UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1abu-3F31A3.14e-22chrX 17,553,848abu-3 encodes a transmembrane protein with a predicted signal sequence, a glutamine/asparagine-rich domain and multiple cysteine-rich repeats (DUF139); abu-3 expression is induced by blockage of the unfolded-protein response in the endoplasmic reticulum (ER), and ABU-3 may function within the ER to protect the organism from damage by improperly folded nascent protein; abu-3 expression is enhanced in ER-stressed animals in which the unfolded protein response (UPR) is blocked by mutations in xbp-1, a bZIP transcription factor.
2ZK686.4ZK686.4n/achrIII 7,769,518contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
3aspm-1C45G3.1n/achrI 9,224,107The C45G3.1 gene encodes a protein, with one N-terminal calponin-like actin-binding domain and two IQ calmodulin-binding domains, that is likely to be required for spindle structure and function, and (indirectly) for neural function, based on its orthology to Drosophila ABNORMAL SPINDLE and on its joint sterile and uncoordinated RNAi phenotypes; C45G3.1 is also orthologous to human ASPM (OMIM:605481), which when mutated leads to primary microcephaly; C45G3.1 is required for embryonic and larval viability, germline maintenance, vulval morphogenesis, meiosis, and locomotion.
4M01E5.4M01E5.4n/achrI 13,288,518contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of UPF0561 protein; ENSEMBL:ENSP00000304410
5pes-7F09C3.1n/achrI 14,267,298pes-7 encodes an IQGAP ortholog; IQGAP proteins bind actin and CLIP-170, effect activities of the Rho family GTPases Rac1 and Cdc42, and function in cytokinesis; PES-7 is required for completing meiosis and mitosis, and for germline formation and maintenance; IQGAP's alpha-actinin domain is related distantly to alpha-actinin domains in calponin, transgelin (SM22 alpha), and the proto-oncogene Vav; a pes-7 reporter is first expressed in the ventral nerve cord of the elongating embryo and in later stages of development is also expressed in all major ganglia, the vulva, and in the spermathecal valves; in the ventral nerve cord, pes-7 expression is detected in nuclei as well as in cell bodies and neural processes.
6F52C9.7F52C9.7n/achrIII 5,309,798contains similarity to Interpro domain IPR002226 (Catalase)
7mat-3F10C5.1n/achrIII 478,879mat-3 encodes a tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein that is the C. elegans ortholog of CDC23/APC8, a conserved regulatory subunit of the anaphase-promoting complex; mat-3 activity is required for progression through metaphase of oocyte meiosis I, germline proliferation, and vulval development.
8F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
9bub-1R06C7.8n/achrI 7,253,581bub-1 encodes a serine/threonine kinase orthologous to Saccharomyces cerevisiae BUB1 which is required for proper function of the mitotic spindle assembly checkpoint and human BUB1 (OMIM:602452) which is mutated in some colorectal cancers; BUB-1 activity is required at several stages of development, including embryogenesis; BUB-1 is expressed predominantly in the anterior of the embryo and in hypodermal seam cells during the L1 and L2 larval stages.
10Y54E5A.7Y54E5A.7n/achrI 14,713,042contains similarity to Pfam domain PF00622 SPRY domain contains similarity to Interpro domains IPR001870 (B302, (SPRY)-like), IPR006594 (LisH dimerisation motif), IPR006595 (CTLH, C-terminal to LisH motif), IPR003877 (SPla/RYanodine receptor SPRY)
11bag-1F57B10.11n/achrI 6,564,081A homolog of the human BAG-family of co-chaperone proteins, negatively regulates Hsp70 and affects cell stress and cell growth.
12ZK632.5ZK632.5n/achrIII 9,810,489contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:O97236
13F23A7.4F23A7.4n/achrX 16,212,627contains similarity to Mus musculus MKIAA0554 protein (Fragment).; TR:Q80TY0
14F23C8.9F23C8.9n/achrI 2,433,103contains similarity to Pfam domain PF07962 Replication Fork Protection Component Swi3 contains similarity to Interpro domain IPR012923 (Replication fork protection component Swi3)
15F25H2.4F25H2.4n/achrI 10,552,463contains similarity to Pfam domain PF03665 Uncharacterised protein family (UPF0172) contains similarity to Interpro domain IPR005366 (Protein of unknown function UPF0172)
16Y48A6C.3Y48A6C.3n/achrIII 11,118,099contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR013026 (Tetratricopeptide region), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
17mix-1M106.1n/achrII 10,832,781The mix-1 gene encodes a homolog of SMC2 involved in chromosome segregation, X-chromosome gene regulation, and repression of X-linked genes during dosage compensation.
