UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1let-716C16A3.30chrIII 6,386,418C. elegans LET-716 protein; contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR003029 (S1, RNA binding), IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR003107 (RNA-processing protein, HAT helix), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
2tag-345F55F8.5n/achrI 5,656,990C. elegans TAG-345 protein; contains similarity to Pfam domains PF08154 (NLE (NUC135) domain) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) (4)contains similarity to Interpro domains IPR012972 (NLE), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
3C01G10.10C01G10.10n/achrV 15,081,298contains similarity to Pfam domain PF00814 Glycoprotease family contains similarity to Interpro domains IPR009180 (Peptidase M22, O-sialoglycoprotein endopeptidase), IPR000905 (Peptidase M22, glycoprotease)
4fib-1T01C3.7n/achrV 15,001,344C. elegans FIB-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01269 Fibrillarin contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR000692 (Fibrillarin)
5dnj-11F38A5.13n/achrIV 6,587,011This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
6xpo-3C49H3.10n/achrIV 7,920,396imb-6 encodes an importin-beta-like protein orthologous to vertebrate Exportin-t, a specific mediator of tRNA export from the nucleus; IMB-6 is predicted to function by binding tRNAs directly in the presence of the RAN-1 GTPase and facilitating their nucleocytoplasmic transport; in C. elegans, loss of imb-6 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities.
7C55A6.9C55A6.9n/achrV 11,522,512contains similarity to Pfam domain PF03985 Paf1 contains similarity to Interpro domain IPR007133 (RNA polymerase II-associated, Paf1)
8C27B7.5C27B7.5n/achrIV 8,902,390contains similarity to Pfam domain PF00098 Zinc knuckle contains similarity to Interpro domain IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
9T06E6.1T06E6.1n/achrV 15,394,012contains similarity to Interpro domains IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
10ugt-22C08F11.8n/achrIV 13,641,793C. elegans UGT-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
11W09C5.7W09C5.7n/achrI 13,656,083contains similarity to Pfam domain PF02383 SacI homology domain contains similarity to Interpro domain IPR002013 (Synaptojanin, N-terminal)
12C18H2.2C18H2.2n/achrIII 7,679,866contains similarity to Interpro domain IPR008962 (PapD-like)
13T04A8.6T04A8.6n/achrIII 4,692,695T04A8.6 encodes an ortholog of S. cerevisiae NOP15 that may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, T04A8.6 is probably required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline.
14F48A9.1F48A9.1n/achrI 6,595,234
15evl-14H38K22.1n/achrIII 4,308,081evl-14 encodes a homolog of the yeast sister cohesion protein Pds5p that functions during both mitosis and meiosis and is implicated in the maintenance of sister chromatid cohesion in late prophase, and affects vulval morphology, meiotic germline development, embryonic and larval viability, fertility, and cell divisions in the germ line as well as in vulval and somatic gonad lineages; some of the defects, such as somatic gonad defects, are due at least partially to cell division defects.
16mbf-1H21P03.1n/achrIV 11,479,744C. elegans MBF-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01381 (Helix-turn-helix) , PF08523 (Multiprotein bridging factor 1) contains similarity to Interpro domains IPR010982 (Lambda repressor-like, DNA-binding), IPR013729 (Multiprotein bridging factor 1, N-terminal), IPR001387 (Helix-turn-helix type 3)
17Y32B12B.2Y32B12B.2n/achrV 16,544,097contains similarity to Vitis vinifera Putative uncharacterized protein.; TR:A5AD22
18nrf-6C08B11.4n/achrII 8,030,762nrf-6 encodes a protein with 12 predicted transmembrane domains that is highly similar to NDG-4 and affects embryonic viability, yolk transport, locomotion, body morphology, and affects sensitivity to fluoxetine with respect to nose-contraction response in a common pathway with ndg-4 and nrf-5; expressed in the most anterior cells of the hypodermis and in the intestine and is required in the intestine for fluoxetine-induced nose contraction and yolk transport
19ZK1098.7ZK1098.7n/achrIII 9,523,311contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mRpS23-PA;; FLYBASE:CG31842
20K06A4.5K06A4.5n/achrV 9,506,309contains similarity to Pfam domain PF06052 3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase contains similarity to Interpro domains IPR011051 (Cupin, RmlC-type), IPR016700 (3-hydroxyanthranilate 3, 4-dioxygenase, metazoan), IPR010329 (3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase)
21C07D8.6C07D8.6n/achrX 7,342,092contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
22B0280.9B0280.9n/achrIII 7,121,829contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR001680 (WD40 repeat), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
23C03H5.3C03H5.3n/achrII 387,056contains similarity to Interpro domain IPR002408 (Natriuretic peptide, brain type)
24nol-10F32E10.1n/achrIV 7,582,143C. elegans NOL-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF08159 NUC153 domain contains similarity to Interpro domains IPR012580 (NUC153), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
25gip-2C45G3.3n/achrI 9,227,490gip-2 encodes a member of the Biotin/lipoate A/B protein ligase family.
