domain IPR007109 (Brix)
36C29F7.1C29F7.1n/achrX 13,413,508contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
37lap-1ZK353.6n/achrIII 8,400,522The lap-1 gene encodes a homolog of the zinc metalloprotease leucine aminopeptidase LAP that is predicted to be mitochondrial.
38C45G9.5C45G9.5n/achrIII 5,049,097
39F54C4.1F54C4.1n/achrIII 88,394contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mRpL40-PA;; FLYBASE:CG5242
40nst-1K01C8.9n/achrII 8,281,963nst-1 encodes a homolog of human GNL3 (OMIM:608011, nucleostemin) and GNL3L, and of S. cerevisiae NUG1; NST-1 may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, NST-1 is probably required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline; nucleostemin is a nucleolar protein found in stem cells that is required in quantitatively correct amounts (neither too little nor too much) for continued cell division and survival by stem cells or transformed cells; NST-1 is required in mass RNAi assays for normally rapid growth, larval viability, and normal body morphology and pigmentation.
41drs-2F10C2.6n/achrV 12,050,440drs-2 encodes a putative aspartyl-tRNA synthetase.
42rpb-8F26F4.11n/achrIII 4,917,583C. elegans RPB-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF03870 RNA polymerase Rpb8 contains similarity to Interpro domains IPR005570 (RNA polymerase, Rpb8), IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold)
43T01E8.6T01E8.6n/achrII 10,241,373contains similarity to Pfam domain PF00253 Ribosomal protein S14p/S29e contains similarity to Interpro domain IPR001209 (Ribosomal protein S14)
44gip-2C45G3.3n/achrI 9,227,490gip-2 encodes a member of the Biotin/lipoate A/B protein ligase family.
45T24C12.3T24C12.3n/achrX 2,200,203contains similarity to Pfam domains PF00294 (pfkB family carbohydrate kinase) , PF04227 (Indigoidine synthase A like protein) contains similarity to Interpro domains IPR011611 (Carbohydrate/purine kinase), IPR002139 (Ribokinase), IPR007342 (Indigoidine synthase A like protein), IPR002173 (Carbohydrate/puine kinase, PfkB, conserved site)
46scpl-4T21C9.12n/achrV 10,600,600scpl-4 encodes an ortholog of budding yeast TIM50 and human TIMM50 (OMIM:607381); by orthology, SCPL-4 is expected to be part of the mitochondrial inner membrane protein translocase; SCPL-4 is required for embryonic development and fertility in mass RNAi assays; SCPL-4 is distantly similar to FCP-1 and SCPL-1, -2, and -3.
47srx-105F40H7.8n/achrII 3,700,613C. elegans SRX-105 protein ;
48hse-5B0285.5n/achrIII 4,347,680hse-5 encodes the C. elegans ortholog of the heparan sulfate modifying enzyme glucuronyl C5-epimerase; by homology, HSE-5 is predicted to function in heparan sulfate biosynthesis by catalyzing the chain-modifying epimerization of glucuronic acid to iduronic acid; during development, hse-5 activity is required for normal body size, locomotion, and nervous system development; an hse-5::gfp transcriptional reporter fusion is expressed beginning at early embryonic stages and continuing through adulthood; expression in embryos is nearly ubiquitous with later expression primarily restricted to the hypodermis and intestine.
49K10B2.4K10B2.4n/achrII 6,360,595contains similarity to Pfam domain PF03669 Uncharacterised protein family (UPF0139) contains similarity to Interpro domain IPR005351 (Protein of unknown function UPF0139)
50B0464.2B0464.2n/achrIII 9,494,244contains similarity to Pfam domains PF07719 (Tetratricopeptide repeat) (3), PF00515 (Tetratricopeptide repeat) (8)contains similarity to Interpro domains IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR013105 (Tetratricopeptide TPR2), IPR013026 (Tetratricopeptide region), IPR008940 (Protein prenyltransferase)