UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F55A12.5F55A12.50chrI 5,347,791contains similarity to Gallus gallus Nucleolin (Protein C23).; SW:P15771
2math-24C46F9.3n/achrII 1,901,084The C46F9.3 gene encodes a protein with a meprin-associated Traf homology (MATH) domain that may be involved in apoptosis.
3C50F7.4C50F7.4n/achrIV 7,729,765contains similarity to Pfam domains PF08442 (ATP-grasp domain) , PF00549 (CoA-ligase) contains similarity to Interpro domains IPR013650 (ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type), IPR005811 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase), IPR005809 (Succinyl-CoA synthetase, beta subunit), IPR013815 (ATP-grasp fold, subdomain 1), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2), IPR016102 (Succinyl-CoA synthetase-like)
4K09F6.2K09F6.2n/achrII 2,268,709contains similarity to Pfam domain PF06869 Protein of unknown function (DUF1258) contains similarity to Interpro domain IPR009667 (Protein of unknown function DUF1258)
5ZC84.6ZC84.6n/achrIII 9,196,038contains similarity to Pfam domains PF01683 (EB module) (3), PF00014 (Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain) (5)contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR006149 (Nematode-specific EB region)
6apt-9W04G3.4n/achrX 11,070,152apt-9 gene encodes an ortholog of GGA (Golgi-localizing, gamma-adaptin ear homology, ARF-binding protein), which contains a domain paralogous to the gamma-adaptin subunits of adaptor protein complexes; based on structural similarity, APT-9 may beinvolved in the formation of intracellular transport vesicles.
7fbxa-167C31C9.3n/achrII 13,642,551This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
8ZC373.3ZC373.3n/achrX 10,061,060contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
9rpt-5F56H1.4n/achrI 5,742,805rpt-5 encodes a triple A ATPase subunit of the 26S proteasome's 19S regulatory particle (RP) base subcomplex; RPT-5 is required for embryonic, larval, and germline development and by homology, is predicted to function in unfolding protein substrates and translocating them into the core proteolytic particle (CP) of the proteasome.
10F35H12.4F35H12.4n/achrX 922,380contains similarity to Pfam domain PF00454 Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000403 (Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase, catalytic), IPR015433 (Phosphatidylinositol Kinase)
11T15H9.2T15H9.2n/achrII 9,616,485contains similarity to Homo sapiens Putative uncharacterized protein DKFZp686J1372; ENSEMBL:ENSP00000341653
12F55C12.6F55C12.6n/achrII 5,875,271contains similarity to Pfam domain PF06852 Protein of unknown function (DUF1248) contains similarity to Interpro domain IPR009658 (Protein of unknown function DUF1248)
13C05D12.2C05D12.2n/achrII 11,420,763contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR006582 (Region of unknown fuction MD, Caenorhabditis elegans)
14mrp-2F57C12.4n/achrX 568,214mrp-2 encodes a predicted multidomain transmembrane protein that is a member of the ATP-binding cassette (ABC) superfamily of transport proteins and is homologous to the human multidrug resistance-associated protein 1 (MRP1, OMIM:158343); by homology, MRP-2 is predicted to function as a membrane pump that couples the energy of ATP hydrolysis to membrane transport; as loss of MRP-2 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of MRP-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; mrp-2 expression is, however, upregulated early in the exit from the alternative dauer stage and then remains induced, suggesting that MRP-2 activity is required for the transition to, and maintenance of, a more active metabolic state.
15set-14R06F6.4n/achrII 10,794,856set-14 encodes a divergent ortholog of human SMYD1 (OMIM:606846), SMYD2 (OMIM:610663), and SYMD3 (OMIM:608783); SET-14 is paralogous to SET-10, SET-18, and SET-30; SET-14 has no obvious function in individual RNAi assays of vulval development, or in mass RNAi assays.
16srh-265T06E6.9n/achrV 15,416,909C. elegans SRH-265 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR000175 (Sodium:neurotransmitter symporter), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
17M02D8.2M02D8.2n/achrX 8,739,895
18nph-1M28.7n/achrII 10,650,519nph-1 encodes a novel, SH3 domain-containing protein that is orthologous to mammalian nephrocystin-1.
