UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C17H1.8C17H1.82e-160chrI 13,129,308contains similarity to Pyrococcus furiosus DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:P58301
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3F46B3.8F46B3.8n/achrV 20,618,293contains similarity to Pfam domain PF03380 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF282 contains similarity to Interpro domain IPR005044 (Protein of unknown function DUF282, Caenorhabditis species)
4C27A12.4C27A12.4n/achrI 6,037,041
5F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
6F55G1.1F55G1.1n/achrIV 7,492,779
7grk-2W02B3.2n/achrIII 678,078grk-2 encodes a serine/threonine protein kinase that is most closely related to G protein-coupled receptor (GPCR) kinases; in C. elegans, grk-2 activity is required in chemosensory neurons for normal calcium influx during chemosensation, but is not required for GPCR downregulation; in regulating chemosensation, GRK-2 likely acts upstream of the ODR-3/G alpha protein, as overexpression of ODR-3 can rescue abnormal avoidance behavior in grk-2 mutants; GRK-2 is broadly expressed in the adult nervous system, with expression beginning as early as the 20-30-cell stage of embryonic development and continuing into adulthood.
8F55A4.4F55A4.4n/achrX 1,025,409contains similarity to Pfam domain PF00035 Double-stranded RNA binding motif contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like)
9srbc-66T24A6.5n/achrV 3,531,539C. elegans SRBC-66 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
10srt-14ZC142.2n/achrV 4,255,024C. elegans SRT-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
11F28D1.6F28D1.6n/achrIV 12,384,958contains similarity to Neurospora crassa ATP-dependent RNA helicase dbp-8 (EC 3.6.1.-).; SW:Q7RYZ7
12srh-59W10G11.10n/achrII 3,582,748C. elegans SRH-59 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
13ZC376.6ZC376.6n/achrV 14,188,934contains similarity to Interpro domain IPR001028 (Glycoprotein phospholipase D)
14srd-28M01B2.2n/achrV 15,251,113C. elegans SRD-28 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000832 (GPCR, family 2, secretin-like)
15Y116A8C.1Y116A8C.1n/achrIV 16,901,344contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
16H35N09.2H35N09.2n/achrX 8,604,813
17sri-31B0454.2n/achrII 3,051,657C. elegans SRI-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
18F25E2.1F25E2.1n/achrX 803,494contains similarity to Interpro domain IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
19tag-120F40F9.2n/achrV 9,708,653tag-120 encodes a predicted transmembrane protein; as loss of tag-120 activity via RNAi does not result in any abnormalities, the precise role of TAG-120 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; however, TAG-120 is homologous to a Drosophila NMDA receptor-associated protein and mammalian transmembrane proteins that function in Fas-mediated cell death, so TAG-120 may play a role in neuronal functions and/or apoptosis; a tag-120 reporter fusion is expressed in the nervous system, pharyngeal muscles, and to a lesser extent in the excretory system.
20C29E6.4C29E6.4n/achrIV 11,881,077contains similarity to Pfam domain PF00024 PAN domain contains similarity to Interpro domains IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN), IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
21F41E7.6F41E7.6n/achrX 10,308,733contains similarity to Pfam domain PF00755 Choline/Carnitine o-acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR000542 (Acyltransferase ChoActase/COT/CPT)
22F44A2.2F44A2.2n/achrV 9,319,570contains similarity to Pfam domains PF02214 (K+ channel tetramerisation domain) , PF07885 (Ion channel) , PF00520 (Ion transport protein) contains similarity to Interpro domains IPR005821 (Ion transport), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003971 (Potassium channel, voltage dependent, Kv9), IPR003968 (Potassium channel, voltage dependent, Kv), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation), IPR003091 (Voltage-dependent potassium channel), IPR013099 (Ion transport 2), IPR003974 (Potassium channel, voltage dependent, Kv3)
23ckr-1T23B3.4n/achrI 6,688,888T23B3.4 encodes a seven transmembrane receptor that is most closely related to the mammalian cholecystokinin receptors; loss of T23B3.4 activity via RNAi, either singly or in combination with another cholecystokinin receptor-encoding gene, Y39A3B.5, has no effect on fat metabolism, however large-scale RNAi screens have reported that T23B3.4(RNAi) results in embryonic lethality and reduced brood sizes; a T23B3.4::GFP reporter is expressed in a subset of nerve ring neurons.
