UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C34F6.5C34F6.52e-49chrX 11,208,547contains similarity to Homo sapiens Histone acetyltransferase MORF beta; ENSEMBL:ENSP00000287239
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3T15D6.4T15D6.4n/achrI 12,375,417contains similarity to Aedes aegypti N-acetyllactosaminide beta-1,3-n-acetylglucosaminyltransferase.; TR:Q175J5
4F52H2.7F52H2.7n/achrX 2,569,600contains similarity to Pfam domain PF00168 C2 domain contains similarity to Interpro domains IPR001565 (Synaptotagmin), IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
5rib-2K01G5.6n/achrIII 10,744,609The rib-2 gene encodes an ortholog of human EXT2, which when mutated leads to hereditary multiple exostoses, type II (OMIM:133701).
6F22F7.2F22F7.2n/achrV 2,125,082contains similarity to Pfam domain PF03435 Saccharopine dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR005097 (Saccharopine dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
7Y45G12C.6Y45G12C.6n/achrV 2,541,544contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
8F53B1.2F53B1.2n/achrX 2,110,346contains similarity to Pfam domains PF07647 (SAM domain (Sterile alpha motif)) , PF00536 (SAM domain (Sterile alpha motif)) contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR000326 (Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase), IPR013761 (Sterile alpha motif-type), IPR001660 (Sterile alpha motif SAM), IPR011510 (Sterile alpha motif homology 2)
9his-65H02I12.7n/achrIV 11,401,254his-65 encodes an H2A histone.
10alr-1R08B4.2n/achrX 11,123,705C. elegans ALR-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR000047 (Helix-turn-helix motif, lambda-like repressor), IPR013847 (POU), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
11his-34F17E9.9n/achrIV 8,336,138his-34 encodes an H2B histone; his-34 is contained within the histone gene cluster HIS5.
12srw-61H25K10.7n/achrIV 16,237,697C. elegans SRW-61 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor)
13F08D12.7F08D12.7n/achrII 2,768,193F08D12.7 encodes a novel protein conserved amongst Caenorhaditis species; although loss of F08D12.7 activity via RNAi results in no obvious defects, F08D12.7 transcripts are enriched in L1-stage muscle and upregulated in L2 larvae in response to overexpression of hlh-2 and hlh-8; in addition, in analyses of the early embryonic transcriptome, F08D12.7 transcripts are classified as strictly maternal; an F08D12.7::gfp reporter fusion is expressed in the vm1 and vm2 vulval muscles, the intestinal and anal depressor muscles, the hypodermis, distal tip cell, ventral nerve cord, head and tail neurons, and body wall muscle.
14sru-42C55A1.8n/achrV 15,651,414C. elegans SRU-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domains IPR002208 (SecY protein), IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
15clec-21T07H3.4n/achrII 1,583,563C. elegans CLEC-21 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
16F58G1.6F58G1.6n/achrII 12,941,277contains similarity to Pfam domain PF02752 Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal)
17nhr-264F14A5.1n/achrIV 9,293,087C. elegans NHR-264 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
18fbxb-39M01D1.7n/achrII 1,040,136This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
19W08D2.5W08D2.5n/achrIV 9,821,001contains similarity to Pfam domains PF00122 (E1-E2 ATPase) , PF00702 (haloacid dehalogenase-like hydrolase) contains similarity to Interpro domains IPR008250 (E1-E2 ATPase-associated region), IPR006544 (P-type ATPase of unknown pump specificity (type V)), IPR001757 (ATPase, P-type, K/Mg/Cd/Cu/Zn/Na/Ca/Na/H-transporter), IPR000150 (Cof protein), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
20F38B2.3F38B2.3n/achrX 11,283,730contains similarity to Pfam domain PF00431 CUB domain contains similarity to Interpro domain IPR000859 (CUB)
21ndx-9F13H10.2n/achrIV 11,010,995The ndx-9 gene encodes a member of the NADH pyrophosphatase subfamily of the NUDIX hydrolases.
22itsn-1Y116A8C.36n/achrIV 17,122,917tag-11/Y116A8C.36 encodes a homolog of human NCF1, which when mutated leads to chronic granulomatous disease (OMIM:306400).
