UCSC Human Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
VisiGene
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1TRAV18n/a
    
    
     
3e-60chr14 22,003,389V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A075B6X5)
2LINC02135n/a
    
    
     
n/achr16 86,289,908long intergenic non-protein coding RNA 2135 (from RefSeq NR_038438.1)
3ENSG00000226041n/a
    
    
     
n/achr2 16,203,328ENSG00000226041 (from geneSymbol)
4ENSG00000248790n/a
    
    
     
n/achr3 139,466,612ENSG00000248790 (from geneSymbol)
5ENSG00000268473n/a
    
    
     
n/achr16 86,435,357ENSG00000268473 (from geneSymbol)
6FOLR1P1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr11 72,159,278folate receptor 1 pseudogene 1 (from HGNC FOLR1P1)
7ENSG00000260530n/a
    
    
     
n/achr16 84,296,241ENSG00000260530 (from geneSymbol)
8LINC01648n/a
    
    
     
n/achr1 30,025,782long intergenic non-protein coding RNA 1648 (from RefSeq NR_110790.1)
9RNU6-1069Pn/a
    
    
     
n/achr12 31,803,024RNA, U6 small nuclear 1069, pseudogene (from HGNC RNU6-1069P)
10IGLV3-22n/a
    
    
     
n/achr22 22,704,543V region of the variable domain of immunoglobulin light  chains that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Immunoglobulins, also known as antibodies, are membrane-bound or  secreted glycoproteins produced by B lymphocytes. In the recognition  phase of humoral immunity, the membrane-bound immunoglobulins serve as  receptors which, upon binding of a specific antigen, trigger the clonal  expansion and differentiation of B lymphocytes into immunoglobulins-  secreting plasma cells. Secreted immunoglobulins mediate the effector  phase of humoral immunity, which results in the elimination of bound  antigens (PubMed:20176268, PubMed:22158414). The antigen binding site  is formed by the variable domain of one heavy chain, together with that  of its associated light chain. Thus, each immunoglobulin has two  antigen binding sites with remarkable affinity for a particular  antigen. The variable domains are assembled by a process called V-(D)-J  rearrangement and can then be subjected to somatic hypermutations  which, after exposure to antigen and selection, allow affinity  maturation for a particular antigen (PubMed:17576170, PubMed:20176268). (from UniProt A0A075B6J6)
11RPL4P1n/a
    
    
     
n/achr14 21,750,907ribosomal protein L4 pseudogene 1 (from HGNC RPL4P1)
12ENSG00000235321n/a
    
    
     
n/achr2 169,100,976ENSG00000235321 (from geneSymbol)
13H3P36n/a
    
    
     
n/achr13 71,675,268H3P36 (from geneSymbol)
14ASH2LP1n/a
    
    
     
n/achr22 22,420,818ASH2 like histone lysine methyltransferase complex subunit pseudogene 1 (from HGNC ASH2LP1)
15TRGVAn/a
    
    
     
n/achr7 38,322,588T cell receptor gamma variable A (pseudogene) (from HGNC TRGVA)
16ADAM7-AS1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr8 24,606,479ADAM7-AS1 (from geneSymbol)
17IGKV2-4n/a
    
    
     
n/achr2 88,932,023immunoglobulin kappa variable 2-4 (pseudogene) (from HGNC IGKV2-4)
18MRPL53P1n/a
    
    
     
n/achr1 112,626,065mitochondrial ribosomal protein L53 pseudogene 1 (from HGNC MRPL53P1)
19RNA5SP357n/a
    
    
     
n/achr12 34,205,758RNA, 5S ribosomal pseudogene 357 (from HGNC RNA5SP357)
20ENSG00000269385n/a
    
    
     
n/achr19 6,898,492ENSG00000269385 (from geneSymbol)
21RNU2-6Pn/a
    
    
     
n/achr13 46,374,495RNA, U2 small nuclear 6, pseudogene (from HGNC RNU2-6P)
22RN7SL634Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr14 104,013,787RNA, 7SL, cytoplasmic 634, pseudogene (from HGNC RN7SL634P)
23JMJD4P1n/a
    
    
     
n/achr3 129,046,342JMJD4P1 (from geneSymbol)
24HNRNPA1P17n/a
    
    
     
n/achr3 108,326,167heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 pseudogene 17 (from HGNC HNRNPA1P17)
25SDR42E1P5n/a
    
    
     
n/achr2 102,411,675short chain dehydrogenase/reductase family 42E, member 1 pseudogene 5 (from HGNC SDR42E1P5)
26ENSG00000268289n/a
    
