UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1nas-36C26C6.30chrI 7,529,499nas-36 encodes an astacin-like protease; nas-36 activity is required for molting; a nas-36::gfp reporter is expressed in hypodermal cells.
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3F22E5.11F22E5.11n/achrII 2,644,695contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
4F20D6.11F20D6.11n/achrV 8,197,919F20D6.11 encodes a putative flavin-adenine dinucleotide (FAD)-binding oxidoreductase orthologous to human AIFM3 (AIFL), and paralogous to WAH-1 and mammalian PDCD8 (AIF; OMIM:300169, mutated in Harlequin mice); F20D6.11 is expressed in pharynx, anal depressor and body wall muscles, the reproductive system (including spermatheca), and unidentified tail cells; given its orthology to AIFM3, F20D6.11 may promote apoptosis; however, F20D6.11 has no obvious function in mass RNAi assays.
5srh-177K02E2.3n/achrV 20,363,754C. elegans SRH-177 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
6try-10F15B9.5n/achrV 13,011,526C. elegans TRY-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF00089 Trypsin contains similarity to Interpro domains IPR001314 (Peptidase S1A, chymotrypsin), IPR001254 (Peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap), IPR009003 (Peptidase, trypsin-like serine and cysteine)
7C06E1.3C06E1.3n/achrIII 8,582,414contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mol-PD;; FLYBASE:CG4482
8ctg-2T13H5.2n/achrII 8,515,897C. elegans CTG-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001071 (Cellular retinaldehyde binding/alpha-tocopherol transport), IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR009038 (GOLD), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
9C05C9.3C05C9.3n/achrX 11,148,023The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
10M03C11.3M03C11.3n/achrIII 10,409,775contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Essential protein required for the maturation of 25S rRNA and 60S ribosomal subunit assembly, localizes to the nucleolus; SGD:YKL172W
11ubc-20F40G9.3n/achrIII 189,890C. elegans UBC-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF00179 Ubiquitin-conjugating enzyme contains similarity to Interpro domains IPR000608 (Ubiquitin-conjugating enzyme, E2), IPR009060 (UBA-like), IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like), IPR015940 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote)
12F38A1.8F38A1.8n/achrIV 1,236,362contains similarity to Pfam domains PF00448 (SRP54-type protein, GTPase domain) , PF02881 (SRP54-type protein, helical bundle domain) , PF04086 (Signal recognition particle, alpha subunit, N-terminal) contains similarity to Interpro domains IPR007222 (Signal recognition particle receptor, alpha subunit, N-terminal), IPR000897 (Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase), IPR011012 (Longin-like), IPR013822 (Signal recognition particle, SRP54 subunit, helical bundle), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
13ncbp-1F37E3.1n/achrI 6,423,903F37E3.1 encodes a putative nuclear cap-binding complex subunit ('CBP80') orthologous to budding yeast STO1 and human NCBP1 (OMIM:600469); in RNAi assays, F37E3.1 is required for embryonic and vulval development, normal locomotion, and general viability; by orthology to NCBP1, F37E3.1 is expected to participate in nonsense-mediated mRNA decay via a pioneer round of translation; F37E3.1(RNAi) induces expression of a gpdh-1::GFP transgene, perhaps because F37E3.1 prevents protein misfolding.
14dnc-1ZK593.5n/achrIV 10,929,896DNC-1 encodes a dynactin, orthologous to Drosophila GLUED, that is required for pronuclear migration and centrosome separation in one-cell embryos and for the correct alignment of mitotic spindles in early embryos; DNC-1 shares embryonic functions with DNC-2, DHC-1, LIS-1 and NUD-1; DNC-1 is located at cortical microtubule attachment sites.
15C06B8.7C06B8.7n/achrV 15,505,052contains similarity to Pfam domain PF00530 Scavenger receptor cysteine-rich domain contains similarity to Interpro domains IPR002160 (Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume), IPR001190 (Speract/scavenger receptor), IPR011050 (Pectin lyase fold/virulence factor), IPR006626 (Parallel beta-helix repeat), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR017448 (Speract/scavenger receptor related)
16F28B1.3F28B1.3n/achrV 17,053,645contains similarity to Interpro domain IPR009021 ()
17ZC190.7ZC190.7n/achrV 8,686,461
18T01C3.2T01C3.2n/achrV 14,991,380T01C3.2 encodes a divergent ortholog of Drosophila melanogaster E(Y)2 and budding yeast Sus1p; by orthology, T01C3.2 is predicted to enable both transcriptional activation and silencing in chromatin; however, T01C3.2 has no obvious function in mass RNAi assays.
19F22G12.3F22G12.3n/achrI 13,153,129This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
20T27F6.6T27F6.6n/achrI 12,492,740contains similarity to Pfam domain PF03372 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family contains similarity to Interpro domain IPR005135 (Endonuclease/exonuclease/phosphatase)
21C50D2.8C50D2.8n/achrII 97,034contains similarity to Pfam domain PF03194 LUC7 N_terminus contains similarity to Interpro domain IPR004882 (LUC7 related)
22F58G11.2F58G11.2n/achrV 13,667,324contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR002952 (Eggshell protein), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
23F21G4.6F21G4.6n/achrX 9,913,063F21G4.6 is orthologous to the human gene HUNTINGTIN (HD; OMIM:143100), which when mutated leads to disease.