18F59H6.3F59H6.3n/achrII 2,018,441
19bub-3Y54G9A.6n/achrII 13,727,744C. elegans BUB-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
20C17E4.6C17E4.6n/achrI 9,426,826contains similarity to Pfam domains PF05764 (YL1 nuclear protein) , PF08265 (YL1 nuclear protein C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR013272 (YL1 nuclear, C-terminal), IPR008895 (YL1 nuclear)
21tac-1Y54E2A.3n/achrII 14,753,292tac-1 encodes the sole C. elegans member of the transforming acidic coiled-coil (TACC) protein family whose members contain highly conserved C-terminal coiled-coil domains; during early embryogenesis, TAC-1 activity is essential for such microtubule-based processes as pronuclear migration and mitotic spindle elongation; TAC-1 interacts in vivo with, and mutually stabilizes, ZYG-9, a microtubule-associated protein (MAP) also required for pronuclear migration; TAC-1 also interacts with ZYG-8, a kinase domain-containing MAP required for proper spindle positioning during anaphase of the first embryonic cell division; TAC-1 is a core component of centrosomes, and also localizes to the meiotic spindle poles, the mitotic spindle, and the cytoplasm.
22F21H12.1F21H12.1n/achrII 6,098,704contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
23F17B5.2F17B5.2n/achrI 13,192,171contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domains IPR002656 (Acyltransferase 3), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
24T20F5.7T20F5.7n/achrI 3,926,864contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
25T01D3.5T01D3.5n/achrV 13,714,119contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
26C03H5.2C03H5.2n/achrII 390,779C03H5.2 encodes a transporter of UDP-N-acetylglucosamine (UDP-GlcNAc) and UDP-N-acetylgalactosamine (UDP-GalNAc), orthologous to human SLC35A3 (OMIM:605632); CO3H5.2 is redundantly required, with its paralog SRF-3, for normal progression of oocytes through proximal gonads and for normal gonad morphology; C03H5.2 is expressed in many tissues, including pharynx, intestine, pharyngeal gland cells, seam cells, spermatheca, vulva, various muscles, hypodermis, and neurons; C03H5.2 transports both UDP-GlcNAc and UDP-GalNAc independently and simultaneously, with these two molecules neither competing with one another nor being transported as a heterodimer; C03H5.2's two transport activities are genetically separable, since an internally deleted version of C03H5.2 (lacking only 16 residues) retains normal levels of UDP-GlcNAc transport while losing 85-90% of its UDP-GalNAc transport activity; C03H5.2's activity has been experimentally validated through heterologous expression in budding yeast Golgi apparatus, and mutation of C03H5.2 in conserved residues greatly reduces this activity.
27C07A4.1C07A4.1n/achrX 10,169,900contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
28C25A11.2C25A11.2n/achrX 9,115,559contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
29Y18D10A.1Y18D10A.1n/achrI 12,797,263contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domains IPR000116 (High mobility group proteins HMG-I and HMG-Y), IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding)
30set-32C41G7.4n/achrI 9,520,403set-32 encodes a divergent histone H3 lysine-9 (H3K9) methyltransferase homolog with a SET domain; SET-32 has no obvious non-nematode orthologs, but several paralogs (SET-6, SET-13, SET-15, SET-19, SET-20, and SET-21); set-32(ok1457) has no obvious mutant phenotype, and SET-32 has no obvious function in mass RNAi assays.
31F59E12.1F59E12.1n/achrII 5,655,915contains similarity to Pfam domain PF00439 Bromodomain contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR001487 (Bromodomain)
32T24C4.7T24C4.7n/achrIII 893,471contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
33btf-1F15D4.1n/achrII 13,207,846btf-1 encodes a member of the TBP-associated family (TAF), with weak similarity to human TBP-associated factor 172.
34F45C12.2F45C12.2n/achrII 1,732,740contains similarity to Interpro domains IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
35F54H12.2F54H12.2n/achrIII 7,965,139contains similarity to Interpro domain IPR000358 (Ribonucleotide reductase)
36cash-1K07C5.8n/achrV 10,364,141cash-1 encodes an ortholog of Drosophila CKA and the human striatins STRN, STRN3, and STRN4 that is required for vulval development; CASH-1 has an N-terminal region which may bind caveolin or calmodulin, and a C-terminal region with five tandem WD domains; by its orthology with CKA and striatins, CASH-1 is predicted to act as a scaffold linking signal transduction proteins (such as JKK-1 and JNK-1) to transcription factors (such as JUN-1 or FOS-1); CASH-1 is expressed broadly, in both larval and adult pharynx, intestine, rectal epithelium, hypodermis, and neurons, as well as the developing vulva and the adult reproductive system.
