UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ulp-1T10F2.30chrIII 5,167,689C. elegans ULP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR003653 (Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1)
2bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
3ric-3T14A8.1n/achrIV 7,819,689The ric-3 gene encodes a novel, highly charged protein with two transmembrane domains and extensive coiled-coil domains; it is necessary for the function of at least four nicotinic acetylcholine receptors; specifically, it is needed for assembly or trafficking of the DEG-3 nicotinic acetylcholine receptor.
4ZC443.1ZC443.1n/achrV 12,809,256contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
5F23F1.6F23F1.6n/achrII 36,279contains similarity to Pfam domain PF00324 Amino acid permease contains similarity to Interpro domains IPR004755 (Cationic amino acid transport permease), IPR004841 (Amino acid permease-associated region), IPR002293 (Amino acid/polyamine transporter I)
6twk-2T12C9.3n/achrII 4,447,199twk-2 encodes one of 44 C. elegans TWK (two-P domain K+) potassium channel subunits that contain two pore-forming domains and four transmembrane domains; the precise role of TWK-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, but TWK-2 may function redundantly with other TWK channels; TWK-2 is expressed in a subset of neurons.
7cpr-3T10H4.12n/achrV 15,297,739C. elegans CPR-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00112 Papain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
8mdt-4ZK546.13n/achrII 4,943,020C. elegans MDT-4 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is MED4-PA;; FLYBASE:CG8609
9W05H12.2W05H12.2n/achrI 13,412,326contains similarity to Pfam domain PF01612 3'-5' exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR002562 (3'-5' exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
10F14H12.8F14H12.8n/achrX 4,363,765
11W06D4.4W06D4.4n/achrI 9,061,846contains similarity to Interpro domain IPR014644 (Protein arginine N-methyltransferase)
12mat-2W10C6.1n/achrII 11,116,985mat-2 encodes a subunit of the anaphase-promoting complex or cyclosome (APCC) which is a multi-subunit E3 ubiquitin ligase that targets proteins for degradation during the metaphase-to-anaphase transition of the cell cycle; mat-2 is required for chromosome segregation during meiosis I and is involved in polarity specification of the anterior/posterior axis in the developing embryo.
13C40C9.3C40C9.3n/achrX 13,647,897contains similarity to Conus textile Conotoxin scaffold VI/VII.; TR:Q9U653
14C18D4.4C18D4.4n/achrV 17,530,973contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
15K12D9.12K12D9.12n/achrV 3,021,212contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
16let-502C10H11.9n/achrI 4,741,246let-502 encodes a Rho-binding Ser/Thr kinase orthologous to human myotonic dystrophy kinase (DM-kinase); let-502 is required for early embryonic cleavages, embryonic elongation, migration of hypodermal P cells to a ventral position, normal spermathecal contraction, and fertility; LET-502 is required for hypodermal cells to properly change their shape, and is expressed in those cells, during embryonic elongation; let-502 mutations are suppressed by mel-11 mutations, and the pattern of LET-502 expression in the embryonic epidermis and the spermatheca is opposite to that of MEL-11, indicating that LET-502 and MEL-11 have opposing functions (presumably tissue contraction and relaxation); MEL-11 requires LET-502 (along with the nonmuscle myosin NMY-1) for proper localization.
17acbp-5T12D8.3n/achrIII 13,640,695C. elegans ACBP-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF00023 (Ankyrin repeat) (2), PF00887 (Acyl CoA binding protein) contains similarity to Interpro domains IPR014352 (FERM/acyl-CoA-binding protein, 3-helical bundle), IPR002110 (Ankyrin), IPR000582 (Acyl-CoA-binding protein, ACBP)
18srsx-26C51E3.1n/achrV 10,149,791C. elegans SRSX-26 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
19W02D9.4W02D9.4n/achrI 12,538,320contains similarity to Oryza sativa Hypothetical protein.; TR:Q8H7L3
20aat-8F28F9.4n/achrIV 3,863,573aat-8 encodes a predicted amino acid transporter catalytic subunit; unlike catalytic subunits in other organisms, however, AAT-8 does not contain the highly conserved cysteine residue known to facilitate covalent interaction with a glycoprotein subunit, suggesting that AAT-8 does not require this residue for heterodimer formation or alternatively, does not require the glycoprotein subunit for function.
21F42A9.6F42A9.6n/achrIV 8,610,474
22K02E2.7K02E2.7n/achrV 20,380,450contains similarity to Homo sapiens RB1-inducible coiled-coil protein 1; ENSEMBL:ENSP00000025008
23puf-12ZK945.3n/achrII 10,101,606C. elegans PUF-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF08144 CPL (NUC119) domain contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR012959 (CPL), IPR016024 (Armadillo-type fold)
24ZK822.1ZK822.1n/achrIV 11,920,082contains similarity to Homo sapiens myosin, heavy polypeptide 7B, cardiac muscle, beta; ENSEMBL:ENSP00000262873
25syp-3F39H2.4n/achrI 8,663,589syp-3 encodes a coiled-coil protein; SYP-3 activity is required during meiosis for chromosome synapsis and chiasma formation, specifically for proper assembly of the central region of the synaptonemal complex; thus, SYP-3 is essential activity is essential for normal embryonic development; immunolocalization studies indicate that SYP-3 is likely a structural component of the central element of the synaptonemal complex.
