Affine Alignment
 
Alignment between PCDHA3 (top ENST00000522353.3 950aa) and PCDHA2 (bottom ENST00000526136.2 948aa) score 75753

001 MLFSWREDPGAQCLLLSLLLLAASEVGSGQLHYSVSEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV 060
    |  | |   ||   ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||
001 MASSIRRGRGAWTRLLSLLLLAAWEVGSGQLRYSVPEEAKHGTFVGRIAQDLGLELEELV 060

061 PRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVE 120
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||+||||||||||||||
061 PRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHVEVIVDRPLQVFHVE 120

121 VEVKDINDNAPVFPMAVKNLFISESRQPGSRFSLEGASDADIGTNSLLTYSLDSTEYFTL 180
    ||||||||| |+||| || +   |||   ||| |||||||||| |+||+| | |+|+| |
121 VEVKDINDNPPIFPMTVKTIRFPESRLLDSRFPLEGASDADIGVNALLSYKLSSSEFFFL 180

181 DVKRNDEEIKSLGLVLKKNLNREDTPKHYLLITAIDGGKPELTGTTQLKITVLDVNDNAP 240
    |++ |||  +|| ||| |+|+||+| +  ||+ | |||||||||| |+ | ||||||| |
181 DIQANDELSESLSLVLGKSLDREETAEVNLLLVATDGGKPELTGTVQILIKVLDVNDNEP 240

241 AFERTIYKVRLLENAPNGTLVVTVNATDLDEGVNKDIAYSFNTDMSADILSKFHLDPVNG 300
     | +++|||+||||  |||||| +||+| ||| | +| ||  +|+|+ | +|| +||++|
241 TFAQSVYKVKLLENTANGTLVVKLNASDADEGPNSEIVYSLGSDVSSTIQTKFTIDPISG 300

301 QISVKGNIDFEESKSYEIQVEATDKGNPPMSDHCTVLLEIVDINDNVPELVIQSLSLPVL 360
    +|  || +|+||+||||||| ||||| | || || + |++|||||| ||+ | |||||+ 
301 EIRTKGKLDYEEAKSYEIQVTATDKGTPSMSGHCKISLKLVDINDNTPEVSITSLSLPIS 360

361 EDSPLSTVIALISVSDRDSGVNGQVTCSLTPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSPLDRESVSA 420
    |++ | ||||||+||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
361 ENASLGTVIALITVSDRDSGTNGHVTCSLTPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESVSA 420

421 YELVVTARDGGSPSLWATASVSVEVADVNDNAPAFSQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR 480
    |||||||||||||||||| |||+||||||||||||+| ||||||||||||||||||||| 
421 YELVVTARDGGSPSLWATTSVSIEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAW 480

481 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA 540
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||+||||||||||||
481 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEEVELLQFQVSARDA 540

541 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLMPRVGGIGGAVSELVPRSVGAGHVVAKVRAVDAD 600
    |||||||||||||||||||||||||| || |   |||||||| |||||||||||||||||
541 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRAGTAAGAVSELVPWSVGAGHVVAKVRAVDAD 600

601 SGYNAWLSYELQPGTGGARIPFRVGLYTGEISTTRALDEVDAPRHRLLVLVKDHGEPSLT 660
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |+|||||||||||||||+||
601 SGYNAWLSYELQLGTGSARIPFRVGLYTGEISTTRALDEADSPRHRLLVLVKDHGEPALT 660

661 ATATVLVSLVESGQAPKASSQASAGATGPEAALVDVNVYLIVAICAVSSLLVLTLLLYTA 720
    ||||||||||||||||||||+|  || | || |||||||||+||||||||||||+|||||
661 ATATVLVSLVESGQAPKASSRAWVGAAGSEATLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTVLLYTA 720

721 LRCSAPPTEGDCGPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRQQRVCSGEGLPKTDLMAFSPSLPPCP 780
    |||| |||||   |||||||||||||||||||||+|||||||  ||||||||||||   |
721 LRCSVPPTEGARAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEDPPKTDLMAFSPSLSQGP 780

781 ISRDREEKQDVDVDLSAKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP 840
     |   ||||  + +   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
781 DS--AEEKQLSESEYVGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP 838

841 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR 900
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
839 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR 898

901 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ 950
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899 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ 948