UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1srt-7C50H11.40chrV 3,082,398C. elegans SRT-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000408 (Regulator of chromosome condensation, RCC1)
2C04G6.4C04G6.4n/achrII 5,082,452contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
3his-32F17E9.10n/achrIV 8,334,513his-32 encodes an H3 histone; by homology, HIS-32 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-32 is a replication-dependent histone locus that resides in the HIS5 cluster on chromosome IV.
4F25B4.7F25B4.7n/achrV 5,686,614contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR002030 (Mitochondrial brown fat uncoupling protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
5nhr-51K06B4.1n/achrV 15,677,024C. elegans NHR-51 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
6fbxa-160C08E3.12n/achrII 1,624,293C. elegans FBXA-160 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
7srh-184D1054.12n/achrV 10,797,485C. elegans SRH-184 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
8fbxa-95F28F8.4n/achrV 15,572,053This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
9F09G2.2F09G2.2n/achrV 7,197,657contains similarity to Interpro domain IPR011028 (Cyclin-like)
10EEED8.6EEED8.6n/achrII 5,385,733EEED8.6 encodes an ATP/ADP-activated metallocarboxypeptidase, orthologous to mammalian AGBL4 proteins, that may function in vivo as an alpha-tubulin C-terminal tyrosine carboxypeptidase; recombinant EEED8.6 is active in vitro on several different C-terminal amino acids of synthetic peptide substrates (with carboxypeptidase A- and B-like, but not O-like specificity); unlike most carboxypeptidases, but like tubulin carboxypeptidase, EEED8.6 is inhibited by high salt or by Z-Glu-Tyr dipeptide; EEED8.6 and its mammalian AGBL4 orthologs, along with other proteins such as mammalian AGBL5, comprise a M14D2 peptidase subfamily; by homolog-based structural modelling, EEED8.6 is predicted to have an unusually open active site.
11Y32B12C.1Y32B12C.1n/achrV 16,607,269contains similarity to Interpro domain IPR002625 (Smr protein/MutS2 C-terminal)
12T26A5.8T26A5.8n/achrIII 6,462,478contains similarity to Pfam domain PF00808 Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR003958 (Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone)
13glr-8F22A3.3n/achrX 6,508,340glr-8 encodes a highly divergent putative ionotropic glutamate receptor subunit, unclassifiable as NMDA or non-NMDA (though possibly of the Delta subfamily), and without any clear close homologs in metazoa or plants; glr-8 is expressed in the pharyngeal nervous system, the body wall mechanoreceptors ALM and PLM, and two other neurons (BDU and URB); glr-8 is expressed from embryogenesis to adulthood.
14srw-96K04F1.2n/achrV 1,674,580C. elegans SRW-96 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit)
15clec-115C49A1.6n/achrI 14,246,758C. elegans CLEC-115 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001304 (C-type lectin)
16srbc-17C45H4.3n/achrV 2,178,415C. elegans SRBC-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
17F21G4.5F21G4.5n/achrX 9,906,914contains similarity to Interpro domain IPR007087 (Zn-finger, C2H2 type)
18Y17G7B.3Y17G7B.3n/achrII 11,990,838Y17G7B.3 is orthologous to the human gene HYDROXYACYLGLUTATHIONE HYDROLASE (HAGH; OMIM:138760), which when mutated leads to disease.
19srt-63T28A11.150.000002chrV 3,255,375C. elegans SRT-63 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
20Y17D7B.5Y17D7B.5n/achrV 18,775,675contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
21F34D6.2F34D6.2n/achrII 2,683,818contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR000047 (Helix-turn-helix motif, lambda-like repressor), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
22nhr-271T03E6.3n/achrV 16,579,462C. elegans NHR-271 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
23F28C10.3F28C10.3n/achrX 533,819contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
24gpa-11C16A11.1n/achrII 4,254,160gpa-11 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases; it is expressed in ADL and ASH amphid neurons.
25srv-17C06E7.7n/achrIV 5,868,915C. elegans SRV-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
26C41D11.4C41D11.4n/achrI 4,442,876
27F15E6.5F15E6.5n/achrIV 4,289,807contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
28ZK669.2ZK669.2n/achrII 7,937,580contains similarity to Pfam domain PF03227 Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase (GILT) contains similarity to Interpro domain IPR004911 (Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase GILT)
29EEED8.4EEED8.4n/achrII 5,410,795contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
30T24H10.1T24H10.1n/achrII 9,099,835contains similarity to Pfam domains PF07500 (Transcription factor S-II (TFIIS), central domain) , PF08711 (Transcription elongation factor S-II protein N terminal) , PF01096 (Transcription factor S-II (TFIIS)) contains similarity to Interpro domains IPR001222 (Zinc finger, TFIIS-type), IPR003618 (Transcription elongation factor S-II, central region), IPR014754 (Transcription elongation factor, TFIIS, N-terminal, fungal-type), IPR003617 (Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type), IPR014765 (Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal), IPR016492 (Transcription elongation factor, IIS), IPR006289 (Transcription elongation factor, TFIIS), IPR010990 (Transcription elongation factor, TFIIS/elongin A/CRSP70, N-terminal)
31rib-2K01G5.6n/achrIII 10,744,609The rib-2 gene encodes an ortholog of human EXT2, which when mutated leads to hereditary multiple exostoses, type II (OMIM:133701).
