UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1R10D12.1R10D12.10chrV 13,933,592contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR001958 (Tetracycline resistance protein, TetA), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3col-147T06E4.4n/achrV 9,632,778C. elegans COL-147 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
4fbxb-116T26H2.4n/achrV 19,234,735This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
5F42C5.2F42C5.2n/achrIV 7,306,596contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002962 (Peropsin), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
6T04D1.2T04D1.2n/achrI 4,681,214This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
7Y75B8A.25Y75B8A.25n/achrIII 12,278,010contains similarity to Homo sapiens Golgi autoantigen, golgin subfamily B member 1; ENSEMBL:ENSP00000315938
8C26E6.12C26E6.12n/achrIII 4,931,357contains similarity to Pfam domains PF01018 (GTP1/OBG) , PF01926 (GTPase of unknown function) contains similarity to Interpro domains IPR000795 (Protein synthesis factor, GTP-binding), IPR014100 (GTP-binding protein Obg/CgtA), IPR006169 (GTP1/OBG subdomain), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR006073 (GTP1/OBG)
9T16A1.3T16A1.3n/achrII 2,084,511
10Y38F1A.2Y38F1A.2n/achrII 12,956,401contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
11R10F2.4R10F2.4n/achrIII 2,921,110contains similarity to Interpro domain IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal)
12T26A8.2T26A8.2n/achrIV 8,427,897contains similarity to Homo sapiens UPF0513 membrane protein; ENSEMBL:ENSP00000258173
13ZK1055.2ZK1055.2n/achrV 6,593,054contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
14str-33C24B9.1n/achrV 2,729,388C. elegans STR-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
15fis-1F41G3.4n/achrII 6,755,453C. elegans FIS-1 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016543 (Tetratricopeptide repeat 11 Fission 1 protein), IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical)
16Y116A8C.23Y116A8C.23n/achrIV 17,054,490contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
17F56H1.3F56H1.3n/achrI 5,732,820contains similarity to Pfam domains PF02206 (Domain of unknown function) , PF00533 (BRCA1 C Terminus (BRCT) domain) contains similarity to Interpro domains IPR015988 (STAT transcription factor, coiled coil), IPR002110 (Ankyrin), IPR003125 (Protein of unknown function WSN), IPR001357 (BRCT)
18M70.4M70.4n/achrIV 2,258,333M70.4 is orthologous to human O-MANNOSE BETA-1,2-N-ACETYLGLUCOSAMINYLTRANSFERASE (FLJ20277; OMIM:606822), which when mutated leads to muscle-eye-brain disease.
19F40H6.5F40H6.5n/achrIII 6,052,328contains similarity to Pfam domains PF02795 (Domain of unknown function (DUF225)) , PF00337 (Galactoside-binding lectin) (3)contains similarity to Interpro domains IPR001079 (Galectin, galactose-binding lectin), IPR013320 (Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup), IPR004024 (Protein of unknown function DUF225), IPR008985 (Concanavalin A-like lectin/glucanase)
20srh-216T20B3.5n/achrV 16,826,380C. elegans SRH-216 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
21F39G3.3F39G3.3n/achrV 4,732,719contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of Zinc finger CCCH domain-containing protein 13; ENSEMBL:ENSP00000282007
22T05C1.2T05C1.2n/achrII 4,482,363
23nxf-1C15H11.3n/achrV 14,414,076nxf-1 encodes a homolog of human TAP protein, a member of the NXF family of shuttling transport receptors for nuclear export of mRNA; binds RNA directly and its function has been shown to be conserved with the NXF family.
