UCSC Human Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
VisiGene
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1MSX2P1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17 58,157,414msh homeobox 2 pseudogene 1 (from HGNC MSX2P1)
2LIX1-AS1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr5 97,263,146LIX1 and RIOK2 antisense RNA 1 (from HGNC LIX1-AS1)
3ENSG00000249309n/a
    
    
     
n/achr4 153,724,024ENSG00000249309 (from geneSymbol)
4TRBV21-1n/a
    
    
     
n/achr7 142,637,154T cell receptor beta variable 21-1 (pseudogene) (from HGNC TRBV21-1)
5ITGADn/a
    
    
     
n/achr16 31,409,920integrin subunit alpha D, transcript variant 2 (from RefSeq NM_005353.3)
6ENSG00000260757n/a
    
    
     
n/achr16 31,403,632ENSG00000260757 (from geneSymbol)
7RPL30P7n/a
    
    
     
n/achr5 10,488,981ribosomal protein L30 pseudogene 7 (from HGNC RPL30P7)
8OR7E115Pn/a
    
    
     
n/achr10 15,008,372olfactory receptor family 7 subfamily E member 115 pseudogene (from HGNC OR7E115P)
9MYO5BP3n/a
    
    
     
n/achr9 63,762,185myosin VB pseudogene 3 (from HGNC MYO5BP3)
10RPL9P33n/a
    
    
     
n/achr19 51,621,418ribosomal protein L9 pseudogene 33 (from HGNC RPL9P33)
11PEBP1P3n/a
    
    
     
n/achr1 198,679,586phosphatidylethanolamine binding protein 1 pseudogene 3 (from HGNC PEBP1P3)
12LINC02836n/a
    
    
     
n/achr6 105,622,431LINC02836 (from geneSymbol)
13TRAV1-1n/a
    
    
     
n/achr14 21,622,202V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J248)
14BNIP3P41n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr4 49,839BCL2 interacting protein 3 pseudogene 41 (from HGNC BNIP3P41)
15ENSG00000292991n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr4 49,526ENSG00000292991 (from geneSymbol)
16TRDV2n/a
    
    
     
n/achr14 22,422,706V region of the variable domain of T cell receptor (TR) delta  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:28920588, PubMed:23348415). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0JD36)
17RNU6-1005Pn/a
    
    
     
n/achr16 21,642,107RNA, U6 small nuclear 1005, pseudogene (from HGNC RNU6-1005P)
18NLRP9P1n/a
    
    
     
n/achr12 129,014,999NLR family pyrin domain containing 9 pseudogene 1 (from HGNC NLRP9P1)
19OR5AK1Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr11 57,018,560olfactory receptor family 5 subfamily AK member 1 pseudogene (from HGNC OR5AK1P)
20TRAV36DV7n/a
    
    
     
n/achr14 22,227,000V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A075B6V5)
21CR1-AS1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 207,588,261CR1-AS1 (from geneSymbol)
22PGBD4P1n/a
    
    
     
n/achr7 142,722,561piggyBac transposable element derived 4 pseudogene 1 (from HGNC PGBD4P1)
23ENSG00000236332n/a
    
    
     
n/achr21 27,378,475ENSG00000236332 (from geneSymbol)
24RNU6-917Pn/a
    
    
     
n/achr20 1,529,107RNA, U6 small nuclear 917, pseudogene (from HGNC RNU6-917P)
25CSF2RBP1n/a
    
    
     
n/achr22 36,952,126colony stimulating factor 2 receptor beta common subunit pseudogene 1 (from HGNC CSF2RBP1)
26ASH2LP1n/a
    
    
     
n/achr22 22,420,818ASH2 like histone lysine methyltransferase complex subunit pseudogene 1 (from HGNC ASH2LP1)
27LINC01470n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr5 152,801,935long intergenic non-protein coding RNA 1470 (from HGNC LINC01470)
28AIPL1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr17 6,429,429aryl hydrocarbon receptor interacting protein like 1, transcript variant 1 (from RefSeq NM_014336.5)
29SDAD1-AS1n/a
    