19C14C6.7C14C6.7n/achrV 549,678contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
20F16A11.1F16A11.1n/achrI 9,398,979contains similarity to Pfam domain PF00622 SPRY domain contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR001870 (B302, (SPRY)-like), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR003877 (SPla/RYanodine receptor SPRY)
21C09G9.2C09G9.2n/achrIV 8,868,853contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
22sre-55C50E10.7n/achrII 12,330,123C. elegans SRE-55 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
23T05D4.3T05D4.3n/achrIII 13,568,545contains similarity to Interpro domain IPR005838 (Type III secretion system inner membrane P protein)
24F56A12.2F56A12.2n/achrV 14,377,560contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
25pes-8F18G5.2n/achrX 9,254,218pes-8 encodes a novel protein that contains a proline-rich region and a predicted transmembrane domain, but no otherwise recognizably conserved domains; pes-8 was identified in promoter trapping screens and based on large-scale RNA-mediated interference (RNAi) screens, appears to be required for egg laying, germline development, locomotion, and regulation of adult lifespan; a pes-8 reporter is expressed at the cell surfaces of the spermathecal valve cell, the uterine wall, the vulva, and the rectal epithelium; strong expression is also detected in the uterus during its development; PES-8 may be required for normal morphology of the openings of the spermathecal valve, the vulva, and the rectum, a hypothesis consistent with its expression pattern and RNAi phenotype.
26cul-4F45E12.3n/achrII 7,303,864cul-4 encodes one of six C. elegans cullin proteins; CUL-4 activity is essential for negative regulation of DNA-replication licensing and thus, for maintenance of genome stability; in regulating DNA replication, CUL-4 functions as part of a CUL-4/DDB-1 ubiquitin ligase complex that degrades the replication licensing factor CDT-1 and indirectly promotes nuclear export of the replication licensing factor CDC-6 by negatively regulating the levels of the CKI-1 CDK inhibitor; cul-4 mRNA is expressed throughout development with highest levels seen in embryos and lower levels seen in larvae and adults; maternal cul-4 mRNA is present in early embryos and larval and adult mRNA is most notably present in the intestine and germ line.
27F19C7.3F19C7.3n/achrIV 4,598,308contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
28F17A2.3F17A2.3n/achrX 12,308,161contains similarity to Pfam domain PF00628 PHD-finger contains similarity to Interpro domains IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
29mab-21F35G12.6n/achrIII 4,601,861mab-21 encodes a novel protein that is a member of a highly conserved family of proteins with Drosophila and vertebrate orthologs; MAB-21 is cell-autonomously required for specifying the identity of sensory ray 6 in the male tail, and also for backward locomotion, normal body morphology, fecundity, and embryonic morphogenesis; MAB-21 expression begins in embryonic hypodermal cells and continues in larval and adult animals in hypodermis, anterior and ventral cord neurons, some body wall muscles, and ray cells.
30nhl-1F54G8.4n/achrIII 9,150,557The nhl-1 gene encodes an RBCC protein, orthologous to the mammalian protein BERP; its C. elegans paralogs include ncl-1 and lin-41.
31T15D6.11T15D6.11n/achrI 12,397,457contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
32rhr-2B0240.1n/achrV 11,729,008rhr-2 encodes a predicted transmembrane protein with similarity to human Rh blood group antigens proposed to function in inorganic ion transport and metabolism; the role of RHR-2 in C. elegans development or behavior remains unclear, as loss of RHR-2 function via RNA-mediated interference does not result in any abnormalities.
