UCSC Human Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
VisiGene
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ENSG00000272908n/a
    
    
     
n/achr7 38,327,856ENSG00000272908 (from geneSymbol)
2TRGV8n/a
    
    
     
n/achr7 38,330,639V region of the variable domain of T cell receptor (TR) gamma  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:23348415, PubMed:28920588). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0A0C4DH27)
3TRGV9n/a
    
    
     
n/achr7 38,317,939V region of the variable domain of T cell receptor (TR) gamma  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:23348415, PubMed:28920588). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt Q99603)
4ENSG00000272839n/a
    
    
     
n/achr7 157,868,846ENSG00000272839 (from geneSymbol)
5SIGLEC22Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr19 51,211,599sialic acid binding Ig like lectin 22, pseudogene (from HGNC SIGLEC22P)
6TRGV7n/a
    
    
     
n/achr7 38,335,277T cell receptor gamma variable 7 (pseudogene) (from HGNC TRGV7)
7PLCB2-AS1n/a
    
    
     
n/achr15 40,301,245PLCB2 antisense RNA 1 (from HGNC PLCB2-AS1)
8ENSG00000267366n/a
    
    
     
n/achr18 13,500,965ENSG00000267366 (from geneSymbol)
9ENSG00000267895n/a
    
    
     
n/achr19 51,144,011ENSG00000267895 (from geneSymbol)
10ENSG00000241490n/a
    
    
     
n/achr3 114,225,297ENSG00000241490 (from geneSymbol)
11ENSG00000272211n/a
    
    
     
n/achr2 196,153,072ENSG00000272211 (from geneSymbol)
12ENSG00000227512n/a
    
    
     
n/achr9 136,543,358ENSG00000227512 (from geneSymbol)
13TRAPPC3Ln/a
n/a
n/a
n/a
n/achr6 116,520,336trafficking protein particle complex subunit 3L (from RefSeq NM_001139444.3)
14NARF-AS1n/a
    
    
     
n/achr17 82,477,260NARF antisense RNA 1 (from HGNC NARF-AS1)
15RPS12P20n/a
    
    
     
n/achr11 72,708,375ribosomal protein S12 pseudogene 20 (from HGNC RPS12P20)
16ENSG00000280387n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr20 56,522,875ENSG00000280387 (from geneSymbol)
17S100Zn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr5 76,885,832S100 calcium binding protein Z (from RefSeq NM_130772.4)
18NASPP1n/a
    
    
     
n/achr8 60,938,788nuclear autoantigenic sperm protein pseudogene 1 (from HGNC NASPP1)
19ENSG00000225871n/a
    
    
     
n/achr1 148,436,015ENSG00000225871 (from geneSymbol)
20FTH1P22n/a
    
    
     
n/achr1 116,775,363ferritin heavy chain 1 pseudogene 22 (from HGNC FTH1P22)
21ENSG00000213600n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 50,239,801ENSG00000213600 (from geneSymbol)
22ENSG00000225720n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr22 39,091,848ENSG00000225720 (from geneSymbol)
23CEP57L1P1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr10 70,390,026centrosomal protein 57 like 1 pseudogene 1 (from HGNC CEP57L1P1)
24ENSG00000268316n/a
    
    
     
n/achr19 51,840,358ENSG00000268316 (from geneSymbol)
25RN7SL368Pn/a
    
    
     
n/achr19 43,660,638RNA, 7SL, cytoplasmic 368, pseudogene (from HGNC RN7SL368P)
26RPSAP3n/a
    
    
     
n/achr14 76,635,218ribosomal protein SA pseudogene 3 (from HGNC RPSAP3)
27TRAV17n/a
    
    
     
n/achr14 21,997,853V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J275)
28ENSG00000237798n/a
    
    
     
n/achr2 174,581,476ENSG00000237798 (from geneSymbol)
29ATP5MFP4n/a
    
    
     
n/achr17 64,491,656ATP synthase membrane subunit f pseudogene 4 (from HGNC ATP5MFP4)
30RBM7P1n/a
    
    
     
n/achr2 80,162,781RBM7P1 (from geneSymbol)
31ENSG00000238140n/a
    
    
     
n/achr1 51,462,568ENSG00000238140 (from geneSymbol)
32ENSG00000235081n/a
    
    
     
n/achr19 54,229,624ENSG00000235081 (from geneSymbol)
33IL9RP3n/a
    
    
     
n/achr16 33,828interleukin 9 receptor pseudogene 3 (from HGNC IL9RP3)
34ENSG00000250771n/a
    
    
     
n/achr4 153,679,404ENSG00000250771 (from geneSymbol)
35ENSG00000290441n/a
    
    
     
n/achr4 153,660,674toll like receptor 2 pseudogene (from RefSeq NR_134873.1)
36RPS12P31n/a
    
    
     
n/achr19 32,636,276ribosomal protein S12 pseudogene 31 (from HGNC RPS12P31)
37ENSG00000265908n/a
    
    
     
n/achr17 28,945,095ENSG00000265908 (from geneSymbol)
38TMEM14EPn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 152,340,715transmembrane protein 14E, pseudogene (from HGNC TMEM14EP)
39TMEM14EPn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 152,340,342transmembrane protein 14E, pseudogene (from RefSeq NR_132656.1)
40IFNGn/a
    
    
     
n/achr12 68,157,254interferon gamma (from RefSeq NM_000619.3)
41ENSG00000225411n/a
    
    
     
n/achr9 63,808,151ENSG00000225411 (from geneSymbol)
42ACTG1P14n/a
    
    
     
n/achr9 6,835,016actin gamma 1 pseudogene 14 (from HGNC ACTG1P14)
43ENSG00000228634n/a
    
    
     
n/achr1 31,933,497ENSG00000228634 (from geneSymbol)
44HNRNPKP4n/a
    
    
     
n/achr3 96,350,246heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K pseudogene 4 (from HGNC HNRNPKP4)
45SUB1P3n/a
    
    
     
n/achr16 4,562,971SUB1 homolog, transcriptional regulator pseudogene 3 (from HGNC SUB1P3)
46ENSG00000266126n/a
    
    
     
n/achr17 19,929,554ENSG00000266126 (from geneSymbol)
47DDX10P1n/a
    
    
     
n/achr10 30,920,123DEAD-box helicase 10 pseudogene 1 (from HGNC DDX10P1)
48ENSG00000258439n/a
    
    
     
n/achr14 74,658,319ENSG00000258439 (from geneSymbol)
49ENSG00000269161n/a
    
    
     
n/achr19 17,519,447ENSG00000269161 (from geneSymbol)
50SOD1P3n/a
    
    
     
n/achr8 125,952,087superoxide dismutase 1 pseudogene 3 (from HGNC SOD1P3)