UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C05D11.8C05D11.80chrIII 6,424,823contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of UPF0518 protein C11orf56; ENSEMBL:ENSP00000265978
2C15B12.2C15B12.2n/achrX 6,464,379
3F07C4.10F07C4.10n/achrV 7,639,387contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
4C13A2.6C13A2.6n/achrV 7,271,247contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
5fbxa-164C08E3.7n/achrII 1,613,450This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
6srh-193F47D2.9n/achrV 4,289,288C. elegans SRH-193 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
7T23G7.3T23G7.3n/achrII 9,166,799contains similarity to Pfam domain PF01585 G-patch domain contains similarity to Interpro domain IPR000467 (D111/G-patch)
8srbc-20C45H4.11n/achrV 2,147,858C. elegans SRBC-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
9F08H9.3F08H9.3n/achrV 14,462,384F08H9.3 encodes a heat shock protein (HSP) of the HSP16 class; unlike most HSP16s in C. elegans, it is specifically expressed in a particular tissue (the larval pharynx and the anterior adult pharynx), and its expression is not strongly induced by heat shock; however, F08H9.3 expression is increased by heat shock (with adult expression in the full pharynx) and probably aids heat shock resistance, since F08H9.3(RNAi) animals have sensitivity to heat shock that is sporadically higher than normal; in general, HSP16 proteins are thought to act as passive ligands for unfolded proteins that keep them safe from aggregation until the proteins can be refolded by a large (ATP-consuming) HSP.
10F58E6.4F58E6.4n/achrV 9,750,160contains similarity to Homo sapiens Protein PRO1073/PRO2853; ENSEMBL:ENSP00000332769
11C43F9.4C43F9.4n/achrIV 10,588,322
12bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
13Y38H6C.19Y38H6C.19n/achrV 20,548,064contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
14K01H12.1K01H12.1n/achrIV 9,707,386K01H12.1 encodes a small protein conserved in diverse eukaryotes, with a CSL motif (a probable zinc finger, sometimes found associated with the N-terminal domain of DnaJ protein); K01H12.1 is probably a small subunit or ancillary protein of RNA polymerase II Elongator or of a hypothetical diphthamide synthase complex; K01H12.1 is orthologous to to mammalian DESR1 (diphtheria toxin and Pseudomonas exotoxin A sensitivity required gene 1) and S. cerevisiae KTI11; DESR1, and probably KTI11, enables the first step in posttranslational modification of histidine to dipthamide; K01H12.1 has no obvious function in mass RNAi assays.
15Y20C6A.1Y20C6A.1n/achrV 17,374,108This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
16col-37ZK863.2n/achrV 12,167,206col-37 encodes a cuticle collagen.
17W08A12.4W08A12.4n/achrV 3,675,610contains similarity to Paramecium tetraurelia Chromosome undetermined scaffold_94, whole genome shotgun sequence.; TR:A0EFX6
18ocr-3T10B10.7n/achrX 15,171,101ocr-3 encodes a predicted TRPV channel (transient receptor potential cation channel, subfamily V) containing six membrane-spanning regions, cytoplasmic ankyrin repeats, and a long, unconserved cytoplasmic tail that is related to the mammalian TRPV1 cation channel (OMIM:602076) activated by capsaicin and other noxious stimuli; although the precise role of OCR-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, OCR-3 expression is detected solely in the rectal gland cells and occasionally the glial socket cells of the head, suggesting that OCR-3 may function in sensory signal transduction in these cell types.
