UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F09G2.3F09G2.30chrV 7,186,673contains similarity to Pfam domain PF01384 Phosphate transporter family contains similarity to Interpro domain IPR001204 (Phosphate transporter)
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3F37H8.5F37H8.5n/achrII 11,188,743contains similarity to Pfam domain PF03227 Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase (GILT) contains similarity to Interpro domain IPR004911 (Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase GILT)
4lgc-39F09G2.5n/achrV 7,177,156C. elegans LGC-39 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
5haf-8Y57G11C.1n/achrIV 14,696,948The haf-8 gene encodes a homolog of human CHM, which when mutated leads to choroideraemia (OMIM:303100).
6C17C3.2C17C3.2n/achrII 5,566,360
7C07A9.5C07A9.5n/achrIII 9,682,077contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
8B0478.3B0478.3n/achrIV 6,964,202contains similarity to Interpro domains IPR013090 (Phospholipase A2, active site), IPR016090 (Phospholipase A2), IPR001211 (Phospholipase A2, eukaryotic)
9C03B1.5C03B1.5n/achrX 6,356,595contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
10ZC506.1ZC506.1n/achrX 9,961,782contains similarity to Pfam domains PF02225 (PA domain) , PF01532 (Glycosyl hydrolase family 47) contains similarity to Interpro domains IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47), IPR003137 (Protease-associated PA)
11F22E12.1F22E12.1n/achrV 10,455,572contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR000694 (Proline-rich region)
12W08F4.7W08F4.7n/achrII 576,333
13lin-52ZK632.13n/achrIII 9,824,348lin-52 encodes a novel protein that is most closely related to the Drosophila melanogaster CG15929 protein and the human protein XP_040376; lin-52 is a class B synthetic multivulva (synMuv) gene that appears to function with lin-35/Rb to negatively regulate vulval development; in addition, lin-52 is also required for germline and larval development.
14srh-83F09G2.7n/achrV 7,165,183C. elegans SRH-83 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
15mtx-1F39B2.11n/achrI 14,755,776C. elegans MTX-1 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017410 (Metaxin), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
16mep-1M04B2.1n/achrIV 11,526,270mep-1 is required for repression by the fem-3 3' UTR in vivo, and for maintenance of somatic (versus germline) differentiation; MEP-1 protein has zinc-finger domains and a glutamine/asparagine-rich domain.
17fipr-15F13E9.3n/achrIV 10,880,611C. elegans FIPR-15 protein; contains similarity to Interpro domain IPR005137 (Photosystem I assembly BtpA)
18sre-27Y57A10C.3n/achrII 12,416,469C. elegans SRE-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
19cyp-37A1F01D5.9n/achrII 14,015,298C. elegans CYP-37A1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
20skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
21F20B6.5F20B6.5n/achrX 4,199,245contains similarity to Homo sapiens Conserved hypothetical protein; VG:OTTHUMP00000076919
22zyg-9F22B5.7n/achrII 8,461,098zyg-9 encodes a predicted microtubule-association protein (MAP) of the XMAP215 family; during early embryonic development, maternal zyg-9 activity is required for microtubule-dependent processes such as meiotic and mitotic spindle organization and pronuclear migration; further, zyg-9 is essential for formation of long astral microtubules; ZYG-9 is required for centrosomal localization of TAC-1, the sole C. elegans TACC family member, with which it interacts, and mutually stabilizes, in vivo; in early embryos, ZYG-9 localizes to the meiotic spindle and spindle poles, as well as to mitotic centrosomes; during metaphase and anaphase ZYG-9 localizes to the central spindle region, and during interphase ZYG-9 is cytoplasmic; proper localization of ZYG-9 to the meiotic spindle is dependent upon wild-type activity of MEI-1, an ATPase essential for meiotic spindle formation, while proper localization of ZYG-9 to centrosomes is dependent, at least in part, upon TAC-1.
23lam-2C54D1.5n/achrX 7,147,481lam-2 encodes a laminin gamma subunit; lam-2 activity is required for embryonic development and for regulation of muscle arm extension; loss of lam-2 function via large-scale RNAi screens results in embryonic, larval, and adult lethality, sterility, body morphology defects, and abnormal locomotion.
