UCSC Human Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
VisiGene
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1TRAV30n/a
    
    
     
3e-61chr14 22,168,708V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A087WSZ9)
2SLC6A18n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr5 1,235,785solute carrier family 6 member 18 (from RefSeq NM_182632.3)
3TRDV2n/a
    
    
     
n/achr14 22,422,706V region of the variable domain of T cell receptor (TR) delta  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:28920588, PubMed:23348415). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0JD36)
4TRAV1-1n/a
    
    
     
0.00005chr14 21,622,202V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J248)
5RNU6-917Pn/a
    
    
     
n/achr20 1,529,107RNA, U6 small nuclear 917, pseudogene (from HGNC RNU6-917P)
6TRBV10-2n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7_KI270803v1_alt 408,782V region of the variable domain of T cell receptor (TR) beta  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0K0K1G8)
7ENSG00000200235n/a
    
    
     
n/achr5 140,579,729ENSG00000200235 (from geneSymbol)
8ENSG00000260256n/a
    
    
     
n/achr21 44,348,031ENSG00000260256 (from geneSymbol)
9RNU6-1005Pn/a
    
    
     
n/achr16 21,642,107RNA, U6 small nuclear 1005, pseudogene (from HGNC RNU6-1005P)
10ENSG00000223946n/a
    
    
     
n/achr6 42,030,717ENSG00000223946 (from geneSymbol)
11LINC01593n/a
    
    
     
n/achr2 108,050,977long intergenic non-protein coding RNA 1593 (from RefSeq NR_135071.1)
12ENSG00000232208n/a
    
    
     
n/achr1 8,907,568ENSG00000232208 (from geneSymbol)
13RNU1-14Pn/a
    
    
     
n/achr7 53,366,133RNA, U1 small nuclear 14, pseudogene (from HGNC RNU1-14P)
14TRBV5-5n/a
n/a
n/a
n/a
0.006chr7_KI270803v1_alt 466,379T cell receptor beta variable 5-5 (from HGNC TRBV5-5)
15PDZK1P1n/a
    
    
     
n/achr1 148,001,946PDZ domain containing 1 pseudogene 1 (from HGNC PDZK1P1)
16LINC02512n/a
    
    
     
n/achr4 170,357,700long intergenic non-protein coding RNA 2512 (from HGNC LINC02512)
17MIR1227n/a
    
    
     
n/achr19 2,234,105microRNA 1227 (from RefSeq NR_031596.1)
18CSF2RBP1n/a
    
    
     
n/achr22 36,952,126colony stimulating factor 2 receptor beta common subunit pseudogene 1 (from HGNC CSF2RBP1)
19TRAV38-1n/a
    
    
     
n/achr14 22,272,265V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J264)
20RPL21P123n/a
    
    
     
n/achr17 29,716,482ribosomal protein L21 pseudogene 123 (from HGNC RPL21P123)
21SLC22A24n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr11 63,112,080solute carrier family 22 member 24, transcript variant 1 (from RefSeq NM_001136506.2)
22MTCO3P5n/a
    
    
     
n/achr2 143,099,415mitochondrially encoded cytochrome c oxidase III pseudogene 5 (from HGNC MTCO3P5)
23IGHV1-17n/a
    
    
     
n/achr14 106,174,551immunoglobulin heavy variable 1-17 (pseudogene) (from HGNC IGHV1-17)
24UGT2B26Pn/a
    
    
     
n/achr4 69,036,204UDP glucuronosyltransferase family 2 member B26, pseudogene (from HGNC UGT2B26P)
25TRBV11-1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7_KI270803v1_alt 391,491V region of the variable domain of T cell receptor (TR) beta  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0K0K1C0)
26GOLGA5P1n/a
    
    
     
n/achr5 39,169,772golgin A5 pseudogene 1 (from HGNC GOLGA5P1)
27ENSG00000259962n/a
    
    
     
n/achr16 53,362,848ENSG00000259962 (from geneSymbol)
28HNRNPA1P52n/a
    
    
     
n/achr19 41,830,315heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 pseudogene 52 (from HGNC HNRNPA1P52)
29TREML5Pn/a
    
