UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1dyrb-1T24H10.66e-48chrII 9,106,748dyrb-1 encodes a small (95-residue) putative cytoplasmic dynein light chain 2A that inhibits DHC-1 in vivo, and is also required for mitotic spindle positioning, embryonic viability and fertility; DYRB-1 is orthologous to Drosophila ROADBLOCK (and six Drosophila paralogs), Chlamydomonas LC7, human DYNLRB1 (OMIM:607167), and human DYNLRB2 (OMIM:607168); dyrb-1(RNAi) and dyrb-1(tm2645) both suppress the lethality of conditional dhc-1 mutations, and dyrb-1(RNAi) suppresses dhc-1(or195) spindle length and cytokinesis defects as well, indicating that DYRB-1 negatively regulates dynein; in oocytes and early embryos, DYRB-1 is associated with nuclear envelopes and centrosomes, and with meiotic and mitotic spindle poles; like DHC-1 itself, DYRB-1 is strongly mislocalized to centrosomes in dhc-1(or195) animals shifted to nonpermissive temperature.
2C04C3.4C04C3.4n/achrIV 3,394,502
3srj-4C27A7.7n/achrV 12,163,847C. elegans SRJ-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
4C14B1.8C14B1.8n/achrIII 3,719,182C14B1.8 encodes a coiled-coil protein.
5T01B11.1T01B11.1n/achrIV 8,448,108contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
6skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
7C08H9.12C08H9.12n/achrII 9,856,818contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
8F55A3.2F55A3.2n/achrI 10,795,710contains similarity to Interpro domains IPR000209 (Peptidase S8 and S53, subtilisin, kexin, sedolisin), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like)
9srz-94F49H6.11n/achrV 17,034,553C. elegans SRZ-94 protein ;
10str-223F49C5.6n/achrII 12,564,977C. elegans STR-223 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
11F31E3.4F31E3.4n/achrIII 6,965,804contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR006055 (Exonuclease), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
12C25A11.2C25A11.2n/achrX 9,115,559contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
13srd-2R05H5.1n/achrII 10,186,817C. elegans SRD-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
14H25P19.1H25P19.1n/achrV 688,859
15srsx-37M01B2.7n/achrV 15,258,341C. elegans SRSX-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
16str-255C45H4.15n/achrV 2,162,667C. elegans STR-255 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen)
17C26D10.3C26D10.3n/achrII 8,327,460contains similarity to Pfam domain PF07992 Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR000759 (Adrenodoxin reductase), IPR000103 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
18F54B8.1F54B8.1n/achrV 15,811,031contains similarity to Pfam domain PF03380 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF282 contains similarity to Interpro domain IPR005044 (Protein of unknown function DUF282, Caenorhabditis species)
19rheb-1F54C8.5n/achrIII 9,455,024rheb-1 encodes a GTPase orthologous to the mammalian Rheb and Rheb1 GTPases; loss of rheb-1 activity via RNAi indicates that RHEB-1 is involved in the mitochondrial unfolded protein response and that its function is required for normal growth rates, body size, osmoregulation, reproduction, and locomotion.
20C49C3.7C49C3.7n/achrIV 17,333,023contains similarity to Homo sapiens Isoform Short of CAP-Gly domain-containing linker protein 1; ENSEMBL:ENSP00000355314
21str-125T05E12.1n/achrV 17,075,114C. elegans STR-125 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
22R05F9.9R05F9.9n/achrII 4,900,966
23F20H11.1F20H11.1n/achrIII 6,590,715contains similarity to Pfam domain PF00130 Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
24C55C3.5C55C3.5n/achrIV 5,699,611contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
25fem-2T19C3.8n/achrIII 633,323A CB5161 ortholog of fem-2, Cbn-fem-2, has been isolated from the sibling Caenorhabditis species CB5161.
26C25D7.10C25D7.10n/achrV 15,067,993contains similarity to Mus musculus Probable taste receptor type 2 member 23 (T2R23) (STC9-2).; SW:T2R2_MOUSE
27T12G3.5T12G3.5n/achrIV 12,031,705contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mRpL51-PA;; FLYBASE:CG13098
28C06A5.4C06A5.4n/achrI 5,981,191contains similarity to Interpro domain IPR006578 (MADF)
29spr-5Y40B1B.6n/achrI 13,443,987spr-5 encodes the C. elegans ortholog of the human histone demethylase LSD1 (lysine-specific demethylase 1) that functions to mediate chromatin remodeling and transcriptional regulation; loss of spr-5 activity can suppress the egg-laying defective (Egl) phenotype of mutations in sel-12/presenilin and derepresses expression of hop-1, which encodes the second C. elegans presenilin, by 20- to 30-fold; in binding assays and yeast two-hybrid experiments, SPR-5 interacts with SPR-1, the C. elegans ortholog of CoREST.