    
     
n/achr4 75,993,366SDAD1 antisense RNA 1 (from RefSeq NR_125906.1)
30TPRX1P1n/a
    
    
     
n/achr10 79,499,825tetrapeptide repeat homeobox 1 pseudogene 1 (from HGNC TPRX1P1)
31AK3P6n/a
    
    
     
n/achr12 128,944,738adenylate kinase 3 pseudogene 6 (from HGNC AK3P6)
32TRBV7-6n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7_KI270803v1_alt 475,996T cell receptor beta variable 7-6 (from HGNC TRBV7-6)
33ENSG00000214132n/a
    
    
     
n/achr5 20,304,746ENSG00000214132 (from geneSymbol)
34GABARAPL3n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr15 90,349,020GABA type A receptor associated protein like 3 pseudogene (from HGNC GABARAPL3)
35ENSG00000273851n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr15 69,023,203ENSG00000273851 (from geneSymbol)
36EEF1A1P34n/a
    
    
     
n/achr20 18,783,057eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 1 pseudogene 34 (from HGNC EEF1A1P34)
37TRBV5-5n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7_KI270803v1_alt 466,379T cell receptor beta variable 5-5 (from HGNC TRBV5-5)
38IGKV2D-26n/a
    
    
     
n/achr2 89,986,312V region of the variable domain of immunoglobulin light  chains that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Immunoglobulins, also known as antibodies, are membrane-bound or  secreted glycoproteins produced by B lymphocytes. In the recognition  phase of humoral immunity, the membrane-bound immunoglobulins serve as  receptors which, upon binding of a specific antigen, trigger the clonal  expansion and differentiation of B lymphocytes into immunoglobulins-  secreting plasma cells. Secreted immunoglobulins mediate the effector  phase of humoral immunity, which results in the elimination of bound  antigens (PubMed:20176268, PubMed:22158414). The antigen binding site  is formed by the variable domain of one heavy chain, together with that  of its associated light chain. Thus, each immunoglobulin has two  antigen binding sites with remarkable affinity for a particular  antigen. The variable domains are assembled by a process called V-(D)-J  rearrangement and can then be subjected to somatic hypermutations  which, after exposure to antigen and selection, allow affinity  maturation for a particular antigen (PubMed:20176268, PubMed:17576170). (from UniProt A0A0A0MRZ7)
39ENSG00000231272n/a
    
    
     
n/achr1 234,268,085ENSG00000231272 (from geneSymbol)
40CYP26C1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr10 93,065,169cytochrome P450 family 26 subfamily C member 1 (from RefSeq NM_183374.3)
41LINC02325n/a
    
    
     
n/achr14 97,504,358long intergenic non-protein coding RNA 2325 (from HGNC LINC02325)
42ENSG00000253269n/a
    
    
     
n/achr5 169,776,165ENSG00000253269 (from geneSymbol)
43ENSG00000285846n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr10 93,070,535ENSG00000285846 (from geneSymbol)
44OR5AK4Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr11 57,037,985olfactory receptor family 5 subfamily AK member 4 pseudogene (from RefSeq NR_036445.1)
45ENSG00000227531n/a
    
    
     
n/achr9 111,212,041ENSG00000227531 (from geneSymbol)
46PRG3n/a
    
    
     
n/achr11 57,378,959proteoglycan 3, pro eosinophil major basic protein 2 (from RefSeq NM_006093.4)
47ENSG00000231460n/a
    
    
     
n/achr9 23,839,792ENSG00000231460 (from geneSymbol)
48ENSG00000262492n/a
    
    
     
n/achr17 7,955,245ENSG00000262492 (from geneSymbol)
49RNU6-967Pn/a
    
    
     
n/achr19 31,787,201RNA, U6 small nuclear 967, pseudogene (from HGNC RNU6-967P)
50SSX6Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achrX 48,114,805SSX6P (from geneSymbol)