UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1dct-10Y38H6C.50chrV 20,503,211C. elegans DCT-10 protein; contains similarity to Pfam domains PF03732 (Retrotransposon gag protein) , PF00098 (Zinc knuckle) contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR005162 (Retrotransposon gag protein), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
2srx-36T01C4.6n/achrV 7,130,371C. elegans SRX-36 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
3W09H1.3W09H1.3n/achrII 13,184,626contains similarity to Homo sapiens cDNA FLJ31139 fis, clone IMR322001185; ENSEMBL:ENSP00000380962
4tsr-1F53G2.6n/achrII 2,466,865tsr-1 encodes a homolog of human transportin-SR, a nuclear transport receptor, and affects embryonic viability.
5rgs-6C41G11.3n/achrX 5,724,513rgs-6 encodes a regulator of G protein signaling; by homology, RGS-6 is predicted to function as a GTPase-activating protein that binds G protein alpha subunits and negatively regulates heterotrimeric G protein signaling; loss of rgs-6 activity via RNAi or a deletion mutation results in no obvious defects, and likewise, rgs-6 overexpression has no measurable effect on egg-laying behavior, locomotion, or viability; the rgs-6 expression pattern has not yet been reported.
6srh-266F31F4.6n/achrV 665,362C. elegans SRH-266 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
7C52B9.8C52B9.8n/achrX 4,300,505contains similarity to Pfam domains PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF07529 (HSA) , PF04851 (Type III restriction enzyme, res subunit) , PF00176 (SNF2 family N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR006935 (Restriction endonuclease, type I, R subunit/Type III, Res subunit), IPR013999 (HAS subgroup), IPR014012 (Helicase/SANT-associated, DNA binding), IPR000330 (SNF2-related), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR006562 (HSA), IPR005448 (Voltage-dependent calcium channel, P/Q-type, alpha-1 subunit), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
8K04G11.4K04G11.4n/achrX 14,351,065contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR000694 (Proline-rich region), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR001632 (G-protein, beta subunit), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
9nhr-165C47F8.2n/achrI 12,332,239C. elegans NHR-165 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
10M163.5M163.5n/achrX 14,475,017contains similarity to Interpro domain IPR008995 ()
11C45G7.4C45G7.4n/achrIV 2,434,709contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
12rpy-1C18H9.7n/achrII 6,703,848rpy-1 is orthologous to the human gene 43KDA ACETYLCHOLINE RECEPTOR-ASSOCIATED PROTEIN (RAPSN; OMIM:601592), which when mutated leads to congenital myasthenic syndrome.
13T21B4.3T21B4.3n/achrII 12,495,897contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
14str-144C09H5.5n/achrV 8,071,381C. elegans STR-144 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
15str-20C05E4.2n/achrV 757,182C. elegans STR-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
16math-39T08E11.2n/achrII 1,832,929C. elegans MATH-39 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
17Y32B12B.1Y32B12B.1n/achrV 16,536,916contains similarity to Leptospira kirschneri serovar grippotyphosa Hypothetical protein.; TR:Q8KWV2
18Y51H1A.2Y51H1A.2n/achrII 13,867,372contains similarity to Pfam domain PF02759 RUN domain contains similarity to Interpro domain IPR004012 (RUN)
19srw-117C44C3.6n/achrV 2,982,800C. elegans SRW-117 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
20F43C1.5F43C1.5n/achrIII 4,229,767contains similarity to Pfam domain PF02845 CUE domain contains similarity to Interpro domains IPR003892 (Ubiquitin system component Cue), IPR009060 (UBA-like)
21T14G12.6T14G12.6n/achrX 3,758,129contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
22F40E3.2F40E3.2n/achrI 2,643,222
23F52C12.4F52C12.4n/achrIV 1,934,886contains similarity to Pfam domains PF01535 (PPR repeat) , PF02141 (DENN (AEX-3) domain) , PF03456 (uDENN domain) , PF03455 (dDENN domain) contains similarity to Interpro domains IPR005112 (dDENN), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR005113 (uDENN), IPR002885 (Pentatricopeptide repeat), IPR001194 (DENN)
24W04G5.8W04G5.8n/achrI 11,650,893contains similarity to Pfam domain PF05075 Protein of unknown function (DUF684) contains similarity to Interpro domain IPR007767 (Protein of unknown function DUF684)
25C07G1.7C07G1.7n/achrIV 8,211,372
26F59B10.3F59B10.3n/achrII 10,511,687contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
27T08G2.2T08G2.2n/achrX 17,207,313contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
28Y4C6B.6Y4C6B.6n/achrIV 5,347,749The Y4C6B.6 gene encodes a homolog of the human gene GLCM, which when mutated leads to Gaucher disease type I (OMIM:230800).
