UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1M02F4.2M02F4.22e-77chrX 3,033,806
2K07A12.1K07A12.1n/achrI 8,668,182contains similarity to Pfam domain PF04910 Protein of unknown function, DUF654 contains similarity to Interpro domains IPR006994 (Basic helix-loop-helix, Nulp1-type), IPR000294 (Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic region)
3sri-42T10D4.9n/achrII 3,141,931C. elegans SRI-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
4F09G8.5F09G8.5n/achrIII 8,256,200contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR003603 (U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal), IPR010916 (TonB box, conserved site)
5ZK550.2ZK550.2n/achrIV 17,247,626contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
6F56F10.3F56F10.3n/achrX 863,092F56F10.3 encodes the C. elegans cysteine dioxygenase ortholog; by homology to mammalian enzymes, the product of F56F10.3 is predicted to function in cysteine catabolism by catalyzing the oxidation of cysteine to cysteine sulfanate.
7fpn-1.2R09B5.4n/achrV 1,463,421R09B5.4 is orthologous to the human gene HYPOTHETICAL PROTEIN (SLC11A3; OMIM:604653), which when mutated leads to disease.
8D1053.4D1053.4n/achrX 11,722,796contains similarity to Naja kaouthia Cytotoxin 5 (Cytotoxin II).; SW:CX5_NAJKA
9F35H8.2F35H8.2n/achrII 9,556,425contains similarity to Pfam domain PF02485 Core-2/I-Branching enzyme contains similarity to Interpro domain IPR003406 (Glycosyl transferase, family 14)
10let-70M7.1n/achrIV 11,081,640let-70 encodes a class I E2 ubiquitin conjugating enzyme; let-70 was identified in screens for essential genes and phenotypic analyses indicate that loss of let-70 activity results in embryonic and larval lethality with defects in sarcomere assembly; purified LET-70 can stimulate the self-ubiquitylation activities of CHN-1 and UFD-2, E4 ubiquitin conjugation factors and, in addition, can stimulate the CHN-1- and UFD-2-dependent multiubiquitylation of UNC-45, a myosin-directed chaperone; in this manner, LET-70 may regulate UNC-45 degradation and myosin assembly; RNA blot analyses and a let-70-lacZ reporter fusion reveal that let-70 is abundantly expressed at all stages of development, including the dauer larval stage; strong staining is observed in most somatic tissues until adult stages, when expression generally becomes restricted to the nervous system.
11scrm-3C04E12.7n/achrV 3,356,584scrm-3 encodes a putative phospholipid scramblase homologous to human PLSCR1-5, and paralogous to other C. elegans SCRMs (e.g., SCRM-1); SCRM-3 is expressed in neurons, anal depressor muscle, and occasionally in body wall muscle cells; however, in apoptotic germline cells, SCRM-3 is fully dispensable for normally rapid engulfment and largely dispensable for phosphatidylserine exposure; SCRM-3 does not bind WAH-1 in vitro, and scrm-3(tm631) mutants have no obvious phenotype.
12C05A9.3C05A9.3n/achrX 10,830,625contains similarity to Pfam domain PF00023 Ankyrin repeat contains similarity to Interpro domain IPR002110 (Ankyrin)
13cyn-16Y17G7B.9n/achrII 12,032,664cyn-16 encodes a highly diverged member of the cyclophilin family; CYN-16 exhibits low levels of peptidyl-prolyl cis/trans isomerase activity in vitro that is insensitive to the presence of cyclosporin A; a cyn-16::gfp fusion protein is expressed in the intestine during larval and adult stages of development, with particularly strong expression seen in the anterior and posterior ends; in dauer larvae, the cyn-16::gfp reporter is expressed in cell bodies and processes of ventral cord neurons and is no longer visible in the intestine.
14K08C7.7K08C7.7n/achrIV 10,665,006This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
15C44E4.5C44E4.5n/achrI 4,607,929contains similarity to Pfam domain PF04969 CS domain contains similarity to Interpro domains IPR008978 (HSP20-like chaperone), IPR017447 (CS), IPR007052 (CS domain)
16R07B7.5R07B7.5n/achrV 12,069,626contains similarity to Pfam domain PF01494 FAD binding domain contains similarity to Interpro domains IPR003042 (Aromatic-ring hydroxylase), IPR002938 (Monooxygenase, FAD-binding)
17clec-44R07C3.12n/achrII 921,144C. elegans CLEC-44 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
18end-1F58E10.2n/achrV 13,986,046end-1 encodes a GATA-like transcription factor sufficient to initiate endoderm differentiation and binds to the canonical target DNA sequence WGATAR with specificity similar to GATA-1 and D4 transcription factors; its expression bypasses requirement for maternal SKN-1 and the maternal Wnt signaling pathway in endoderm formation and it activates endoderm differentiation in isolated Xenopus ectoderm.
