UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1K07F5.14K07F5.140chrIV 9,863,121contains similarity to Danio rerio Novel protein.; TR:Q1LV47
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3C14A4.3C14A4.3n/achrII 10,586,058contains similarity to Pfam domain PF03901 Alg9-like mannosyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR005599 (Alg9-like mannosyltransferase)
4ZK686.2ZK686.2n/achrIII 7,764,804ZK686.2 encodes a DEAD-box helicase; loss of ZK686.2 activity via RNAi indicates that ZK686.2 activity is required for positive regulation of growth rate and larval development.
5ZK1236.5ZK1236.5n/achrIII 8,431,825ZK1236.5 encodes a protein with no obvious non-nematode homologs; either ZK1236.9, or ZK1236.5, or both proteins weakly inhibit DHC-1 in vivo; likewise, either ZK1236.5, or ZK1236.9, or both proteins are required in mass RNAi assays for normal osmoregulation and normally rapid growth.
6F10E9.4F10E9.4n/achrIII 8,309,032contains similarity to Homo sapiens 14 kDa protein; VG:OTTHUMP00000024648
7B0035.11B0035.11n/achrIV 11,328,468contains similarity to Pfam domain PF04004 Leo1-like protein contains similarity to Interpro domain IPR007149 (Leo1-like protein)
8C05C8.2C05C8.2n/achrV 7,231,951contains similarity to Interpro domain IPR004087 (K Homology)
9E02H1.6E02H1.6n/achrII 9,597,035E02H1.6 encodes an ortholog of human TAF9 (OMIM:600822; also known as AK6, adrenal gland protein AD-004 like protein, ADLP) and of S. cerevisiae Fap7p; like its human ortholog, E02H1.6 is nuclear, and is predicted to likewise be a TATA box binding protein (TBP)-associated factor mediating activation of RNA polymerase II; E02H1.6 prefers ATP and dATP as phosphate donors; E02H1.6's biochemical activity is unusual, since it also prefers AMP and dAMP as substrates, and tolerates CMP, TMP and shikimate acid as substrates as well; since yeast Fap7p promotes pre-rRNA cleavage, E02H1.6 may be multifunctional; in RNAi assays, E02H1.6 is required for normally fast growth; E02H1.6 is coexpressed with pme-2 in an operon, and thus, like PME-2, may function in DNA repair.
10H01G02.1H01G02.1n/achrIV 11,803,772
11qdpr-1T03F6.1n/achrIII 13,394,312The T03F6.1 gene encodes an ortholog of the human gene QUINOID DIHYDROPTERIDINE REDUCTASE (QDPR; DHPR), which when mutated leads to phenylketonuria II (OMIM:261630).
12K08F4.1K08F4.1n/achrIV 10,124,631contains similarity to Pfam domain PF00004 ATPase family associated with various cellular activities (AAA) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR001199 (Cytochrome b5), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
13R05D11.4R05D11.4n/achrI 8,599,872contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
14C16C10.2C16C10.2n/achrIII 4,178,135contains similarity to Pfam domain PF03998 Utp11 protein contains similarity to Interpro domain IPR007144 (Small-subunit processome, Utp11)
15ZK795.3ZK795.3n/achrIV 12,559,996contains similarity to Pfam domain PF04427 Brix domain contains similarity to Interpro domain IPR007109 (Brix)
16lap-1ZK353.6n/achrIII 8,400,522The lap-1 gene encodes a homolog of the zinc metalloprotease leucine aminopeptidase LAP that is predicted to be mitochondrial.
17C06H2.3C06H2.3n/achrV 11,128,767contains similarity to Pfam domains PF02373 (JmjC domain) , PF00583 (Acetyltransferase (GNAT) family) contains similarity to Interpro domains IPR013129 (Transcription factor jumonji), IPR003347 (Transcription factor jumonji/aspartyl beta-hydroxylase), IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
18R02F2.7R02F2.7n/achrIII 5,482,043
19ZK858.7ZK858.7n/achrI 9,143,169contains similarity to Pfam domain PF04189 Gcd10p family contains similarity to Interpro domains IPR007316 (Eukaryotic initiation factor 3, gamma subunit), IPR017423 (tRNA (adenine-N(1)-)-methyltransferase, non-catalytic TRM6 subunit)
20C18D11.3C18D11.3n/achrIII 11,823,825contains similarity to Homo sapiens Transcription factor MLL UPN95022; TR:Q86YN8
21T20B12.1T20B12.1n/achrIII 7,388,607contains similarity to Pfam domains PF07719 (Tetratricopeptide repeat) (3), PF00515 (Tetratricopeptide repeat) (4)contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR001664 (Intermediate filament protein), IPR008940 (Protein prenyltransferase), IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR001356 (Homeobox), IPR013105 (Tetratricopeptide TPR2), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
22F54C4.1F54C4.1n/achrIII 88,394contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mRpL40-PA;; FLYBASE:CG5242
23C45G9.5C45G9.5n/achrIII 5,049,097
24T04A8.6T04A8.6n/achrIII 4,692,695T04A8.6 encodes an ortholog of S. cerevisiae NOP15 that may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, T04A8.6 is probably required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline.
