UCSC Human Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
VisiGene
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1TRGC1n/a
n/a
n/a
n/a
3e-82chr7 38,261,778TCR gamma alternate reading frame protein, transcript variant 2 (from RefSeq NM_001003806.2)
2TRGJPn/a
    
    
     
n/achr7 38,273,617T cell receptor gamma joining P (from HGNC TRGJP)
3PAGE4n/a
n/a
n/a
n/a
n/achrX 49,831,783PAGE family member 4, transcript variant 1 (from RefSeq NM_007003.4)
4TGM4n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 44,894,799transglutaminase 4 (from RefSeq NM_003241.4)
5RPL7P16n/a
    
    
     
n/achr3 132,243,896ribosomal protein L7 pseudogene 16 (from HGNC RPL7P16)
6IFITM3P6n/a
    
    
     
n/achr12 47,135,699IFITM3P6 (from geneSymbol)
7TRGJ1n/a
    
    
     
n/achr7 38,269,515J region of the variable domain of T cell receptor (TR) gamma  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:28920588, PubMed:23348415). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0A075B6S0)
8ENPP7P5n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr12 8,281,691ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 7 pseudogene 5 (from HGNC ENPP7P5)
9ENSG00000284673n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr12 8,396,532ENSG00000284673 (from geneSymbol)
10ENSG00000284687n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr12 8,390,379ENSG00000284687 (from geneSymbol)
11LAIR1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr19 54,358,157leukocyte associated immunoglobulin like receptor 1, transcript variant h (from RefSeq NR_110279.3)
12TRBV19n/a
    
    
     
n/achr7 142,619,190V region of the variable domain of T cell receptor (TR) beta  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A075B6N1)
13TRGJP1n/a
    
    
     
n/achr7 38,276,288T cell receptor gamma joining P1 (from HGNC TRGJP1)
14NAIPP3n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr5 69,620,879NAIPP3 (from geneSymbol)
15LINC02908n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr9 137,032,710long intergenic non-protein coding RNA 2908 (from RefSeq NR_171031.1)
16TRAT1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 108,838,895T cell receptor associated transmembrane adaptor 1, transcript variant 1 (from RefSeq NM_016388.4)
17TIGITn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 114,302,158T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains (from RefSeq NM_173799.4)
18LYNn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr8 55,947,002LYN proto-oncogene, Src family tyrosine kinase, transcript variant 1 (from RefSeq NM_002350.4)
19SHISAL2An/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 52,645,116shisa like 2A, transcript variant 1 (from RefSeq NM_001042693.3)
20NAIPP1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr5 70,476,014NAIPP1 (from geneSymbol)
21UBASH3An/a
n/a
n/a
n/a
n/achr21 42,425,793ubiquitin associated and SH3 domain containing A, transcript variant 1 (from RefSeq NM_018961.4)
22FASLGn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 172,662,989Fas ligand, transcript variant 1 (from RefSeq NM_000639.3)
23ENSG00000225460n/a
    
    
     
n/achr9 89,472,464ENSG00000225460 (from geneSymbol)
24RPL10P19n/a
    
    
     
n/achr8 8,961,907ribosomal protein L10 pseudogene 19 (from HGNC RPL10P19)
25PTPRN2-AS1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7 157,856,190PTPRN2 antisense RNA 1 (from RefSeq NR_038966.1)
26LILRA2n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr19 54,582,038leukocyte immunoglobulin like receptor A2, transcript variant 1 (from RefSeq NM_001130917.3)
27ENSG00000269271n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr19 54,589,864ENSG00000269271 (from geneSymbol)
28NCR1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr19 54,909,610natural cytotoxicity triggering receptor 1, transcript variant 1 (from RefSeq NM_004829.7)
29SPNS3n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17 4,461,072SPNS lysolipid transporter 3, sphingosine-1-phosphate (putative), transcript variant 1 (from RefSeq NM_182538.5)
30TRGV2n/a
    
    
     
n/achr7 38,363,191V region of the variable domain of T cell receptor (TR) gamma  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:23348415, PubMed:28920588). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0A075B6R0)
31SH2D1Bn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 162,403,702SH2 domain containing 1B (from RefSeq NM_053282.5)
32TRBV28n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7 142,720,910V region of the variable domain of T cell receptor (TR) beta  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A5B6)
33TIMM8AP1n/a
    
    
     
n/achr2 162,077,504translocase of inner mitochondrial membrane 8A pseudogene 1 (from HGNC TIMM8AP1)
34ENSG00000224067n/a
    
    
     
n/achr9 111,803,207ENSG00000224067 (from geneSymbol)
35CHST2n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 143,121,892carbohydrate sulfotransferase 2 (from RefSeq NM_004267.5)
36XCL1n/a
    
    
     
n/achr1 168,579,337X-C motif chemokine ligand 1 (from RefSeq NM_002995.3)
37CDK2AP2P2n/a
    
    
     
n/achr9 62,845,001cyclin dependent kinase 2 associated protein 2 pseudogene 2 (from HGNC CDK2AP2P2)
38ENSG00000217078n/a
    
    
     
n/achr6 16,163,569ENSG00000217078 (from geneSymbol)
39OR52K3Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr11 4,475,284olfactory receptor family 52 subfamily K member 3 pseudogene (from HGNC OR52K3P)
40TRAV13-1n/a
    
    
     
n/achr14 21,869,102V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J241)
41ENSG00000240535n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr5 55,034,261ENSG00000240535 (from geneSymbol)
42KLKP1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr19 50,888,067kallikrein pseudogene 1 (from HGNC KLKP1)
43KLKP1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr19 50,889,247kallikrein pseudogene 1 (from RefSeq NR_002948.1)
44HMGN2P46n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr15 45,555,726high mobility group nucleosomal binding domain 2 pseudogene 46 (from HGNC HMGN2P46)
45ENSG00000293154n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr15 45,533,933ENSG00000293154 (from geneSymbol)
46PTGER4P2n/a
    
    
     
n/achr9 62,844,044prostaglandin E receptor 4 pseudogene 2 (from HGNC PTGER4P2)
47TRBV20-1n/a
    
    
     
n/achr7 142,627,024V region of the variable domain of T cell receptor (TR) beta  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A075B6N2)
48ENSG00000271978n/a
    
    
     
n/achr6 5,043,089ENSG00000271978 (from geneSymbol)
49CHRNA2n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr8 27,469,508cholinergic receptor nicotinic alpha 2 subunit, transcript variant 1 (from RefSeq NM_000742.4)
50FCRL6n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 159,809,308Fc receptor like 6, transcript variant 1 (from RefSeq NM_001004310.3)