UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F20D6.9F20D6.98.999999999999999e-63chrV 8,177,251contains similarity to Pfam domain PF00125 Core histone H2A/H2B/H3/H4 contains similarity to Interpro domains IPR000164 (Histone H3), IPR009072 (Histone-fold), IPR007125 (Histone core)
2srj-8T28A11.9n/achrV 3,248,476C. elegans SRJ-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
3sri-37D2062.2n/achrII 2,630,401C. elegans SRI-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
4T19D2.3T19D2.3n/achrX 3,939,726
5srw-130T24A6.14n/achrV 3,547,931C. elegans SRW-130 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
6ZK380.2ZK380.2n/achrX 1,633,167contains similarity to Interpro domain IPR011072 (HR1 rho-binding repeat)
7C29G2.2C29G2.2n/achrV 2,590,606contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of Prothymosin alpha; HI:HIT000331385
8F54D10.9F54D10.9n/achrII 3,830,742contains similarity to Pfam domain PF03380 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF282 contains similarity to Interpro domain IPR005044 (Protein of unknown function DUF282, Caenorhabditis species)
9pfd-6F21C3.5n/achrI 7,283,387pfd-6 encodes a putative prefoldin 6 subunit, orthologous to human PFDN6 (OMIM:605660), required for normal microtubule growth and distal tip cell migration; PFD-6 is expressed cytoplasmically in most, if not all, tissues, including the germline; in mass RNAi assays, PFD-6 is required for normal mitotic spindle position, embryonic and larval viability, fertility, body shape, vulval development, and locomotion, and for normally rapid growth; pfd-6(RNAi) embryos show a reduced microtubule growth rate.
10R107.2R107.2n/achrIII 9,044,850contains similarity to Pfam domain PF01256 Carbohydrate kinase contains similarity to Interpro domain IPR000631 (Carbohydrate kinase)
11srh-215T20B3.3n/achrV 16,831,260C. elegans SRH-215 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001356 (Homeobox)
12F48G7.9F48G7.9n/achrV 628,338contains similarity to Pfam domain PF00130 Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) contains similarity to Interpro domains IPR015727 (Protein kinase C mu-related), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
13F55A3.5F55A3.5n/achrI 10,782,421contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR000889 (Glutathione peroxidase)
14F29C4.4F29C4.4n/achrIV 111,769
15F55C12.6F55C12.6n/achrII 5,875,271contains similarity to Pfam domain PF06852 Protein of unknown function (DUF1248) contains similarity to Interpro domain IPR009658 (Protein of unknown function DUF1248)
16srh-141T08G3.5n/achrV 16,444,803C. elegans SRH-141 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
17C29G2.1C29G2.1n/achrV 2,591,466
18F38H4.10F38H4.10n/achrIV 11,861,497contains similarity to Pfam domain PF03637 Mob1/phocein family contains similarity to Interpro domain IPR005301 (Mob1/phocein)
19C36C9.1C36C9.1n/achrX 1,684,665contains similarity to Dictyostelium discoideum Similar to Homo sapiens (Human). Dentin sialophosphoprotein [Contains:sDentin phosphoprotein (Dentin phosphophoryn) (DPP); Dentinssialoprotein (DSP)].; TR:Q869X8
20fbxa-181F35E12.3n/achrV 13,726,386This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
21acr-14T05C12.2n/achrII 8,175,996acr-14 encodes a protein that contains neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding and transmembrane domains.
22fkh-6B0286.5n/achrII 4,381,579fkh-6 encodes one of 15 C. elegans forkhead transcription factors; fkh-6 is required for several aspects of male gonadogenesis including asymmetric cell division, cell migration and sex determination and appears to act downstream of tra-1; FKH-6 is specifically expressed in the gonad.
23mdt-10T09A5.6n/achrII 7,854,378C. elegans MDT-10 protein ; contains similarity to Homo sapiens Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10; ENSEMBL:ENSP00000255764
24hex-3Y39A1C.4n/achrIII 10,851,789hex-3 encodes a beta-N-acetylhexosaminidase.
25pes-23F14B8.3n/achrX 6,902,654C. elegans PES-23 protein; contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
26srw-22T10H4.3n/achrV 15,269,194C. elegans SRW-22 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
27W06D11.5W06D11.5n/achrX 12,300,631contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein KIAA1801; ENSEMBL:ENSP00000256007
28rpb-6C06A1.5n/achrII 10,579,552C. elegans RPB-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF01192 RNA polymerase Rpb6 contains similarity to Interpro domains IPR006110 (RNA polymerase Rpb6), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR006111 (DNA-directed RNA polymerase, 14 to 18 kDa subunit), IPR012293 (RNA polymerase subunit, RPB6/omega)
29T09B4.1T09B4.1n/achrI 6,186,762contains similarity to Pfam domain PF04188 Mannosyltransferase (PIG-V)) contains similarity to Interpro domain IPR007315 (Mannosyltransferase, PIG-V)
30F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
31glb-7C23H5.2n/achrIV 2,124,416glb-7 encodes a globin with no obvious function in mass RNAi assays.
