UCSC Human Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
VisiGene
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1TRDV3n/a
    
    
     
4e-62chr14 22,469,369V region of the variable domain of T cell receptor (TR) delta  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:28920588, PubMed:23348415). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0JD37)
2CR1Ln/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 207,684,418complement C3b/C4b receptor 1 like (from RefSeq NM_175710.2)
3CD46P1n/a
    
    
     
n/achr1 207,651,322CD46 molecule pseudogene 1 (from HGNC CD46P1)
4ENSG00000262408n/a
    
    
     
n/achr17 56,884,729ENSG00000262408 (from geneSymbol)
5RPL31P49n/a
    
    
     
n/achr12 110,461,175ribosomal protein L31 pseudogene 49 (from HGNC RPL31P49)
6ENSG00000253924n/a
    
    
     
n/achr8 52,296,790ENSG00000253924 (from geneSymbol)
7FAM32BPn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr22 17,213,835family with sequence similarity 32 member B, pseudogene (from HGNC FAM32BP)
8RN7SL105Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17 1,604,523RNA, 7SL, cytoplasmic 105, pseudogene (from HGNC RN7SL105P)
9ENSG00000261030n/a
    
    
     
n/achrX 13,094,116ENSG00000261030 (from geneSymbol)
10ENSG00000203395n/a
    
    
     
n/achr2 68,363,399uncharacterized LOC101927723 (from RefSeq NR_187652.1)
11RPL21P123n/a
    
    
     
n/achr17 29,716,482ribosomal protein L21 pseudogene 123 (from HGNC RPL21P123)
12ENSG00000243038n/a
    
    
     
n/achr14 50,053,213ENSG00000243038 (from geneSymbol)
13IGHV3-32n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr14 106,331,334immunoglobulin heavy variable 3-32 (pseudogene) (from HGNC IGHV3-32)
14FMO7Pn/a
    
    
     
n/achr1 166,478,155flavin containing monooxygenase 7 pseudogene (from HGNC FMO7P)
15ATOSBP1n/a
    
    
     
n/achr3 114,232,209ATOSBP1 (from geneSymbol)
16IGLV3-13n/a
    
    
     
n/achr22 22,762,405immunoglobulin lambda variable 3-13 (pseudogene) (from HGNC IGLV3-13)
17OR52U1Pn/a
    
    
     
n/achr11 5,719,751olfactory receptor family 52 subfamily U member 1 pseudogene (from HGNC OR52U1P)
18ENSG00000251922n/a
    
    
     
n/achr10 6,017,124ENSG00000251922 (from geneSymbol)
19TRAV34n/a
    
    
     
n/achr14 22,207,825V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J273)
20IGHV3-71n/a
    
    
     
n/achr14 106,775,387immunoglobulin heavy variable 3-71 (pseudogene) (from HGNC IGHV3-71)
21IGKV2D-23n/a
    
    
     
n/achr2 90,009,664immunoglobulin kappa variable 2D-23 (pseudogene) (from HGNC IGKV2D-23)
22SNORA71Dn/a
    
    
     
n/achr20 38,433,931small nucleolar RNA, H/ACA box 71D (from RefSeq NR_003018.2)
23MRPL42P2n/a
    
    
     
n/achr6 16,171,818mitochondrial ribosomal protein L42 pseudogene 2 (from HGNC MRPL42P2)
24HMGN1P30n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr18 58,018,927high mobility group nucleosome binding domain 1 pseudogene 30 (from HGNC HMGN1P30)
25ENSG00000224523n/a
    
    
     
n/achrX 81,418,107ENSG00000224523 (from geneSymbol)
26ENSG00000241917n/a
    
    
     
n/achr12 101,936,445ENSG00000241917 (from geneSymbol)
27RPL36AP32n/a
    
    
     
n/achr8 28,810,260ribosomal protein L36a pseudogene 32 (from HGNC RPL36AP32)
28IGHV1-12n/a
    
    
     
n/achr14 106,122,564immunoglobulin heavy variable 1-12 (pseudogene) (from HGNC IGHV1-12)
29IGHV1-14n/a
    
    
     
n/achr14 106,146,011immunoglobulin heavy variable 1-14 (pseudogene) (from HGNC IGHV1-14)
30BRWD1P2n/a
    
    
     
n/achr12 89,919,606bromodomain and WD repeat domain containing 1 pseudogene 2 (from HGNC BRWD1P2)
31KRT8P34n/a
    
    
     
n/achr17 39,835,558keratin 8 pseudogene 34 (from HGNC KRT8P34)
32RNU2-52Pn/a
    
    
     
n/achr20 41,024,299RNA, U2 small nuclear 52, pseudogene (from HGNC RNU2-52P)
33RPL23AP89n/a
    
    
     
n/achr1 12,080,420ribosomal protein L23a pseudogene 89 (from HGNC RPL23AP89)
34ENSG00000254649n/a
    
    
     
n/achr11 78,390,233ENSG00000254649 (from geneSymbol)
35KIR2DL1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr19 54,777,057killer cell immunoglobulin like receptor, two Ig domains and long cytoplasmic tail 1 (from RefSeq NM_014218.3)
36ENSG00000215765n/a
    
    
     
n/achr19 54,761,390ENSG00000215765 (from geneSymbol)
37ENSG00000229983n/a
    
    
     
n/achr1 212,179,233ENSG00000229983 (from geneSymbol)
38CDCA3P1n/a
    
    
     
n/achr7 37,821,410CDCA3P1 (from geneSymbol)
39SNORA75n/a
    
    
     
n/achr12 9,445,131small nucleolar RNA, H/ACA box 75 (from HGNC SNORA75)
40ENSG00000257691n/a
    
    
     
n/achr16 29,475,209ENSG00000257691 (from geneSymbol)
41IGLVI-63n/a
    
    
     
n/achr22 22,080,016immunoglobulin lambda variable (I)-63 (pseudogene) (from HGNC IGLVI-63)
42ENSG00000225741n/a
    
    
     
n/achr22 22,104,038ENSG00000225741 (from geneSymbol)
43FAM20BP1n/a
    
    
     
n/achr3 169,932,613FAM20BP1 (from geneSymbol)
44PRELID3BP6n/a
    
    
     
n/achr5 42,917,699PRELI domain containing 3B pseudogene 6 (from HGNC PRELID3BP6)
45ENSG00000258115n/a
    
    
     
n/achr12 72,051,763ENSG00000258115 (from geneSymbol)
46IGHV3-52n/a
    
    
     
n/achr14 106,586,601immunoglobulin heavy variable 3-52 (pseudogene) (from HGNC IGHV3-52)
47ENSG00000265781n/a
    
    
     
n/achr18 71,005,983ENSG00000265781 (from geneSymbol)
48SNORA79n/a
    
    
     
n/achr14 81,202,764small nucleolar RNA, H/ACA box 79 (from RefSeq NR_003021.2)
49IGHVII-60-1n/a
    
    
     
n/achr14 106,637,845immunoglobulin heavy variable (II)-60-1 (pseudogene) (from HGNC IGHVII-60-1)
50ENSG00000254325n/a
    
    
     
n/achr8 55,894,667ENSG00000254325 (from geneSymbol)