    
     
n/achr19 17,053,540ENSG00000268289 (from geneSymbol)
27IGLV11-55n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr22 22,201,912Probable non-functional open reading frame (ORF) of V region  of the variable domain of immunoglobulin light chains  (PubMed:24600447). Non-functional ORF generally cannot participate in  the synthesis of a productive immunoglobulin chain due to altered V-  (D)-J or switch recombination and/or splicing site (at mRNA level)  and/or conserved amino acid change (protein level) (PubMed:9619395).  Immunoglobulins, also known as antibodies, are membrane-bound or  secreted glycoproteins produced by B lymphocytes. In the recognition  phase of humoral immunity, the membrane-bound immunoglobulins serve as  receptors which, upon binding of a specific antigen, trigger the clonal  expansion and differentiation of B lymphocytes into immunoglobulins-  secreting plasma cells. Secreted immunoglobulins mediate the effector  phase of humoral immunity, which results in the elimination of bound  antigens (PubMed:22158414, PubMed:20176268). The antigen binding site  is formed by the variable domain of one heavy chain, together with that  of its associated light chain. Thus, each immunoglobulin has two  antigen binding sites with remarkable affinity for a particular  antigen. The variable domains are assembled by a process called V-(D)-J  rearrangement and can then be subjected to somatic hypermutations  which, after exposure to antigen and selection, allow affinity  maturation for a particular antigen (PubMed:20176268, PubMed:17576170). (from UniProt A0A075B6I3)
28GOLGA5P1n/a
    
    
     
n/achr5 39,169,772golgin A5 pseudogene 1 (from HGNC GOLGA5P1)
29RPL21P123n/a
    
    
     
n/achr17 29,716,482ribosomal protein L21 pseudogene 123 (from HGNC RPL21P123)
30IGHV4-80n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr14 106,872,984immunoglobulin heavy variable 4-80 (pseudogene) (from HGNC IGHV4-80)
31IGHV3-38n/a
    
    
     
n/achr14 106,410,757Probable non-functional open reading frame (ORF) of V region  of the variable domain of immunoglobulin heavy chains  (PubMed:24600447). Non-functional ORF generally cannot participate in  the synthesis of a productive immunoglobulin chain due to altered V-  (D)-J or switch recombination and/or splicing site (at mRNA level)  and/or conserved amino acid change (protein level) (PubMed:9619395).  Immunoglobulins, also known as antibodies, are membrane-bound or  secreted glycoproteins produced by B lymphocytes. In the recognition  phase of humoral immunity, the membrane-bound immunoglobulins serve as  receptors which, upon binding of a specific antigen, trigger the clonal  expansion and differentiation of B lymphocytes into immunoglobulins-  secreting plasma cells. Secreted immunoglobulins mediate the effector  phase of humoral immunity, which results in the elimination of bound  antigens (PubMed:22158414, PubMed:20176268). The antigen binding site  is formed by the variable domain of one heavy chain, together with that  of its associated light chain. Thus, each immunoglobulin has two  antigen binding sites with remarkable affinity for a particular  antigen. The variable domains are assembled by a process called V-(D)-J  rearrangement and can then be subjected to somatic hypermutations  which, after exposure to antigen and selection, allow affinity  maturation for a particular antigen (PubMed:20176268, PubMed:17576170). (from UniProt A0A0C4DH36)
32IGHV3-29n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr14 106,356,368immunoglobulin heavy variable 3-29 (pseudogene) (from HGNC IGHV3-29)
33ARL8BP2n/a
    
    
     
n/achr1 28,120,885ARL8BP2 (from geneSymbol)
34PHKA1-AS1n/a
    
    
     
n/achrX 72,700,649PHKA1 antisense RNA 1 (from RefSeq NR_110391.1)
35RPSAP46n/a
    
    
     
n/achr7 101,204,054ribosomal protein SA pseudogene 46 (from HGNC RPSAP46)
36ENSG00000270897n/a
    
    
     
n/achr11 11,182,260ENSG00000270897 (from geneSymbol)
37IFITM3P1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr4 66,094,334IFITM3P1 (from geneSymbol)
38ENSG00000236957n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 157,927,463ENSG00000236957 (from geneSymbol)
39TIFABn/a
    
    
     
n/achr5 135,448,288TIFA inhibitor (from RefSeq NM_001099221.2)
40RN7SL28Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr4 184,279,084RNA, 7SL, cytoplasmic 28, pseudogene (from HGNC RN7SL28P)
41DGAT2L7Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7 101,202,667diacylglycerol O-acyltransferase 2 like 7, pseudogene (from HGNC DGAT2L7P)
42SOCS2P2n/a
    
    
     
n/achr22 22,171,269suppressor of cytokine signaling 2 pseudogene 2 (from HGNC SOCS2P2)
43RPL6P23n/a
    
    
     
n/achr8 94,202,482RPL6P23 (from geneSymbol)
44ENSG00000205745n/a
    
    
     
n/achr7 36,082,410ENSG00000205745 (from geneSymbol)
45HBZP1n/a
    
    
     
n/achr16 164,139hemoglobin subunit zeta pseudogene 1 (from HGNC HBZP1)
46MTCO2P33n/a
    
    
     
n/achr6 24,948,112mitochondrially encoded cytochrome c oxidase II pseudogene 33 (from HGNC MTCO2P33)
47ENSG00000227710n/a
    
    
     
n/achr22 22,168,461ENSG00000227710 (from geneSymbol)
48IGHV3-79n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr14 106,867,876immunoglobulin heavy variable 3-79 (pseudogene) (from HGNC IGHV3-79)
49LINC02213n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr5 10,507,095long intergenic non-protein coding RNA 2213, transcript variant 2 (from RefSeq NR_134290.1)
50ENSG00000251127n/a
    
    
     
n/achr8 61,762,531ENSG00000251127 (from geneSymbol)