UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C49A9.5C49A9.50chrIV 6,215,077contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
2F56B3.8F56B3.8n/achrIV 774,932contains similarity to Pfam domains PF00181 (Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain) , PF03947 (Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR002171 (Ribosomal protein L2), IPR008991 (Translation protein SH3-like), IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR014722 (Translation protein SH3-like, subgroup)
3tag-324C27C12.5n/achrX 14,850,888C. elegans TAG-324 protein; contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
4mtr-4W08D2.7n/achrIV 9,828,133C. elegans MTR-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF08148 (DSHCT (NUC185) domain) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR016438 (RNA helicase, ATP-dependent, SK12/DOB1), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR012961 (DSH, C-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
5W04A8.2W04A8.2n/achrI 13,840,793contains similarity to Streptococcus pyogenes Putative type I site-specific deoxyribonuclease hsdS subunit.; TR:Q8K5V9
6pssy-2T27E9.5n/achrIII 13,473,420C. elegans PSSY-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03034 Phosphatidyl serine synthase contains similarity to Interpro domain IPR004277 (Phosphatidyl serine synthase)
7T02G5.1T02G5.1n/achrII 7,098,996
8F25H8.2F25H8.2n/achrIV 9,933,029contains similarity to Pfam domain PF05492 NAF1 domain contains similarity to Interpro domain IPR008696 (NAF1)
9C56G3.2C56G3.2n/achrX 7,365,880contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
10C05D11.10C05D11.10n/achrIII 6,431,356contains similarity to Interpro domain IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like)
11Y45G12C.4Y45G12C.4n/achrV 2,547,175contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
12math-1B0047.4n/achrII 2,046,310C. elegans MATH-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
13Y75B12B.3Y75B12B.3n/achrV 15,186,069contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Mlp proteins restrict telomere length by influencing the Rif1-Tel1 pathway of telomerase regulation; also involved in the translocation of macromolecules between the nucleoplasm and the NPC; SGD:YKR095W
14F56E10.1F56E10.1n/achrV 105,397contains similarity to Neurospora crassa Protein bfr-2.; SW:Q7S6P8
15clh-6R07B7.1n/achrV 12,061,778clh-6 encodes a voltage-gated chloride channel orthologous to the human CLCN7 chloride channel (OMIM:602727, which when mutated lead to osteopetrosis); although the precise role of CLH-6 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, CLH-6 expression is detected in two GABA-ergic neurons, RMEL and RMER, suggesting that CLH-6 could play a role in membrane excitability and/or GABA packaging; as CLH-6 is also detected in many non-neuronal tissues, such as the gut and body wall muscle, it could also have a broader role in such as processes as transepithelial transport and muscle excitation.
16vhl-1F08G12.4n/achrX 11,307,692vhl-1 is orthologous to the mammalian tumor suppressor gene Von Hippel-Landau syndrome (VHL; OMIM:193300), which is part of a ubiquitylation complex targetting proteins for proteasomal degradation.
17nol-9K09B11.2n/achrIV 13,425,891C. elegans NOL-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF08160 NUC156 domain contains similarity to Interpro domains IPR012581 (NUC156), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
18pbo-4K09C8.1n/achrX 10,956,107pbo-4 encodes a sodium/proton exchanger (also known as nhx-7), with a potential Ca[2+]/calmodulin binding domain in its C-terminal cytosolic region that could mediate calcium signaling; PBO-4 is expressed in the basolateral membrane of posterior intestinal cells; PBO-4 is required for normal posterior body muscle contraction (pBoc) during the defecation cycle; PBO-4 is thought to prevent intracellular acidification by catalysing the electroneutral exchange of extracellular sodium for an intracellular proton; specifically, PBO-4 may enable intercellular signals from intestinal cells (by secreting protons which then might activate PBO-5 in adjacent muscle cells).
19W04B5.4W04B5.4n/achrIII 2,408,633W04B5.4 encodes a putative mitochondrial ribosomal protein L30 that inhibits DHC-1 in vivo; W04B5.4 is orthologous to human MRPL3; W04B5.4(RNAi) suppresses the lethality of conditional dhc-1 mutations, as well as the spindle length and cytokinesis defects of dhc-1(or195), indicating that W04B5.4 negatively regulates dynein; W04B5.4 is required for embryonic and larval development in mass RNAi assays.
20ttll-5C55A6.2n/achrV 11,510,749ttll-5 encodes a putative tubulin polyglutamylase orthologous to human TTLL5; TTLL-5 is required for embryonic development and fertility; by orthology, TTLL-5 is expected to initiate glutamyl chains rather than elongating them, to prefer alpha-tubulin over beta-tubulin as a substrate, and to have non-tubulin substrates.