33str-25F44G3.11n/achrV 16,116,262C. elegans STR-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
34F07C6.2F07C6.2n/achrIV 12,791,374contains similarity to Amblyomma hebraeum 9.8 kDa basic protein.; TR:Q9GPM1
35T20D4.6T20D4.6n/achrV 3,411,676contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
36B0285.6B0285.6n/achrIII 4,354,080B0285.6 encodes a predicted sodium-coupled carboxylate transporter that is one of four C. elegans proteins related to Drosophila Indy and the mammalian NaDC1 and NaDC3 transporters; B0285.6::lacZ reporter fusions are expressed in the excretory cell, from early larval stages through adulthood, with some later expression occasionally seen in two large unidentified structures on the dorsal side of the pharyngeal terminal bulb.
37R11D1.7R11D1.7n/achrV 12,721,371contains similarity to Mycoplasma capricolum Hypothetical 37.9 kDa protein in ptsH 3'region (ORF1).; SW:YPH1_MYCCA
38hrd-1F55A11.3n/achrV 11,768,584C. elegans HRD-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
39ZK1128.1ZK1128.1n/achrIII 10,113,863contains similarity to Pfam domain PF02636 Uncharacterized ACR, COG1565 contains similarity to Interpro domain IPR003788 (Protein of unknown function DUF185)
40srt-22ZK1037.3n/achrV 15,315,273C. elegans SRT-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
41M01G12.2M01G12.2n/achrI 12,133,121contains similarity to Interpro domain IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
42marc-6F55A3.1n/achrI 10,803,251C. elegans MARC-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
43let-711F57B9.2n/achrIII 6,952,757let-711 encodes the C. elegans ortholog of NOT1, the conserved core component of the multisubunit CCR4/NOT complex that plays a role in regulation of gene expression via various processes including transcriptional control, mRNA deadenylation, and protein ubiquitination; in C. elegans, let-711 activity is essential for embryonic and larval development and in particular, for proper spindle positioning, microtubule length, and centrosome morphology in early embryos; in addition, let-711 is essential for normal germline development and levels of fertility; in embryos, let-711 mutations can suppress the short microtubule phenotype produced by mutations in zyg-9, which encodes the C. elegans XMAP125 homolog, and centrosomoal ZYG-9 levels are increased in let-711 mutants, suggesting that let-711 functions, in part, by negatively regulating ZYG-9 levels or localization; in situ hybridization studies indicate that let-711 mRNA is broadly expressed in the gonad and that its gonadal expression is negatively regulated by lin-35/Rb.
44F38B6.4F38B6.4n/achrX 6,677,310contains similarity to Pfam domains PF02844 (Phosphoribosylglycinamide synthetase, N domain) , PF02769 (AIR synthase related protein, C-terminal domain) , PF02843 (Phosphoribosylglycinamide synthetase, C domain) , PF01071 (Phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp (A) domain) , PF00551 (Formyl transferase) , PF00586 (AIR synthase related protein, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR016185 (PreATP-grasp-like fold), IPR011761 (ATP-grasp fold), IPR004733 (Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase), IPR002376 (Formyl transferase, N-terminal), IPR016188 (PurM, N-terminal-like), IPR000728 (AIR synthase related protein), IPR004607 (Phosphoribosylglycinamide formyltransferase), IPR013815 (ATP-grasp fold, subdomain 1), IPR010918 (AIR synthase related protein, C-terminal), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2), IPR013817 (Pre-ATP-grasp fold), IPR011054 (Rudiment single hybrid motif), IPR000115 (Phosphoribosylglycinamide synthetase)
45B0495.2B0495.2n/achrII 7,700,550contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR008351 (JNK MAP kinase), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core)
46R05H11.1R05H11.1n/achrIII 6,796,617This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
47sri-27ZK697.4n/achrV 1,726,643C. elegans SRI-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
48F27D9.2F27D9.2n/achrX 7,674,579contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR000576 (Proton/sugar symporter, LacY), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
49nspb-3F38A5.5n/achrIV 6,594,788C. elegans NSPB-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF07312 Protein of unknown function (DUF1459) contains similarity to Interpro domain IPR009924 (Protein of unknown function DUF1459)
50rad-54W06D4.6n/achrI 9,067,667rad-54 is orthologous to the human gene RAD54 (RAD54L; OMIM:603615), which when mutated leads to disease.