30hda-2C08B11.2n/achrII 8,021,602hda-2 encodes a Class I histone deacetylase; by homology, HDA-2 is predicted to function in deacetylation of histone residues and transcriptional regulation; loss of hda-2 activity via RNAi results in an increased spontaneous mutation rate, suggesting that hda-2 also plays a role in regulating genome stability.
31hcf-1C46A5.9n/achrIV 7,772,495C. elegans HCF-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01344 (Kelch motif) (3), PF00041 (Fibronectin type III domain) , PF07646 (Kelch motif) (4)contains similarity to Interpro domains IPR011043 (Galactose oxidase/kelch, beta-propeller), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR006652 (Kelch repeat type 1), IPR011498 (Kelch repeat type 2), IPR015915 (Kelch-type beta propeller)
32dpf-2C27C12.7n/achrX 14,834,928C. elegans DPF-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00930 (Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region) , PF00326 (Prolyl oligopeptidase family) contains similarity to Interpro domains IPR001375 (Peptidase S9, prolyl oligopeptidase active site region), IPR002469 (Peptidase S9B, dipeptidylpeptidase IV N-terminal)
33C11E4.7C11E4.7n/achrX 9,617,962
34F09E5.9F09E5.9n/achrII 5,346,983
35srh-239T26H5.3n/achrV 15,446,542C. elegans SRH-239 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
36sec-3F52E4.7n/achrX 3,097,634C. elegans SEC-3 protein ; contains similarity to Danio rerio Exocyst complex component 1.; TR:Q7T2A6
37B0302.5B0302.5n/achrX 17,194,125
38C07A4.1C07A4.1n/achrX 10,169,900contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
39C50D2.5C50D2.5n/achrII 98,671contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR002343 (Paraneoplastic encephalomyelitis antigen)
40F21D5.8F21D5.8n/achrIV 8,739,792contains similarity to Homo sapiens 13 kDa protein; ENSEMBL:ENSP00000376734
41H28G03.4H28G03.4n/achrX 5,223,420contains similarity to Interpro domain IPR009057 (Homeodomain-like)
42cir-1F55F8.4n/achrI 5,654,871C. elegans CIR-1 protein ; contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of CBF1-interacting corepressor; ENSEMBL:ENSP00000339723
43crml-1K07G5.1n/achrI 7,154,627C. elegans CRML-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR000694 (Proline-rich region), IPR003590 (Leucine-rich repeat, ribonuclease inhibitor subtype)
44hsr-9T05F1.6n/achrI 9,628,707hsr-9 encodes a protein containing a BRCT (BRCA 1 C terminus) domain that is found in proteins that regulate the cell cycle checkpoint in response to DNA damage; HSR-9 activity is required for a normal response to DNA damage caused by gamma-irradiation; loss of HSR-9 function via RNA-mediated interference after gamma-irradiation results in defects in mitotic cell cycle arrest, reduction of apoptosis of pachytene nuclei, and radiation sensitivity of progeny; the expression pattern and subcellular localization of HSR-9 are not yet known.
45C04F5.8C04F5.8n/achrV 5,112,623contains similarity to Bos taurus Similar to C04F5.8.; TR:Q0IIF4
46Y48A5A.1Y48A5A.1n/achrIV 1,967,552contains similarity to Pfam domain PF04925 SHQ1 protein contains similarity to Interpro domain IPR007009 (SHQ1 protein)
47math-37R52.9n/achrII 2,121,460C. elegans MATH-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
48C01B10.4C01B10.4n/achrIV 6,630,045contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
49R11.1R11.1n/achrX 16,192,348contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
50sna-1W02F12.6n/achrV 6,710,071sna-1 encodes an snRNP-binding protein (SNA-1/SL21p) orthologous to Ascaris SL30p (SL 30kd) and Brugia 13258.m00169, and paralogous to Brugia 14704.m00455; SNA-1 is found in the Sm snRNP SL1, but not in SL2; in snRNP SL1, SNA-1 associates with the SNA-2/SL75p protein, while being replaced by SUT-1/SL26p (a paralog of SNA-1) in snRNP Y; sna-1(RNAi) animals, like sut-1(bk79) mutants, have cold-sensitive sterility, whereas sna-1(RNAi) combined with sut-1(bk79) is synthetically lethal; double sna-1(RNAi) sut-1(RNAi) is lethal; these RNAi data indicate that SNA-1 and SUT-1 are partially redundant, and suggest that snRNP Y (like snRNP SL1) may participate in trans-splicing; SNA-1 can bind SNA-2 even in the absence of RNA.