32F16H6.8F16H6.8n/achrV 18,214,941contains similarity to Mycoplasma capricolum CLPA/CLPB family (Fragment).; TR:Q49064
33F59A6.5F59A6.5n/achrII 5,001,644contains similarity to Pfam domains PF00169 (PH domain) , PF00780 (CNH domain) , PF00130 (Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain)) contains similarity to Interpro domains IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR000533 (Tropomyosin), IPR001180 (Citron-like), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
34ZC302.3ZC302.3n/achrV 10,739,944contains similarity to Adoxophyes honmai nucleopolyhedrovirus Hypothetical protein.; TR:Q80LN9
35him-8T07G12.12n/achrIV 10,562,902him-8 encodes a protein with two C-terminal noncanonical C2H2 zinc-fingers whose paralogs include ZIM-1/-3 and C02F5.12; HIM-8 is required by X chromosomes for normal homolog pairing, synapsis, recombination, and segregation during meiosis; him-8 mutants have an increased frequency of genotypically XO males in self-fertile hermaphrodite populations; HIM-8 is expressed during meiosis, and is associated with the X chromosome's meiotic pairing center (PC), which associates with the nuclear envelope during meiotic prophase; him-8 mutations are enhanced by rearrangements that inactivate the X-chromosomal PC; HIM-8 functions are genetically separable, since the him-8(me4) point mutation (which alters a domain N-terminal to HIM-8's zinc fingers) permits normal chromosome binding and nuclear localization, but causes abnormal pairing and synapsis; while the C-terminal region of HIM-8 most closely resembles those of its orthologs in other Caenorhabditis species, its N-terminal region is highly divergent, suggesting species-specific functions; unlike other him mutations, him-8 solely affects X chromosomes, and does not produce embryonic lethality via autosomal nondisjunction or aneuploidy; however, failure of X-chromosomal synapsis in him-8 mutants blocks the pachytene transistion from polarized to nonpolarized meiotic nuclei, by blocking the resolution of recombination intermediates on other chromosomes; him-8-blocked meiotic autosomes show persistent RAD-51 foci and have excess crossovers, both of which may be symptoms of a HUS-1-independent checkpoint induced by X-chromosomal nonsynapsis rather than DNA damage; HIM-8 also acts outside of meiosis, by inhibiting EGL-13 expression or activity; mutations of the HIM-8 zinc-finger domain semidominantly suppress missense (but not null) egl-13 mutations, due to him-8 haploinsufficiency; mutant HIM-8 fails to suppress mutant egl-13 on a free transgenic array, and also fails to suppress native mutant egl-13 if transgenic excess copies of the egl-13 promoter are present.
36T21C9.4T21C9.4n/achrV 10,578,742contains similarity to Pfam domain PF01133 Enhancer of rudimentary contains similarity to Interpro domain IPR000781 (Enhancer of rudimentary)
37srx-1F59E11.1n/achrV 9,004,313C. elegans SRX-1 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000366 (Fungal pheromone mating factor STE2 GPCR), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
38D1007.4D1007.4n/achrI 4,580,304contains similarity to Homo sapiens Gem-associated protein 6; ENSEMBL:ENSP00000281950
39F14H12.7F14H12.7n/achrX 4,362,080
40F02H6.4F02H6.4n/achrIV 14,217,678contains similarity to Saccharomyces cerevisiae GTPase, required for general translation initiation by promoting Met-tRNAiMet binding to ribosomes and ribosomal subunit joining; homolog of bacterial IF2; SGD:YAL035W
41C38D4.9C38D4.9n/achrIII 4,803,842contains similarity to Pfam domains PF01170 (Putative RNA methylase family UPF0020) , PF05175 (Methyltransferase small domain) , PF08242 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR007848 (Methyltransferase small), IPR000241 (Putative RNA methylase), IPR002296 (N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N12 class), IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR002052 (N-6 adenine-specific DNA methylase, conserved site), IPR002723 (Protein of unknown function DUF43)
42F22E12.3F22E12.3n/achrV 10,461,278contains similarity to Petroselinum crispum Reverse transcriptase (Fragment).; TR:Q9ZRL1
43bath-19F59H6.1n/achrII 2,037,587C. elegans BATH-19 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) (3), PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
44skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
45C49H3.4C49H3.4n/achrIV 7,915,959contains similarity to Pfam domain PF01423 LSM domain contains similarity to Interpro domains IPR001163 (Like-Sm ribonucleoprotein, core), IPR006649 (Like-Sm ribonucleoprotein, eukaryotic and archaea-type, core), IPR014761 (UV excision repair protein Rad23, C-terminal), IPR010920 (Like-Sm ribonucleoprotein-related, core)
46F11C1.2F11C1.2n/achrX 12,986,446contains similarity to Lactococcus lactis Rgg protein, putative.; TR:O87251
47F10E9.5F10E9.5n/achrIII 8,307,934contains similarity to Homo sapiens 29 kDa protein; ENSEMBL:ENSP00000381398
48B0281.4B0281.4n/achrII 2,298,366contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
49Y57G11B.5Y57G11B.5n/achrIV 14,575,666
50C43F9.7C43F9.7n/achrIV 10,593,293contains similarity to Xanthomonas campestris Hypothetical protein XCC1495.; TR:Q8PAI8