UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1H28G03.4H28G03.40chrX 5,223,420contains similarity to Interpro domain IPR009057 (Homeodomain-like)
2R05D11.6R05D11.6n/achrI 8,597,435contains similarity to Clostridium perfringens Hypothetical protein CPE2542.; TR:Q8XHE3
3srh-51C10G11.3n/achrI 6,301,375C. elegans SRH-51 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
4hsr-9T05F1.6n/achrI 9,628,707hsr-9 encodes a protein containing a BRCT (BRCA 1 C terminus) domain that is found in proteins that regulate the cell cycle checkpoint in response to DNA damage; HSR-9 activity is required for a normal response to DNA damage caused by gamma-irradiation; loss of HSR-9 function via RNA-mediated interference after gamma-irradiation results in defects in mitotic cell cycle arrest, reduction of apoptosis of pachytene nuclei, and radiation sensitivity of progeny; the expression pattern and subcellular localization of HSR-9 are not yet known.
5C07A4.1C07A4.1n/achrX 10,169,900contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
6set-32C41G7.4n/achrI 9,520,403set-32 encodes a divergent histone H3 lysine-9 (H3K9) methyltransferase homolog with a SET domain; SET-32 has no obvious non-nematode orthologs, but several paralogs (SET-6, SET-13, SET-15, SET-19, SET-20, and SET-21); set-32(ok1457) has no obvious mutant phenotype, and SET-32 has no obvious function in mass RNAi assays.
7T07D1.5T07D1.5n/achrX 2,419,146
8F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
9crml-1K07G5.1n/achrI 7,154,627C. elegans CRML-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR000694 (Proline-rich region), IPR003590 (Leucine-rich repeat, ribonuclease inhibitor subtype)
10srxa-10R10E11.7n/achrIII 9,795,820C. elegans SRXA-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF03383 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein, class xa contains similarity to Interpro domain IPR005047 (Protein of unknown function DUF286, G protein-coupled receptor-like putative Caenorhabditis species)
11srbc-67T24A6.10n/achrV 3,539,627C. elegans SRBC-67 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
12T12A2.6T12A2.6n/achrIII 6,243,060
13pes-7F09C3.1n/achrI 14,267,298pes-7 encodes an IQGAP ortholog; IQGAP proteins bind actin and CLIP-170, effect activities of the Rho family GTPases Rac1 and Cdc42, and function in cytokinesis; PES-7 is required for completing meiosis and mitosis, and for germline formation and maintenance; IQGAP's alpha-actinin domain is related distantly to alpha-actinin domains in calponin, transgelin (SM22 alpha), and the proto-oncogene Vav; a pes-7 reporter is first expressed in the ventral nerve cord of the elongating embryo and in later stages of development is also expressed in all major ganglia, the vulva, and in the spermathecal valves; in the ventral nerve cord, pes-7 expression is detected in nuclei as well as in cell bodies and neural processes.
14cpg-4C10F3.1n/achrV 5,997,803cpg-4 encodes a large (782-residue), unfamiliar, putatively secreted protein with a C-terminal low-complexity domain; CPG-4 has 35 potential chondroitin attachment sites, mostly in its C-terminal half, 4 of which have been verified by mass spectrometry; CPG-4 has no obvious function in mass RNAi assays.
15C47F8.3C47F8.3n/achrI 12,315,930contains similarity to Pfam domain PF01762 Galactosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002659 (Glycosyl transferase, family 31)
16srw-118C44C3.5n/achrV 2,979,418C. elegans SRW-118 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
17cin-4ZK1127.7n/achrII 7,039,709C. elegans CIN-4 protein
18C11E4.7C11E4.7n/achrX 9,617,962
19F21H12.1F21H12.1n/achrII 6,098,704contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
20R02E12.5R02E12.5n/achrX 3,997,923
21C40H5.2C40H5.2n/achrX 11,754,976contains similarity to Bifidobacterium longum Possible magnesium and cobalt transport protein.; TR:Q8G4E0
22Y44E3A.3Y44E3A.3n/achrI 3,318,281contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR015467 (Thioredoxin family), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related)
23fem-2T19C3.8n/achrIII 633,323A CB5161 ortholog of fem-2, Cbn-fem-2, has been isolated from the sibling Caenorhabditis species CB5161.
24srx-42C06B3.11n/achrV 13,921,696C. elegans SRX-42 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
25aps-1F29G9.3n/achrV 6,018,404aps-1 encodes an adaptin: specifically, it encodes an ortholog of the sigma1 subunit of adaptor protein complex 1 (AP-1).
