UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C06A8.2C06A8.20chrII 7,780,233contains similarity to Homo sapiens snRNA-activating protein complex subunit 1; ENSEMBL:ENSP00000216294
2bath-7F52C6.10n/achrII 1,920,562C. elegans BATH-7 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
3T02C12.2T02C12.2n/achrIII 4,020,894contains similarity to Danio rerio Zgc:56295.; TR:Q7ZU76
4dod-18C54G4.6n/achrI 8,020,275dod-18 encodes a Maf-like protein required for normally short lifespan; dod-18 is repressed in daf-2 mutants and induced in daf-16 mutants, and dod-18(RNAi) lengthens lifespan by 30%; MAF-like proteins are ubiquitous among eukarya, bacteria, and archaea; DOD-18 is orthologous to the N-terminal ~200 residues of human ASMTL (OMIM:300162), and to Bacillus subtilis Maf (Multicopy Associated Filamentation) protein, which inhibits septum formation; while the specific biochemical function of Maf-like proteins is unknown, the tertiary structure of B. subtilis Maf is consistent with its binding nucleic acid.
5bath-3F59H6.10n/achrII 2,029,895C. elegans BATH-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
6ZC513.5ZC513.5n/achrV 8,037,288contains similarity to Pfam domain PF03901 Alg9-like mannosyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR005599 (Alg9-like mannosyltransferase)
7rnf-5C16C10.7n/achrIII 4,165,557This gene encodes a homolog of mammalian RNF5, a C3HC4 (RING-finger) zinc-finger protein.
8T05E7.3T05E7.3n/achrI 6,190,389contains similarity to Interpro domain IPR000463 (Cytosolic fatty-acid binding)
9C53B7.7C53B7.7n/achrX 6,862,206C53B7.7 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; C53B7.7 has no clear orthologs in other organisms.
10F29B9.1F29B9.1n/achrIV 4,666,256contains similarity to Pfam domain PF08242 Methyltransferase domain contains similarity to Interpro domain IPR013217 (Methyltransferase type 12)
11dhs-1C01G8.3n/achrI 5,280,165C. elegans DHS-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
12F54D11.3F54D11.3n/achrV 4,636,257
13R07E5.1R07E5.1n/achrIII 4,410,321contains similarity to Pfam domains PF07713 (Protein of unknown function (DUF1604)) , PF01585 (G-patch domain) contains similarity to Interpro domains IPR011666 (Protein of unknown function DUF1604), IPR000467 (D111/G-patch), IPR005398 (Tubby, N-terminal)
14Y37E11B.3Y37E11B.3n/achrIV 3,581,983contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein C17orf59; ENSEMBL:ENSP00000350621
15Y116A8C.8Y116A8C.8n/achrIV 16,932,518contains similarity to Interpro domain IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
16fbxa-43T20H9.2n/achrIII 2,258,234C. elegans FBXA-43 protein; contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
17W06E11.1W06E11.1n/achrIII 643,797contains similarity to Pfam domain PF04801 Sin-like protein conserved region contains similarity to Interpro domain IPR006886 (Sin-like protein conserved region)
18uba-2W02A11.4n/achrI 12,745,085uba-2 encodes the C. elegans ortholog of Saccharomyces cerevisiae Uba2p and human ubiquitin-like 2 activating enzyme E1B; by homology, UBA-2 is predicted to form, with a regulatory subunit, AOS-1, a heterodimeric enzyme that activates the ubiquitin-like protein SMO-1/SUMO in preparation for its covalent attachment to target proteins to regulate their subcellular localization and/or stability; in C. elegans, UBA-2 is required for embryogenesis and vulval development, as well as for proper Hox gene regulation; uba-2/aos-1(RNAi) animals that survive embryogenesis show ectopic expression of EGL-5 and ectopic anterior sensory ray formation.
19srh-45T03F7.2n/achrV 11,304,292C. elegans SRH-45 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002259 (Delayed-early response protein/equilibrative nucleoside transporter), IPR008075 (Lipocalin-1 receptor)
20H14A12.3H14A12.3n/achrIII 7,464,450H14A12.3 encodes an ortholog of S. cerevisiae RAV2; like RAV2, H14A12.3 may be required for the reassociation of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase) after temporary glucose starvation.
