UCSC Human Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
VisiGene
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1MIR4496n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr12 108,635,840microRNA 4496 (from RefSeq NR_039717.1)
2MIR5195n/a
    
    
     
n/achr14 106,850,942microRNA 5195 (from RefSeq NR_049827.1)
3TRGV5n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr7 38,349,688V region of the variable domain of T cell receptor (TR) gamma  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Gamma-delta TRs recognize a variety of self and foreign non-peptide  antigens frequently expressed at the epithelial boundaries between the  host and external environment, including endogenous lipids presented by  MH-like protein CD1D and phosphoantigens presented by butyrophilin-like  molecule BTN3A1. Upon antigen recognition induces rapid, innate-like  immune responses involved in pathogen clearance and tissue repair  (PubMed:23348415, PubMed:28920588). Binding of gamma-delta TR complex  to antigen triggers phosphorylation of immunoreceptor tyrosine-based  activation motifs (ITAMs) in the CD3 chains by the LCK and FYN kinases,  allowing the recruitment, phosphorylation, and activation of ZAP70 that  facilitates phosphorylation of the scaffolding proteins LCP2 and LAT.  This lead to the formation of a supramolecular signalosome that  recruits the phospholipase PLCG1, resulting in calcium mobilization and  ERK activation, ultimately leading to T cell expansion and  differentiation into effector cells (PubMed:25674089). Gamma-delta TRs  are produced through somatic rearrangement of a limited repertoire of  variable (V), diversity (D), and joining (J) genes. The potential  diversity of gamma-delta TRs is conferred by the unique ability to  rearrange (D) genes in tandem and to utilize all three reading frames.  The combinatorial diversity is considerably increased by the sequence  exonuclease trimming and random nucleotide (N) region additions which  occur during the V-(D)-J rearrangements (PubMed:24387714). (from UniProt A0A0B4J1U4)
4RPL7P50n/a
    
    
     
n/achr19 6,593,692ribosomal protein L7 pseudogene 50 (from HGNC RPL7P50)
5BFSP2n/a
    
    
     
n/achr3 133,437,632beaded filament structural protein 2 (from RefSeq NM_003571.4)
6ENSG00000230709n/a
    
    
     
n/achr17 16,978,676uncharacterized LOC284191 (from RefSeq NR_148948.1)
7ENSG00000262151n/a
    
    
     
n/achr16 10,876,833ENSG00000262151 (from geneSymbol)
8LINC02051n/a
    
    
     
n/achr3 186,477,548long intergenic non-protein coding RNA 2051 (from HGNC LINC02051)
9MIR4538n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr14 105,858,203microRNA 4538 (from RefSeq NR_130467.1)
10MIR4507n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr14 105,858,149microRNA 4507 (from RefSeq NR_039730.1)
11PIK3CD-AS1n/a
    
    
     
n/achr1 9,653,598PIK3CD antisense RNA 1 (from RefSeq NR_027045.1)
12MIR378In/a
n/a
n/a
n/a
n/achr22 41,923,259microRNA 378i (from RefSeq NR_039760.1)
13LINC02812n/a
    
    
     
n/achr1 53,367,389LINC02812 (from geneSymbol)
14HNRNPA1P21n/a
    
    
     
n/achr3 39,335,459heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 pseudogene 21 (from HGNC HNRNPA1P21)
15IFNA2n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr9 21,384,826interferon alpha 2 (from RefSeq NM_000605.4)
16NAALADL2-AS2n/a
    
    
     
n/achr3 175,252,978NAALADL2 antisense RNA 2 (from RefSeq NR_046713.1)
17ENSG00000242444n/a
    
    
     
n/achr12 4,109,938ENSG00000242444 (from geneSymbol)
18FCRL4n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 157,585,916Fc receptor like 4 (from RefSeq NM_031282.3)
19IFNG-AS1n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr12 68,112,107IFNG antisense RNA 1 (from HGNC IFNG-AS1)
20IGLC5n/a
    
    
     
n/achr22 22,915,781immunoglobulin lambda constant 5 (pseudogene) (from HGNC IGLC5)
21LINC02397n/a
    
    
     
n/achr12 92,479,271long intergenic non-protein coding RNA 2397 (from HGNC LINC02397)
22ENSG00000266923n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr12 92,452,605ENSG00000266923 (from geneSymbol)
23RN7SL32Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr2 233,205,339RNA, 7SL, cytoplasmic 32, pseudogene (from HGNC RN7SL32P)
24BTBD6P1n/a
    
