UCSC Human Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
VisiGene
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C1DP5n/a
    
    
     
n/achr11 83,111,251C1D nuclear receptor corepressor pseudogene 5 (from HGNC C1DP5)
2ENSG00000212206n/a
    
    
     
n/achr17 8,329,651ENSG00000212206 (from geneSymbol)
3RPL31P11n/a
    
    
     
n/achr1 161,685,023ribosomal protein L31 pseudogene 11 (from HGNC RPL31P11)
4RNA5SP69n/a
    
    
     
n/achr1 178,560,971RNA, 5S ribosomal pseudogene 69 (from HGNC RNA5SP69)
5IGKV7-3n/a
    
    
     
n/achr2 88,915,229immunoglobulin kappa variable 7-3 (pseudogene) (from HGNC IGKV7-3)
6IGLJ3n/a
    
    
     
n/achr22 22,904,937immunoglobulin lambda joining 3 (from HGNC IGLJ3)
7TRGV1n/a
    
    
     
n/achr7 38,367,877Probable non-functional open reading frame (ORF) of V region  of the variable domain of T cell receptor (TR) gamma chain  (PubMed:24600447). Non-functional ORF generally cannot participate in  the synthesis of a productive T cell receptor (TR) chain due to altered  V-(D)-J or switch recombination and/or splicing site (at mRNA level)  and/or conserved amino acid change (protein level) (PubMed:9619395).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:23348415, PubMed:28920588). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0A0A0MS02)
8RNA5SP494n/a
    
    
     
n/achr22 25,715,105RNA, 5S ribosomal pseudogene 494 (from HGNC RNA5SP494)
9ENSG00000258179n/a
    
    
     
n/achr12 87,820,786ENSG00000258179 (from geneSymbol)
10LINC01934n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr2 181,266,579long intergenic non-protein coding RNA 1934 (from RefSeq NR_130784.1)
11ENSG00000259421n/a
    
    
     
n/achr22 39,070,542ENSG00000259421 (from geneSymbol)
12MIR589n/a
    
    
     
n/achr7 5,495,868microRNA 589 (from RefSeq NR_030318.1)
13IGKV2D-26n/a
    
    
     
n/achr2 89,986,312V region of the variable domain of immunoglobulin light  chains that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Immunoglobulins, also known as antibodies, are membrane-bound or  secreted glycoproteins produced by B lymphocytes. In the recognition  phase of humoral immunity, the membrane-bound immunoglobulins serve as  receptors which, upon binding of a specific antigen, trigger the clonal  expansion and differentiation of B lymphocytes into immunoglobulins-  secreting plasma cells. Secreted immunoglobulins mediate the effector  phase of humoral immunity, which results in the elimination of bound  antigens (PubMed:20176268, PubMed:22158414). The antigen binding site  is formed by the variable domain of one heavy chain, together with that  of its associated light chain. Thus, each immunoglobulin has two  antigen binding sites with remarkable affinity for a particular  antigen. The variable domains are assembled by a process called V-(D)-J  rearrangement and can then be subjected to somatic hypermutations  which, after exposure to antigen and selection, allow affinity  maturation for a particular antigen (PubMed:20176268, PubMed:17576170). (from UniProt A0A0A0MRZ7)
14ENSG00000250507n/a
    
    
     
n/achr19 54,329,853ENSG00000250507 (from geneSymbol)
15NEFLP1n/a
    
    
     
n/achrY 21,221,597neurofilament light pseudogene 1 (from HGNC NEFLP1)
16ENSG00000176134n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr9 64,641,969ENSG00000176134 (from geneSymbol)
17ENSG00000248571n/a
    
    
     
n/achr4 152,668,237ENSG00000248571 (from geneSymbol)
18RNU6-1069Pn/a
    
    
     
n/achr12 31,803,024RNA, U6 small nuclear 1069, pseudogene (from HGNC RNU6-1069P)
19IGKV1D-43n/a
    
    
     
n/achr2 90,210,201V region of the variable domain of immunoglobulin light  chains that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Immunoglobulins, also known as antibodies, are membrane-bound or  secreted glycoproteins produced by B lymphocytes. In the recognition  phase of humoral immunity, the membrane-bound immunoglobulins serve as  receptors which, upon binding of a specific antigen, trigger the clonal  expansion and differentiation of B lymphocytes into immunoglobulins-  secreting plasma cells. Secreted immunoglobulins mediate the effector  phase of humoral immunity, which results in the elimination of bound  antigens (PubMed:20176268, PubMed:22158414). The antigen binding site  is formed by the variable domain of one heavy chain, together with that  of its associated light chain. Thus, each immunoglobulin has two  antigen binding sites with remarkable affinity for a particular  antigen. The variable domains are assembled by a process called V-(D)-J  rearrangement and can then be subjected to somatic hypermutations  which, after exposure to antigen and selection, allow affinity  maturation for a particular antigen (PubMed:20176268, PubMed:17576170). (from UniProt A0A0B4J1Z2)
20ENSG00000267312n/a
    