24srh-284C47A10.3n/achrV 17,768,552C. elegans SRH-284 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25ZK632.7ZK632.7n/achrIII 9,821,105contains similarity to Interpro domain IPR011009 (Protein kinase-like)
26tag-192T04D1.4n/achrI 4,692,225C. elegans TAG-192 protein; contains similarity to Pfam domains PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF07533 (Associated with TFs and helicases) , PF00385 ('chromo' (CHRromatin Organisation MOdifier) domain) , PF00176 (SNF2 family N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR000953 (Chromo domain), IPR000330 (SNF2-related), IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR000694 (Proline-rich region), IPR016197 (Chromo domain-like), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR006576 (BRK), IPR009057 (Homeodomain-like), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
27fbxb-46K05F6.9n/achrII 1,570,610This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
28T24B8.4T24B8.4n/achrII 9,067,183contains similarity to Pfam domain PF02205 WH2 motif contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003124 (Actin-binding WH2)
29ZK262.8ZK262.8n/achrV 18,439,253contains similarity to Pfam domains PF07735 (F-box associated) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR012885 (F-box associated type 2)
30slt-1F40E10.4n/achrX 14,678,771slt-1 encodes the sole C. elegans homolog of Drosophila Split, a secreted extracellular protein containing leucine-rich and EGF-like repeats that functions as a ligand for the Robo receptor; during C. elegans larval development, slt-1 acts via the SAX-3/Robo receptor, and in parallel with UNC-6/Netrin, to direct ventral axon guidance and guidance at the midline; during embryonic development, slt-1 also functions to regulate anterior-posterior migrations of the CAN neurons; slt-1::gfp reporters are initially expressed at high levels in the anterior part of the embryo, with more moderate levels seen in dorsal tail muscles and lower levels seen in cells in the center of the body; in L1 larvae, slt-1::gfp is expressed in both dorsal and ventral muscles, with higher levels seen in dorsal muscle cells; slt-1::gfp is also expressed in a number of additional cells including some neurons, pharyngeal cells, and the anal sphincter muscle.
31C01B7.5C01B7.5n/achrV 8,800,549contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
32M03C11.3M03C11.3n/achrIII 10,409,775contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Essential protein required for the maturation of 25S rRNA and 60S ribosomal subunit assembly, localizes to the nucleolus; SGD:YKL172W
33C05C9.1C05C9.1n/achrX 11,162,259contains similarity to Pfam domain PF02886 LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
34Y39E4B.10Y39E4B.10n/achrIII 13,147,942contains similarity to Buchnera aphidicola Hypothetical protein BUsg080.; SW:Y080_BUCAP
35kin-3B0205.7n/achrI 10,735,304kin-3 encodes an ortholog of the catalytic subunit of casein kinase II alpha, which in Drosophila and mammals is required for normal circadian rhythms, and which directly phosphorylates the Drosophila PERIOD protein (which itself regulates circadian rhythms); by analogy, KIN-3 might be expected to help regulate heterochronic functions dependent on such proteins as LIN-42.
36nhr-248ZK218.6n/achrV 17,103,987C. elegans NHR-248 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
37ZK1320.5ZK1320.5n/achrII 9,664,562contains similarity to Interpro domain IPR008107 (Mycoplasma P48 major surface lipoprotein)
38B0285.1B0285.1n/achrIII 4,336,901contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR000694 (Proline-rich region)
39F20D1.2F20D1.2n/achrX 14,972,677contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domains IPR001763 (Rhodanese-like), IPR000195 (RabGAP/TBC)
40F52G3.1F52G3.1n/achrX 16,968,223contains similarity to Pfam domain PF07001 BAT2 N-terminus contains similarity to Interpro domains IPR009738 (BAT2, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region)
41T14G11.3T14G11.3n/achrX 2,684,999contains similarity to Homo sapiens inner membrane protein, mitochondrial isoform 2; ENSEMBL:ENSP00000366526
42eif-3.EB0511.10n/achrI 10,641,393eif-3.E encodes the C. elegans ortholog of the translation initiation factor 3 subunit e (eIF3e/Int-6); by homology, EIF-3.E is predicted to be a component of three different protein complexes, the eIF3 translation initiation factor, the 26S proteasome, and the COP9 signalosome; such association suggests that EIF-3.E may serve as a regulatory factor that coordinates the translational and degradative activities of these various complexes; in C. elegans, large-scale RNAi screens indicate that eif-3.E is required for embryonic, larval, and germline development, as well as proper vulval morphogenesis.
43T19C3.5T19C3.5n/achrIII 626,220contains similarity to Pfam domains PF02886 (LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain) , PF01273 (LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
44F58H7.2F58H7.2n/achrIV 942,839contains similarity to Pfam domain PF01425 Amidase contains similarity to Interpro domains IPR000120 (Amidase signature enzyme), IPR015830 (Amidase, fungi type)
45abcx-1C56E6.1n/achrII 6,536,117C. elegans ABCX-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF07539 Down-regulated in metastasis contains similarity to Interpro domains IPR011430 (Down-regulated in metastasis), IPR016024 (Armadillo-type fold)
46clh-5C07H4.2n/achrII 9,096,575The clh-5 gene encodes a chloride channel, whose human homologs include CLC1 and CLCN5; the latter homolog is imvolved in receptor-mediated endocytosis.
47tag-320B0403.4n/achrX 7,067,404C. elegans TAG-320 protein; contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR005788 (Disulphide isomerase), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related), IPR012336 (Thioredoxin-like fold)
48sdz-13F13E9.6n/achrIV 10,878,328C. elegans SDZ-13 protein ;
49C33C12.4C33C12.4n/achrII 2,165,992
50C35D10.12C35D10.12n/achrIII 4,873,622contains similarity to Pfam domains PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR011644 (Haem NO binding), IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)