26C42C1.9C42C1.9n/achrIV 12,290,184contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core)
27K03H1.11K03H1.11n/achrIII 9,951,334contains similarity to Pfam domain PF00646 (F-box domain)
28srx-65K07C6.8n/achrV 3,922,434C. elegans SRX-65 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
29fbxa-184F45C12.8n/achrII 1,710,841This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
30M116.1M116.1n/achrIV 8,411,585
31F59A1.13F59A1.13n/achrV 17,689,072contains similarity to Pfam domains PF00610 (Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin) , PF00595 (PDZ domain (Also known as DHR or GLGF)) , PF02377 (Dishevelled specific domain) contains similarity to Interpro domains IPR003351 (Dishevelled protein), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF), IPR015506 (Dishevelled related protein), IPR008339 (Dishevelled region), IPR000591 (Pleckstrin/ G-protein, interacting region)
32C49D10.4C49D10.4n/achrII 3,871,448contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
33srab-17T11A5.2n/achrV 9,867,491C. elegans SRAB-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
34ZK792.5ZK792.5n/achrIV 11,686,516contains similarity to Pfam domain PF00806 Pumilio-family RNA binding repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR002952 (Eggshell protein), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
35T04A8.15T04A8.15n/achrIII 4,713,844contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Ubiquitin-specific protease; SGD:YDL122W
36cyb-2.1Y43E12A.1n/achrIV 10,986,675C. elegans CYB-2.1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00134 (Cyclin, N-terminal domain) , PF02984 (Cyclin, C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal), IPR004367 (Cyclin, C-terminal), IPR014400 (Cyclin, A/B/D/E)
37cyp-37B1F28G4.1n/achrV 16,279,374C. elegans CYP-37B1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
38sms-2F53H8.4n/achrX 946,855C. elegans SMS-2 protein ; contains similarity to Aedes aegypti Spingomyelin synthetase.; TR:Q17C34
39F53F4.12F53F4.12n/achrV 13,626,710contains similarity to Plasmodium falciparum Histidine-rich protein.; SW:HRP3_PLAFS
40Y57G11B.1Y57G11B.1n/achrIV 14,550,857contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Viral A-type inclusion protein, putative.; TR:A2EJ43
41bath-24B0047.3n/achrII 2,045,144C. elegans BATH-24 protein; contains similarity to Pfam domains PF00917 (MATH domain) , PF00651 (BTB/POZ domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ), IPR000210 (BTB/POZ-like)
42K12D9.1K12D9.1n/achrV 3,015,027contains similarity to Pfam domains PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) , PF01209 (ubiE/COQ5 methyltransferase family) contains similarity to Interpro domains IPR004033 (UbiE/COQ5 methyltransferase), IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
43fbxa-2T13F3.5n/achrV 16,268,911This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
44ZK673.3ZK673.3n/achrII 10,451,229ZK673.3 encodes a protein with a THAP or THAP-like domain required for embryonic development; other proteins with THAP or THAP-like domains include LIN-15A, LIN-15B, LIN-36, and HIM-17 (which all interact with LIN-35/Rb), as well as CDC-14B, CTB-1, GON-14, and ~100 other proteins such as Drosophila P element transposase and human nuclear proapoptotic factor THAP1.
45M02B7.1M02B7.1n/achrIV 3,806,054
46nas-22T11F9.6n/achrV 11,475,004nas-22 encodes an astacin-like metalloprotease; large-scale expression studies reveal that a nas-22::GFP promoter fusion is expressed in the uterus, uterine and vulval muscles, and uterine seam cell.
47F53F4.4F53F4.4n/achrV 13,596,162contains similarity to Candida albicans Chitinase 3 precursor (EC 3.2.1.14).; SW:CHI3_CANAL
48vps-26T20D3.7n/achrIV 9,340,583C. elegans VPS-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF03643 Vacuolar protein sorting-associated protein 26 contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR005377 (Vacuolar protein sorting-associated protein 26)
49him-17T09E8.2n/achrV 13,178,423him-17 encodes a protein with no obvious non-nematode homologs that localizes to chromatin in germline nuclei, and that is required for double-stranded break (DSB) formation, chiasmata, crossovers, and genetic recombination during meiosis, but is dispensable for homolog pairing and synapsis, spo-11 germline transcription, or the conversion of DSBs into chiasmata; HIM-17 is also required for normal organization of meiotic stages in the germline, and to promote its orderly transistion from (potentially tumorous) mitosis to meiosis; moreover, HIM-17 is required for normal dimethylation of lysine 9 residues on H3 histones in meiotic prophase chromosomes from early pachytene onward, with null him-17(ok424) mutants showing greatly reduced or delayed dimethylation in both hermaphrodite and male germlines; HIM-17 cooperates with GLP-1 to promote meiotic entry, and with EGO-1 to promote germline viability; HIM-17 has six THAP and THAP-like domains, a domain type also found in CDC-14B, CTB-1, GON-14, LIN-15A, LIN-15B, and LIN-36, along with ~100 other proteins such as Drosophila P element transposase and human nuclear proapoptotic factor THAP1; missense or truncating mutations of HIM-17's THAP and THAP-like domains cause partial loss of function, implying that the domains collectively and partially contribute to HIM-17 activity; of the C. elegans genes encoding THAP or THAP-like domains, at least four (lin-15A, lin-15B, lin-36, and him-17) interact genetically with lin-35/Rb.
50lov-1ZK945.9n/achrII 10,115,543lov-1 encodes an ortholog of human PKD1 (OMIM:601313; mutated in autosomal dominant polycystic kidney disease) that is expressed in the ciliated sensory endings of three types of male-specific neurons and that is required for two aspects of male mating behavior: response to hermaphrodite contact and vulva location; LOV-1 acts with PKD-2; EGL-44 and EGL-46 regulate cell-specific expression of lov-1 and pkd-2 to specify the behavioral function of the HOB neuron; in vitro, LOV-1 interacts, via its conserved PLAT domain, with the N-terminus of ATP-2, the beta subunit of ATP synthase that also localizes to cilia, suggesting that ATP synthase may play a role in C. elegans polycystin signaling.