19C41A3.1C41A3.1n/achrX 5,427,831contains similarity to Pfam domains PF02801 (Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain) (5), PF01370 (NAD dependent epimerase/dehydratase family) , PF08659 (KR domain) (2), PF00501 (AMP-binding enzyme) , PF00668 (Condensation domain) , PF00106 (short chain dehydrogenase) , PF00109 (Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain) (5), PF00550 (Phosphopantetheine attachment site) (8), PF00698 (Acyl transferase domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR016035 (Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase), IPR006163 (Phosphopantetheine-binding), IPR001242 (Condensation domain), IPR016038 (Thiolase-like, subgroup), IPR013968 (Polyketide synthase, KR), IPR000794 (Beta-ketoacyl synthase), IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR014031 (Beta-ketoacyl synthase, C-terminal), IPR014043 (Acyl transferase), IPR014030 (Beta-ketoacyl synthase, N-terminal), IPR008262 (Lipase, active site), IPR006162 (Phosphopantetheine attachment site), IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016039 (Thiolase-like), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR009081 (Acyl carrier protein-like), IPR001227 (Acyl transferase region)
20R105.1R105.1n/achrIV 4,635,811contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
21B0244.7B0244.7n/achrIII 5,732,127contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
22cyp-33D3Y17D7A.4n/achrV 18,834,726C. elegans CYP-33D3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR008071 (Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2J-like), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
23fbxa-60T12B5.10n/achrIII 945,562This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
24C06A12.3C06A12.3n/achrIV 17,428,622contains similarity to Pfam domain PF05303 Protein of unknown function (DUF727) contains similarity to Interpro domain IPR007967 (Protein of unknown function DUF727)
25F19G12.4F19G12.4n/achrX 1,417,386
26srh-181ZK228.6n/achrV 18,475,360C. elegans SRH-181 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
27clec-242Y68A4B.2n/achrV 17,244,604C. elegans CLEC-242 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
28srw-31K03D7.2n/achrV 17,507,514C. elegans SRW-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300), IPR000832 (GPCR, family 2, secretin-like), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
29M02A10.1M02A10.1n/achrX 707,178
30Y57G11A.3Y57G11A.3n/achrIV 14,502,754contains similarity to Pfam domain PF00412 LIM domain contains similarity to Interpro domain IPR001781 (Zinc finger, LIM-type)
31srbc-52F54B8.10n/achrV 15,828,326C. elegans SRBC-52 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
32F13H8.3F13H8.3n/achrII 6,264,731contains similarity to Pfam domain PF01156 Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase contains similarity to Interpro domain IPR001910 (Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase)
33str-185R08C7.7n/achrIV 4,428,740C. elegans STR-185 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
34F26F2.3F26F2.3n/achrV 20,561,363contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Profilin synthetic lethal protein, has region of coiled-coil structure; subunit of the Exocyst complex--the Exocyst complex contains the gene products encoded by SEC3, SEC5, SEC6, SEC8, SEC10, SEC15 and EXO70 and is required for exocytosis; SGD:YER008C
35cyp-33E1C49C8.4n/achrIV 8,646,858C. elegans CYP-33E1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
36D2024.2D2024.2n/achrIV 7,244,813contains similarity to Mus musculus Probable arylformamidase (EC 3.5.1.9) (Kynurenine formamidase) (KF).; SW:Q8K4H1
37C09G5.2C09G5.2n/achrII 10,708,359C09G5.2 encodes an ortholog of S. cerevisiae DPH2/YKL191W and human DPH2L2 (OMIM:603456); C09G5.2 is a putative protein component of diphtamide synthesis; C09G5.2 has no obvious function in mass RNAi assays.
38Y39F10A.2Y39F10A.2n/achrII 780,543contains similarity to Pfam domain PF06079 Apyrase contains similarity to Interpro domain IPR009283 (Apyrase)
39nspb-2F38A5.12n/achrIV 6,591,852C. elegans NSPB-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF07312 Protein of unknown function (DUF1459) contains similarity to Interpro domain IPR009924 (Protein of unknown function DUF1459)
40Y12A6A.1Y12A6A.1n/achrX 13,620,760
41lips-1F45E6.4n/achrX 12,494,285C. elegans LIPS-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
42ina-1F54G8.3n/achrIII 9,170,331ina-1 encodes one of two C. elegans alpha integrin subunits; during development, ina-1 activity is required for migration of a number of cell types, including neurons, coelomocyte precursors, and the distal tip cells of the somatic gonad; in addition, ina-1 is required for axon fasciculation and morphogenesis of structures such as the head, pharynx, egg-laying apparatus, and male tail; INA-1 coimmunoprecipitates with the PAT-3 beta integrin subunit suggesting that, in vivo, INA-1 and PAT-3 function as a heterodimer to regulate cell migration and tissue morphogenesis; INA-1 is expressed in many tissues, including neurons, the gonad, and the pharyngeal basement membrane; expression begins during gastrulation and continues through to adulthood.
43C46F2.1C46F2.1n/achrX 8,078,758
44T10E9.8T10E9.8n/achrI 6,540,502
45srt-70B0238.6n/achrV 5,258,776C. elegans SRT-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
46K08E4.4K08E4.4n/achrIV 12,066,699contains similarity to Entamoeba histolytica Pyruvate,phosphate dikinase (EC 2.7.9.1) (Pyruvate,orthophosphatesdikinase).; SW:PODK_ENTHI
47str-166T08B6.6n/achrIV 4,885,569C. elegans STR-166 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
48K10G4.5K10G4.5n/achrV 17,299,907contains similarity to Pfam domains PF00621 (RhoGEF domain) , PF00169 (PH domain) contains similarity to Interpro domains IPR000219 (Dbl homology (DH) domain), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR015721 (Rho GTP exchange factor)
49W07G4.1W07G4.1n/achrV 13,033,814contains similarity to Interpro domain IPR009050 ()
50nhr-257C17A2.1n/achrII 3,853,795C. elegans NHR-257 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)