    
     
n/achr17 35,460,015ENSG00000267312 (from geneSymbol)
21ENSG00000257737n/a
    
    
     
n/achr12 103,656,387ENSG00000257737 (from geneSymbol)
22LINC02260n/a
    
    
     
n/achr4 54,605,171long intergenic non-protein coding RNA 2260 (from RefSeq NR_134657.1)
23IGLC4n/a
    
    
     
n/achr22 22,910,951immunoglobulin lambda constant 4 (pseudogene) (from HGNC IGLC4)
24ENSG00000256988n/a
    
    
     
n/achr12 4,817,638ENSG00000256988 (from geneSymbol)
25IGHEn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr14 105,599,709Constant region of immunoglobulin heavy chains.  Immunoglobulins, also known as antibodies, are membrane-bound or  secreted glycoproteins produced by B lymphocytes. In the recognition  phase of humoral immunity, the membrane-bound immunoglobulins serve as  receptors which, upon binding of a specific antigen, trigger the clonal  expansion and differentiation of B lymphocytes into immunoglobulins-  secreting plasma cells. Secreted immunoglobulins mediate the effector  phase of humoral immunity, which results in the elimination of bound  antigens (PubMed:22158414, PubMed:20176268). The antigen binding site  is formed by the variable domain of one heavy chain, together with that  of its associated light chain. Thus, each immunoglobulin has two  antigen binding sites with remarkable affinity for a particular  antigen. The variable domains are assembled by a process called V-(D)-J  rearrangement and can then be subjected to somatic hypermutations  which, after exposure to antigen and selection, allow affinity  maturation for a particular antigen (PubMed:17576170, PubMed:20176268). (from UniProt P01854)
26EIF4A1P1n/a
    
    
     
n/achr21 27,367,480eukaryotic translation initiation factor 4A1 pseudogene 1 (from HGNC EIF4A1P1)
27RNU2-6Pn/a
    
    
     
n/achr13 46,374,495RNA, U2 small nuclear 6, pseudogene (from HGNC RNU2-6P)
28ENSG00000251922n/a
    
    
     
n/achr10 6,017,124ENSG00000251922 (from geneSymbol)
29RPL7AP82n/a
    
    
     
n/achr1 246,632,364RPL7AP82 (from geneSymbol)
30ENSG00000261030n/a
    
    
     
n/achrX 13,094,116ENSG00000261030 (from geneSymbol)
31RNU6-967Pn/a
    
    
     
n/achr19 31,787,201RNA, U6 small nuclear 967, pseudogene (from HGNC RNU6-967P)
32TIFABn/a
    
    
     
n/achr5 135,448,288TIFA inhibitor (from RefSeq NM_001099221.2)
33RPL34P17n/a
    
    
     
n/achr8 52,313,327ribosomal protein L34 pseudogene 17 (from HGNC RPL34P17)
34FAM32BPn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr22 17,213,835family with sequence similarity 32 member B, pseudogene (from HGNC FAM32BP)
35RN7SL793Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr12 102,217,465RNA, 7SL, cytoplasmic 793, pseudogene (from HGNC RN7SL793P)
36CCR12Pn/a
    
    
     
n/achr13 99,408,375C-C motif chemokine receptor 12, pseudogene (from HGNC CCR12P)
37ENSG00000290577n/a
    
    
     
n/achr13 99,410,954ENSG00000290577 (from geneSymbol)
38MYO5BP3n/a
    
    
     
n/achr9 63,762,185myosin VB pseudogene 3 (from HGNC MYO5BP3)
39RPL7AP19n/a
    
    
     
n/achr1 168,543,045ribosomal protein L7a pseudogene 19 (from HGNC RPL7AP19)
40LINC01684n/a
    
    
     
n/achr21 24,418,852long intergenic non-protein coding RNA 1684 (from HGNC LINC01684)
41TPM3P8n/a
    
    
     
n/achr2 230,573,488tropomyosin 3 pseudogene 8 (from HGNC TPM3P8)
42NIFKP6n/a
    
    
     
n/achr19 51,400,140nucleolar protein interacting with the FHA domain of MKI67 pseudogene 6 (from HGNC NIFKP6)
43OR5AO1Pn/a
    
    
     
n/achr11 57,045,240olfactory receptor family 5 subfamily AO member 1 pseudogene (from HGNC OR5AO1P)
44ENSG00000233574n/a
    
    
     
n/achr22 27,281,294ENSG00000233574 (from geneSymbol)
45ENSG00000227055n/a
    
    
     
n/achr2 159,813,121ENSG00000227055 (from geneSymbol)
46ENSG00000262408n/a
    
    
     
n/achr17 56,884,729ENSG00000262408 (from geneSymbol)
47IGHV3-41n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr14 106,443,358immunoglobulin heavy variable 3-41 (pseudogene) (from HGNC IGHV3-41)
48SCUBE1-AS1n/a
    
    
     
n/achr22 43,279,892SCUBE1 antisense RNA 1 (from RefSeq NR_134582.1)
49OR6S1n/a
    
    
     
n/achr14 20,641,193olfactory receptor family 6 subfamily S member 1 (from RefSeq NM_001001968.1)
50ITGADn/a
    
    
     
n/achr16 31,409,920integrin subunit alpha D, transcript variant 2 (from RefSeq NM_005353.3)