UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C43H6.4C43H6.40chrX 2,405,689
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3K02G10.1K02G10.1n/achrX 4,708,472contains similarity to Pfam domain PF01529 DHHC zinc finger domain contains similarity to Interpro domain IPR001594 (Zinc finger, DHHC-type)
4T21B4.3T21B4.3n/achrII 12,495,897contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
5C26E1.1C26E1.1n/achrV 13,297,767contains similarity to Rattus norvegicus GLUT4 vesicle protein.; TR:Q9Z1X1
6C41D11.6C41D11.6n/achrI 4,461,426
7chw-1F22E12.2n/achrV 10,463,355C. elegans CHW-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR002041 (Ran GTPase), IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras)
8T05C1.5T05C1.5n/achrII 4,490,625contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
9F57E7.1F57E7.1n/achrV 16,481,775contains similarity to Bos taurus Enoyl-CoA hydratase precursor (EC 4.2.1.17) (Fragment).; TR:Q95KZ6
10acr-11D2092.3n/achrI 6,623,291A homolog of an alpha type nicotinic acetylcholine receptor subunit involved in the mediation of fast synaptic transmission at neuromuscular junctions.
11srw-117C44C3.6n/achrV 2,982,800C. elegans SRW-117 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
12Y41E3.3Y41E3.3n/achrIV 14,988,934contains similarity to Pfam domain PF02263 Guanylate-binding protein, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR015894 (Guanylate-binding protein, N-terminal), IPR015900 (Guanylate-binding protein-like, C-terminal)
13M199.2M199.2n/achrIV 15,109,806contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
14Y57G11A.4Y57G11A.4n/achrIV 14,484,352contains similarity to Interpro domain IPR005018 (DOMON related)
15fbxb-76H02I12.2n/achrIV 11,378,732This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
16sprr-2F42D1.3n/achrX 14,802,137C. elegans SPRR-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
17frk-1T04B2.2n/achrIV 10,044,780frk-1 encodes a non-receptor tyrosine kinase orthologous to the human proto-oncogene Fer; frk-1 is an essential gene required early for embryonic cell proliferation and later in embryonic epidermal cells for enclosure, morphogenesis and late stages of differentiation; FRK-1's role in embryonic development is independent of its kinase domain, and when expressed in cultured mammalian cells, FRK-1 disrupts cell adhesion; FRK-1 is initially expressed in all cells of the early embryo where it localizes to nuclei and points of cell-cell contact; later expression is seen in epithelial cells, body wall muscle, and the adult germline, including mature sperm; FRK-1 expression in epidermal cells requires activity of the ELT-1 GATA transcription factor, and FRK-1 localization to the plasma membrane requires PAT-3/Beta-integrin, JAC-1/p120 catenin, and HMP-2/Beta-catenin with which FRK-1 interacts in vitro.
18F33D11.5F33D11.5n/achrI 5,836,021contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
19clec-93ZK39.4n/achrI 11,143,094C. elegans CLEC-93 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
20EEED8.4EEED8.4n/achrII 5,410,795contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
21nhr-78F36A4.14n/achrIV 4,276,441C. elegans NHR-78 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
22K05F6.4K05F6.4n/achrII 1,544,461This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
23F49H6.8F49H6.8n/achrV 17,022,485contains similarity to Rattus norvegicus Transcription factor 8 (Zinc finger homeodomain enhancer-bindingsprotein) (Zfhep).; SW:TCF8_RAT
24H10E21.2H10E21.2n/achrIII 10,398contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
25btb-12ZC204.3n/achrII 1,655,685C. elegans BTB-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
26F36D1.1F36D1.1n/achrI 11,278,248contains similarity to Interpro domain IPR006578 (MADF)
27F54E7.6F54E7.6n/achrIII 5,660,439
28Y63D3A.8Y63D3A.8n/achrI 14,116,402contains similarity to Interpro domains IPR002114 (Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site), IPR006634 (TRAM, LAG1 and CLN8 homology)
29srh-131Y102A5C.31n/achrV 17,006,090C. elegans SRH-131 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
30irx-1C36F7.1n/achrI 9,538,707irx-1 encodes a homeodomain-containing protein that is most similar to members of the Iroquois subclass of TALE (three amino acid loop extension) superclass atypical homeodomain proteins; IRX-1 is predicted to function as a transcriptional regulator during development, but as loss of irx-1 activity via RNAi results in no obvious defects, the precise role of irx-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
31grl-18T05C3.4n/achrV 5,487,265grl-18 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central proline-rich region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
32Y54E2A.6Y54E2A.6n/achrII 14,768,030contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) (2), PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) (2), PF02889 (Sec63 Brl domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR004179 (Sec63), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
33C18A3.2C18A3.2n/achrII 5,719,035contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
34srbc-17C45H4.3n/achrV 2,178,415C. elegans SRBC-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
35str-82B0213.8n/achrV 3,975,447C. elegans STR-82 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
36ZK1098.5ZK1098.5n/achrIII 9,526,211ZK1098.5 encodes a unfamiliar protein that is individually dispensable for viability and gross morphology in RNAi assays, but is cotranscribed with ZK1098.1 and thus might act in concert with it.
37W08F4.11W08F4.11n/achrII 593,637
38R10D12.7R10D12.7n/achrV 13,950,209contains similarity to Pfam domain PF01679 Uncharacterized protein family UPF0057 contains similarity to Interpro domain IPR000612 (Protein of unknown function UPF0057)
39C41H7.4C41H7.4n/achrII 3,004,748contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
40Y43F8B.11Y43F8B.11n/achrV 19,471,547contains similarity to Campylobacter coli CadF precursor (Outer membrane protein).; TR:O06895
41cyp-25A6K06B9.1n/achrIV 4,197,909C. elegans CYP-25A6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR000044 (Mycoplasma lipoprotein (MG045))
42T24C4.3T24C4.3n/achrIII 872,071
43glb-25T06A1.4n/achrV 1,949,042glb-25 encodes a globin required for normally rapid growth in mass RNAi assays.
44str-20C05E4.2n/achrV 757,182C. elegans STR-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
45fbxb-47F58E1.14n/achrII 1,702,944This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
46C46F11.4C46F11.4n/achrIII 3,661,086contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
47H42K12.2H42K12.2n/achrX 1,319,512
48C50E3.2C50E3.2n/achrV 7,610,647contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
49taf-11.3F43D9.5n/achrIII 10,504,535The taf-11.3 gene encodes an ortholog of human TATA-binding protein associated factor TAF11 (TAFII28, OMIM:600772) that is a component of the TFIID general transcription factor that recognizes the transcription start site; TAF-11.3 is required for proper post-embryonic development.
50F22B3.5F22B3.5n/achrIV 11,416,056contains similarity to Interpro domains IPR001304 (C-type lectin), IPR006583 (CW)