21rpb-6C06A1.5n/achrII 10,579,552C. elegans RPB-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF01192 RNA polymerase Rpb6 contains similarity to Interpro domains IPR006110 (RNA polymerase Rpb6), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR006111 (DNA-directed RNA polymerase, 14 to 18 kDa subunit), IPR012293 (RNA polymerase subunit, RPB6/omega)
22wrm-1B0336.1n/achrIII 5,724,932wrm-1 encodes, along with bar-1 and hmp-2, one of three C. elegans beta-catenin-like proteins; during development, wrm-1 functions in noncanonical Wnt signaling pathways that specify cell fates in the early embryo, the somatic gonad, and postembryonic hypodermal lineages.
23ZC302.3ZC302.3n/achrV 10,739,944contains similarity to Adoxophyes honmai nucleopolyhedrovirus Hypothetical protein.; TR:Q80LN9
24C48E7.2C48E7.2n/achrI 6,256,337contains similarity to Pfam domains PF08221 (RNA polymerase III subunit RPC82 helix-turn-helix domain) , PF05645 (RNA polymerase III subunit RPC82) contains similarity to Interpro domains IPR013197 (RNA polymerase III subunit RPC82-related, helix-turn-helix), IPR008806 (RNA polymerase III Rpc82, C -terminal)
25brc-1C36A4.8n/achrIII 3,858,030brc-1 encodes an ortholog of human BRCA1 (OMIM:113705, mutated in early onset breast and ovarian cancer) required for double-strand break repair via inter-sister recombination during meiosis; BRC-1 forms a heterodimer with BRD-1, which constitutes an E3 ubiquitin ligase; after irradiation, the DNA checkpoint proteins ATL-1 and MRE-11 are required for BRC-1/BRD-1 heterodimers to associate with RAD-51 and LET-70/Ubc5, and to ubiquitylate damaged chromatin; brc-1(RNAi) animals have excess chromosomal nondisjunction, abnormally high levels of CEP-1-dependent germ cell apoptosis (both with and without gamma-irradiation) and hypersensitivity to gamma-irradiation (e.g., abnormal sterility after irradiation); BRC-1 and BRD-1 bind one another, probably through their N-terminal RING domains, in yeast two-hybrid experiments and pull-down assays; BRC-1/BRD-1 heterodimers may interact with RAD-51 and other proteins via mutual binding to UBC-9; brc-1 is genetically dispensable for the induction of nuclear ATL-1 foci by gamma-irradiation or hydroxyurea.
26T02E1.2T02E1.2n/achrI 8,221,514contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IJZ2
27ZC239.16ZC239.16n/achrII 3,225,022contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
28pstk-1Y49E10.22n/achrIII 12,467,328C. elegans PSTK-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF08433 Chromatin associated protein KTI12 contains similarity to Interpro domain IPR013641 (Chromatin associated protein KTI12)
29F57C9.7F57C9.7n/achrI 4,825,902
30W06B4.3W06B4.3n/achrII 4,464,653contains similarity to Pfam domain PF05131 Pep3/Vps18/deep orange family contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR007810 (Pep3/Vps18/deep orange), IPR016024 (Armadillo-type fold)
31sid-1C04F5.1n/achrV 5,123,427The sid-1 gene encodes a predicted transmembrane protein with conserved human (OMIM:606816) and mouse homologs of unknown function and is required cell autonomously for systemic RNA interference (RNAi); a SID-1::GFP fusion is enriched at the cell periphery of most nonneuronal cells from late embryogenesis through adulthood with highest levels detected in cells exposed to the environment.
32W09C3.4W09C3.4n/achrI 4,705,213contains similarity to Pfam domain PF05158 RNA polymerase Rpc34 subunit contains similarity to Interpro domains IPR016049 (RNA polymerase Rpc34-like), IPR007832 (RNA polymerase Rpc34)
33srw-121K12D9.3n/achrV 2,990,948C. elegans SRW-121 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
34his-63F22B3.2n/achrIV 11,406,611his-63 encodes an H3 histone; by homology, HIS-63 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-63 is a replication-dependent histone locus.