24T26E4.4T26E4.4n/achrV 15,791,503contains similarity to Oryctolagus cuniculus Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase 2 (EC 2.4.1.69) (Secretorsblood group alpha-2-fucosyltransferase) (GDP-L-fucose:beta-D-sgalactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase 2) (Alpha(1,2)FT 2)s(Fucosyltransferase 2).; SW:FUT2_RABIT
25T01C8.2T01C8.2n/achrX 16,786,949
26W04A4.2W04A4.2n/achrI 13,683,368contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein FLJ90033; TR:Q8N2R3
27C40D2.4C40D2.4n/achrII 2,000,282contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
28Y116A8C.29Y116A8C.29n/achrIV 17,094,627contains similarity to Homo sapiens Class-I MHC-restricted T cell associated molecule; ENSEMBL:ENSP00000227348
29K02F6.1K02F6.1n/achrII 2,555,138contains similarity to Pfam domain PF00098 Zinc knuckle contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR013084 (Zinc finger, CCHC retroviral-type), IPR001969 (Peptidase aspartic, active site), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
30ugt-52F56B3.7n/achrIV 781,452C. elegans UGT-52 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
31asf-1F10G7.3n/achrII 4,702,628C. elegans ASF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF04729 Anti-silencing protein, ASF1-like contains similarity to Interpro domains IPR006818 (Anti-silencing protein, ASF1-like), IPR017282 (Histone deposition protein Asf1)
32T11F1.2T11F1.2n/achrII 2,957,123contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
33srh-195R52.7n/achrII 2,115,763C. elegans SRH-195 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
34F18A12.4F18A12.4n/achrII 3,405,348F18A12.4 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; F18A12.4 has no clear orthologs in other organisms.
35snf-8ZK829.10n/achrIV 11,967,123C. elegans SNF-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00209 Sodium:neurotransmitter symporter family contains similarity to Interpro domains IPR000175 (Sodium:neurotransmitter symporter), IPR004354 (Meiotic recombination protein rec114)
36E03H4.12E03H4.12n/achrI 12,436,494contains similarity to Pfam domain PF03360 Glycosyltransferase family 43 contains similarity to Interpro domain IPR005027 (Glycosyl transferase, family 43)
37F21D9.4F21D9.4n/achrV 19,255,280contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
38K09D9.3K09D9.3n/achrV 4,020,029
39F26H9.8F26H9.8n/achrI 9,322,465contains similarity to Pfam domains PF01501 (Glycosyl transferase family 8) , PF06427 (UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase) contains similarity to Interpro domains IPR000886 (Endoplasmic reticulum, targeting sequence), IPR009448 (UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase), IPR002495 (Glycosyl transferase, family 8)
40T02H6.8T02H6.8n/achrII 681,180
41F41F3.1F41F3.1n/achrV 4,655,174
42K03H9.3K03H9.3n/achrII 6,423,912
43F19B10.4F19B10.4n/achrII 3,661,345contains similarity to Interpro domain IPR015425 (Actin-binding FH2)
44stdh-1C06B3.4n/achrV 13,907,215stdh-1 encodes a putative steroid dehydrogenase required for normally short lifespan; STDH-1 is orthologous to human HSD17B3 (OMIM:605573, mutated in pseudohermaphroditism), HSD17B12 (OMIM:609574), and HSDL1, and paralogous to LET-767 and STDH-2/-4; STDH-1 is expressed in larval intestine, and in both larval and adult body wall muscle and neurons.
45rpm-1C01B7.6n/achrV 8,812,661rpm-1 encodes an E3 ubiquitin ligase that contains an N-terminal RCC1 (regulator of chromosome condensation)-like guanine nucleotide exchange factor (GEF) domain and that is orthologous to Drosophila highwire and murine Phr1; RPM-1 functions autonomously within several different types of neurons to regulate presynaptic differentiation; in regulating axon termination, RPM-1 acts through the GLO-4 guanine nucleotide exchange factor that positively regulates vesicular trafficking through GLO-1/Rab; in regulating synaptogenesis, RPM-1 functions as part of an SCF-like ubiquitin ligase complex that negatively regulates signaling through the DLK-1 MAP kinase cascade; RPM-1 is expressed in most, if not all, neurons from the comma stage of embryogenesis through adulthood; RPM-1 expression is also seen in the pharynx, coelomocytes, and distal tip cells; in neurons, RPM-1 localizes to presynaptic terminals.
46C50C3.2C50C3.2n/achrIII 8,185,577contains similarity to Pfam domains PF00435 (Spectrin repeat) (4), PF00036 (EF hand) contains similarity to Interpro domains IPR002017 (Spectrin repeat), IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
47col-132C39E9.9n/achrIV 13,090,324C. elegans COL-132 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
48srbc-62T19C9.1n/achrV 17,218,465C. elegans SRBC-62 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
49Y45F10C.1Y45F10C.1n/achrIV 13,657,948contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
50sru-22F36G9.5n/achrV 15,973,922C. elegans SRU-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)