UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1set-32C41G7.40chrI 9,520,403set-32 encodes a divergent histone H3 lysine-9 (H3K9) methyltransferase homolog with a SET domain; SET-32 has no obvious non-nematode orthologs, but several paralogs (SET-6, SET-13, SET-15, SET-19, SET-20, and SET-21); set-32(ok1457) has no obvious mutant phenotype, and SET-32 has no obvious function in mass RNAi assays.
2Y18D10A.1Y18D10A.1n/achrI 12,797,263contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domains IPR000116 (High mobility group proteins HMG-I and HMG-Y), IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding)
3T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
4M03C11.3M03C11.3n/achrIII 10,409,775contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Essential protein required for the maturation of 25S rRNA and 60S ribosomal subunit assembly, localizes to the nucleolus; SGD:YKL172W
5F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
6H28G03.4H28G03.4n/achrX 5,223,420contains similarity to Interpro domain IPR009057 (Homeodomain-like)
7mtx-1F39B2.11n/achrI 14,755,776C. elegans MTX-1 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017410 (Metaxin), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
8T07G12.8T07G12.8n/achrIV 10,553,796contains similarity to Thermoplasma volcanium ABC transport system permease protein P1P2A1A2.; TR:Q978R0
9H04M03.1H04M03.1n/achrIV 5,897,858contains similarity to Pfam domain PF00821 Phosphoenolpyruvate carboxykinase contains similarity to Interpro domains IPR013035 (Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal), IPR008210 (Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal), IPR008209 (Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising)
10C01G6.5C01G6.5n/achrII 9,277,455contains similarity to Pfam domain PF00498 FHA domain contains similarity to Interpro domains IPR005819 (Histone H5), IPR008984 (SMAD/FHA domain), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR000253 (Forkhead-associated), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
11srh-51C10G11.3n/achrI 6,301,375C. elegans SRH-51 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
12rle-1M142.6n/achrIII 10,941,254C. elegans RLE-1 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
13pqn-20C37A2.2n/achrI 6,794,248The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
14tag-72C25A1.3n/achrI 10,160,921C. elegans TAG-72 protein; contains similarity to Pfam domains PF03291 (mRNA capping enzyme) , PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR004971 (mRNA capping enzyme, large subunit), IPR016899 (mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase), IPR002296 (N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N12 class), IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
15ZK632.5ZK632.5n/achrIII 9,810,489contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:O97236
16scc-3F18E2.3n/achrV 12,765,914scc-3 encodes a cohesin complex subunit homologous to Saccharomyces cerevisiae Irr1p/Scc3p; SCC-3 is required during meiosis for synaptonemal complex formation and sister chromatid cohesion, proper localization of REC-8 to chromosomes, mitotic chromosome segregation, embryonic development, and vulval morphogenesis; in embryos, SCC-3 forms a cohesin complex with SCC-1, SMC-1, SMC-3, and TIM-1, a HEAT/Armadillo repeat-containing protein related to Drosophila TIMELESS; in the germline, SCC-3 associates with chromatin of transistion zone nuclei, assembles along the longitudinal axes of synapsed chromosomes at pachytene, and unlike other cohesins, localizes throughout chromatin at diakinesis; SCC-3 localization requires TIM-1, and SCC-3 and REC-8 are mutually required for chromatin localization.
17K02D10.4K02D10.4n/achrIII 8,778,867
18T01D3.5T01D3.5n/achrV 13,714,119contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
19F09A5.2F09A5.2n/achrX 13,137,360contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
20eif-3.EB0511.10n/achrI 10,641,393eif-3.E encodes the C. elegans ortholog of the translation initiation factor 3 subunit e (eIF3e/Int-6); by homology, EIF-3.E is predicted to be a component of three different protein complexes, the eIF3 translation initiation factor, the 26S proteasome, and the COP9 signalosome; such association suggests that EIF-3.E may serve as a regulatory factor that coordinates the translational and degradative activities of these various complexes; in C. elegans, large-scale RNAi screens indicate that eif-3.E is required for embryonic, larval, and germline development, as well as proper vulval morphogenesis.
21srh-177K02E2.3n/achrV 20,363,754C. elegans SRH-177 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
22cpg-4C10F3.1n/achrV 5,997,803cpg-4 encodes a large (782-residue), unfamiliar, putatively secreted protein with a C-terminal low-complexity domain; CPG-4 has 35 potential chondroitin attachment sites, mostly in its C-terminal half, 4 of which have been verified by mass spectrometry; CPG-4 has no obvious function in mass RNAi assays.
23skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
24aspm-1C45G3.1n/achrI 9,224,107The C45G3.1 gene encodes a protein, with one N-terminal calponin-like actin-binding domain and two IQ calmodulin-binding domains, that is likely to be required for spindle structure and function, and (indirectly) for neural function, based on its orthology to Drosophila ABNORMAL SPINDLE and on its joint sterile and uncoordinated RNAi phenotypes; C45G3.1 is also orthologous to human ASPM (OMIM:605481), which when mutated leads to primary microcephaly; C45G3.1 is required for embryonic and larval viability, germline maintenance, vulval morphogenesis, meiosis, and locomotion.
25W09G10.3W09G10.3n/achrII 3,526,838contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
26M04F3.2M04F3.2n/achrI 4,766,635contains similarity to Bradyrhizobium japonicum 30S ribosomal protein S6.; SW:Q89MW3
27F08G12.2F08G12.2n/achrX 11,298,812contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR001632 (G-protein, beta subunit), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
28B0361.6B0361.6n/achrIII 7,276,316contains similarity to Pfam domain PF02598 Uncharacterized ACR, COG2106 contains similarity to Interpro domain IPR003750 (Protein of unknown function DUF171)
29R05D11.6R05D11.6n/achrI 8,597,435contains similarity to Clostridium perfringens Hypothetical protein CPE2542.; TR:Q8XHE3
30pes-7F09C3.1n/achrI 14,267,298pes-7 encodes an IQGAP ortholog; IQGAP proteins bind actin and CLIP-170, effect activities of the Rho family GTPases Rac1 and Cdc42, and function in cytokinesis; PES-7 is required for completing meiosis and mitosis, and for germline formation and maintenance; IQGAP's alpha-actinin domain is related distantly to alpha-actinin domains in calponin, transgelin (SM22 alpha), and the proto-oncogene Vav; a pes-7 reporter is first expressed in the ventral nerve cord of the elongating embryo and in later stages of development is also expressed in all major ganglia, the vulva, and in the spermathecal valves; in the ventral nerve cord, pes-7 expression is detected in nuclei as well as in cell bodies and neural processes.
31hsr-9T05F1.6n/achrI 9,628,707hsr-9 encodes a protein containing a BRCT (BRCA 1 C terminus) domain that is found in proteins that regulate the cell cycle checkpoint in response to DNA damage; HSR-9 activity is required for a normal response to DNA damage caused by gamma-irradiation; loss of HSR-9 function via RNA-mediated interference after gamma-irradiation results in defects in mitotic cell cycle arrest, reduction of apoptosis of pachytene nuclei, and radiation sensitivity of progeny; the expression pattern and subcellular localization of HSR-9 are not yet known.
32srx-42C06B3.11n/achrV 13,921,696C. elegans SRX-42 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
33F31A9.4F31A9.4n/achrX 1,779,978
34C05C9.3C05C9.3n/achrX 11,148,023The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
35C07A4.1C07A4.1n/achrX 10,169,900contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
36F10C2.4F10C2.4n/achrV 12,043,441F10C2.4 encodes a homolog of the DNA polymerase delta complex subunit A that is required in embryos for the normal timing of embryonic cell divisions (much as DIV-1 is) and, also, for normal chromosome segregation (probably because of defective DNA replication).
37vps-37CD4.4n/achrV 5,593,134C. elegans VPS-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF07200 Modifier of rudimentary (Mod(r)) protein contains similarity to Interpro domain IPR009851 (Modifier of rudimentary, Modr)
38K08F4.1K08F4.1n/achrIV 10,124,631contains similarity to Pfam domain PF00004 ATPase family associated with various cellular activities (AAA) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR001199 (Cytochrome b5), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
39R12E2.1R12E2.1n/achrI 4,183,608contains similarity to Pfam domains PF01344 (Kelch motif) (5), PF00651 (BTB/POZ domain) , PF07707 (BTB And C-terminal Kelch) , PF07646 (Kelch motif) (3)contains similarity to Interpro domains IPR011043 (Galactose oxidase/kelch, beta-propeller), IPR017096 (Kelch-like protein, gigaxonin), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR006652 (Kelch repeat type 1), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR011498 (Kelch repeat type 2), IPR015916 (Galactose oxidase, beta-propeller), IPR013069 (BTB/POZ), IPR011705 (BTB/Kelch-associated), IPR013089 (Kelch related), IPR006651 (Kelch), IPR015915 (Kelch-type beta propeller)
40gta-1K04D7.3n/achrIV 10,182,270The gta-1 gene encodes an ortholog of the human gene GABAT, which when mutated leads to GABA-transaminase deficiency (OMIM:137150).