26T16G12.6T16G12.6n/achrIII 10,072,699contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
27C10C6.6C10C6.6n/achrIV 11,476,280contains similarity to Pfam domains PF00122 (E1-E2 ATPase) , PF00702 (haloacid dehalogenase-like hydrolase) contains similarity to Interpro domains IPR008250 (E1-E2 ATPase-associated region), IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit), IPR006544 (P-type ATPase of unknown pump specificity (type V)), IPR001757 (ATPase, P-type, K/Mg/Cd/Cu/Zn/Na/Ca/Na/H-transporter), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
28W01G7.4W01G7.4n/achrII 14,061,584contains similarity to Danio rerio Protein SLC7A6OS (Solute carrier family 7 member 6 opposite strandstranscript homolog).; SW:Q5U3I2
29T01B11.1T01B11.1n/achrIV 8,448,108contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
30F32B4.1F32B4.1n/achrI 11,511,408contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
31skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
32srh-177K02E2.3n/achrV 20,363,754C. elegans SRH-177 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
33T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
34T07G12.8T07G12.8n/achrIV 10,553,796contains similarity to Thermoplasma volcanium ABC transport system permease protein P1P2A1A2.; TR:Q978R0
35F08F1.9F08F1.9n/achrX 8,410,171contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal)
36F08F8.4F08F8.4n/achrIII 7,358,292contains similarity to Interpro domain IPR001126 (UMUC-like DNA-repair protein)
37srsx-37M01B2.7n/achrV 15,258,341C. elegans SRSX-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
38C05C9.3C05C9.3n/achrX 11,148,023The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
39T20F7.1T20F7.1n/achrX 16,875,523contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
40B0001.5B0001.5n/achrIV 12,142,216contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Gtpase-activating protein activity toward the essential bud-site assembly GTPase Cdc42; SGD:YPL115C
41ZC196.4ZC196.4n/achrV 8,734,518contains similarity to Pfam domain PF05218 Protein of unknown function (DUF713) contains similarity to Interpro domains IPR007883 (Protein of unknown function DUF713), IPR000565 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B)
42ekl-1F22D6.6n/achrI 7,096,946C. elegans EKL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00567 Tudor domain contains similarity to Interpro domains IPR008191 (Maternal tudor protein), IPR002999 (Tudor)
43aspm-1C45G3.1n/achrI 9,224,107The C45G3.1 gene encodes a protein, with one N-terminal calponin-like actin-binding domain and two IQ calmodulin-binding domains, that is likely to be required for spindle structure and function, and (indirectly) for neural function, based on its orthology to Drosophila ABNORMAL SPINDLE and on its joint sterile and uncoordinated RNAi phenotypes; C45G3.1 is also orthologous to human ASPM (OMIM:605481), which when mutated leads to primary microcephaly; C45G3.1 is required for embryonic and larval viability, germline maintenance, vulval morphogenesis, meiosis, and locomotion.
44H04M03.1H04M03.1n/achrIV 5,897,858contains similarity to Pfam domain PF00821 Phosphoenolpyruvate carboxykinase contains similarity to Interpro domains IPR013035 (Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal), IPR008210 (Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal), IPR008209 (Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising)
45C52B11.5C52B11.5n/achrX 1,274,112contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras)
46odr-7T18D3.2n/achrX 12,460,277odr-7 encodes an olfactory-specific member of the nuclear receptor superfamily that affects chemotaxis to some volatile odorants and the cell fate of the AWA olfactory neurons; ODR-7 is expressed in the AWA neurons; in specifying the identity of the AWA neurons, ODR-7 appears to lie upstream of odr-10, which encodes a seven transmembrane domain olfactory receptor that is required for the response to diacetyl, an odorant detected by the AWA neurons.
47M04F3.2M04F3.2n/achrI 4,766,635contains similarity to Bradyrhizobium japonicum 30S ribosomal protein S6.; SW:Q89MW3
48R07G3.5R07G3.5n/achrII 7,598,098contains similarity to Pfam domain PF00300 Phosphoglycerate mutase family contains similarity to Interpro domain IPR013078 (Phosphoglycerate mutase)
49scc-3F18E2.3n/achrV 12,765,914scc-3 encodes a cohesin complex subunit homologous to Saccharomyces cerevisiae Irr1p/Scc3p; SCC-3 is required during meiosis for synaptonemal complex formation and sister chromatid cohesion, proper localization of REC-8 to chromosomes, mitotic chromosome segregation, embryonic development, and vulval morphogenesis; in embryos, SCC-3 forms a cohesin complex with SCC-1, SMC-1, SMC-3, and TIM-1, a HEAT/Armadillo repeat-containing protein related to Drosophila TIMELESS; in the germline, SCC-3 associates with chromatin of transistion zone nuclei, assembles along the longitudinal axes of synapsed chromosomes at pachytene, and unlike other cohesins, localizes throughout chromatin at diakinesis; SCC-3 localization requires TIM-1, and SCC-3 and REC-8 are mutually required for chromatin localization.
50W09G10.3W09G10.3n/achrII 3,526,838contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)