25F44E7.9F44E7.9n/achrV 5,791,637contains similarity to Pfam domain PF07019 Rab5-interacting protein (Rab5ip) contains similarity to Interpro domain IPR010742 (Rab5-interacting)
26prp-17F49D11.1n/achrI 10,938,676C. elegans PRP-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
27math-18C40A11.1n/achrII 2,154,617C. elegans MATH-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
28T25E12.6T25E12.6n/achrV 16,743,622contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
29F31D4.8F31D4.8n/achrV 20,862,996contains similarity to Streptococcus pneumoniae IS3-Spn1 putative transposase.; TR:Q9KK23
30Y47H9C.8Y47H9C.8n/achrI 11,895,073contains similarity to Streptococcus pneumoniae Magnesium transporter, CorA family.; TR:Q97SX8
31tin-13DY3.1n/achrI 8,759,490C. elegans TIN-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF02953 Tim10/DDP family zinc finger contains similarity to Interpro domain IPR004217 (Zinc finger, Tim10/DDP-type)
32ZC434.4ZC434.4n/achrI 10,332,519contains similarity to Homo sapiens Gastric cancer antigen Zg14; ENSEMBL:ENSP00000321449
33sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
34T25B9.1T25B9.1n/achrIV 10,749,242T25B9.1 encodes an protein highly similar to 2-amino-3-keto-butyrate coenzyme A ligases (also called AKB ligases or glycine acetyltransferases; EC 2.3.1.29; R.W.
35W06H3.3W06H3.3n/achrV 16,798,543contains similarity to Pfam domains PF00117 (Glutamine amidotransferase class-I) , PF06418 (CTP synthase N-terminus) contains similarity to Interpro domains IPR000630 (Ribosomal protein S8), IPR017456 (CTP synthase, N-terminal), IPR000991 (Glutamine amidotransferase class-I, C-terminal), IPR004468 (CTP synthase), IPR012998 (Glutamine amidotransferase, class I, active site)
36K01C8.6K01C8.6n/achrII 8,278,000contains similarity to Drosophila pseudoobscura 39S ribosomal protein L10, mitochondrial precursor (L10mt) (MRP-L10).; SW:Q29NV5
37F19F10.9F19F10.9n/achrV 7,573,793The F19F10.9 gene encodes a homolog of the human SART1 gene, which encodes a protein recognised by IgE that may be involved in atopic disease.
38F53F4.3F53F4.3n/achrV 13,592,537F53F4.3 encodes a putative alpha-tubulin folding cofactor B, orthologous to human CKAP1 (OMIM:601303); F53F4.3 is dispensable in early embryos for microtubule nucleation or elongation, and has no obvious function in mass RNAi assays.
39C03H5.3C03H5.3n/achrII 387,056contains similarity to Interpro domain IPR002408 (Natriuretic peptide, brain type)
40gst-7F11G11.2n/achrII 4,882,703gst-7 encodes a predicted glutathione S-transferase.
41F58B3.4F58B3.4n/achrIV 11,630,269contains similarity to Rattus norvegicus ESF1 homolog (ABT1-associated protein).; SW:Q76MT4
42rpa-1F18A1.5n/achrII 7,665,772rpa-1 encodes the C. elegans ortholog of the replication protein A (RPA) large subunit; by homology, RPA-1 is predicted to function as a DNA-binding and oligonucleotide oligosaccharide-binding (OB) protein that is required for DNA replication, repair, and recombination; large-scale RNAi screens indicate that rpa-1 is essential for embryonic development, and that in yeast two-hybrid assays interacts with the product of M04F3.1, the RPA medium subunit; in situ hybridization studies indicate that rpa-1 transcripts are expressed in germ cells.
43C25G4.3C25G4.3n/achrIV 12,445,137contains similarity to Pfam domain PF02033 Ribosome-binding factor A contains similarity to Interpro domains IPR000238 (Ribosome-binding factor A), IPR015946 (K homology-like, alpha/beta)
44eif-3.FD2013.7n/achrII 9,332,730C. elegans EIF-3.F protein; contains similarity to Pfam domain PF01398 Mov34/MPN/PAD-1 family contains similarity to Interpro domains IPR000555 (Mov34/MPN/PAD-1), IPR003639 (Mov34-1)
45D2030.3D2030.3n/achrI 7,579,667contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
46F40G9.2F40G9.2n/achrIII 191,482contains similarity to Pfam domain PF05051 Cytochrome C oxidase copper chaperone (COX17) contains similarity to Interpro domain IPR007745 (Cytochrome C oxidase copper chaperone)
47F28D1.1F28D1.1n/achrIV 12,373,435contains similarity to Pfam domains PF08149 (BING4CT (NUC141) domain) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR012952 (BING4, C-terminal), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
48B0280.9B0280.9n/achrIII 7,121,829contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR001680 (WD40 repeat), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
49C44H4.4C44H4.4n/achrX 14,586,632contains similarity to Homo sapiens 155 kDa protein; ENSEMBL:ENSP00000381978
50T08A11.1T08A11.1n/achrIII 4,255,571contains similarity to Interpro domains IPR015425 (Actin-binding FH2), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000591 (Pleckstrin/ G-protein, interacting region)