    
     
n/achr6 41,248,509triggering receptor expressed on myeloid cells like 5, pseudogene (from HGNC TREML5P)
30IGLV1-62n/a
    
    
     
n/achr22 22,086,835immunoglobulin lambda variable 1-62 (pseudogene) (from HGNC IGLV1-62)
31ENSG00000262408n/a
    
    
     
n/achr17 56,884,729ENSG00000262408 (from geneSymbol)
32ENSG00000250781n/a
    
    
     
n/achr4 42,336,531ENSG00000250781 (from geneSymbol)
33RN7SL587Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr14 77,547,706RNA, 7SL, cytoplasmic 587, pseudogene (from HGNC RN7SL587P)
34IGKV1D-43n/a
    
    
     
n/achr2 90,210,201V region of the variable domain of immunoglobulin light  chains that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Immunoglobulins, also known as antibodies, are membrane-bound or  secreted glycoproteins produced by B lymphocytes. In the recognition  phase of humoral immunity, the membrane-bound immunoglobulins serve as  receptors which, upon binding of a specific antigen, trigger the clonal  expansion and differentiation of B lymphocytes into immunoglobulins-  secreting plasma cells. Secreted immunoglobulins mediate the effector  phase of humoral immunity, which results in the elimination of bound  antigens (PubMed:20176268, PubMed:22158414). The antigen binding site  is formed by the variable domain of one heavy chain, together with that  of its associated light chain. Thus, each immunoglobulin has two  antigen binding sites with remarkable affinity for a particular  antigen. The variable domains are assembled by a process called V-(D)-J  rearrangement and can then be subjected to somatic hypermutations  which, after exposure to antigen and selection, allow affinity  maturation for a particular antigen (PubMed:20176268, PubMed:17576170). (from UniProt A0A0B4J1Z2)
35RPS23P10n/a
    
    
     
n/achr1 161,537,364ribosomal protein S23 pseudogene 10 (from HGNC RPS23P10)
36MIR1295An/a
    
    
     
n/achr1 171,101,767microRNA 1295a (from RefSeq NR_031627.1)
37ENSG00000260620n/a
    
    
     
n/achr16 51,055,563ENSG00000260620 (from geneSymbol)
38TRAV34n/a
    
    
     
1e-33chr14 22,207,825V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J273)
39RNU6-339Pn/a
    
    
     
n/achr15 84,938,469RNA, U6 small nuclear 339, pseudogene (from HGNC RNU6-339P)
40ENSG00000240519n/a
    
    
     
n/achr8 26,771,965ENSG00000240519 (from geneSymbol)
41RNU6-1069Pn/a
    
    
     
n/achr12 31,803,024RNA, U6 small nuclear 1069, pseudogene (from HGNC RNU6-1069P)
42TRAV24n/a
    
    
     
0.00000000002chr14 22,105,594V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J272)
43TRAV36DV7n/a
    
    
     
0.00000000009chr14 22,227,000V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A075B6V5)
44ENSG00000251049n/a
    
    
     
n/achr4 57,600,906ENSG00000251049 (from geneSymbol)
45TRGVAn/a
    
    
     
n/achr7 38,322,588T cell receptor gamma variable A (pseudogene) (from HGNC TRGVA)
46ENSG00000226918n/a
    
    
     
n/achrY 21,315,081ENSG00000226918 (from geneSymbol)
47RPL7AP19n/a
    
    
     
n/achr1 168,543,045ribosomal protein L7a pseudogene 19 (from HGNC RPL7AP19)
48RPL4P1n/a
    
    
     
n/achr14 21,750,907ribosomal protein L4 pseudogene 1 (from HGNC RPL4P1)
49TRBV6-4n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7_KI270803v1_alt 364,610T cell receptor beta variable 6-4 (from HGNC TRBV6-4)
50Y_RNAn/a
    
    
     
n/achr10 6,245,781Y_RNA (from geneSymbol)