    
     
n/achr1 23,902,104BTB domain containing 6 pseudogene 1 (from HGNC BTBD6P1)
25LINC01307n/a
    
    
     
n/achr1 101,350,575long intergenic non-protein coding RNA 1307 (from RefSeq NR_126402.1)
26CR1Ln/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 207,684,418complement C3b/C4b receptor 1 like (from RefSeq NM_175710.2)
27CD46P1n/a
    
    
     
n/achr1 207,651,322CD46 molecule pseudogene 1 (from HGNC CD46P1)
28ENSG00000249334n/a
    
    
     
n/achr4 10,691,332ENSG00000249334 (from geneSymbol)
29IGLJ2n/a
    
    
     
n/achr22 22,899,568immunoglobulin lambda joining 2 (from HGNC IGLJ2)
30RNY1P11n/a
    
    
     
n/achr7 129,164,905RNA, Ro-associated Y1 pseudogene 11 (from HGNC RNY1P11)
31RN7SL842Pn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr19 14,588,506RNA, 7SL, cytoplasmic 842, pseudogene (from HGNC RN7SL842P)
32HNRNPA1P70n/a
    
    
     
n/achr12 68,036,310heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 pseudogene 70 (from HGNC HNRNPA1P70)
33ENSG00000234211n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 161,673,401ENSG00000234211 (from geneSymbol)
34ENSG00000228081n/a
    
    
     
n/achr1 209,173,194ENSG00000228081 (from geneSymbol)
35IGHV3-22n/a
    
    
     
n/achr14 106,257,992immunoglobulin heavy variable 3-22 (pseudogene) (from HGNC IGHV3-22)
36IGHV4OR15-8n/a
    
    
     
n/achr15 22,185,184Immunoglobulins are composed of two identical heavy chains and  two identical light chains; disulfide-linked. (from UniProt A0A075B7B6)
37HMX3n/a
    
    
     
n/achr10 123,137,696H6 family homeobox 3 (from RefSeq NM_001105574.2)
38ENSG00000225885n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr8 118,345,906ENSG00000225885 (from geneSymbol)
39CXCR5n/a
    
    
     
n/achr11 118,890,839C-X-C motif chemokine receptor 5, transcript variant 1 (from RefSeq NM_001716.5)
40CCR8n/a
n/a
n/a
n/a
n/achr3 39,331,694C-C motif chemokine receptor 8 (from RefSeq NM_005201.4)
41LINC02390n/a
    
    
     
n/achr12 9,706,713long intergenic non-protein coding RNA 2390 (from HGNC LINC02390)
42IGHV1OR15-3n/a
    
    
     
n/achr15 22,178,324immunoglobulin heavy variable 1/OR15-3 (pseudogene) (from HGNC IGHV1OR15-3)
43IGLV5-48n/a
    
    
     
n/achr22 22,353,186Probable non-functional open reading frame (ORF) of V region  of the variable domain of immunoglobulin light chains  (PubMed:24600447). Non-functional ORF generally cannot participate in  the synthesis of a productive immunoglobulin chain due to altered V-  (D)-J or switch recombination and/or splicing site (at mRNA level)  and/or conserved amino acid change (protein level) (PubMed:9619395).  Immunoglobulins, also known as antibodies, are membrane-bound or  secreted glycoproteins produced by B lymphocytes. In the recognition  phase of humoral immunity, the membrane-bound immunoglobulins serve as  receptors which, upon binding of a specific antigen, trigger the clonal  expansion and differentiation of B lymphocytes into immunoglobulins-  secreting plasma cells. Secreted immunoglobulins mediate the effector  phase of humoral immunity, which results in the elimination of bound  antigens (PubMed:22158414, PubMed:20176268). The antigen binding site  is formed by the variable domain of one heavy chain, together with that  of its associated light chain. Thus, each immunoglobulin has two  antigen binding sites with remarkable affinity for a particular  antigen. The variable domains are assembled by a process called V-(D)-J  rearrangement and can then be subjected to somatic hypermutations  which, after exposure to antigen and selection, allow affinity  maturation for a particular antigen (PubMed:20176268, PubMed:17576170). (from UniProt A0A075B6I7)
44C12orf75-AS1n/a
    
    
     
n/achr12 105,315,942C12orf75 antisense RNA 1 (from RefSeq NR_131986.1)
45RNU5A-1n/a
    