26T20F5.7T20F5.7n/achrI 3,926,864contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
27eat-3D2013.5n/achrII 9,327,192The eat-3 gene encodes a mitochondrial dynamin-related protein, closely related to bacterial dynamin-like proteins, that is orthologous to human OPA1 (OMIM:203740, mutated in autosomal dominant optic atrophy); EAT-3 is localized to the mitochondrial matrix and may play a role in regulating inner mitochondrial membrane morphology; EAT-3 is expressed in body wall muscle, intestine, and neurons, all tissues with high metabolic rates.
28ent-1ZK809.4n/achrIV 11,654,417ent-1 encodes a predicted equilibrative nucleoside transporter 1 that affects growth.
29ugt-60C07A9.6n/achrIII 9,677,585C. elegans UGT-60 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
30C39E9.12C39E9.12n/achrIV 13,094,664contains similarity to Pfam domain PF02037 SAP domain contains similarity to Interpro domain IPR003034 (DNA-binding SAP)
31hrd-1F55A11.3n/achrV 11,768,584C. elegans HRD-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
32srg-47C53A5.8n/achrV 14,555,611C. elegans SRG-47 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000175 (Sodium:neurotransmitter symporter), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
33R11A8.5R11A8.5n/achrIV 10,367,036contains similarity to Pfam domains PF00462 (Glutaredoxin) , PF02798 (Glutathione S-transferase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR002109 (Glutaredoxin), IPR011767 (Glutaredoxin active site), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
34C18E9.5C18E9.5n/achrII 8,970,895contains similarity to Turkey herpesvirus LORF11.; TR:Q9IBS2
35C03F11.3C03F11.3n/achrX 5,399,097contains similarity to Pfam domain PF01130 CD36 family contains similarity to Interpro domain IPR002159 (CD36 antigen)
36B0035.15B0035.15n/achrIV 11,297,591contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Mlp proteins restrict telomere length by influencing the Rif1-Tel1 pathway of telomerase regulation; also involved in the translocation of macromolecules between the nucleoplasm and the NPC; SGD:YKR095W
37K05C4.5K05C4.5n/achrI 14,745,264contains similarity to Interpro domains IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like), IPR011044 (Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like)
38R03D7.4R03D7.4n/achrII 10,944,454contains similarity to Pfam domain PF06881 RNA polymerase II transcription factor SIII (Elongin) subunit A contains similarity to Interpro domain IPR010684 (RNA polymerase II transcription factor SIII, subunit A)
39gex-3F28D1.10n/achrIV 12,406,527The gex-3 gene encodes a homolog of NAP1/NCKAP1, a mammalian protein ligand of the small GTPase Rac1, and of Drosophila HEM2/NAP1/KETTE; gex-3 is required for tissue morphogenesis and cell migrations; in gex-3 mutants, cells differentiate properly but fail to become organized.
40E02H9.5E02H9.5n/achrIII 2,447,417E02H9.5 encodes a homolog of the human beta-glucosidase-like proteins KL (klotho; OMIM:604824), KLB (beta-klotho; OMIM:611135), GBA3 (cytosolic beta-glucosidase; OMIM:606619), LCT (lactase-phlorizin hydrolase; OMIM:603202, variant in adult lactose tolerance), and LCTL (lactase-like protein); E02H9.5 has 76% identity (364/478 residues) to its paralog C50F7.10; perhaps due to genetic redundancy, E02H9.5 has no obvious function in mass RNAi assays.
41Y43F4B.2Y43F4B.2n/achrIII 13,294,800contains similarity to Interpro domain IPR009079 (Four-helical cytokine-like, core)
42npp-18Y43F4B.4n/achrIII 13,297,775C. elegans NPP-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
43C23G10.8C23G10.8n/achrIII 6,204,357contains similarity to Homo sapiens Conserved hypothetical protein; VG:OTTHUMP00000076919
44C05C8.2C05C8.2n/achrV 7,231,951contains similarity to Interpro domain IPR004087 (K Homology)
45pfn-2F35C8.6n/achrX 5,353,590C. elegans PFN-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00235 Profilin contains similarity to Interpro domains IPR002097 (Profilin/allergen), IPR005455 (Profilin, plant)
46prp-21W07E6.4n/achrII 487,633C. elegans PRP-21 protein; contains similarity to Pfam domains PF00240 (Ubiquitin family) , PF01805 (Surp module) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000061 (SWAP/Surp), IPR000626 (Ubiquitin)
47smc-4F35G12.8n/achrIII 4,590,281The smc-4 gene encodes a homolog of the SMC4 subunit of mitotic condensin; SMC-4 acts with MIX-1 to enable chromosome segregation.
48mel-46T06A10.1n/achrIV 16,859,204C. elegans MEL-46 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
49C15H11.9C15H11.9n/achrV 14,424,428contains similarity to Pfam domain PF04939 Ribosome biogenesis regulatory protein (RRS1) contains similarity to Interpro domain IPR007023 (Ribosomal biogenesis regulatory protein)
50nasp-1C09H10.6n/achrII 11,107,270C. elegans NASP-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR013026 (Tetratricopeptide region)