UCSC Human Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
VisiGene
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ENSG00000234553n/a
    
    
     
n/achr5 56,537,204ENSG00000234553 (from geneSymbol)
2TRAV38-1n/a
    
    
     
n/achr14 22,272,265V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J264)
3TRAV1-1n/a
    
    
     
n/achr14 21,622,202V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J248)
4RNU6-917Pn/a
    
    
     
n/achr20 1,529,107RNA, U6 small nuclear 917, pseudogene (from HGNC RNU6-917P)
5TRDV2n/a
    
    
     
n/achr14 22,422,706V region of the variable domain of T cell receptor (TR) delta  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:28920588, PubMed:23348415). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0JD36)
6CSF2RBP1n/a
    
    
     
n/achr22 36,952,126colony stimulating factor 2 receptor beta common subunit pseudogene 1 (from HGNC CSF2RBP1)
7RNU6-1005Pn/a
    
    
     
n/achr16 21,642,107RNA, U6 small nuclear 1005, pseudogene (from HGNC RNU6-1005P)
8TRBV5-5n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7_KI270803v1_alt 466,379T cell receptor beta variable 5-5 (from HGNC TRBV5-5)
9TRAV24n/a
    
    
     
n/achr14 22,105,594V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J272)
10ENSG00000232208n/a
    
    
     
n/achr1 8,907,568ENSG00000232208 (from geneSymbol)
11ENSG00000225402n/a
    
    
     
n/achr2 37,817,438ENSG00000225402 (from geneSymbol)
12TRAV26-2n/a
    
    
     
n/achr14 22,202,975V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J265)
13TRAV6n/a
    
    
     
n/achr14 21,768,784V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A075B6T7)
14TRBV21-1n/a
    
    
     
n/achr7 142,637,154T cell receptor beta variable 21-1 (pseudogene) (from HGNC TRBV21-1)
15HNRNPA1P52n/a
    
    
     
n/achr19 41,830,315heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 pseudogene 52 (from HGNC HNRNPA1P52)
16TRAV36DV7n/a
    
    
     
n/achr14 22,227,000V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A075B6V5)
17GGTLC5Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr22 18,343,022gamma-glutamyltransferase light chain 5 pseudogene (from HGNC GGTLC5P)
18TPRKBP2n/a
    
    
     
n/achr16 28,111,410TP53RK binding protein pseudogene 2 (from HGNC TPRKBP2)
19MIR1227n/a
    
    
     
n/achr19 2,234,105microRNA 1227 (from RefSeq NR_031596.1)
20RPL21P40n/a
    
    
     
n/achr3 32,030,437ribosomal protein L21 pseudogene 40 (from HGNC RPL21P40)
21RPL36P9n/a
    
    
     
n/achr6 35,607,781ribosomal protein L36 pseudogene 9 (from HGNC RPL36P9)
22TRBV10-2n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7_KI270803v1_alt 408,782V region of the variable domain of T cell receptor (TR) beta  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0K0K1G8)
23ENSG00000238150n/a
    
    
     
n/achr19 53,775,740ENSG00000238150 (from geneSymbol)
24ENSG00000200235n/a
    
    
     
n/achr5 140,579,729ENSG00000200235 (from geneSymbol)
25SCARNA20n/a
    
    
     
n/achr17 60,231,581small Cajal body-specific RNA 20 (from RefSeq NR_002999.2)
26ENSG00000259242n/a
    
    
     
n/achr19 19,607,505ENSG00000259242 (from geneSymbol)
27CABP5n/a
    
    
     
n/achr19 48,036,731calcium binding protein 5 (from RefSeq NM_019855.5)
28HMGN1P17n/a
    
    
     
n/achr5 56,381,928high mobility group nucleosome binding domain 1 pseudogene 17 (from HGNC HMGN1P17)
29FLT1P1n/a
    
    
     
n/achr3 46,143,017fms related tyrosine kinase 1 pseudogene 1 (from HGNC FLT1P1)
30RPL4P1n/a
    
    
     
n/achr14 21,750,907ribosomal protein L4 pseudogene 1 (from HGNC RPL4P1)
31TRBV6-4n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7_KI270803v1_alt 364,610T cell receptor beta variable 6-4 (from HGNC TRBV6-4)
32RNU6-1069Pn/a
    
    
     
n/achr12 31,803,024RNA, U6 small nuclear 1069, pseudogene (from HGNC RNU6-1069P)
33RPL21P123n/a
    
    
     
n/achr17 29,716,482ribosomal protein L21 pseudogene 123 (from HGNC RPL21P123)
34TRGVAn/a
    
    
     
n/achr7 38,322,588T cell receptor gamma variable A (pseudogene) (from HGNC TRGVA)
35MTCO3P5n/a
    
    
     
n/achr2 143,099,415mitochondrially encoded cytochrome c oxidase III pseudogene 5 (from HGNC MTCO3P5)
36IGHV1-17n/a
    
    
     
n/achr14 106,174,551immunoglobulin heavy variable 1-17 (pseudogene) (from HGNC IGHV1-17)
37ENSG00000254631n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr11 74,441,697ENSG00000254631 (from geneSymbol)
38IGKV1OR2-108n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr2 113,406,634immunoglobulin kappa variable 1/OR2-108 (non-functional) (from HGNC IGKV1OR2-108)
39ENSG00000223728n/a
    
    
     
n/achr1 147,841,660ENSG00000223728 (from geneSymbol)
40RPL17P3n/a
    
    
     
n/achr14 81,001,476ribosomal protein L17 pseudogene 3 (from HGNC RPL17P3)
41TRBV7-4n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7_KI270803v1_alt 438,983T cell receptor beta variable 7-4 (gene/pseudogene) (from HGNC TRBV7-4)
42TRBV11-1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7_KI270803v1_alt 391,491V region of the variable domain of T cell receptor (TR) beta  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0K0K1C0)
43GOLGA5P1n/a
    
    
     
n/achr5 39,169,772golgin A5 pseudogene 1 (from HGNC GOLGA5P1)
44RPL30P7n/a
    
    
     
n/achr5 10,488,981ribosomal protein L30 pseudogene 7 (from HGNC RPL30P7)
45ADAM7-AS1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr8 24,606,479ADAM7-AS1 (from geneSymbol)
46RN7SL806Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr8 42,881,376RNA, 7SL, cytoplasmic 806, pseudogene (from HGNC RN7SL806P)
47ENSG00000259962n/a
    
    
     
n/achr16 53,362,848ENSG00000259962 (from geneSymbol)
48SEPTIN7P8n/a
    
    
     
n/achr19 53,772,893SEPTIN7P8 (from geneSymbol)
49TRAV25n/a
    
    
     
n/achr14 22,112,689V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J276)
50CD300LDn/a
    
    
     
n/achr17 74,585,824CD300 molecule like family member d (from RefSeq NM_001115152.2)