Affine Alignment
 
Alignment between PCDHGA11 (top ENST00000398587.7 935aa) and PCDHGA4 (bottom ENST00000571252.3 962aa) score 67051

001 MANRLQRGDRSRLLLLLCIFLGTLRGFRARQIRYSVPEETEKGSFVGNISKDLGLEPREL 060
    ||    | | +| || +|+ || |   || || ||| || |+|| ||||+||||| ||||
032 MAAPPARPDHTR-LLQICLLLGVLVEIRAEQILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPREL 090

061 AKRGVRIVSRGKTQLFAVNPRSGSLITAGRIDREELCETVSSCFLNMELLVEDTLKIYGV 120
    |+|||||||||+|||||+|||||+|+|||||||||||+   +|  |+|+|+|||+||  |
091 AERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRIDREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRV 150

121 EVEIIDINDNAPSFQEDEVEIKVSEHAIPGARFALPNARDPDVGVNSLQSYQLSPNNYFS 180
    ||||||+||| |||  ++ ||||+|+  ||||| || | |||||||||| |||+ | |||
151 EVEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFS 210

181 LQLRGRTDGAKNPELVLEGSLDREKEAAHLLLLTALDGGDPIRKGAVPIRVVVLDVNDHI 240
    | ++   || | |||||| +||||+|| | |+||| |||||+| |   | ++++| ||+ 
211 LDVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNA 270

241 PMFTQSVYRVSVPENISSGTRVLMVNATDPDEGINGEVMYSFRNMESKASEIFQLDSQTG 300
    |+|||  | ||| ||+  |||+| | ||||||| ||+| |||| +  | |++|||+| +|
271 PVFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSG 330

301 EVQVRGSLDFEKYRFYEMEIQGQDGGGLFTTTTMLITVVDVNDNAPEITITSSINSILEN 360
    ++ + | ||+|   ||+++++  || ||   + +|+||+| ||||||+|+||  +|+ |+
331 DITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRARSKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQES 390

361 SPPGTVIALLNVQDQDSGENGQVSCFIPNHLPFKLEKTYGNYYKLITSRVLDRELVQSYN 420
    | ||||||| || | ||| || |+| ||++||| |||||||||+|+| | |||| |  ||
391 SSPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNLPFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYN 450

421 ITLTATDQGSPPLSAETHVWLNVADDNDNPPVFPHSSYSAYIPENNPRGASIFSVTALDP 480
    ||+||||||+|||| |||+ | | | ||||| |||+|||||||||||||||| |+|| ||
451 ITVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDP 510

481 DSKQNALVTYSLTDDTVQGVPLSSYVSINSNTGVLYALQSFDYEQFRDLELRVIARDSGD 540
    ||  || +|||| +|| || |||||||||||||+|||| ||||||||||+| + | ||||
511 DSGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGD 570

541 PPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDKDSG 600
    ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||+ |||||||||||+|||
571 PPLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTDGSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSG 630

601 QNAWLSYRLLKASEPGLFAVGEHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVT 660
    ||||||| |||+||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
631 QNAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVT 690

661 LTVAVADSIPEVLADLGSLESLANSETSDLSLYLVVAVAAVSCIFLVFVIVLLALRLWRW 720
    ||||||||||+||||||||+  |+ + | |+||||||||||||+|| || |||||+| ||
691 LTVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRW 750

721 HKSRLLQASEGGLAGMPTSHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLIADSQKSHLIFPQPNYGDTL 780
    |||||| |    |||+| |||||||||+|||||||||||| |||+|||||| ||+| |||
751 HKSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTL 810

781 ISQESCEKSEPLLIAEDSAIILGKCDPTSNQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGT 840
    ||+||||||||||| +|  ++  | || + ||||||||||||||||||||||||||||||
811 ISRESCEKSEPLLITQD--LLETKGDP-NLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGT 867

841 WPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYI 900
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
868 WPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYI 927

901 PGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK 935
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||
928 PGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK 962