    
     
n/achr15 65,296,108RNA, U5A small nuclear 1 (from RefSeq NR_002756.2)
46TRAV20n/a
    
    
     
n/achr14 22,040,873V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J274)
47IL23Rn/a
n/a
n/a
n/a
n/achr1 67,213,216interleukin 23 receptor (from RefSeq NM_144701.3)
48IGKV1-37n/a
    
    
     
n/achr2 89,297,524Probable non-functional open reading frame (ORF) of V region  of the variable domain of immunoglobulin light chains  (PubMed:24600447). Non-functional ORF generally cannot participate in  the synthesis of a productive immunoglobulin chain due to altered V-  (D)-J or switch recombination and/or splicing site (at mRNA level)  and/or conserved amino acid change (protein level) (PubMed:9619395).  Immunoglobulins, also known as antibodies, are membrane-bound or  secreted glycoproteins produced by B lymphocytes. In the recognition  phase of humoral immunity, the membrane-bound immunoglobulins serve as  receptors which, upon binding of a specific antigen, trigger the clonal  expansion and differentiation of B lymphocytes into immunoglobulins-  secreting plasma cells. Secreted immunoglobulins mediate the effector  phase of humoral immunity, which results in the elimination of bound  antigens (PubMed:22158414, PubMed:20176268). The antigen binding site  is formed by the variable domain of one heavy chain, together with that  of its associated light chain. Thus, each immunoglobulin has two  antigen binding sites with remarkable affinity for a particular  antigen. The variable domains are assembled by a process called V-(D)-J  rearrangement and can then be subjected to somatic hypermutations  which, after exposure to antigen and selection, allow affinity  maturation for a particular antigen (PubMed:20176268, PubMed:17576170). (from UniProt A0A075B6S9)
49IGKV2D-30n/a
    
    
     
n/achr2 89,937,269V region of the variable domain of immunoglobulin light  chains that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Immunoglobulins, also known as antibodies, are membrane-bound or  secreted glycoproteins produced by B lymphocytes. In the recognition  phase of humoral immunity, the membrane-bound immunoglobulins serve as  receptors which, upon binding of a specific antigen, trigger the clonal  expansion and differentiation of B lymphocytes into immunoglobulins-  secreting plasma cells. Secreted immunoglobulins mediate the effector  phase of humoral immunity, which results in the elimination of bound  antigens (PubMed:20176268, PubMed:22158414). The antigen binding site  is formed by the variable domain of one heavy chain, together with that  of its associated light chain. Thus, each immunoglobulin has two  antigen binding sites with remarkable affinity for a particular  antigen. The variable domains are assembled by a process called V-(D)-J  rearrangement and can then be subjected to somatic hypermutations  which, after exposure to antigen and selection, allow affinity  maturation for a particular antigen (PubMed:20176268, PubMed:17576170). (from UniProt A0A075B6S6)
50TRAV5n/a
    
    
     
n/achr14 21,749,441V region of the variable domain of T cell receptor (TR) alpha  chain that participates in the antigen recognition (PubMed:24600447).  Alpha-beta T cell receptors are antigen specific receptors which are  essential to the immune response and are present on the cell surface of  T lymphocytes. Recognize peptide-major histocompatibility (MH) (pMH)  complexes that are displayed by antigen presenting cells (APC), a  prerequisite for efficient T cell adaptive immunity against pathogens  (PubMed:25493333). Binding of alpha-beta TR to pMH complex initiates  TR-CD3 clustering on the cell surface and intracellular activation of  LCK that phosphorylates the ITAM motifs of CD3G, CD3D, CD3E and CD247  enabling the recruitment of ZAP70. In turn ZAP70 phosphorylates LAT,  which recruits numerous signaling molecules to form the LAT  signalosome. The LAT signalosome propagates signal branching to three  major signaling pathways, the calcium, the mitogen-activated protein  kinase (MAPK) kinase and the nuclear factor NF-kappa-B (NF-kB)  pathways, leading to the mobilization of transcription factors that are  critical for gene expression and essential for T cell growth and  differentiation (PubMed:23524462). The T cell repertoire is generated  in the thymus, by V-(D)-J rearrangement. This repertoire is then shaped  by intrathymic selection events to generate a peripheral T cell pool of  self-MH restricted, non-autoaggressive T cells. Post-thymic interaction  of alpha-beta TR with the pMH complexes shapes TR structural and  functional avidity (PubMed:15040585). (from UniProt A0A0B4J249)