UCSC Human Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
VisiGene
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1SCARNA20n/a
    
    
     
n/achr17 60,231,581small Cajal body-specific RNA 20 (from RefSeq NR_002999.2)
2ENSG00000232208n/a
    
    
     
n/achr1 8,907,568ENSG00000232208 (from geneSymbol)
3RNU6-917Pn/a
    
    
     
n/achr20 1,529,107RNA, U6 small nuclear 917, pseudogene (from HGNC RNU6-917P)
4RNU6-1005Pn/a
    
    
     
n/achr16 21,642,107RNA, U6 small nuclear 1005, pseudogene (from HGNC RNU6-1005P)
5CSF2RBP1n/a
    
    
     
n/achr22 36,952,126colony stimulating factor 2 receptor beta common subunit pseudogene 1 (from HGNC CSF2RBP1)
6HNRNPA1P52n/a
    
    
     
n/achr19 41,830,315heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 pseudogene 52 (from HGNC HNRNPA1P52)
7TRDV2n/a
    
    
     
n/achr14 22,422,706V region of the variable domain of T cell receptor (TR) delta  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:28920588, PubMed:23348415). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0JD36)
8AK3P6n/a
    
    
     
n/achr12 128,944,738adenylate kinase 3 pseudogene 6 (from HGNC AK3P6)
9FLT1P1n/a
    
    
     
n/achr3 46,143,017fms related tyrosine kinase 1 pseudogene 1 (from HGNC FLT1P1)
10ENSG00000225402n/a
    
    
     
n/achr2 37,817,438ENSG00000225402 (from geneSymbol)
11MTCO3P5n/a
    
    
     
n/achr2 143,099,415mitochondrially encoded cytochrome c oxidase III pseudogene 5 (from HGNC MTCO3P5)
12CABP5n/a
    
    
     
n/achr19 48,036,731calcium binding protein 5 (from RefSeq NM_019855.5)
13TRBV11-1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7_KI270803v1_alt 391,491V region of the variable domain of T cell receptor (TR) beta  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0K0K1C0)
14ENSG00000259962n/a
    
    
     
n/achr16 53,362,848ENSG00000259962 (from geneSymbol)
15ENSG00000200235n/a
    
    
     
n/achr5 140,579,729ENSG00000200235 (from geneSymbol)
16TREML5Pn/a
    
    
     
n/achr6 41,248,509triggering receptor expressed on myeloid cells like 5, pseudogene (from HGNC TREML5P)
17ENSG00000238150n/a
    
    
     
n/achr19 53,775,740ENSG00000238150 (from geneSymbol)
18TRBV5-5n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7_KI270803v1_alt 466,379T cell receptor beta variable 5-5 (from HGNC TRBV5-5)
19RN7SL587Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr14 77,547,706RNA, 7SL, cytoplasmic 587, pseudogene (from HGNC RN7SL587P)
20RPS23P10n/a
    
    
     
n/achr1 161,537,364ribosomal protein S23 pseudogene 10 (from HGNC RPS23P10)
21TRAV34n/a
    
    
     
n/achr14 22,207,825V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J273)
22GOLGA5P1n/a
    
    
     
n/achr5 39,169,772golgin A5 pseudogene 1 (from HGNC GOLGA5P1)
23Y_RNAn/a
    
    
     
n/achr10 6,245,781Y_RNA (from geneSymbol)
24RPL21P123n/a
    
    
     
n/achr17 29,716,482ribosomal protein L21 pseudogene 123 (from HGNC RPL21P123)
25SEPTIN7P8n/a
    
    
     
n/achr19 53,772,893SEPTIN7P8 (from geneSymbol)
26ENSG00000249189n/a
    
    
     
n/achr19 54,246,711ENSG00000249189 (from geneSymbol)
27TRBV6-4n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7_KI270803v1_alt 364,610T cell receptor beta variable 6-4 (from HGNC TRBV6-4)
28MIR144n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17 28,861,575microRNA 144 (from RefSeq NR_029685.1)
29MIR4732n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17 28,861,692microRNA 4732 (from RefSeq NR_039885.1)
30MIR451An/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17 28,861,404microRNA 451a (from RefSeq NR_029970.1)
31RN7SL105Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17 1,604,523RNA, 7SL, cytoplasmic 105, pseudogene (from HGNC RN7SL105P)
32RPS23P9n/a
    
    
     
n/achr1 161,618,788ribosomal protein S23 pseudogene 9 (from HGNC RPS23P9)
33ENSG00000254325n/a
    
    
     
n/achr8 55,894,667ENSG00000254325 (from geneSymbol)
34RN7SL301Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17 36,110,298RNA, 7SL, cytoplasmic 301, pseudogene (from HGNC RN7SL301P)
35ENSG00000269385n/a
    
    
     
n/achr19 6,898,492ENSG00000269385 (from geneSymbol)
36OR5G1Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr11 56,775,733olfactory receptor family 5 subfamily G member 1 pseudogene (from HGNC OR5G1P)
37ENSG00000231392n/a
    
    
     
n/achr22 22,774,610ENSG00000231392 (from geneSymbol)
38MTND3P12n/a
    
    
     
n/achr15 58,150,798mitochondrially encoded NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit 3 pseudogene 12 (from HGNC MTND3P12)
39KIR2DL1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr19 54,777,057killer cell immunoglobulin like receptor, two Ig domains and long cytoplasmic tail 1 (from RefSeq NM_014218.3)
40RNA5SP260n/a
    
    
     
n/achr8 29,048,549RNA, 5S ribosomal pseudogene 260 (from HGNC RNA5SP260)
41ENSG00000215765n/a
    
    
     
n/achr19 54,761,390ENSG00000215765 (from geneSymbol)
42SDR42E1P5n/a
    
    
     
n/achr2 102,411,675short chain dehydrogenase/reductase family 42E, member 1 pseudogene 5 (from HGNC SDR42E1P5)
43Y_RNAn/a
    
    
     
n/achr10 124,766,246Y_RNA (from geneSymbol)
44MTCO2P33n/a
    
    
     
n/achr6 24,948,112mitochondrially encoded cytochrome c oxidase II pseudogene 33 (from HGNC MTCO2P33)
45MTND3P9n/a
    
    
     
n/achr2 143,098,656mitochondrially encoded NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit 3 pseudogene 9 (from HGNC MTND3P9)
46IGLVI-63n/a
    
    
     
n/achr22 22,080,016immunoglobulin lambda variable (I)-63 (pseudogene) (from HGNC IGLVI-63)
47IGKV2-18n/a
    
    
     
n/achr2 89,129,103immunoglobulin kappa variable 2-18 (pseudogene) (from HGNC IGKV2-18)
48ENSG00000270330n/a
    
    
     
n/achr1 7,942,549ENSG00000270330 (from geneSymbol)
49TRGVAn/a
    
    
     
n/achr7 38,322,588T cell receptor gamma variable A (pseudogene) (from HGNC TRGVA)
50CR1Ln/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 207,684,418complement C3b/C4b receptor 1 like (from RefSeq NM_175710.2)