21Y45F10D.6Y45F10D.6n/achrIV 13,797,043
22str-187F26D10.8n/achrIV 17,266,207C. elegans STR-187 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000539 (Frizzled protein)
23C46H11.2C46H11.2n/achrI 5,051,289contains similarity to Pfam domains PF00743 (Flavin-binding monooxygenase-like) , PF00070 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR000759 (Adrenodoxin reductase), IPR000960 (Flavin-containing monooxygenase FMO), IPR000103 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II), IPR001327 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, NAD-binding region), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
24T19C3.1T19C3.1n/achrIII 608,506contains similarity to Pfam domain PF01062 Bestrophin contains similarity to Interpro domain IPR000615 (Bestrophin)
25M04C9.3M04C9.3n/achrI 9,353,710contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like), IPR000816 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I)
26srx-38C03A7.5n/achrV 5,154,771C. elegans SRX-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR013305 (ABC transporter, ABCB2), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
27F20H11.1F20H11.1n/achrIII 6,590,715contains similarity to Pfam domain PF00130 Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
28Y47D3B.9Y47D3B.9n/achrIII 11,467,116contains similarity to Pfam domain PF02892 BED zinc finger contains similarity to Interpro domain IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted)
29C48B6.2C48B6.2n/achrI 6,917,161contains similarity to Pfam domain PF01479 S4 domain contains similarity to Interpro domains IPR002942 (RNA-binding S4), IPR001912 (Ribosomal protein S4)
30ddl-2Y48E1B.1n/achrII 13,545,140C. elegans DDL-2 protein; contains similarity to Interpro domains IPR006077 (Vinculin/alpha-catenin), IPR000381 (Inhibin, beta B subunit), IPR000694 (Proline-rich region), IPR003882 (Pistil-specific extensin-like protein)
31npp-4Y54E5A.4n/achrI 14,703,902C. elegans NPP-4 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR007758 (Nucleoporin, Nsp1-like, C-terminal)
32C17G10.2C17G10.2n/achrII 5,595,518contains similarity to Pfam domain PF00515 Tetratricopeptide repeat contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
33drh-3D2005.5n/achrI 7,823,605drh-3 encodes a DExH-box helicase.
34F53H1.1F53H1.1n/achrIV 1,303,451contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
35tag-131H38K22.3n/achrIII 4,318,987C. elegans TAG-131 protein; contains similarity to Pfam domain PF00173 Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain contains similarity to Interpro domain IPR001199 (Cytochrome b5)
36C14E2.1C14E2.1n/achrX 1,826,905
37sel-2F10F2.1n/achrIII 4,604,205sel-2 encodes a PH, BEACH and WD40 domain-containing protein that is homologous to mammalian neurobeachin/BCL8B and LRBA (LPS-responsive, beige-like anchor protein); during development, SEL-2 functions to regulate endosomal traffic in polarized epithelial cells such as the vulval precursor cells (VPCs) and intestinal cells; specifically, in a subset of the VPCs, SEL-2 activity is required for proper levels and apical localization of LIN-12/Notch and for LET-23/EGFR downregulation; sel-2::yfp reporters are expressed in a number of cell types, including the VPCs and intestinal cells; a rescuing SEL-2::GFP reporter is expressed most strongly in the rectal epithelial cells and hypodermal seam cells where it localizes to the cytoplasm and the perinuclear region.
38B0432.3B0432.3n/achrII 289,662contains similarity to Mus musculus 39S ribosomal protein L41, mitochondrial precursor (L41mt) (MRP-L41).; SW:Q9CQN7
39C34C12.2C34C12.2n/achrIII 3,458,263contains similarity to Homo sapiens Putative protein TPRXL; ENSEMBL:ENSP00000322097
40C50F2.2C50F2.2n/achrI 3,885,072contains similarity to Interpro domain IPR002951 (Atrophin)
41T12G3.5T12G3.5n/achrIV 12,031,705contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mRpL51-PA;; FLYBASE:CG13098
42ugt-11T19H12.10n/achrV 4,893,822C. elegans UGT-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
43R06F6.2R06F6.2n/achrII 10,790,634contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR016528 (Vacuolar protein sorting-associated protein 11), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR000547 (Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat), IPR016024 (Armadillo-type fold), IPR011044 (Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like)
44srh-17C47E8.2n/achrV 14,662,094C. elegans SRH-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
45F20C5.4F20C5.4n/achrIV 8,766,075contains similarity to Pfam domain PF03381 LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family contains similarity to Interpro domain IPR005045 (Protein of unknown function DUF284, transmembrane eukaryotic)
46F53H1.3F53H1.3n/achrIV 1,334,268contains similarity to Pfam domain PF07792 Protein of unknown function (DUF1630) contains similarity to Interpro domain IPR012860 (Protein of unknown function DUF1630)
47srh-67T21B4.6n/achrII 12,509,457C. elegans SRH-67 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
48spr-5Y40B1B.6n/achrI 13,443,987spr-5 encodes the C. elegans ortholog of the human histone demethylase LSD1 (lysine-specific demethylase 1) that functions to mediate chromatin remodeling and transcriptional regulation; loss of spr-5 activity can suppress the egg-laying defective (Egl) phenotype of mutations in sel-12/presenilin and derepresses expression of hop-1, which encodes the second C. elegans presenilin, by 20- to 30-fold; in binding assays and yeast two-hybrid experiments, SPR-5 interacts with SPR-1, the C. elegans ortholog of CoREST.
49T06A10.4T06A10.4n/achrIV 16,863,896contains similarity to Pfam domain PF00628 PHD-finger contains similarity to Interpro domains IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
50F44E2.3F44E2.3n/achrIII 8,828,256contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)