24gta-1K04D7.3n/achrIV 10,182,270The gta-1 gene encodes an ortholog of the human gene GABAT, which when mutated leads to GABA-transaminase deficiency (OMIM:137150).
25cyp-14A4R04D3.1n/achrX 13,283,058C. elegans CYP-14A4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
26C44B9.1C44B9.1n/achrIII 10,871,842contains similarity to Interpro domains IPR008162 (Inorganic pyrophosphatase), IPR001220 (Legume lectin, beta domain)
27F25B4.5F25B4.5n/achrV 5,680,736contains similarity to Interpro domain IPR003107 (RNA-processing protein, HAT helix)
28C15C8.7C15C8.7n/achrV 12,744,584contains similarity to Rhizobium loti Hypothetical protein mll2265.; TR:Q98IT0
29Y45G12B.3Y45G12B.3n/achrV 2,691,488contains similarity to Pfam domain PF01266 FAD dependent oxidoreductase contains similarity to Interpro domains IPR006076 (FAD dependent oxidoreductase), IPR000447 (FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
30K01A11.3K01A11.3n/achrIII 3,450,547contains similarity to Pfam domain PF00443 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolases family 2)
31C08B6.2C08B6.2n/achrV 10,106,583contains similarity to Rattus norvegicus Adenomatous polyposis coli protein (APC protein).; SW:APC_RAT
32alh-2K04F1.15n/achrV 1,646,053C. elegans ALH-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00171 Aldehyde dehydrogenase family contains similarity to Interpro domains IPR016163 (Aldehyde dehydrogenase, C-terminal), IPR016162 (Aldehyde dehydrogenase, N-terminal), IPR016161 (Aldehyde/histidinol dehydrogenase), IPR015590 (Aldehyde dehydrogenase), IPR016160 (Aldehyde dehydrogenase, conserved site)
33clec-206F59A7.1n/achrV 2,002,373C. elegans CLEC-206 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
34T19C3.2T19C3.2n/achrIII 616,074
35lin-12R107.80.005chrIII 9,065,726The lin-12 gene encodes a member of the Notch/LIN-12/glp-1 transmembrane receptor family that affects cell fate specification events during development, notably including the anchor cell, secondary vulval precursor cells, and the embryonic ABplp lineage; its expression is dynamic, including Z1.ppp and Z4.aaa, ABplaa descendants, ABplpa descendants, and the intestinal primordium.
36T19C3.4T19C3.4n/achrIII 619,226contains similarity to Pfam domain PF03134 TB2/DP1, HVA22 family contains similarity to Interpro domain IPR004345 (TB2/DP1 and HVA22 related protein)
37nhr-166C49D10.2n/achrII 3,881,165C. elegans NHR-166 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
38rle-1M142.6n/achrIII 10,941,254C. elegans RLE-1 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
39sre-27Y57A10C.3n/achrII 12,416,469C. elegans SRE-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
40ddr-1C25F6.4n/achrX 5,463,626The C25F6.4 gene encodes a protein tyrosine kinase homolog that is also homologous to human RS1.
41ZK185.2ZK185.2n/achrIV 4,539,155ZK185.2 encodes an ortholog of human SLC41A1 (OMIM:610801) and bacterial MgtE; like its orthologs, ZK185.2 is predicted to transport Mg(2+) into cells; ZK185.2 is paralogous to K07H8.2 and ZK1053.6, and has no obvious function in mass RNAi assays.
42Y39A1A.6Y39A1A.6n/achrIII 10,616,526contains similarity to Interpro domains IPR005727 (Ribosomal protein L22, bacterial-type), IPR001063 (Ribosomal protein L22/L17)
43R02E12.4R02E12.4n/achrX 4,005,562contains similarity to Pfam domains PF03148 (Tektin family) , PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000435 (Tektin), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
44rad-26C27B7.4n/achrIV 8,897,727C. elegans RAD-26 protein; contains similarity to Pfam domains PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF00176 (SNF2 family N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR000330 (SNF2-related), IPR000694 (Proline-rich region), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
45lgc-21C33G3.3n/achrX 14,065,977C. elegans LGC-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
46C04C3.3C04C3.3n/achrIV 3,401,683contains similarity to Pfam domains PF02780 (Transketolase, C-terminal domain) , PF02779 (Transketolase, pyrimidine binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR005476 (Transketolase, C-terminal), IPR005475 (Transketolase, central region), IPR015941 (Transketolase C-terminal-like)
47cyp-14A2K09A11.3n/achrX 13,268,561C. elegans CYP-14A2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
48M04F3.2M04F3.2n/achrI 4,766,635contains similarity to Bradyrhizobium japonicum 30S ribosomal protein S6.; SW:Q89MW3
49Y45F10D.7Y45F10D.7n/achrIV 13,792,547Y45F10D.7 encodes a WD40 repeat-containing protein that is the C. elegans ortholog of human WDR36, mutations in which cause primary open angle glaucoma type 1G (GLC1G, OMIM:609887); large-scale RNAi experiments indicate that Y45F10D.7 activity is required for embryonic and larval development; the Saccharomyces cerevisiae homolog of WDR36, Utp21, is a component of the small-subunit (SSU) processome required for formation of 18S rRNA.
50F39H12.1F39H12.1n/achrX 836,268contains similarity to Homo sapiens nuclear pore complex-associated protein TPR; ENSEMBL:ENSP00000356448