24F42F12.3F42F12.3n/achrX 12,351,013contains similarity to Pfam domain PF02544 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR001104 (3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase, C-terminal), IPR016636 (3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase)
25C03D6.1C03D6.1n/achrI 9,669,662contains similarity to Canine parvovirus Coat protein VP1 [Contains: Coat protein VP2].; SW:COAT_PAVC7
26ptr-13K07C10.1n/achrII 11,159,735ptr-13 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-13 is weakly required for normal molting from L4 to adult stages; PTR-13 is also required for normal growth to full size and locomotion.
27F53F1.6F53F1.6n/achrV 13,416,842contains similarity to Aeropyrum pernix Elongation factor 1-beta (EF-1-beta) (aEF-1beta).; SW:EF1B_AERPE
28str-122W03D2.10n/achrIV 4,067,151C. elegans STR-122 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
29gnrr-6F13D2.2n/achrX 11,179,951C. elegans GNRR-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
30Y59C2A.1Y59C2A.1n/achrII 2,210,488contains similarity to Pfam domain PF00246 Zinc carboxypeptidase contains similarity to Interpro domains IPR000834 (Peptidase M14, carboxypeptidase A), IPR009020 (Proteinase inhibitor, propeptide), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
31srh-82W03F9.6n/achrV 146,062C. elegans SRH-82 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
32T07A5.1T07A5.1n/achrIII 10,304,668contains similarity to Pfam domain PF06828 Fukutin-related contains similarity to Interpro domain IPR009644 (Fukutin-related)
33srt-37F47D2.8n/achrV 4,280,809C. elegans SRT-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
34W02D7.9W02D7.9n/achrV 8,326,331
35sri-62F34D6.5n/achrII 2,697,708C. elegans SRI-62 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000484 (Photosynthetic reaction centre, L and M subunits)
36W03C9.1W03C9.1n/achrII 11,961,452contains similarity to Homo sapiens RNA binding protein; ENSEMBL:ENSP00000301740
37hot-7Y48B6A.9n/achrII 14,212,173hot-7 encodes a predicted membrane-associated protein that is a member of the Ly-6 superfamily of glycosylphosphatidylinositol (GPI)-linked signaling proteins and is homologous to ODR-2, a neuronally expressed protein required for olfaction; as loss of hot-7 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of HOT-7 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
38ptr-8F44F4.4n/achrII 10,891,194ptr-8 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-8 is weakly required for normal molting from L4 to adult stages; PTR-8 is also required for normal growth to full size and locomotion; PTR-8 is expressed in hypodermis.
39clec-143ZK673.9n/achrII 10,469,224C. elegans CLEC-143 protein; contains similarity to Pfam domain PF00092 von Willebrand factor type A domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR000158 (Cell division protein FtsZ, N-terminal), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
40K09C4.9K09C4.9n/achrX 3,271,553
41ZK353.5ZK353.5n/achrIII 8,394,543
42Y57G11C.7Y57G11C.7n/achrIV 14,755,336contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
43srv-21H04M03.8n/achrIV 5,876,704C. elegans SRV-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
44T16G12.4T16G12.4n/achrIII 10,058,154contains similarity to Treponema denticola FlhB.; TR:Q9APY7
45srh-295ZK1037.8n/achrV 15,331,670C. elegans SRH-295 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46C04E12.5C04E12.5n/achrV 3,359,866contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
47srz-58F31E9.5n/achrV 17,318,799C. elegans SRZ-58 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
48F52D2.5F52D2.5n/achrX 1,974,154
49Y54G9A.1Y54G9A.1n/achrII 13,700,041contains similarity to Carabus linnei NADH dehydrogenase subunit 5 (Fragment).; TR:O79584
50C50F2.4C50F2.4n/achrI 3,890,325