35K11B4.2K11B4.2n/achrI 14,798,156contains similarity to Tetraodon nigroviridis UPF0402 protein.; SW:Q4S3C1
36C36B1.7C36B1.7n/achrI 8,736,564contains similarity to Pfam domain PF00186 Dihydrofolate reductase contains similarity to Interpro domain IPR001796 (Dihydrofolate reductase region)
37T08A9.6T08A9.6n/achrX 7,312,318This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
38npp-5F07A11.3n/achrII 11,598,202C. elegans NPP-5 protein; contains similarity to Interpro domain IPR007252 (Nuclear pore protein 84/107)
39ZK1248.11ZK1248.11n/achrII 5,828,127contains similarity to Xenopus laevis E3 SUMO-protein ligase NSE2 (EC 6.-.-.-) (Non-structural maintenancesof chromosomes element 2 homolog) (Non-SMC element 2 homolog).; SW:Q7ZXH2
40F44F4.9F44F4.9n/achrII 10,915,378contains similarity to Toxoplasma gondii Membrane skeletal protein IMC1.; TR:Q962H9
41C01G10.7C01G10.7n/achrV 15,086,381contains similarity to Pfam domain PF03328 HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family contains similarity to Interpro domains IPR011206 (Citrate lyase, beta subunit), IPR005000 (HpcH/HpaI aldolase), IPR015813 (Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase, catalytic core)
42sun-1F57B1.2n/achrV 13,192,605sun-1 encodes a paralog of UNC-84, also called matefin, whose general domain organization (one or more central transmembrane and coiled-coil domains, followed by a C-terminal SUN domain) is shared by Sad1p from Schizosaccharomyces pombe and UNC-84 from C. elegans; SUN-1 is a nuclear envelope receptor for CED-4 during apoptosis, and is bound by CED-4 in vitro; SUN-1 is partially required for apoptosis, since sun-1(RNAi) animals have a moderate defect in normal cell death; SUN-1 is strongly expressed in the nuclear envelope of all early embryonic cells, the primordial germ cells Z2 and Z3, and the germ cell lineage (but not in sperm); early (embryonic) SUN-1 protein is provided maternally, while germ line SUN-1 is zygotic; SUN-1 colocalizes with the nuclear lamin LMN-1 in vivo and binds it in vitro; SUN-1 is required for localization of the hook protein ZYG-12 to the nuclear envelope, and thus for the attachment of centrosomes to nuclei; SUN-1 and UNC-84 may define a class of proteins localized to the outer nuclear envelope but not the endoplasmic reticulum.
43C41D11.1C41D11.1n/achrI 4,458,028
44mom-5T23D8.1n/achrI 9,967,489mom-5 encodes one of four C. elegans members of the Frizzled (Fz) family of seven transmembrane receptors; during development, MOM-5 activity is required for asymmetric cell division in the early embryo as well as for asymmetric cell division during neuronal development; MOM-5::GFP is enriched at the posterior pole of cells prior to division and during later stages of embryogenesis, is found at the leading edges of epidermal cells during ventral enclosure; in neuroblasts, MOM-5 is required for proper subcellular distribution of DSH-2 to the cortex.
45F25H5.5F25H5.5n/achrI 9,161,573F25H5.5 encodes the C. elegans homologue of Claspin, an S-phase checkpoint component that interacts with Chk1 and negatively regulates cell cycle progression; in wild-type animals, loss of F25H5.5 activity results in some embryonic lethality; loss of F25H5.5 activity in a lin-35 mutant background, however, results in sterility, as well as smaller than normal body size, uncoordinated locomotion, and a protruding vulva; weaker F25H5.5 RNAi phenotypes are seen in lin-15B and eri-1; lin-15B backgrounds.
46M01G5.1M01G5.1n/achrIII 1,503,267contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein; VG:OTTHUMP00000024537
47F36A2.8F36A2.8n/achrI 8,811,005contains similarity to Pfam domain PF05005 Janus/Ocnus family (Ocnus) contains similarity to Interpro domain IPR007702 (Janus/Ocnus)
48R11H6.5R11H6.5n/achrV 14,611,457contains similarity to Pfam domain PF07528 DZF contains similarity to Interpro domains IPR006561 (DZF), IPR006116 (2-5-oligoadenylate synthetase, ubiquitin-like region)
49F55C5.4F55C5.4n/achrV 12,273,750contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
50C08F11.1C08F11.1n/achrIV 13,624,656contains similarity to Coxiella burnetii Hypothetical protein.; TR:Q83D43