41T12A2.6T12A2.6n/achrIII 6,243,060
42C06B3.2C06B3.2n/achrV 13,901,062contains similarity to Pfam domain PF00350 Dynamin family contains similarity to Interpro domain IPR001401 (Dynamin, GTPase region)
43F17A9.3F17A9.3n/achrV 6,106,582contains similarity to Pfam domain PF07716 Basic region leucine zipper contains similarity to Interpro domains IPR011700 (Basic leucine zipper), IPR004827 (Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor)
44T03G11.6T03G11.6n/achrX 5,178,330contains similarity to Pfam domains PF05219 (DREV methyltransferase) , PF08242 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR007884 (DREV methyltransferase)
45zyg-9F22B5.7n/achrII 8,461,098zyg-9 encodes a predicted microtubule-association protein (MAP) of the XMAP215 family; during early embryonic development, maternal zyg-9 activity is required for microtubule-dependent processes such as meiotic and mitotic spindle organization and pronuclear migration; further, zyg-9 is essential for formation of long astral microtubules; ZYG-9 is required for centrosomal localization of TAC-1, the sole C. elegans TACC family member, with which it interacts, and mutually stabilizes, in vivo; in early embryos, ZYG-9 localizes to the meiotic spindle and spindle poles, as well as to mitotic centrosomes; during metaphase and anaphase ZYG-9 localizes to the central spindle region, and during interphase ZYG-9 is cytoplasmic; proper localization of ZYG-9 to the meiotic spindle is dependent upon wild-type activity of MEI-1, an ATPase essential for meiotic spindle formation, while proper localization of ZYG-9 to centrosomes is dependent, at least in part, upon TAC-1.
46C03H5.2C03H5.2n/achrII 390,779C03H5.2 encodes a transporter of UDP-N-acetylglucosamine (UDP-GlcNAc) and UDP-N-acetylgalactosamine (UDP-GalNAc), orthologous to human SLC35A3 (OMIM:605632); CO3H5.2 is redundantly required, with its paralog SRF-3, for normal progression of oocytes through proximal gonads and for normal gonad morphology; C03H5.2 is expressed in many tissues, including pharynx, intestine, pharyngeal gland cells, seam cells, spermatheca, vulva, various muscles, hypodermis, and neurons; C03H5.2 transports both UDP-GlcNAc and UDP-GalNAc independently and simultaneously, with these two molecules neither competing with one another nor being transported as a heterodimer; C03H5.2's two transport activities are genetically separable, since an internally deleted version of C03H5.2 (lacking only 16 residues) retains normal levels of UDP-GlcNAc transport while losing 85-90% of its UDP-GalNAc transport activity; C03H5.2's activity has been experimentally validated through heterologous expression in budding yeast Golgi apparatus, and mutation of C03H5.2 in conserved residues greatly reduces this activity.
47eif-3.HC41D11.2n/achrI 4,445,653C. elegans EIF-3.H protein; contains similarity to Pfam domain PF01398 Mov34/MPN/PAD-1 family contains similarity to Interpro domains IPR000555 (Mov34/MPN/PAD-1), IPR003639 (Mov34-1)
48F21H12.1F21H12.1n/achrII 6,098,704contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
49T07F12.1T07F12.1n/achrX 4,895,096T07F12.1 encodes a member of the histidine phosphatase superfamily orthologous to Bombyx mori ecdysteroid phosphate phosphatase (EPP), human STS1 (OMIM:609201) and human UBASH3A (OMIM:605736); in cell culture, recombinant T07F12.1 is a cytosolic enzyme with steroid phosphatase activity on ecdysone 22-phosphate (E22P), 3-epiecdysone 22-phosphate, 3-epiecdysone 2-phosphate substrates, and prednisolone 21-phosphate substrates, with E22P being preferred; T07F12.1 has no activity against 3-epiecdysone 3(alpha)-phosphate or 1-dehydrotestosterone sodium sulphate; unlike its Bombyx or mammalian orthologs, T07F12.1 lacks non-catalytic SH3 and UBA domains; T07F12.1 is paralogous to C. elegans C52E4.7, F09C12.8, F53B6.7, and F55A11.11.
50ZC190.7ZC190.7n/achrV 8,686,461