29C35B1.2C35B1.2n/achrIV 4,094,546n/a
30K03B8.8K03B8.8n/achrV 11,410,221contains similarity to Interpro domains IPR006030 (Molluscan rhodopsin C-terminal tail), IPR000694 (Proline-rich region)
31unc-120D1081.2n/achrI 8,461,612unc-120 encodes a member of the MADS-box family of transcription factors that is most closely related to Drosophila blistered and the vertebrate serum response factors (SRFs); UNC-120 is required for locomotion and muscle development and for formation of the normal number of muscle A and I bands; UNC-120 is also required for maintaining wild-type expression levels of the muscle components actin and myosin; UNC-120 is first expressed in the early embryo in body wall muscle precursors and later is expressed in both body wall and vulval muscles.
32twk-20C40C9.1n/achrX 13,640,987C. elegans TWK-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR013521 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, conserved region 2), IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR003938 (Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG), IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
33coq-6K07B1.2n/achrV 9,337,783coq-6 encodes a putative flavin-dependent aromatic-ring monooxygenase, homologous to yeast COQ6; COQ-6 is required for ubiquinone (coenzyme Q9) biosynthesis and for normally short lifespan; coq-6(RNAi) animals have reduced levels of coenzyme Q9 and superoxide, and have abnormally long lifespans.
34F36D1.8F36D1.8n/achrI 11,257,879contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
35tra-3LLC1.1n/achrIV 14,440,241tra-3 encodes an atypical calpain regulatory protease that lacks calcium-binding EF hand domains; during development, TRA-3 likely promotes female development in XX hermaphrodites by cleaving the membrane-associated TRA-2A protein to generate a TRA-2 peptide likely to have feminizing activity; in addition, TRA-3 is one of several proteases that mediate necrotic cell death during neurodegeneration.
36T23G5.6T23G5.6n/achrIII 9,241,340contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domain IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding)
37btb-12ZC204.3n/achrII 1,655,685C. elegans BTB-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
38T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
39thoc-1T02H6.2n/achrII 705,367C. elegans THOC-1 protein ; contains similarity to Danio rerio THO complex 1.; TR:Q7SYB2
40Y43F4B.7Y43F4B.7n/achrIII 13,310,326contains similarity to Pfam domain PF01490 Transmembrane amino acid transporter protein contains similarity to Interpro domains IPR013057 (Amino acid transporter, transmembrane), IPR003568 (Cytochrome c-type biogenesis protein CcmF)
41set-6C49F5.2n/achrX 11,972,276set-6 encodes a putative histone H3 lysine-9 methyltransferase; SET-6 has no non-nematode orthologs, but several paralogs (SET-13, SET-15, SET-19, SET-20, SET-21, and SET-32); neither set-6(tm1611) nor set-6(RNAi) have any obvious phenotypes.
42C31H2.4C31H2.4n/achrX 5,157,381C31H2.4 encodes a possible 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, orthologous to human HPDL/GLOXD1, and paralogous to HPD-1 and human HPD (OMIM:609695, mutated in tyrosinemia type III); C31H2.4 has no obvious function in mass RNAi experiments.
43F39F10.2F39F10.2n/achrX 16,895,317contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
44cdc-42R07G3.1n/achrII 7,617,275cdc-42 encodes a RHO GTPase which controls polarity of both individual cells and developing embryos by regulating the localization of PAR proteins; CDC-42 is expressed at hypodermal cell boundaries; cdc-42 expression levels are unusually stable, with relatively little variation between adults, dauers, and L3 larvae, or between wild-type and daf-2(e1370ts) or daf-16(m26) mutant adults.
45sul-1K09C4.8n/achrX 3,269,056sul-1 encodes a member of the sulfatase family.
46glb-2C06E4.7n/achrIV 7,262,720glb-2 encodes a globin; glb-2 transcription is higher in L3 and dauers than in young adults; glb-2 has no obvious function in mass RNAi assays.
47fbxb-76H02I12.2n/achrIV 11,378,732This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
48R05D7.5R05D7.5n/achrI 12,186,205contains similarity to Ascaris suum P40.; TR:Q7YXJ9
49F52G3.5F52G3.5n/achrX 16,974,629contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
50C25G6.4C25G6.4n/achrX 1,248,831