UCSC Human Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
VisiGene
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1RNU1-125Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr16 3,069,587RNA, U1 small nuclear 125, pseudogene (from HGNC RNU1-125P)
2GFI1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 92,479,984growth factor independent 1 transcriptional repressor, transcript variant 1 (from RefSeq NM_005263.5)
3UBDn/a
    
    
     
n/achr6 29,557,623ubiquitin D (from RefSeq NM_006398.4)
4GVINP1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr11 6,718,245GTPase, very large interferon inducible pseudogene 1 (from RefSeq NR_003945.1)
5GPR171n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 151,200,524G protein-coupled receptor 171 (from RefSeq NM_013308.4)
6ENSG00000224950n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 116,496,114ENSG00000224950 (from geneSymbol)
7TRGV4n/a
    
    
     
n/achr7 38,354,116V region of the variable domain of T cell receptor (TR) gamma  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:23348415, PubMed:28920588). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0A0C4DH28)
8TFECn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7 115,982,957transcription factor EC, transcript variant 1 (from RefSeq NM_012252.4)
9CD28n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr2 203,722,775CD28 molecule, transcript variant 1 (from RefSeq NM_006139.4)
10ENSG00000237568n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 89,265,168ENSG00000237568 (from geneSymbol)
11CD96n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 111,597,284CD96 molecule, transcript variant 2 (from RefSeq NM_005816.5)
12LAX1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 203,770,777lymphocyte transmembrane adaptor 1, transcript variant 1 (from RefSeq NM_017773.4)
13TXKn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr4 48,100,321TXK tyrosine kinase (from RefSeq NM_003328.3)
14CXCR6n/a
    
    
     
n/achr3 45,945,907C-X-C motif chemokine receptor 6, transcript variant 1 (from RefSeq NM_006564.2)
15ENSG00000267554n/a
    
    
     
n/achr17 35,470,348ENSG00000267554 (from geneSymbol)
16UBASH3An/a
n/a
n/a
n/a
n/achr21 42,425,793ubiquitin associated and SH3 domain containing A, transcript variant 1 (from RefSeq NM_018961.4)
17ENSG00000267074n/a
    
    
     
n/achr17 35,504,980ENSG00000267074 (from geneSymbol)
18NAT8Bn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr2 73,700,958N-acetyltransferase 8B (putative, gene/pseudogene) (from HGNC NAT8B)
19PYHIN1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 158,954,305pyrin and HIN domain family member 1, transcript variant 1 (from RefSeq NM_152501.5)
20UNC93B7n/a
    
    
     
n/achr4 9,495,901unc-93 homolog B7, pseudogene (from HGNC UNC93B7)
21SCML4n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr6 107,763,233Scm polycomb group protein like 4, transcript variant 1 (from RefSeq NM_198081.5)
22NUGGCn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr8 28,052,950nuclear GTPase, germinal center associated (from RefSeq NM_001010906.2)
23CTLA4n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr2 203,870,868cytotoxic T-lymphocyte associated protein 4, transcript variant 1 (from RefSeq NM_005214.5)
24CXCL9n/a
    
    
     
n/achr4 76,004,392C-X-C motif chemokine ligand 9 (from RefSeq NM_002416.3)
25TRGV3n/a
    
    
     
n/achr7 38,358,837V region of the variable domain of T cell receptor (TR) gamma  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:23348415, PubMed:28920588). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt P03979)
26TIGITn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 114,302,158T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains (from RefSeq NM_173799.4)
27ENSG00000237604n/a
    
    
     
n/achr21 44,175,971ENSG00000237604 (from geneSymbol)
28KLHDC7Bn/a
    
    
     
n/achr22 50,548,461kelch domain containing 7B (from RefSeq NM_138433.5)
29LBX2n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr2 74,498,560ladybird homeobox 2, transcript variant 1 (from RefSeq NM_001282430.2)
30CXCR3n/a
    
    
     
n/achrX 71,617,215C-X-C motif chemokine receptor 3, transcript variant 1 (from RefSeq NM_001504.2)
31GLOD5n/a
n/a
n/a
n/a
n/achrX 48,767,697glyoxalase domain containing 5 (from RefSeq NM_001080489.3)
32CYLD-AS1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr16 50,735,116CYLD antisense RNA 1, transcript variant 7 (from RefSeq NR_184279.1)
33XCL2n/a
    
    
     
n/achr1 168,542,382X-C motif chemokine ligand 2 (from RefSeq NM_003175.4)
34ICAM4n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr19 10,287,737intercellular adhesion molecule 4 (Landsteiner-Wiener blood group), transcript variant 1 (from RefSeq NM_001544.5)
35ENSG00000271680n/a
    
    
     
n/achr1 206,906,160ENSG00000271680 (from geneSymbol)
36TRAT1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 108,838,895T cell receptor associated transmembrane adaptor 1, transcript variant 1 (from RefSeq NM_016388.4)
37CXCL10n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr4 76,022,307C-X-C motif chemokine ligand 10, transcript variant 2 (from RefSeq NR_168520.1)
38BET1P1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7 150,749,915Bet1 golgi vesicular membrane trafficking protein pseudogene 1 (from HGNC BET1P1)
39LAIR1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr19 54,358,157leukocyte associated immunoglobulin like receptor 1, transcript variant h (from RefSeq NR_110279.3)
40CD180n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr5 67,188,206CD180 molecule (from RefSeq NM_005582.3)
41ENSG00000240535n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr5 55,034,261ENSG00000240535 (from geneSymbol)
42PDE6Gn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17 81,653,500phosphodiesterase 6G, transcript variant 1 (from RefSeq NM_002602.4)
43KCNE1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr21 34,479,450potassium voltage-gated channel subfamily E regulatory subunit 1, transcript variant 2 (from RefSeq NM_000219.6)
44ENSG00000260996n/a
    
    
     
n/achr9 137,294,794ENSG00000260996 (from geneSymbol)
45CCL20n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr2 227,815,699C-C motif chemokine ligand 20, transcript variant 1 (from RefSeq NM_004591.3)
46PIK3CGn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7 106,887,131phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma, transcript variant 3 (from RefSeq NM_001282427.2)
47GGCTP1n/a
    
    
     
n/achr5 95,834,735GGCTP1 (from geneSymbol)
48KMT5AP3n/a
    
    
     
n/achr3 170,062,597KMT5AP3 (from geneSymbol)
49SOAT2n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr12 53,114,010sterol O-acyltransferase 2 (from RefSeq NM_003578.4)
50TRGV5Pn/a
    
    
     
n/achr7 38,345,264T cell receptor gamma variable 5P (pseudogene) (from HGNC TRGV5P)