23C24H12.2C24H12.2n/achrII 437,796
24str-28F25E5.12n/achrV 7,472,264C. elegans STR-28 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25R105.1R105.1n/achrIV 4,635,811contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
26srd-7C06G8.4n/achrIV 10,785,932C. elegans SRD-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
27ZK154.5ZK154.5n/achrX 7,785,505contains similarity to Homo sapiens Isoform 4 of Target of Nesh-SH3 precursor; ENSEMBL:ENSP00000373190
28C54E10.1C54E10.1n/achrV 18,816,778contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
29math-21C40D2.3n/achrII 1,994,852C. elegans MATH-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
30coq-5ZK652.9n/achrIII 7,857,812coq-5 encodes a putative 2-hexaprenyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone methyltransferase, homologous to COQ5 in S. cerevisiae and to a family of methyltransferases involved in ubiquinone, menaquinone, biotin and sterol biosynthesis and in phosphatidylethanolamine methylation; COQ-5 is required for ubiquinone (coenzyme Q9) biosynthesis and for normally short lifespan; coq-5 can transgenically rescue a coq-5 deletion in S. cerevisiae; coq-5(RNAi) animals have reduced levels of coenzyme Q9 and superoxide, and have abnormally long lifespans.
31vps-32.2C37C3.3n/achrV 7,850,487C. elegans VPS-32.2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03357 Snf7 contains similarity to Interpro domain IPR005024 (Snf7)
32T07F10.5T07F10.5n/achrV 12,866,209contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domains IPR002168 (Lipase, GDXG, active site), IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
33F28C1.1F28C1.1n/achrV 12,452,041contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG6695-PA;; FLYBASE:CG6695
34B0302.5B0302.5n/achrX 17,194,125
35cah-5R173.1n/achrX 7,021,932cah-5 encodes a member of the carbonic anhydrase family.
36str-193C50C10.6n/achrV 9,821,161C. elegans STR-193 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
37glb-10C29F5.7n/achrII 6,308,800glb-10 encodes a globin; glb-10 is expressed in pharynx, intestine, vulval muscle, and many neurons, with at least some subcellular localization to synapses; however, glb-10 has no obvious function in mass RNAi assays.
38B0261.7B0261.7n/achrI 5,270,246
39F30A10.6F30A10.6n/achrI 9,490,547contains similarity to Pfam domain PF02383 SacI homology domain contains similarity to Interpro domain IPR002013 (Synaptojanin, N-terminal)
40C52E12.4C52E12.4n/achrII 7,017,594contains similarity to Pfam domains PF01477 (PLAT/LH2 domain) , PF02141 (DENN (AEX-3) domain) , PF03456 (uDENN domain) , PF03455 (dDENN domain) , PF02759 (RUN domain) contains similarity to Interpro domains IPR005112 (dDENN), IPR001024 (Lipoxygenase, LH2), IPR008976 (Lipase/lipooxygenase, PLAT/LH2), IPR004012 (RUN), IPR005113 (uDENN), IPR001194 (DENN)
41Y54E5A.6Y54E5A.6n/achrI 14,709,596contains similarity to Pfam domains PF01207 (Dihydrouridine synthase (Dus)) , PF00035 (Double-stranded RNA binding motif) contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like), IPR000632 (Yeast Mrs6p protein), IPR001269 (Dihydrouridine synthase, DuS)
42F01G10.9F01G10.9n/achrIV 10,257,677contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
43nfyc-1F23F1.1n/achrII 44,432C. elegans NFYC-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00808 (Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone) , PF00125 (Core histone H2A/H2B/H3/H4) contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR007125 (Histone core), IPR003958 (Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone)
44cul-5ZK856.1n/achrV 10,181,305cul-5 encodes a cullin, orthologous to vasopressin-activated calcium-mobilizing receptor-1 in mammals, that is thought to regulate the cell cycle by virtue of its paralogy to cul-1 and cul-2; however, CUL-5 is dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens, and does not appear to interact with any of 17 Skp1-related proteins (SKR-1 through SKR-21).
45R148.2R148.2n/achrIII 3,184,321
46ZK1098.4ZK1098.4n/achrIII 9,543,651contains similarity to Pfam domain PF01008 Initiation factor 2 subunit family contains similarity to Interpro domain IPR000649 (Initiation factor 2B related)
47C25A1.5C25A1.5n/achrI 10,178,041contains similarity to Pfam domains PF04116 (Fatty acid hydroxylase superfamily) , PF00173 (Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR006694 (Fatty acid hydroxylase), IPR001199 (Cytochrome b5)
48Y47H9C.7Y47H9C.7n/achrI 11,892,653Y47H9C.7 is orthologous to the human gene EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 2B, SUBUNIT 2 (BETA, 39KD) (EIF2B2; OMIM:606454), which when mutated leads to disease.
49D2085.4D2085.4n/achrII 8,667,037contains similarity to Pfam domains PF00612 (IQ calmodulin-binding motif) , PF00632 (HECT-domain (ubiquitin-transferase)) contains similarity to Interpro domains IPR000569 (HECT), IPR000048 (IQ calmodulin-binding region)
50C24H10.2C24H10.2n/achrX 5,065,438