37C32E8.5C32E8.5n/achrI 3,782,660contains similarity to Pfam domain PF00498 FHA domain contains similarity to Interpro domains IPR008984 (SMAD/FHA domain), IPR000253 (Forkhead-associated)
38cogc-5C43E11.1n/achrI 4,272,014cogc-5 encodes an ortholog of mammalian COG-5, a subunit of lobe B of the conserved oligomeric Golgi complex (COGC); COGC-5 is also orthologous to Drosophila FOUR WAY STOP (required for fly spermatogenesis); COGC-5 is weakly required for normal gonadal distal tip cell migration, a process that also requires seven other orthologs of COGC subunits; like other lobe B subunits in both C. elegans and S. cerevisiae, COGC-5 is only partially required for normal function, while lobe A subunits are strongly required in either worms or yeast.
39rle-1M142.6n/achrIII 10,941,254C. elegans RLE-1 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
40W04B5.5W04B5.5n/achrIII 2,414,713The W04B5.5 gene encodes a phospholipid-independent AKT/PKB kinase.
41aly-2F23B2.6n/achrIV 9,148,006aly-2 encodes an RRM motif-containing protein required for normal export of TRA-1/tra-2 mRNA complexes, and thus for normal hermaphroditism; ALY-2 is orthologous to human THOC4 (OMIM:604171), and paralogous to ALY-1 and ALY-3; in the absence of TRA-1, and in conjunction with NXF-1, ALY-2 and its paralog ALY-1 are required to bind the TRE 3' UTR element of tra-2 mRNA, and block tra-2 mRNA's export from the nucleus; aly-2(RNAi) animals have abnormal female (as opposed to hermaphrodite) sexual phenotypes; by orthology, ALY-2 is thought to promote recruitment of mRNA export factor to mRNAs; other than these sex-determination phenotypes, ALY-2 has no grossly obvious function in four-way RNAi assays of ALY-1/-3 and W04D2.6.
42K08F11.2K08F11.2n/achrIV 4,718,190contains similarity to Pfam domain PF06918 Protein of unknown function (DUF1280) contains similarity to Interpro domain IPR009689 (Protein of unknown function DUF1280)
43K08D10.1K08D10.1n/achrIV 4,182,875contains similarity to Pfam domain PF06918 Protein of unknown function (DUF1280) contains similarity to Interpro domain IPR009689 (Protein of unknown function DUF1280)
44ath-1K04G2.5n/achrI 8,037,923C. elegans ATH-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02230 Phospholipase/Carboxylesterase contains similarity to Interpro domains IPR003140 (Phospholipase/carboxylesterase), IPR003089 (Alpha/beta hydrolase)
45C27A12.9C27A12.9n/achrI 6,064,908contains similarity to Pfam domain PF01663 Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase contains similarity to Interpro domains IPR017849 (Alkaline phosphatase-like, alpha/beta/alpha), IPR002591 (Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
46dpl-1T23G7.1n/achrII 9,171,156dpl-1 encodes the C. elegans ortholog of mammalian DP, the E2F-heterodimerization partner; dpl-1 is a class B synMuv gene whose activity is required for oogenesis as well as embryonic asymmetry and vulval development; in addition, dpl-1 acts with a subset of class B synMuv genes and the MCD-1 zinc-finger protein to promote the killing process during programmed cell death; DPL-1 is a nuclear protein that is widely expressed throughout development in both somatic and germ cell lineages.
47skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
48T22C1.6T22C1.6n/achrI 7,944,147contains similarity to Homo sapiens Alpha-taxilin; ENSEMBL:ENSP00000362711
49F36A2.13F36A2.13n/achrI 8,833,497contains similarity to Pfam domains PF00632 (HECT-domain (ubiquitin-transferase)) , PF02207 (Putative zinc finger in N-recognin (UBR box)) contains similarity to Interpro domains IPR013993 (Zinc finger, N-recognin, metazoa), IPR009091 (Regulator of chromosome condensation/beta-lactamase-inhibitor protein II), IPR000569 (HECT), IPR003126 (Zinc finger, N-recognin), IPR016024 (Armadillo-type fold)
50T19B4.5T19B4.5n/achrI 5,675,326