32csb-1F53H4.1n/achrX 15,863,557csb-1 is orthologous to human gene ERCC6 (OMIM:133530, mutated in Cockayne syndrome); CSB-1 is required for embryonic viability, and represses UV-induced apoptosis in germ cells.
33lim-6K03E6.1n/achrX 1,076,785lim-6 encodes a LIM class homeodomain protein that contains two Zinc-finger-like LIM domains N-terminal to a predicted DNA-binding homeodomain; LIM-6 is predicted to function as a transcription factor whose activity is required for regulating uterine morphogenesis and specific aspects of terminal neuronal differentiation, including normal axonal morphology, full expression of UNC-25/glutamic acid decarboxylase in select GABAergic neurons, and repression of sensory receptor gene expression in the ASEL chemosensory neuron; LIM-6 is expressed in a group of nine chemosensory-, inter-, and motorneurons, uterine toroid cells, spermathecal junction cells, and the binucleate excretory gland cell.
34F41C6.2F41C6.2n/achrX 6,870,966
35F26D2.14F26D2.14n/achrV 16,436,268contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
36srx-41F59B1.7n/achrV 3,635,917C. elegans SRX-41 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR004827 (Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
37cdc-25.2F16B4.8n/achrV 1,581,313cdc-25.2 encodes a putative homolog of Cdc25 phosphatase protein family that affects germline proliferation.
38clec-121Y25C1A.4n/achrII 3,103,522C. elegans CLEC-121 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
39knl-1C02F5.1n/achrIII 8,252,399knl-1 encodes a novel acidic protein with a coiled-coil region at its C-terminus; KNL-1 is an essential kinetochore component that is required for proper spindle elongation and chromosome separation, and in the kinetochore assembly pathway, plays a key role in linking the initiation of kinetochore formation with the construction of a functional microtubule-binding interface; in the assembly pathway, KNL-1 functions downstream of the DNA-proximal kinetochore components CeCENP-A/HCP-3 and CeCENP-B/HCP-4 and upstream of the outer kinetochore components HIM-10/Nuf2p, NDC-80/HEC1, CeBUB-1, HCP-1, and CeCLASP2/CLS-2; in expression studies in the one-cell embryo, KNL-1 localizes to kinetochores throughout mitosis.
40mys-1VC5.4n/achrV 7,083,085mys-1 encodes a MYST family histone acetyltransferase orthologous to Drosophila EG0007.7, human TIP60, and S. cerevisiae Esa1p; during vulval development, mys-1 acts as Class C synMuv gene: mys-1 mutations enhance mutations in components of the C. elegans NuRD and Rb repressor complexes that negatively regulate expression of genes required for vulval induction; in addition, mys-1(RNAi) enhances mutations in pha-4, which encodes a FoxA transcription factor required for pharyngeal organogenesis; mys-1 mutations also cause a synthetic slow growth phenotype in combination with mutations in the MCD-1 zinc-finger protein; thus, mys-1 activity is essential for proper cell fate specification of different cell types at different times during C. elegans development.
41F41G4.5F41G4.5n/achrX 16,831,782
42srz-74K03D3.1n/achrIV 16,330,219C. elegans SRZ-74 protein ;
43srh-211D1065.5n/achrV 4,078,922C. elegans SRH-211 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
44T01D3.2T01D3.2n/achrV 13,706,650contains similarity to Pfam domain PF00989 PAS fold contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR013767 (PAS fold), IPR000014 (PAS), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding), IPR001067 (Nuclear translocator)
45srg-8T12A2.9n/achrIII 6,254,139C. elegans SRG-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
46ubc-12R09B3.4n/achrI 11,911,676The ubc-12 gene encodes a ubiquitin-conjugating enzyme whose substrate is NED-8, and which is required for both embryogenesis and terminal hypodermal differentiation; ubc-12(RNAi) mutants either arrest during embryonic development or show pleotropic defects (e.g., vulval eversion during the L4 stage), as well as defective alae.
47C50E3.2C50E3.2n/achrV 7,610,647contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
48srh-178ZK228.8n/achrV 18,479,364C. elegans SRH-178 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
49B0432.9B0432.9n/achrII 283,160contains similarity to Pfam domain PF00753 Metallo-beta-lactamase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR001279 (Beta-lactamase-like)
50F55F8.9F55F8.9n/achrI 5,671,663contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)