19amt-1C05E11.4n/achrX 4,572,644amt-1 encodes a transmembrane transporter that by homology, is predicted to transport ammonium ions across the plasma membrane; as loss of amt-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of AMT-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
20K09D9.9K09D9.9n/achrV 3,993,382
21C17H1.2C17H1.2n/achrI 13,102,913contains similarity to Apple stem grooving virus Genome polyprotein [Contains: RNA replicase (EC 2.7.7.48); Helicase;sCoat protein].; SW:POLR_ASGVP
22K11H12.9K11H12.9n/achrIV 650,728contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
23tag-40R02C2.3n/achrV 249,183C. elegans TAG-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domains IPR002656 (Acyltransferase 3), IPR006621 (Nose resistant to fluoxetine-4, N-terminal)
24H12D21.4H12D21.4n/achrV 14,892,420contains similarity to Pfam domain PF00581 Rhodanese-like domain contains similarity to Interpro domains IPR001763 (Rhodanese-like), IPR001307 (Thiosulphate sulphurtransferase, conserved site)
25C13A2.11C13A2.11n/achrV 7,281,405contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
26C13A2.3C13A2.3n/achrV 7,283,523contains similarity to Pfam domain PF03269 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF268 contains similarity to Interpro domain IPR004951 (Protein of unknown function DUF268, Caenorhabditis species)
27ugt-18ZC443.5n/achrV 12,821,489C. elegans UGT-18 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
28W03F11.1W03F11.1n/achrI 2,220,892W03F11.1 encodes a protein with three chitin-binding peritrophin-A domains; like CEJ-1 and CPG-2, W03F11.1 may participate in eggshell synthesis and early embryonic development; W03F11.1 is required for fertility in mass RNAi assays; W03F11.1's multiple peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
29spp-20K04A8.8n/achrV 6,557,433C. elegans SPP-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF05184 Saposin-like type B, region 1 contains similarity to Interpro domains IPR011001 (Saposin-like), IPR007856 (Saposin-like type B, 1), IPR008139 (Saposin B)
30C54F6.4C54F6.4n/achrV 7,530,843contains similarity to Pfam domain PF03083 MtN3/saliva family contains similarity to Interpro domain IPR004316 (MtN3 and saliva related transmembrane protein)
31scl-2F49E11.10n/achrIV 13,058,350C. elegans SCL-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
32lov-1ZK945.9n/achrII 10,115,543lov-1 encodes an ortholog of human PKD1 (OMIM:601313; mutated in autosomal dominant polycystic kidney disease) that is expressed in the ciliated sensory endings of three types of male-specific neurons and that is required for two aspects of male mating behavior: response to hermaphrodite contact and vulva location; LOV-1 acts with PKD-2; EGL-44 and EGL-46 regulate cell-specific expression of lov-1 and pkd-2 to specify the behavioral function of the HOB neuron; in vitro, LOV-1 interacts, via its conserved PLAT domain, with the N-terminus of ATP-2, the beta subunit of ATP synthase that also localizes to cilia, suggesting that ATP synthase may play a role in C. elegans polycystin signaling.
33T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
34F26D11.6F26D11.6n/achrV 7,955,880
35nhr-18F44C8.3n/achrV 2,228,092The nhr-18 gene encodes a member of the superfamily of nuclear receptors, which is one of the most abundant class of transcriptional regulators; nuclear receptors have a well conserved DNA binding domain and a less conserved C-terminal ligand binding domain; the human homolog of nhr-18, CYP21, when mutated leads to congenital adrenal hyperplasia (OMIM:201910).
36zig-3C14F5.2n/achrX 7,931,218zig-3 encodes a predicted secreted protein that is a member of the immunoglobulin superfamily of proteins; a zig-3::gfp reporter fusion is expressed in the PVT, AIM, and ASI neurons, as well as in the vulva and weakly in the body wall muscle.
37C32F10.4C32F10.4n/achrI 5,809,249
38str-262C05E4.13n/achrV 752,054C. elegans STR-262 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
39ZC53.2ZC53.2n/achrX 1,923,975
40C11D2.1C11D2.1n/achrIV 6,191,401
41F57E7.2F57E7.2n/achrV 16,482,980contains similarity to Psilotum nudum Hypothetical protein.; TR:Q8WHW9
42srr-8C13D9.3n/achrV 5,002,438C. elegans SRR-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF03268 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF267 contains similarity to Interpro domain IPR004950 (Protein of unknown function DUF267, Caenorhabditis species)
43uev-2F56D2.4n/achrIII 5,583,632uev-2 encodes a ubiquitin-conjugating enzyme (UBC or E2) variant that contains the characteristic UBC motif, but lacks the critical active-site cysteine residue necessary for catalytic activity; as loss of UEV-2 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of UEV-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; based on similarity to Saccharomyces cerevisiae and human proteins, however, UEV-2 may play a role in cell cycle control or response to stress or DNA damage.
44T26H5.8T26H5.8n/achrV 15,429,911contains similarity to Pfam domains PF04789 (Protein of unknown function (DUF621)) , PF01748 (Caenorhabditis serpentine receptor-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR006874 (Protein of unknown function DUF621)
45K06H6.6K06H6.6n/achrV 584,556contains similarity to Pfam domain PF01531 Glycosyl transferase family 11 contains similarity to Interpro domain IPR002516 (Glycosyl transferase, family 11)
46srh-21C02E7.2n/achrV 4,927,412C. elegans SRH-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
47F48G7.2F48G7.2n/achrV 637,034
48C08F11.3C08F11.3n/achrIV 13,620,866contains similarity to Homo sapiens HOR5'Beta8; ENSEMBL:ENSP00000332473
49K08H2.7K08H2.7n/achrX 13,247,766contains similarity to Synechocystis sp Probable glycogen synthase 2 (EC 2.4.1.21) (Starch [bacterialsglycogen] synthase 2).; SW:GLG2_SYNY3
50DH11.2DH11.2n/achrII 8,013,966contains similarity to Pfam domain PF00646 (F-box domain)