UCSC Human Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
VisiGene
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1TRGJPn/a
    
    
     
0.001chr7 38,273,617T cell receptor gamma joining P (from HGNC TRGJP)
2PAGE4n/a
n/a
n/a
n/a
n/achrX 49,831,783PAGE family member 4, transcript variant 1 (from RefSeq NM_007003.4)
3PRAC1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17 48,722,118PRAC1 small nuclear protein (from RefSeq NM_032391.3)
4TGM4n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 44,894,799transglutaminase 4 (from RefSeq NM_003241.4)
5RPL7P16n/a
    
    
     
n/achr3 132,243,896ribosomal protein L7 pseudogene 16 (from HGNC RPL7P16)
6KLKP1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr19 50,888,067kallikrein pseudogene 1 (from HGNC KLKP1)
7KLKP1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr19 50,889,247kallikrein pseudogene 1 (from RefSeq NR_002948.1)
8TRGC1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7 38,261,778TCR gamma alternate reading frame protein, transcript variant 2 (from RefSeq NM_001003806.2)
9ENSG00000242407n/a
    
    
     
n/achr17 48,733,489ENSG00000242407 (from geneSymbol)
10LINC02469n/a
    
    
     
n/achr4 79,680,299long intergenic non-protein coding RNA 2469 (from HGNC LINC02469)
11RPL23AP61n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr10 46,063,482ribosomal protein L23a pseudogene 61 (from HGNC RPL23AP61)
12ENSG00000229370n/a
    
    
     
n/achr2 13,573,420ENSG00000229370 (from geneSymbol)
13SEMG1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr20 45,208,400semenogelin 1 (from RefSeq NM_003007.5)
14TRPM8n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr2 233,968,447transient receptor potential cation channel subfamily M member 8, transcript variant 1 (from RefSeq NM_024080.5)
15ENSG00000257989n/a
    
    
     
n/achr12 52,098,391ENSG00000257989 (from geneSymbol)
16LINC01297n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr14 19,366,401long intergenic non-protein coding RNA 1297 (from HGNC LINC01297)
17ENSG00000267218n/a
    
    
     
n/achr19 15,902,769ENSG00000267218 (from geneSymbol)
18ENSG00000237581n/a
    
    
     
n/achr2 233,950,790ENSG00000237581 (from geneSymbol)
19ENSG00000227718n/a
    
    
     
n/achr2 13,740,600ENSG00000227718 (from geneSymbol)
20ENSG00000200385n/a
    
    
     
n/achr14 37,720,493ENSG00000200385 (from geneSymbol)
21PRAC2n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17 48,723,971PRAC2 small nuclear protein, transcript variant 2 (from RefSeq NM_001282275.2)
22ENSG00000273750n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17 48,723,251ENSG00000273750 (from geneSymbol)
23ENSG00000277542n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17 48,723,732ENSG00000277542 (from geneSymbol)
24RNU6-1005Pn/a
    
    
     
n/achr16 21,642,107RNA, U6 small nuclear 1005, pseudogene (from HGNC RNU6-1005P)
25RNU6-917Pn/a
    
    
     
n/achr20 1,529,107RNA, U6 small nuclear 917, pseudogene (from HGNC RNU6-917P)
26TRDV2n/a
    
    
     
n/achr14 22,422,706V region of the variable domain of T cell receptor (TR) delta  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:28920588, PubMed:23348415). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0JD36)
27TRBV5-5n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7_KI270803v1_alt 466,379T cell receptor beta variable 5-5 (from HGNC TRBV5-5)
28TRAV1-1n/a
    
    
     
n/achr14 21,622,202V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J248)
29ENSG00000232208n/a
    
    
     
n/achr1 8,907,568ENSG00000232208 (from geneSymbol)
30TRBV21-1n/a
    
    
     
n/achr7 142,637,154T cell receptor beta variable 21-1 (pseudogene) (from HGNC TRBV21-1)
31CSF2RBP1n/a
    
    
     
n/achr22 36,952,126colony stimulating factor 2 receptor beta common subunit pseudogene 1 (from HGNC CSF2RBP1)
32FLT1P1n/a
    
    
     
n/achr3 46,143,017fms related tyrosine kinase 1 pseudogene 1 (from HGNC FLT1P1)
33TRBV6-4n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7_KI270803v1_alt 364,610T cell receptor beta variable 6-4 (from HGNC TRBV6-4)
34TRAV38-1n/a
    
    
     
n/achr14 22,272,265V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J264)
35SNORD88An/a
    
    
     
n/achr19 50,799,487small nucleolar RNA, C/D box 88A (from RefSeq NR_003067.1)
36CABP5n/a
    
    
     
n/achr19 48,036,731calcium binding protein 5 (from RefSeq NM_019855.5)
37ENSG00000251447n/a
    
    
     
n/achr3 131,537,628ENSG00000251447 (from geneSymbol)
38TRAV24n/a
    
    
     
n/achr14 22,105,594V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J272)
39TRAV36DV7n/a
    
    
     
n/achr14 22,227,000V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A075B6V5)
40TRAV26-2n/a
    
    
     
n/achr14 22,202,975V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J265)
41HNRNPA1P52n/a
    
    
     
n/achr19 41,830,315heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 pseudogene 52 (from HGNC HNRNPA1P52)
42ENSG00000278406n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr2 192,776,008ENSG00000278406 (from geneSymbol)
43ENSG00000200235n/a
    
    
     
n/achr5 140,579,729ENSG00000200235 (from geneSymbol)
44IGKV1D-43n/a
    
    
     
n/achr2 90,210,201V region of the variable domain of immunoglobulin light  chains that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Immunoglobulins, also known as antibodies, are membrane-bound or  secreted glycoproteins produced by B lymphocytes. In the recognition  phase of humoral immunity, the membrane-bound immunoglobulins serve as  receptors which, upon binding of a specific antigen, trigger the clonal  expansion and differentiation of B lymphocytes into immunoglobulins-  secreting plasma cells. Secreted immunoglobulins mediate the effector  phase of humoral immunity, which results in the elimination of bound  antigens (PubMed:20176268, PubMed:22158414). The antigen binding site  is formed by the variable domain of one heavy chain, together with that  of its associated light chain. Thus, each immunoglobulin has two  antigen binding sites with remarkable affinity for a particular  antigen. The variable domains are assembled by a process called V-(D)-J  rearrangement and can then be subjected to somatic hypermutations  which, after exposure to antigen and selection, allow affinity  maturation for a particular antigen (PubMed:20176268, PubMed:17576170). (from UniProt A0A0B4J1Z2)
45SCARNA20n/a
    
    
     
n/achr17 60,231,581small Cajal body-specific RNA 20 (from RefSeq NR_002999.2)
46CR1-AS1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 207,588,261CR1-AS1 (from geneSymbol)
47DEFA8Pn/a
    
    
     
n/achr8 6,951,162defensin alpha 8, pseudogene (from RefSeq NR_073407.1)
48IGKV2OR2-2n/a
    
    
     
n/achr2 97,050,878immunoglobulin kappa variable 2/OR2-2 (pseudogene) (from HGNC IGKV2OR2-2)
49EIF4A1P1n/a
    
    
     
n/achr21 27,367,480eukaryotic translation initiation factor 4A1 pseudogene 1 (from HGNC EIF4A1P1)
50ENSG00000225402n/a
    
    
     
n/achr2 37,817,438ENSG00000225402 (from geneSymbol)