UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T19C9.8T19C9.80chrV 17,239,506contains similarity to Amsacta moorei entomopoxvirus AMV141.; TR:Q9EMQ8
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3T11G6.3T11G6.3n/achrIV 10,853,967contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
4T20D4.6T20D4.6n/achrV 3,411,676contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
5sri-27ZK697.4n/achrV 1,726,643C. elegans SRI-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
6F52C6.13F52C6.13n/achrII 1,930,469
7F35H12.4F35H12.4n/achrX 922,380contains similarity to Pfam domain PF00454 Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000403 (Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase, catalytic), IPR015433 (Phosphatidylinositol Kinase)
8C26E1.3C26E1.3n/achrV 13,303,181contains similarity to Interpro domains IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
9fbxa-58C29F9.11n/achrIII 110,182C. elegans FBXA-58 protein; contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
10nhr-247ZK1037.5n/achrV 15,324,578C. elegans NHR-247 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
11F41B5.6F41B5.6n/achrV 2,240,376contains similarity to Pfam domain PF03564 Protein of unknown function (DUF1759) contains similarity to Interpro domain IPR005312 (Protein of unknown function DUF1759)
12F41E6.9F41E6.9n/achrV 8,605,583contains similarity to Pfam domain PF03357 Snf7 contains similarity to Interpro domain IPR005024 (Snf7)
13H34C03.2H34C03.2n/achrIV 6,759,933contains similarity to Pfam domain PF00443 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2), IPR006615 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, N-terminal region 1)
14F55C10.4F55C10.4n/achrV 11,387,665contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
15F32B4.6F32B4.6n/achrI 11,516,108contains similarity to Pfam domains PF07819 (PGAP1-like protein) , PF00561 (alpha/beta hydrolase fold) contains similarity to Interpro domains IPR000073 (Alpha/beta hydrolase fold-1), IPR012908 (PGAP1-like)
16Y39A3A.2Y39A3A.2n/achrIII 2,057,188contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold)
17nhr-267H22D14.1n/achrIV 9,285,626C. elegans NHR-267 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
18srv-29T13A10.6n/achrIV 6,265,730C. elegans SRV-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
19T20F5.3T20F5.3n/achrI 3,910,087contains similarity to Pfam domain PF01765 Ribosome recycling factor contains similarity to Interpro domains IPR002661 (Ribosome recycling factor), IPR001669 (Arginine repressor)
20pps-1T14G10.1n/achrIV 10,163,166pps-1 is orthologous to human PAPSS1 (OMIM:603262) and human PAPSS2 (OMIM:603005, mutated in spondyloepimetaphyseal dysplasia).
21B0495.9B0495.9n/achrII 7,708,071
22smg-5W02D3.8n/achrI 6,735,096smg-5 encodes a novel protein that contains two N-terminal tetratricopeptide (TPR) repeats and a C-terminal PINc domain found in nucleotide-binding proteins; SMG-5 is a component of the nonsense-mediated mRNA decay (NMD) pathway and likely functions in regulation of dephosphorylation of SMG-2, the C. elegans UPF1 ortholog, an ATPase and RNA helicase required for NMD in worms, yeast, and mammals; SMG-5 physically interacts with SMG-7, SMG-2, and the PAA-1 and LET-92 structural and catalytic subunits, respectively, of a protein phosphatase 2A (PP2A), suggesting that SMG-5 may function to direct SMG-2 to a PP2A phosphatase that regulates its activity in vivo; SMG-5 also interacts, in vivo, with components of the RNA interference (RNAi) pathway, suggesting a potential link between RNAi and NMD; SMG-5::GFP fusion proteins localize to both the nucleus and the cytoplasm.
23R09F10.1R09F10.1n/achrX 8,324,257contains similarity to Pfam domains PF08246 (Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29)) , PF00112 (Papain family cysteine protease) contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR013201 (Proteinase inhibitor I29, cathepsin propeptide), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
24col-110F19C7.7n/achrIV 4,608,935C. elegans COL-110 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
25C26E1.2C26E1.2n/achrV 13,306,168contains similarity to Interpro domain IPR000169 (Eukaryotic thiol (cysteine) protease)
26tre-4F15A2.2n/achrX 13,473,950C. elegans TRE-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01204 Trehalase contains similarity to Interpro domains IPR001661 (Glycoside hydrolase, family 37), IPR000886 (Endoplasmic reticulum, targeting sequence), IPR008928 (Six-hairpin glycosidase-like)
27clk-2C07H6.6n/achrIII 7,516,797The clk-2 gene encodes an ortholog of the S. cerevisiae telomere length-regulating protein Tel2p that has been shown to bind a number of DNA structures in vitro, including single-, double- and four-stranded DNA; in C. elegans, CLK-2 activity is required for the DNA damage and S phase replication checkpoints, for embryonic development, and for normal biological rhythms and life span; a functional CLK-2::GFP fusion protein is detected exclusively in the cytoplasm of somatic tissues.
28W03G1.3W03G1.3n/achrIV 512,107
29F13B6.2F13B6.2n/achrIV 7,459,793
30str-7F22B8.5n/achrV 16,098,738C. elegans STR-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
31H06O01.2H06O01.2n/achrI 7,012,174H06O01.2 encodes a large (1,461-aa) putative chromodomain helicase DNA-binding protein that inhibits DHC-1 in vivo; H06O01.2 is orthologous to budding yeast CHD1, human CHD1 (OMIM:602118), and human CHD2 (OMIM:602119); H06O01.2(RNAi) suppresses the lethality of conditional dhc-1 mutations, as well as the spindle length and cytokinesis defects of dhc-1(or195), indicating that H06O01.2 negatively regulates dynein; H06O01.2 has no obvious function in mass RNAi assays.
32srw-88T06G6.7n/achrI 12,721,084C. elegans SRW-88 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
33F55A12.6F55A12.6n/achrI 5,340,452contains similarity to Interpro domain IPR002952 (Eggshell protein)
34C46G7.2C46G7.2n/achrIV 6,016,483contains similarity to Anisakis simplex 29kDa protein from Anisakis simplex.; TR:Q9U5Z9
35C49C3.5C49C3.5n/achrIV 17,329,906contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
36fbxa-51T12B5.1n/achrIII 962,902This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
37hrd-1F55A11.3n/achrV 11,768,584C. elegans HRD-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
38F19C7.2F19C7.2n/achrIV 4,601,343contains similarity to Pfam domain PF05577 Serine carboxypeptidase S28 contains similarity to Interpro domain IPR008758 (Peptidase S28)
39gbh-1D2089.5n/achrII 10,692,053gbh-1 encodes a predicted ortholog of human hBBOX1; expressed in the intestine and in head and body muscles.
40K09F6.3K09F6.3n/achrII 2,258,704contains similarity to Pfam domains PF02206 (Domain of unknown function) , PF00102 (Protein-tyrosine phosphatase) contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
41C18B2.6C18B2.6n/achrX 3,615,375contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
42ced-11ZK512.3n/achrIII 9,122,267The ced-11 gene encodes a predicted transmembrane ion channel related to the long transient receptor potential channel (LTRPC) subfamily of TRP channels found in Drosophila and mammals; CED-11 functions as a downstream effector in the programmed cell death pathway and may play a role in affecting the morphological changes seen in the nucleus, cytoplasm, and plasma membrane of apoptotic cells.
43C32D5.6C32D5.6n/achrII 6,332,890contains similarity to Interpro domain IPR013026 (Tetratricopeptide region)
44W04C9.2W04C9.2n/achrI 489,263
45ZC373.1ZC373.1n/achrX 10,055,836The ZC373.1 gene encodes an ortholog of the human gene CYSTATHIONINE-BETA-SYNTHASE (CBS), which when mutated leads to homocystinuria (OMIM:236200).
46K08D10.5K08D10.5n/achrIV 4,168,957contains similarity to Rhodopirellula baltica DNA-binding protein SMUBP-2.; TR:Q7UWP1
47ZK1058.9ZK1058.9n/achrIII 3,924,612contains similarity to Borrelia burgdorferi Probable O-sialoglycoprotein endopeptidase (EC 3.4.24.57)s(Glycoprotease).; SW:GCP_BORBU
48F36D4.2F36D4.2n/achrV 9,401,020contains similarity to Pfam domain PF04099 Sybindin-like family contains similarity to Interpro domains IPR011012 (Longin-like), IPR007233 (Sybindin-like protein)
49srv-31T13A10.9n/achrIV 6,270,882C. elegans SRV-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR001209 (Ribosomal protein S14), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
50C43D7.4C43D7.4n/achrV 19,322,158contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Protein of unknown function, rich in asparagine residues; SGD:YDL167C